1、从巴结东林党到势不两立
在先后处死魏朝、王安，与王体乾等合伙掌握内廷大权后，魏忠贤并不敢立即与东林党翻脸作对。当时，他只是想取代王安，与“中正盈朝”的东林党人合作。
当时，东林党人赵南星名声非常大，魏忠贤就想通过巴结赵南星巴结东林党人。
然而，性情高傲赵南星根本瞧不起魏忠贤这个无耻赌徒出身的文盲司礼监秉笔太监。
赵南星，字梦白，高邑人。万历二年（1574年）进士，授职汝宁推官。行为廉洁，治理太平，逐渐提升为户部主事。张居正卧病，朝廷大臣都为他祈祷，独有赵南星、顾宪成和姜士昌不去。由此可见他的书生意气。
赵南星定居乡里后，名声更大了，与邹元标、顾宪成号称为海内三君子。朝廷内外上疏议论推荐他的不下百十起。
直到光宗朱常洛即位后，赵南星才被起用为太常寺卿。不久改任右通政，提拔为太常寺卿。到任后又提升为工部右侍郎。数月之后，授官左都御史，慷慨激昂地把治理国家当做自己的职责。魏忠贤对赵南星的为人早有所闻，知道他德高望重，在士绅中有很大影响。因此，他千方百计地拉拢赵南星，借以提高自己的声誉。为此，魏忠贤曾在小皇帝朱由校面前极力称赞赵南星的才干。一次，魏忠贤让外甥傅应星带了一大堆金银珠宝去拜见赵南星，居然被赵南星拒绝。魏忠贤又托人请赵南星题写一个扇面，赵南星冷冷地说：“哪有朝廷大臣给宦官题字的呢？”魏忠贤听说后，恼羞成怒。有一次，赵南星、魏忠贤两人去弘政门选拔通政司参议，恰好坐在一起。赵南星非常严肃地说：“当今皇上年龄小，我们这些内外大臣应共同努力，一心向善。”魏忠贤知道他是在借题发挥，讥讽自己，但不便当面发火，表面虽然一声不吭，内心对赵南星更加仇恨。
大学士魏广微，是赵南星的好友魏允贞的儿子，魏广微进入内阁后，曾三次屈身到赵南星家拜见，却都被拒之门外。赵南星公开对家人感叹说：“见泉没有儿子。”见泉是魏允贞的别号。从此，魏广微对赵南星恨之入骨，便与魏忠贤相勾结来陷害赵南星。
当时，东林党势力昌盛，大批正直的人充盈朝廷。赵南星加倍寻找举荐被遗漏的东林党人，把他们安排在各个部门。高攀龙、杨涟、左光斗执掌法令；李腾芳、陈于廷辅助选举；魏大中、袁化中主管科道；郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之寀等人全部放在部里执政。而这四司的下属官员邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏也都受到民众的称颂。
当时，朝廷内外欣喜地期望这种局面能够持久，东林党能有所作为。然而，阉党小人们却更想赶走赵南星。
“汪文言靠着赵南星的支持，随便改变旧制，培植私党！邹维205琏随便被改任吏部，而我这个给事中却根本不知道，长期下去，怎么得了？”阉党分子、给事中傅魁首先借汪文言弹劾赵南星。事后，邹维琏引咎辞职，赵南星便上疏挽留他。于是，阉党对赵南星更加不满了。
接着，杨琏也上疏弹劾魏忠贤。
于是，阉党与东林党官员更加对立，势同水火。赵南星于是闭门乞求退休，而朱由校却不同意。
于是，东林党官员高攀龙又弹劾阉党五虎之首崔呈秀，赵南星趁机上疏让崔呈秀充边。
“赵南星、高攀龙、杨涟等人不走，我们二人将不知死在哪里啊。”崔呈秀处境窘迫，连夜跑到魏忠贤的住处，叩头哀求对策。“看来，不除掉赵南星、高攀龙、杨涟等人，我等就没有好果子吃！”魏忠贤和崔呈秀一起制定了一个阴谋。
