同年八月，御史张讷又奏请禁毁天下所有书院，说：“书院虽不止一处，脉络却总属一条，南北相距数千里，却声气贯通，遥相呼应。参加书院者，自缙绅外，宗室、武弁、举监、儒吏、星相、山人、商贾、技艺以至亡命罪徒，无所不有，他们遥制朝政，掣肘边镇，把持官府，武断乡里，自机密重情以及词讼细事，无不关说干预，以致民生不安，边境不宁，朝廷不得收正人之用，受忠言之益。这还是小事，最大的害处是他们往往借最大题目以钳制人口，打击正人。如先年借梃击、红丸、移宫事，启衅宫闱，挑发大难，弄得朝端聚讼纷纭，使皇祖、皇考两朝蒙以不白之冤，使皇上之孝恩大为亏损。今虽改正实录，宣布史馆，先前之事也不能置而不问。请皇上敕令各省直抚、按官，但凡有书院处所，一律拆改，变价收银，上缴到京师资助宫殿工程。”
朱由校立即批复，令天下书院一律禁毁，田土、房屋估价变卖，上缴为修改皇宫服务。
原来分别主持东林、关中、江右、徽州四大书院的邹元标、孙慎行、冯从吾、余懋衡不论是死是活，都削籍为民，追夺诰命。朱由校还诘责礼部：“京师书院改为忠臣祠之事，早已命礼部会议，为何迟迟没有复奏？”
此时，魏忠贤党羽、南京御史徐复扬进而提出：“必须将东林党连根拔除，将京师书院彻底拆除，在其他地方另建忠臣祠。否则，书院虽然改成忠臣祠，但旧貌尚存，倘有邪党经过，必然会说：‘这是某道学先生旧址。’营垒不拔，必为后忧。况且，京师书院一移，天下书院谁敢不毁，只有这样，那些潜在的阴谋才可以杜绝。”
“爱卿实属过虑，书院改作忠臣祠，谁敢复萌异念。不必移。”朱由校批示说。
经过天启五年一年的打击，东林党人大多已被驱逐削夺，当年受到处分的至少有一二百人。十二月十七日，御史卢承钦奏请：“应该将一切东林党人姓名罪状，出榜告示海内，让他们无处躲藏，永世不得翻身。”
于是，朱由校下令：“一切东林党人，不论曾否遭到处分，都要将他们姓名、罪状刊刻成书，出榜告示天下。”
这就是著名的“东林党人榜”，当时人们把它与宋朝的“元祷党人碑”相比拟。
在魏忠贤的支持下，内阁首辅顾秉谦带领阉党官员编造了《东213林点将录》、《东林党人录》，按图索骥，企图将东林党人一网打尽。为使翻案一举成功，确保查不出漏洞，阉党还把《神宗实录》、《光宗实录》等都重新改写，力图做到天衣无缝。以上这些都为《三朝要典》的编纂准备了良好素材。血雨腥风之中，“三大案”的真相已经被掩盖得面目全非。
“将来，我们应该再编一部书，彻底推翻三案。”顾秉谦又向魏忠贤进言。
“如何编写？”魏忠贤盯着顾秉谦问。
“可将方从哲等人竭力掩盖、歪曲三案真相的奏疏收进去。当然，东林党人的奏疏绝不能收录。”
“高！实在是高。”魏忠贤又一次得意地笑了。
3、王之寀等被定为梃击案首犯
魏忠贤首先从梃击案入手开始翻案。在天启六年的《三朝要典》中，王之寀、翟凤翀、何士晋、魏光绪、魏大中、张鹏云被魏忠贤并列定为梃击案的罪魁祸首。
“陛下，梃击案发生后，王之寀敢于公开质疑疯癫一说，自己私下调查，查出了事情真相，让陛下和臣妾很下不了台，局面几乎失控。陛下20多年没有上过朝，却逼得陛下不得不公开召见群臣，平息众怒。王之寀敢于公开藐视陛下，他犯有大不敬之罪，陛下应将他治罪！以儆效尤！”郑贵妃决定借明神宗之手，报复王之寀。“贵妃，朕本人对王之寀也非常不满，只是考虑到王之寀的审查事实依据充分，我也不便于立即公开治罪王之寀。不过，贵妃放心，我有办法收拾他！”明神宗恨恨不平地说。
