他对杨涟说：“他们这是存心要杀我们。他们杀我们有两个办法，一是趁我们不服，乱棍将我们打死；另外是暗杀我们，说我们暴病狱中。如果在审问我们的时候，我们先承认受贿，在移交法司的时候再翻供，还有一丝机会。”
可是，在他们承认自己受贿后，却由于平时太过清廉，根本拿不出赃银，由此就得到了更加残酷的拷打，这样日复一日，左光斗已经被折磨得奄奄一息。
听说左光斗被折磨得快要死了，史可法不顾自己的危险，拿了五十两银子去向狱卒苦苦哀求，只求见老师最后一面。狱卒终于被史可法的诚意感动了，想办法给史可法一个探监的机会。史可法找到左光斗的牢房后，只见左光斗遍体鳞伤，脸已经被烧得认不清，左腿腐烂得露出骨头来。史可法见了，一阵心酸，走近前去，跪了下来，抱住左光斗的腿，不断地抽泣。左光斗虽然满脸是伤，睁不开眼，但是他从哭泣声里听出史可法来了。他举起手，用尽力气拨开眼皮，愤怒的眼光像要喷出火来。他骂着说：“蠢材！这是什么地方，你还来这里干什么？国家的事糟到这步田地。我已经完了，你还不顾死活地跑进来，万一被他们发现，将来的事靠谁干？”可史可法还是抽泣着没完。左光斗狠狠地说：“再不走，我现在就干脆收拾了你，省得奸人动手。”说着，他真的摸起身边的镣铐，做出要砸过来的样子。史可法不敢再说话，只好忍住悲痛，从牢里退了出来。
天启五年（1625年）七月二十六日，左光斗和杨涟等被魏忠贤杀害。左光斗终年五十一岁。
史可法花了一笔钱买通狱卒，把左光斗的尸体埋葬了。
左光斗已经死了，赃款还没有还尽。魏忠贤命令抚按官严加追讨，牵连下狱的有十四人。长兄左光霁受牵连判罪致死，母亲过分悲伤也死了。都御史周应秩还认为有关部门不努力承办追查，上疏催促，因此他的家族都破产了。
与杨涟、左光斗一起被逮捕的还有周朝瑞、魏大中、袁化中等4人，都被残忍害死，史称“六君子之狱”。
等到魏忠贤编修《三朝要典》，把杨涟、左光斗定为移宫案的首犯，准备打开棺材侮辱他们的尸体，因有人说情，才得以幸免。七、八月间，杨涟等人相继惨死于狱中，熊廷弼也被斩首，阉党恐人心不平，更感到扭转舆论的迫切性。
九月初九日，因在“移宫”中替李选侍说话，受到阉党器重得以复职的御史贾继春又跳将出来，上疏说杨涟等人受熊廷弼贿赂只不过是小罪，其可死之罪“莫大于交结王安，毁诬先帝，亏损圣德，逼辱康妃与皇八公主”，现在他们“止以纳贿追赃死，则所以当死之罪未明也”，建议皇上早定爰书，颁布中外，昭示史册，使天下万世都晓然而知杨涟等之罪恶。朱由校完全同意贾继春的见解，并说：
先帝升遐，朕躬嗣服，父子承继，正统相传，臣子何得居功？
而杨涟、左光斗等妄希定策，串通王安，倡为移宫之事，捏造垂帘等语。王安奸恶异常，乘机报怨，内外交结，党众恃强，不许康妃从容奉旨，而逼令踉跄出宫。先帝体尚未寒，言犹在耳，杨涟等即有权势，固亦人臣，乃弃礼忘君，犯上不道，至于此极！
于是，就命令将杨涟等诸奸罪状及持守正议诸臣的前后章疏，以及近期屡次下达的有关圣旨，都编辑成书，颁行天下，垂示将来。并令今后非经批准不得擅刻书籍，已经刊刻传抄的私书一律销毁。否则，一经查获，即治以妖言惑众之罪。
6、三案背后的“七君子之狱”
朱由校在支持以魏忠贤为首的阉党倒翻“三案”的过程中，于天启六年再兴大狱，下令将支持杨涟的高攀龙、周起元、周宗建、周顺昌、缪昌期、李应升、黄尊素七人逮入诏狱，并把他们全部严刑拷打至死。史称“七君子之狱”，因这一年系农历丙寅年，又称“丙寅诏狱”。
