然而，方从哲的罪过还远远不止此。此前就有皇贵妃想当皇后之事。自古以来，还没有过天子驾崩而又立皇后的，要不是礼部官员反对，言官们据理力争，不是要给国家留下祸患吗？继此之后，又有给皇祖（神宗）定谥号为恭皇帝的事。考察晋、隋、周、宋各朝，其末世亡国之君都被谥为“恭”，将“恭”加于皇祖，难道真是他方从哲不学无术吗？实际上他是在诅咒君主和国家，将大明天子等同于亡国之主，他这是何居心？再后又有李选侍垂帘听政之事，若不是九卿和台谏官员极力坚持，请选侍移居别宫，李选侍一朝得志，陛下您几乎都没有立足之地了。听说当时方从哲迟迟不表态，科臣催促他，他则说迟缓数日也没什么危害。任凭妇人、阉寺放纵横逆，竟忍心让君父处于危险的境地，这是作为大臣应当做的吗？臣在礼部，所以还是说礼。方从哲罪恶滔天，万无可生之路。其他如督战误国，欺罔圣上，徇私舞弊，放纵性情，蔑视法度等等触犯天下名义，酿成国家祸患的事，臣不能一一历数。陛下应立即讨伐此贼，洗雪不共戴天之仇，并请立即诛杀李可灼，以泄神人之共愤。
“孙大人所言极是，分析得透彻呀！”都御史邹元标赞同孙慎行的奏疏。
当时朝中上下都憎恶方从哲，孙慎行的奏论虽然过于苛刻，但大家都认为他说的正确。
“旧任首辅（方从哲）素来忠诚谨慎，李可灼进药本是先帝的旨意，爱卿之言虽出于忠爱，但所列诸事多属传闻。贵妃进封、李选侍移宫，当日九卿、台谏诸官员都是亲眼所见，应当据实会奏，以释君臣之疑。”熹宗见群臣议论纷纷，连忙出来解释，一者为了皇家颜面，二来也为了平息众议。
见朱由校出来解释，方从哲也连忙上疏为自己申辩。同时，刑部尚书黄克缵也出面为其辩白。
于是，孙慎行再一次上疏驳斥方从哲，指责方从哲道：“你身为顾命首臣，假设能稍微有一些坚持道义的举动，也不至于让皇上处于忧愁和危险的境地。由此可见你阿附妇人、阉寺的心意多，而拥戴陛下的心意少。所以你才敢欺凌皇祖，悖逆皇考，而欺骗陛下！”
方从哲不得不再一次上书辩解。
为了平息众疑，朱由校吩咐：“将孙爱卿和方爱卿两人的章奏一起下发廷臣讨论。”
讨论中，朝廷大臣大都赞同孙慎行给方从哲定的罪名。
只有刑部尚书黄克缵，御史王志道、徐景濂，给事中汪庆百偏袒方从哲，而詹事公鼐持中立态度。一时间，廷议纷乱，没有统一的意见。
此时，刘一燝已经离职，大学士韩爌怕方从哲被告倒后引火上身，就出面陈述呈送药的前后经过。他在奏疏里说：“先帝在去年八月初一日登帝位。我和刘一寀在二十四日入内阁。正好碰上鸿胪寺官李可灼说有仙丹想进献给皇上。方从哲很惊讶，拿出他所写的问安的条奏，上面有‘进献应十分谨慎’的话，我等认为这样做是很对的，就传谕让李可灼离开了。二十七日先帝召见群臣，先帝自己说不用药已经有二十多天了。到二十九日遇见两个内臣，说皇帝已病危，曾有鸿胪寺官李可灼来思善门进药。方从哲和我等都说，他自称有仙丹，我等不敢相信他。这天仍然召见群臣。各臣行礼问安之后，先帝就回头看皇上，命令我等辅佐皇上，使他成为像尧、舜一样圣明的君主。又说到寿宫，我等以先帝的陵墓作答，先帝就说：‘是朕的寿宫’。于是问起有关鸿胪官进药的事情。方从哲报告说：‘李可灼自称有仙丹，我等不敢相信。’先帝立即命令传旨宣李可灼进宫。我等出宫，过一会李可灼到，跟他一起进去诊探先帝的病情，说病源和治疗的都很合理。先帝很高兴，命令赶快进药。我等又一次出来，命令跟宫医商量，刘一寀告诉我说，他的二个同乡服用这种药，好坏各占一半。各臣你看我，我望你，实在不敢明确表示是否合适。过了一会，先帝催促赶快调和药丸，我等又一起进宫。李可灼调好药送给先帝服用，先帝高兴地说：‘忠臣，忠臣。’我等出宫，片刻之后，宦官传谕说先帝服药后，身体暖润舒畅，想要进膳，各臣欢呼雀跃，然后告退了。等到了申时快结束时，李可灼出来说：‘先帝担心药力接不上，想再服用一丸。’各宫医说用药不宜太迅猛。而宫中传旨催促更加急迫，于是进献了第二丸药。我等询问第二次服用药丸是什么情形。回答说像当初一样平稳。这是当天的事情。第二天，我等上朝，而先帝已在卯时去世了，真叫人痛心啊！当先帝召见群臣时，先帝身披帝王的礼服，224靠着几案，俨然是发布遗诏的样子。皇上脸色焦虑，在一旁侍立，我等跪在先帝的周围，心意彷徨，拿着药上前，呼天祈祷，为臣的到了这种地步，遗憾不能代替。凡是今天所谓应该慎重应该停止的事情，难道当时就没有考虑，实际上没有说出口，抑或是内心没有萌发这种不祥的念头。怀念先帝驭政虽然只有一周月，他的恩惠实际上已经泽被宇内。作为臣子的应该去考虑怎样颂扬、怎样记述。而礼臣出于忠诚义愤的偏激的谈论和远近惊疑的纷纷扬扬的传闻，都不知道当时的情景是怎样的，而进药的始末实际上就是上面我说的那些。如果不依据实际情况详加剖析，就径直列举种种罪名，强加于先帝临终前接遗诏的各位大臣身上，恐怕先帝的在天之灵不会没有怨言，皇上临终的念头何以安抚？乞求公开发布皇帝的诏书，向朝廷内外布告，使商议礼法的人不要让很小的疑惑变成很大的怀疑，编定史书的人不要让信史成为毁谤的历史。”