万历四十五年（1617年）京官考核，给事中徐绍吉、御史韩浚揣测万历皇帝的意思，利用拾遗纠察机会弹劾王之寀贪财，朱翊钧就趁机指示吏部给予王之寀闲住处分，立即停止工作，在家闲住，不过，薪俸等待遇还是有的。不久，又下旨将王之寀削籍为民。接着，刑部将朱翊钧公开召见群臣时打岔的刘光复判罪下狱，但经过调查，刘光复当时只是拍马屁，并不实在的罪过，随后又将刘光复释放。
同时，刑部又剥夺了在梃击案中支持王之寀的刑部侍郎张问达的薪俸。
不久，曾经公开攻击郑国泰和郑贵妃的何士晋被调到地方工作后。何士晋天启二年（1598～1625年），字武莪，宜兴（今江苏宜兴）人。幼年遭遇家门不幸，生活艰辛，造就了他的刚毅性格，从而又影响到他的为官之道，刚正不阿，敢于直言。何士晋的父亲何其孝老年得子，同宗族子侄们贪图他家的财产，勾结起来将何其孝害死，霸占了家产。幸好有继母吴氏偷偷将何士晋藏到娘家，才免于一难。后来，吴氏就在娘家养育何士晋。只要何士晋读书时稍有懈怠，吴氏就把他父亲的血衣拿来给他看。由于何士晋从小在忧愤中长大，与人说话时都从无笑容，一心刻苦读书，终于在神宗万历二十六年（1598年）考中进士。这时，他拿着父亲的血衣告到官府，那些杀父仇人全都伏法。做官之后，何士晋砥砺名节，一心为国事尽忠。当发生梃击事件后，朝廷内外都怀疑这一阴谋是出自郑贵妃的弟弟郑国泰，但因畏惧郑氏的权势，没有人敢正面揭发。何士晋看到这种情况，十分激愤，于是上疏直言，明确表达了群臣心中的疑惑，揭露郑国泰的可疑形迹，而且把以前郑贵妃恃宠做下的恶事一并写明上奏。神宗当时最宠爱郑贵妃，当然护着郑国泰，看了这样的奏章十分生气，本来想要重重地处治何士晋，但考虑到这样做反而会更加激起人们的议论，于是将何士晋调离京城。朱翊钧又巧借考核给处分了陆大受。因为王之寀审明梃击案真相后，主事陆大受、给事中何士晋都曾经攻击过郑国泰。王之寀要求朝审或会审的奏疏呈上去被扣留后，大理丞王士昌、行人司正陆大受、户部主事张庭、给事中姚记济等人曾经接连上疏催促。而陆大受的奏疏中有“奸戚”二个字，朱翊钧尤其讨厌他，将他的奏疏跟王之寀的奏疏一起扣留。
“如今王之寀、张向达、何士晋、陆大受、刘光复都受到了处分，我恐怕也在劫难逃。”不久，户部主事张廷因上疏陈奏忧愤而死。总之，那些在梃击案中认为张差背后有主使的官员们，都受到了处分。
到了天启元年（1621年），内廷有王安，外廷东林党人中正盈朝，御史魏光缙等人趁机上奏疏为王之寀等受到处分官员申冤，要求平反。
朱由校只得将被冤的官员们一一召回官复原职。王之寀也被召回朝廷，被东林党举荐做了刑部侍郎。
天启二年（1622年）二月，王之寀见王安主持内廷，东林党势盛，就借机上《复仇疏》，说：
“《礼》，对于弑君杀父之仇，是不共戴天的。齐襄公报了九代之仇，《春秋》称颂它。先前李选侍让圣母生气，殴打圣母，陛下三番五次传告朝廷内外，停止封她为贵妃，圣母在天之灵一定会心安瞑目的。这是复仇的一大要义。