高攀龙之所以得罪魏忠贤，是因为他曾经就红丸案上疏攻击郑国泰、郑贵妃和方从哲，以及阉党五虎之首崔呈秀。
熹宗即位，起用高攀龙为光禄寺丞。天启元年（1621年）升为少卿。
第二年四月，高攀龙就红丸案上疏弹劾郑贵妃的外甥郑养性说：“张差梃击谋害太子实在是郑养性的父亲郑国泰所主使。现在人们议论纷纷，都怀疑郑养性勾结宫内外犯法作乱的人，另有异谋，怀疑积累多了得不到解决，应当考虑一个妥善处理的办法。至于刘保谋反，是中官卢受主使的，刘于简的供词都在。卢受本是郑氏的私党，而李如祯一家勾结郑氏，阴谋陷害名将，导致失地丧师，刘于简原来的供词，说明李永芳约了李如祯做内应。像崔文升向来就是郑氏的心腹，知道先帝有虚症，故意给他服用泄药，这罪不能赦免。陛下仅仅将他斥责赶走，而崔文升还秘密住在京城。应该勒令郑养性回到家乡，尽快将李如祯、崔文升绳之以法，以昭彰国家大法。”
高攀龙奏疏送入后，朱由校责怪他多事，但终于遣送郑养性回了老家。
孙慎行因为“红丸案”攻击前朝首辅方从哲，交给大臣们讨论。高攀龙引用《春秋》首恶性之诛为例，把“红丸案”的主要责任归咎于方从哲。
给事中王志道为方从哲辩解，高攀龙写信切实责备他。
不久，高攀龙改任太常寺少卿，上疏说：“方从哲的罪行并非只有‘红丸’一件事，他最大的罪行在于勾结郑国泰。郑国泰父子有计划地谋害先帝的事不止一件，开始是张差的梃击，接着是郑贵妃进送美女，最后是崔文升的药，而方从哲实在是维护他。尽力扶持帮助郑氏的党徒，尽力铲除不听从郑氏的人；一时人心惶惑，只知道郑氏，不知道东宫太子。这是盗贼一样的臣子，讨伐盗贼，就242是陛下的孝。而有的人却说：‘为先帝隐讳才是孝。’这是扰乱天下的歪理。陛下顾念圣母就应该宣布李选侍的罪行，顾念皇考就应该加厚对李选侍的恩德，这样就仁至义尽了。而有的人却说：‘为圣母隐讳才是孝。’明明是圣谕，看做是假托；像杨涟那样忠心，却被诽谤为居功自傲。大臣怕被说是居功，宁愿以待罪之身躲在一边，当君父有急难的时候，却在那里袖身旁观，这也是导致天下大乱的歪理。被这样的说法所迷惑，真正的孝不知道是孝，把不孝也当做大孝；真正的忠不知道是忠，把不忠也当做大忠。忠孝都可以颠倒，什么事情不可以胡为呢？所以方从哲、郑养性不能不讨伐，为什么还让他们住在天子脚下？”
当时在朝廷暗中支持方从哲的势力很大，他们摘取了高攀龙奏疏中“不孝”的话，激怒朱由校，将要对他严加谴责。这时，叶向高出面大力拯救，高攀龙这才被停发俸禄一年。邹元标受到攻击，高攀龙请求和他一同罢免。朱由校下诏挽留他，升为太仆卿，提升刑部右侍郎。天启四年（1624年）八月拜左都御史。
杨涟等人攻击魏忠贤，双方已势不两立。
等到叶向高离职，魏广微天天引导魏忠贤做坏事，而高攀龙是赵南星的门生，一同在重要部门。御史崔呈秀巡按淮、扬回来，高攀龙揭发他贪污受贿的邪恶行为，赵南星建议把他充军，崔呈秀处境困迫，急忙跑到魏忠贤那里，乞求做他的干儿子，于是捡了谢应祥的事，说高攀龙党附赵南星。
朱由校下了道严厉的圣旨责问追究，高攀龙自己承担罪责走了。不久，南京御史游凤翔调出当知府，揭发高攀龙挟持私人势力排挤他。下诏恢复了游凤翔过去的官职，革了高攀龙的职。阉党五虎之首崔呈秀还不解恨，一定要杀高攀龙，把他的名字偷偷塞进李实弹劾周起元的奏疏中……