当时，山西巡抚空缺，河南布政使郭尚友想得到它。赵南星认为太常寺卿谢应祥有好名声，将他列在第一位请求朱由校批准。已经获得圣旨恩准，御史陈九畴受魏广微的指使，说谢应祥曾出知嘉善，魏大中是他的门生，魏大中以师徒关系的缘故，同文选郎夏嘉遇商量启用他，徇私舞弊理当斥责。魏大中、夏嘉遇上疏争辩，语言涉及陈九畴。陈九畴再次上疏极力诋毁，二疏一起交给部里讨论。赵南星、高攀龙确切指出谢应祥是因为在群众有声望而被推荐206的，魏大中、夏嘉遇没有私情，陈九畴的胡说不能相信。魏忠贤大怒，假传圣旨废黜魏大中、夏嘉遇，连同陈九畴一同被废黜，而斥责赵南星等人相互勾结、结党营私。
赵南星立即引咎辞职，魏忠贤再次假传圣旨痛切责备他，放赵南星回家。第二天，高攀龙也引咎辞职。给事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。
不久，因为会同推举官员违背魏忠贤的意思，同时排斥陈于廷、杨涟、左光斗、袁化中，把赵南星摈弃了的徐兆魁、乔应甲、王绍徽等人安排在政府要害部门，小人竞相升迁，国家大权都被魏忠贤夺去了。
魏忠贤及其党徒非常憎恨赵南星。每当假传皇帝下诏、告示时，总是把他看做罪魁祸首。
于是御史张讷弹劾赵南星十大罪状，并且弹劾邹维涟、程国祥、夏嘉遇以及王允成。得皇帝旨，将他们全部削籍为平民。叫人再次上奏赵南星的同伙，张讷又列上李邦华及孙鼎相十四人的名字，统统将他贬职废黜了。自此被赵南星摈弃的人，没有不被提拔任用的。他向来所推重奖赏的人，全都遭到了意想不到的灾祸。那些希望迅速谋求晋升为官的人，一旦攻击赵南星，便随心所欲，为所欲为。石三畏也被起用任命为御史，上疏攻击赵南星以及李三才、顾宪成、孙丕扬、王图等十五人。已经死亡的都剥夺官职，有官职的祸害更加惨烈。不久因为汪文言的供词涉及赵南星，交给抚按审讯。正好郭尚友巡抚保定，而巡抚马逢皋也怀恨赵南星，于是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的儿子赵清衡和外孙王钟庞，将他们下狱，让赵南星赔偿赃款一万五千两银子。赵南星家一向贫穷，靠亲友捐助才将官司了结。最后将赵南星发配代州，赵清衡流放庄浪，王钟庞谪戍永昌。嫡母冯氏，生母李氏，都由于哀痛过度而死。七岁的儿子也由于受惊吓死去了。
赵南星到达发配地后，却能够安然自处。崇祯登基后，下诏赦免让他返京。而巡抚牟志夔，是魏忠贤的死党，故意推迟派送，可惜赵南星最终死在了发配的地方。
2、翻倒三案 毁天下书院
“魏公公，当今之计，你要做得长久，必须对万历、泰昌、天启三朝发生的“三大案”进行重新论述，彻底翻案，仿效《明伦大典》，命史官编写成书，以公示天下，控制舆论。这样做不但可以打击东林党，还能够保证大人荣华富贵的长久。”一日，魏忠贤的死党、老乡、刑部给事中霍维华向魏忠贤倡议。