“先皇帝一生备遭艰难险阻，弥留之际含恨而终。试问：李可灼错误用药，是谁引进的？崔文升故意用药，是谁主使的？恐怕方从哲的罪行还不在李可灼、崔文升之下。这是先皇帝大仇未报的第一点。
“张差手持木棍侵犯宫廷，国家的安危只在于呼吸之间。国家到了这等地步，刘廷元还曲意掩护，用疯癫结案。胡士相等人改记口供，用卖木柴作为招供。此后复审，张差招供同谋一起行动的，朝廷内外埋伏有多人。李守才、马三道也招供他们结成派系，共同谋划，而胡士相等人将这些实情全都抹去。当时他们有内应，有外援，一人作难，九庙震惊，是何方凶徒，竟敢如此横行霸道，目无法纪！这是因为外戚郑国泰私自勾结刘廷元、刘光复、姚宗文等人，金银珠宝充满他的房屋。言官沉默，拿他们没办法，于是不再有顾虑和忌惮心理，蔑视国家法律。郑国泰虽然死了，他的罪行却不能饶恕。法官应当打开他的棺材，鞭打他的尸体，绝灭他的三族，把他宫宝涂成红褐色。但到目前为止还没有提到这事。这是先皇帝大仇未报的第二点。
“总之，用药的方法跟木棍打击的阴谋性质是一样的。打击不中就用药催促。这是崔文升的药比张差的木棍还要厉害。张差之前，从来没有张差的先例；刘成之后。难道还会少刘成这样的人吗？卑臣以为陛下在上面被孤立了。”
“郎中胡士相等人，是主张疯癫结案的。堂官张问达，是调停用疯癫结案的。寺臣王士昌的奏疏貌似忠诚而实际上是巧言谄媚，没有一个字作出评价，辩冤却充满了陈词滥调。堂官张问达态度圆滑，先答应是疯癫，后来又宽恕奸人。劳永嘉、岳骏声等人同一鼻孔出气。张差招供有‘三十六头儿’时，胡士相停笔。招供有‘东边一起举事’时，岳骏声说他波及无辜。招供有‘红封票，高真人’时，劳永嘉说不应该追究红封教。现在高一奎监督蓟州，是镇218朔卫人。大概高一奎是红封教的主持人。马三道是负责分发红票的总管。庞保、刘成是负责供给红封教教众木棍的人。那些奸人增减会审的公单，大逆不道。”
奏疏递上去以后，朱由校并没有表态。不过，王之寀评析张差梃击案的奏疏深受朝廷内外官员们的认同赞赏。不久，王之寀被提升为尚宝少卿。过了一年，又被提升为太仆少卿，不久又调任太仆寺卿。
见王之寀晋升，先前主张给张差疯癫结案的官员们对王之寀是又恨又怕。
然而，怕什么，有什么。
王之寀又在奏疏中谈起了梃击案：“当初，张差装疯的技能非常拙劣，为碗饭就开口说了实话，为什么刘大人、岳大人和曾大人当时就没有看出来？我看，他们是故意的！因为他们的背后有沈一贯、郑国泰、郑贵妃为他们撑腰！”万历四十三年（1615年）发生“梃击案”，刘廷元等主张将凶手作为疯癫奸徒之罪处置。
刘廷元、岳骏声和曾道唯因为王之寀在奏疏中攻击损害他们的名誉人格，就先后上疏替自己辩护。
王之寀也接连上疏极力驳斥他们，并揭发他们在审理张差官司时，曾共同贪污赃银。
于是，刘廷元、岳骏声和曾道唯三人更加仇恨王之寀。
天启四年（1624年）秋天，王之寀被授刑部右侍郎。
第二年二月，魏忠贤势力嚣张，他的党徒杨维垣首先为“梃击案”翻案，翻案的第一步就是诬陷王之寀“捏造案情、用以敲诈”，极力诋毁王之寀。
在阉党的轮番攻击下，王之寀终于被除名。
不久，王之寀被牵涉到汪文言的案子中，被下狱审问。
天启五年（1625年）五月初三日，已被列入起复名单的岳骏声为了快点得到实际职务，又上疏论梃击案。说张差确系疯癫之人，他又招称受人支使，实由王之寀所教。王之寀还借此向郑国泰诈取万金。