天启六年（1626年）二月，以魏忠贤为首的阉党想杀高攀龙、周宗建、周顺昌、缪昌期、黄尊素、李应升等六人，拿李实没有盖印的奏疏，命令他的党徒李永贞、李朝钦诬陷周起元当巡抚贪污国家钱财十多万两银子，每天跟高攀龙等人来往讲学，因而在中间煽动。
在魏忠贤及阉党之首崔呈秀的唆使下，李实奏疏加给周起元、缪昌期、周顺昌、周宗建、李应升、黄尊素、高攀龙七个人的罪名是：“周起元为巡抚时，吞没公款十余万，终日与高攀龙、缪昌期、周顺昌、周宗建、李应升、黄尊素这些人往来讲学，动辄诋毁243朝政。”
奏疏递上，假传圣旨：“除周宗建、缪昌期已经逮捕入狱外，周起元等五人，都着锦衣卫扭解来京追究审问。”时为天启六年二月二十五日。
接着，一场大逮捕即进行起来。
三月十六日早上，高攀龙在无锡老家拜谒宋代儒家学者杨龟山祠，有人把这逮捕他的公文告诉了他。
高攀龙回去和两个门生一个弟弟在后园的池上喝酒，听说周顺昌已经被逮捕，笑说：“我视死如归，现在就要实现了。”进去和夫人说话，跟平时一样。出来，写了两张纸告诉二个孙儿说：“明天交给官府的校尉。”
两个孙子出去后，高攀龙关好了门窗。过了一段时间，他的儿子进入他的房间，只见一盏灯还亮着，高攀龙却不见了。寻找了一阵，发现高攀龙已经整整齐齐地穿戴好衣帽自己溺死在池中了。拆开他所封的纸，是一个遗表，说：“我虽然被革职，从前曾是大臣，大臣受侮辱就是侮辱国家。谨向北面叩头，效仿屈原投水而死。”又有告诉门生华久诚的信说：“我能够像这样从容不迫地死去，多少还是得力于我一生治学的结果。”当时他六十五岁。远近的人听到他的死讯，没有不为他哀伤的。
崔呈秀还不解恨，假传圣旨把高攀龙的儿子世儒交给同法部门244审理，刑部判世儒不能防范他的父亲，流放服劳役。事实上，周宗建早就与客氏与魏忠结下了梁子。
天启元年（1621年）冬天，奉圣夫人客氏搬出宫城又回到宫中，周宗建首先上疏极力反对客氏回宫，他说：“天子说出的话，就如同儿戏一样，法律所在的宫禁之地，几乎跟老百姓的家庭相同。朝廷的行为不协调，朝廷内外的防范措施都被废除。这帮人一旦蒙受了皇恩，便有了非分之想，轻侮沉溺目无法纪，慢慢地变得骄横放纵，灾难和罪祸一天天增多，后患将难以杜绝。王圣、宋娥、陆令萱的覆辙，可以提供很多借鉴。”周宗建违背圣意，受到了责备。但公众舆论却都很看重他。
天启二年，京师长期干旱，五月份下了场冰雹。周宗建借机攻击魏忠贤，大意说：“近来的政府事务，外廷颇有微辞，都说深宫之中，没有办法预料，圣旨诏书，必然有所依据。像魏进忠这样的人，目不识丁，而陛下与他同忧愁共欢笑，一天天地亲近。一切用人的行政权力，都按他的说法办理，东西改换了方向自己却不知道，邪恶与正直被颠倒了而自己却不觉察。况且内廷的借口，与外廷的投机者，互相支持。离间的祸苗将起于钻营之人，谗言陷害必定在到处传话的人中间发端。这些隐祸，无从说起啊！”魏进忠是魏忠贤原来的名字。这时正勾结客氏，夫妻相称，很多朝臣都巴结依靠他，他的势力日益昌盛。看到周宗建的上疏，魏忠贤恨他入骨，但没有发作。
见魏忠贤势力更加昌盛。周宗建担心他们内外联合，祸害将更大，实在看不下去了，便于天启三年（1623年）二月上疏直接攻击魏忠贤，并在奏疏中揭露了王安被害死的真相。他说：