“您别忘了，天启二年，杨涟上疏弹劾您，说您共有二十四条大罪。当时阁臣之中正之人尚多，翻案的时机并不成熟。天启四年七月，首辅叶向高已致仕回家，次辅刘一燝早已离去，在内阁中，追随公公的人已经很多，现在，借三案来打击那些反对您的人的时机已到！”内阁首辅顾秉谦向魏忠贤进言。顾秉谦，为人卑劣无耻，是魏忠贤的头号走狗。昆山人，万历二十三年（1595年）中进士。改任庶吉士，历任礼部右侍郎、教习庶吉士。天启元年（1621年）晋升礼部尚书，掌管詹事府事务。二年，魏忠贤专权，言官周宗建等人首先弹劾他。魏忠贤于是图谋与外廷大臣勾结，顾秉谦和魏广微率先巴结他，霍维华、孙杰之徒跟着相附和。第二年春，顾秉谦、魏广微便和朱国桢、朱延禧一起入阁参与机务。天启元年七月，顾秉谦晋升太子太保，改文渊阁大学士。十一月晋升少保、太子太傅。五年（1625年）晋升少傅、太子太师、吏部尚书，改建极殿大学士。九月晋升少师。叶向高、韩爌相继被罢免，何宗彦去世后，顾秉谦便成为首辅。从天启四年（1624年）十二月到六年九月，排挤陷害的忠良正直之士的所有圣旨，都由顾秉谦起草。编修《三朝令典》，顾秉谦任总裁，又以皇上的名义写了一篇序放在前面，想以此来封住天下人的口舌。
“陛下如果不同意呢？”魏忠贤忧虑地说。“陛下一定会同意。”顾秉谦显得很自信。“为什么？”
“三案真相如果为天下知晓，皇家颜面何存？所以，陛下会和万历、泰昌两位先帝一样，竭力维护皇家颜面。再者，皇上不过是一个贪玩的小孩子，如今朝政还不都是魏公公说了算？”“嗯，说得好！看来翻案的时机确实到了。”魏忠贤满意地笑了。
天启五年（1625年）四月初十日，魏忠贤唆使他的大谋士刑科给事中霍维华呈上一本奏疏，带头全面倒翻“三案”，为后来出笼的《三朝要典》奠定基础。
关于梃击案，霍维华无耻地在奏疏颠倒黑白，他说：“神宗皇帝壮年执掌天下，所以册立太子比较晚，当时群臣便私下忧虑过分，群起而争国本，他们心情的确都是出于忠爱。但卷入争论者越多，神宗越是不肯册立太子，无非是想自己做主，体现自己册立的本意。所以，皇祖（明神宗）虽对上疏进言的人屡加谴责和贬谪，而自己笃爱长子之心从来都没有改变过。等到外廷争论沉寂下来后，忽然颁发明旨，册立太子，宗社终于后继有主，二十多年的朝廷国本之争一下子平息下来。如果真有像奸邪之徒指称的那样有废立巫蛊的阴谋，然而宫禁严密，怎么能让一个疯子在大白天持棍硬闯东宫行刺？当时巡视御史刘廷元、刑部司官唐嗣美、曾道唯、岳骏声等经过审勘，都认为张差是疯癫之人；只有贪赃枉法、怕被查处的王之寀，以及与之同恶相济的陆大受等人，无端造荒谬之说，认为背后有人主使。如果不是皇祖、先帝（明光宗）和皇上在慈宁宫面见群臣解疑，为三案定案，必然会导致骨肉被离间，缙绅遭祸，究竟会发生什么样的事情实在难以预料！”
关于红丸案，霍维华的奏疏说：“先帝（朱常洛）体质向来虚弱，皇祖（朱翊钧）死后，悲痛异常，不能按时饮食，又再加上日理万机，过于劳苦，以致旧病复发，终于病倒。有人竟怀疑先帝之疾因贪女色太多所致，这哪是臣子忍心讲的话？！当时有人指责崔文升误用泄药，先帝（朱常洛）亲自告诉皇上（朱由校）和群臣，说是旧病复发，积劳成疾，这是至仁至明、危而不乱的讲话，足以破解从前君臣的猜疑。当病危之时，群臣谁不想得长生之方以延寿命，李可灼又自认为他的药非常灵验，群臣无不想侥幸试一试，但谁都不敢出头建议，先帝闻听，下旨召李可灼进药。先帝的病属于积劳成疾，红丸正好对症，况又迫于先帝的旨意，李可灼能不进药吗？先帝与群臣又怎么会忍心不让李可灼进药？事隔经年，孙慎行突然发难，诬称先帝被毒死，强加给方从哲弑逆的罪名。于是邪党210都起来随声附和，当时如果不是皇上（朱由校）亲传‘皇考服药也会升天，不服药也会升天’的旨意，则邪党一定会穷追不已，罗织之祸，一定会像星火燎原一样不可扑灭了！”