朱由校见疏，更加气愤，下旨称：“张差疯癫的情节，原本已经明明白白地招供，王之寀却故意捏造虚词，口授逼供，离间宫闱，诬捏多命，罪恶滔天，却又吓诈郑国泰二万两白银，驱逐他的儿子郑养性，漂泊无居，像这样贪饕的奸狼，放肆地居于朝廷之上，不是太过分了吗？现在，我姑且免去深究他的罪责，著该抚按追究他的前赃，解部充饷。并将我的圣旨宣付史馆，详载颠末，播告天下。”
朱由校还命即时起用岳骏声，并准许天启初年被逐出北京的郑养性回京居住。
朱由校这样做，无非是掩盖当年郑贵妃与父皇朱常洛之间的矛盾，维护皇家的尊严。
等到1616年6月《三朝要典》修成，王之寀、翟凤翀、何士晋、魏光绪、魏大中、张鹏云被定为“梃击案”的首犯！
1616年冬，魏忠贤的忠实走狗南京府尹刘志选公然颠倒黑白，上疏歌颂《三朝要典》，弹劾正直的王之寀、孙慎行、杨涟和左光斗。刘志选言该书“颂扬圣德，讨伐罪恶，无微不彰，就是拿尧、舜流放四凶，推举元、恺来比，也不过如此，诚然游、夏也不能赞一词。”
刘志选极力诋毁王之寀、孙慎行、杨涟、左光斗，而极端赞誉刘廷元、岳骏声、黄克缵、徐景濂、范济世、贾继春以及傅魁、陈九畴。并说：“慷慨忧患时局，力挽狂澜于既倒的，是魏广微，应当恢复他内阁大臣的地位，以继承五臣的盛事。赤心报国，帮助编成不朽的巨典的，是东厂臣僚，应当增入简端，以杨一德之休风。”他又说：“对王之寀宜将他正法，孙慎行宜贬去戍边。”魏忠贤见到刘志选的上疏非常高兴，于是岳骏声等人被越级提升，王之寀被下诏逮捕入狱，判处窝赃银八千两，王之寀最终含恨220死在狱中。孙慎行也被遣去戍边。
接着，那些曾经支持王之寀的官员们也轻重不同地遭到廷杖、流放等处罚。
4、孙慎行等被定为红丸案罪魁祸首
在天启六年的《三朝要典》中，孙慎行、张问达、薛文周、张慎言、周希令、沈惟炳被魏忠贤列定为红丸案的罪魁祸首。熹宗朱由校继位后，孙慎行曾被召回，拜为礼部尚书。
天启二年（1622年）四月，红丸案已经过去一年多了，关于红丸案的争论再一起兴起。
耿直的礼部尚书孙慎行要求追究李可灼奉献红丸的事，并斥责方从哲为谋害君王的逆贼，把进药的责任全部算到了方从哲头上。又称方从哲与郑贵妃相互勾结，里应外合。
为此，孙慎行要求惩办方从哲。孙慎行上疏言道：
先帝突然驾崩，虽说是患病而亡，实际上是因为医官用药不慎而造成的。臣从邸报中得知，鸿胪寺丞李可灼的红丸是首辅方从哲所进，那李可灼并不是太医，红丸也不知是什么药，他竟敢贸然221进呈。相传春秋时，许悼公吃了世子进献的药后，突然死亡，世子立即自杀，即使这样，史书《春秋》中还是将许悼公之死写为“弑杀”。那么，方从哲应该如何自处呢？他应该立即拔剑自裁以谢先帝，这是履行道义的最上策；或者全家坐在蒿席之上，等待刑部官员逮捕，这是履行道义的下策。可是方从哲竟悍然不顾，等到举朝共同攻击李可灼时，方从哲仅仅令他回籍调理，这难道不是因为他自己确实推荐了李可灼，恐怕与其同罪吗？臣认为方从哲纵然没有弑杀先帝之心，但却做了弑杀先帝之事，想推卸弑君之名，却难以推卸弑君之实。《实录》之中即使要替君父隐讳，也不敢不直书：“方从哲连进两粒药丸，须臾之间，皇帝驾崩。”方从哲恐怕有一百张嘴也没办法向天下后世解释。