“我在去年指名弹劾上奏，魏进忠没有一天忘记卑臣。于是趁他的私党郭巩进入北京时，唆使他排挤我和各意见与他不同的人”。郭巩于是创造“新幽禁大幽禁”的说法，掌握选举法令，将廷臣数十名的姓名编成一个名册，想把他们一网打尽。又写匿名信，罗织五十多人的罪名，丢在路旁。给事中则以刘弘化为首，其次为周朝瑞、熊德阳等若干人；御史则以方震孺为首，其次为江秉谦等若干人。卑臣也为其中之一人。他既想罗织各臣的罪名，来报复发泄私人的仇恨；更想以中臣独断，来替魏进忠解除遗憾。由此看来，选举法令不是由朝廷掌握的，只不过是郭巩和魏进忠的选举法令。幸亏正义在于人心，郭巩的说法不能奏效，这才另借熊廷弼的罪名，想设置陷井一网打尽。
“郭巩又因为我的议论涉及王安，讥笑我与他有什么牵连。
陛下知道王安是怎样死的吗？他身首异处，他的肉喂饱了乌鸦，他的骨头丢给了黄狗，真是古今没有的惨状。郭巩假如有心亲近魏进忠，何至于伤天害理，并且牵连刘一嫦、周嘉谟、杨涟、毛士龙等人，说他们都是王安的同党。请求陛下深入调查王安的死究竟是什么人陷害的，那么这件事就是魏进忠的一大罪状。郭巩讨好魏进忠，这就可以作为证据了”。
“前朝的汪直、刘瑾，虽然都是恶魔，幸亏言路清明，大臣之间互相不予结交，所以时间不长就失败了。现在有权的宦官报复大臣，反而利用言路来实行，言官的声势，反而利用有权的宦官来加强自己。几个月以来，熊德阳、江秉谦、侯震阳、王纪、满朝荐被排斥了，邹元标、冯从吾被罢官了。文震孟、郑郧被驱逐了。最近又压制孙慎行、盛以弘，不让他们进入内阁，扩大案情，牵连无辜，正直的人战战兢兢。整个朝廷的大臣都爱惜自己的生命，没有人敢直接与他们抗衡，我假如还贪生怕死，不上疏报告，那么朝廷内将有魏进忠作为指挥，旁边有客氏作为羽翼，朝廷外有刘朝等人举兵示威，而又有郭巩等人巴结攀附，内外勾结，将好人赶尽杀绝，天下的事情，还忍心议论吗？”
“陛下，周宗建这是要陷害我和刘朝啊。现在，我和刘朝请求自髡，以证明我们的清白。请陛下为我们做主！”魏忠贤得知，既恨又怕，他深怕熹宗追究王安之死，便同刘朝等围着皇帝哭泣，用以激怒熹宗。
“周宗建，你要如实交代如何与东林党人勾结陷害魏公公和刘公公的！”朱由校在朝堂上严厉地斥责周宗建。而周宗建在回奏时，依然侃侃而谈，直言不讳。
“在移宫时，正是由于王安和杨涟、左光斗等人的唆使，才使朕担负了逼迫庶母李选侍移宫的不孝罪名。王安实在应该承担第一责任！以后，任何臣民禁止议论王安之死！”朱由校下旨。魏忠贤提议对周宗建责以廷杖，经阁臣力争，总算减为夺俸三月的处罚。
天启五年（1625年）三月，大学士冯铨非常憎恨御史张慎言曾经劾奏自己，便嘱咐他的门生曹钦程诬告弹劾张慎言收受贿赂，把周宗建列为首恶，并涉及到李应升、黄尊素等人。
魏忠贤就矫旨将周宗建等人革职查办，并交给抚按追赃。后来，魏忠贤嫌法司办案太慢，又遣缇骑将周宗建逮捕至京。接着，他们又将周宗建的名字写进李实的空印疏中，下诏狱毒刑拷讯，许显纯一边用酷刑折磨周宗建的肉体，一边厉声骂道：“看你还能骂魏上公不识一丁吗？”
周宗建最后竟然被认定收受熊廷弼一万三千两银子的贿赂，并被折磨惨死在狱中”。
周顺昌被逮入京后，下诏狱。许显纯拷打逼供罗织罪名，坐赃款三千两，五天严刑拷打一次。每逢拷问，周顺昌一定大骂魏忠贤。
天启六年（1626年）六月十七日晚，许显纯敲掉周顺昌的牙齿，站起来问道：“看你还能不能骂魏上公？”
周顺昌把满口的血水吐在许显纯脸上，骂声更加猛烈了。于是，许显纯在晚上偷偷地把周顺昌杀害了。周起元被逮入京时，周顺昌等人已在牢里死了。
许显纯严刑拷问，竟然招出同李实的奏疏所说，藏赃款十万两。然而，周起元的家人卖掉所有值钱的东西都不足此数，亲戚朋友也多由此破产。