关于移宫案，霍维华的奏疏说：“先帝（朱常洛）弥留之际，谆谆叮咛了两件事：一件是辅导嗣皇，一件是册封李选侍。李选侍从侍先帝，得居乾清宫，先帝崩逝后，自然应当移居别宫，但也理应等待嗣皇旨命移居何宫而后移。当时，自首辅以下的文武大臣都到乾清宫哭灵先帝，为何只有杨涟一人独以排闼见称？当时群臣见到皇上，立即罗拜山呼万岁，又何烦刘一燝、杨涟、左光斗等侈口拥戴？！而且，元辅方从哲、吏科都给事中范济世、掌河南道御史顾懂无日无事不在刘一燝、杨涟、左光斗之前，为什么拥戴之功被刘一燝等三人攘臂自居夺走！假如当时洒扫别宫，请李选侍入居，并告诉她皇上登基后马上会遵守先帝的遗命封她为贵妃，这件事只需要派一名内使传示就行了，为什么会引起群臣纷起而争？杨涟、左光斗附和王安，传播李选侍欲邀封皇后、垂帘听政的谣言，荧惑圣听，王安又假传圣旨，暴李选侍的罪恶，震骇人心。臣以为关于李选侍封贵妃一事，先帝曾三次传圣旨明确，皇上也两次命令举行，王安却装作不知道，从中阻止。事实上，宫不难移，实在是因为王安等人故意出难题，用以激怒皇上，加重李选侍的罪名，眩惑宫内宫外，夸耀他们所谓的拥戴之功。幸亏皇上秉日月之明，发雷霆之断，立即宣布王安的罪名，并遵守先帝的遗命，封李选侍为康妃，恩礼优渥，使家庭骨肉之情，欢然如旧。”
此时，在魏忠贤等人的灌输下，朱由校对“移宫”等案的看法早已发生根本变化！
见到霍维华的奏疏，朱由校觉得说得非常明白有理，立即命司礼监文书官持疏到内阁，命阁臣传阅，并传口谕说：“霍维华的奏疏一字不差，他参劾刘一燝专政为祸，韩爌庇护元凶，孙慎行借红丸案取悦同党陷害忠正，张问达改抹旨意朋比为奸，现在都给予削去官籍、革职为民的处分！”
阁臣们都觉得这样的处理太过分了，便上书替五人求情说：“如果因为霍维华的一本奏疏就将五个大臣削职为民，不论这样的处分是否适当，恐怕都会伤害皇上优礼大臣的名声。
朱由校就暂且接受了阁臣们的请求，对刘一燝等人不再深究，而命令将霍维华的奏疏交给史馆，从实记载。并令对已编纂成书的《光宗实录》的有关内容进行修正。由此可见，历代皇帝的所谓实录有多少不实之处，实在难讲啊！
于是，原来因请封李选侍为贵妃而屡遭朱由校斥责的范济世也时来运转，与在“红丸”案中支持方从哲、李可灼的王志道、汪庆百、徐景濂等人都被朱由校称为“当狂澜既倒之时，有特挺不移之节”，朱由校命范济世候缺巡抚，王志道等分别升太常、太仆少卿添注。
在梃击案中力主掩盖张差幕后真凶、把张差以疯癫结案的岳骏声、唐嗣美、曾道唯等也都复官或晋升！
原来被遣戍的李可灼也免戍回籍，冠带闲住。
天启五年（1625年）五月十六日，阉党分子吏科给事中杨所修请命翰林院修史官员把涉及“三案”的先后章奏都撮其大略，分别改正，编次成书，刊行天下，朱由校立即予以批准。
一个月后，杨所修再次上疏：“臣等请求仿照明世宗御制《明伦大典》，将三案章奏编纂成书，颁布天下。”
“关于三案已经有多次明确的旨意，神宗实录和光宗实录当然应该修改，这样才能给后人留下可信的历史。”朱由校面不改色心不跳地回答说。
朱由校依从魏忠贤的意思大肆倒翻“三案”的时候，为了从组织上和思想上彻底摧毁了东林党，还进一步下令禁毁全国各地书院。天启五年正月，阉党骨干分子兵科给事中李鲁生上疏说：“假道学不如真忠义，臣请将京师书院改为忠臣祠。”
朱由校欣然接受了这一建议。