吏部尚书张问达与户部尚书汪应蛟非常不满，便联合上奏称：“呈送药的前后经过，我们一起耳闻目睹。辅臣探视皇帝的病，情形急迫、仓促，怎么忍心说‘弑逆’二字？但是李可灼不是医官，而且也不是知脉懂医道的人。用药作尝试，先帝就去世了。方从哲与我们九卿未能制止，都有罪，反而赏赐李可灼。等到御史王安舜上奏，只令他以养病而离去，处罚太轻，怎么告慰先帝，让朝廷内外心服。应该像方从哲的请求，削夺他的官阶，依法追究。至于李可灼的罪行不胜诛杀，而崔文升在先帝不幸感染伤寒的时候，呈送大黄凉药，罪行又在李可灼之上，依法都应该处决示众，以泄公愤。”奏议呈上后，李可灼被判下狱戍边，崔文升被贬至南京，而方从哲却没有被治罪。
由于孙慎行威望颇高，此时上疏令方从哲很难堪，恼恨不已的方从哲只好自请削夺官阶，发配到边远的地方，朱由校却下谕安慰他。
这时，孙慎行也以病辞官。
这一年的冬天，廷臣推举阁臣时，孙慎行排在首位，却被奸臣魏忠贤压制不用。
天启五年（1625年）魏忠贤倾轧正直的人，于是免去了李可灼的戍边之罚，任命崔文升督导漕运。他的党羽徐大化请求启用方从哲，方从哲不出仕。然而一时间请求诛杀方从哲的人被贬官、杀戮几乎殆尽。
魏党的走卒张纳上疏，极力诬陷孙慎行。于是，朱由校下诏，孙慎行竟被革职。
不久，魏忠贤党羽刘志选又连上两疏弹劾，攻击孙慎行蔑视先225皇，无人臣礼，将其削夺官职封号，流放宁夏边关。
这个刘志选非常不是东西，他是浙江慈溪人。与叶向高是同年，万历中期，因为抗疏争郑贵妃册封一事，贬为外官，当合肥知县时，以“大计”罢归。刘志选以阘茸罢归，在家乡闲了三十年。光宗即位后，建言得罪的人，相继起复，而他以大计丢官，格于“计处者不复叙用”的定例，独独向隅。这时，叶向高又崛起了，他由福建经过杭州，刘志选特地赶来招待这位老同年，游宴盘桓了一个月之久，叶向高为人虽正直，但处事也有圆滑融通的一面，到了京里，以首辅的资格，破坏成例，起用刘志选为南京工部主事。此时刘志选已经七十多岁了。大概是在家赋闲了三十年，闲怕了，所以刘志选老而复出，穷凶极恶，一心想讨好魏忠贤，追论红丸案，痛诋孙慎行。魏忠贤非常高兴，升了刘志选的官，召入京当尚宝少卿。在路上，刘志选迫不及待地又上一疏，除继续攻孙慎行以外，把他的老同年、且为举主的叶向高也牵涉在内。刘志选固为忘恩负义，无耻之尤，而叶向高也是自作自受。这一来，魏忠贤更赏识刘志选了，第二年就把刘志选调升为顺天府府丞。刘志选既受魏忠贤的“知遇”之恩，一心投其所好。于是又攻击张皇后的父亲张国纪。但朱由校称与张皇后伉俪情笃，只是令张国纪自新而已。看到这样一道奏疏也没有惹出祸来，刘志选的胆子更大了。于是，他又按照魏忠贤的意思参了孙慎行、王之寀、杨涟、左光斗等人，魏226忠贤非常高兴，就提升他为“右佥都御史提督操江”。
接着，阉党又开始搜捕孙慎行以外的其他官员。在红丸案中与方从哲唱反调攻击崔文升、李可灼的多是东林人士，如邹元标、李三才、高攀龙等，均列入被捕名单。邹元标、李三才当时已经去世，就削夺了他们的封号。高攀龙则被牵扯进了“七君子之狱”。
5、移宫案背后的杨涟、左光斗等“六君子之狱”
因为魏忠贤本人在移宫案中最为李选侍卖力，且带头盗宝，险些丧命。以后，他最怕知道真相的人揭露自己，害死知他底细的恩人魏朝、王安，即是出于这种心理。因此，魏忠贤对移宫案的翻案更加彻底。
“杨涟、左光斗、惠世扬、周朝瑞、周嘉谟、高攀龙应列定为《三朝要典》移宫案的罪魁祸首。特别是杨涟、左光斗二人在移宫案中言语最激烈，应被列为罪魁祸首。”魏忠贤向朱由校进言。“准奏！”朱由校一心做他的木匠活儿，哪里有心思关心朝廷中人事斗争。
天启元年，杨涟、贾继春先后离职，移宫的议论也就停息了。
天启二年（1622年）起用杨涟为礼科都给事中，不久提拔太常227少卿。
天启三年（1623年），移宫案头号功臣杨涟被任命为左佥都御史。次年，又升为副都御史。
这时，魏忠贤已经掌权，众小人依附他，忌惮满朝都是正直的人，不敢太放肆。
杨涟便联合赵南星、左光斗、魏大中等人制造舆论，评述政事，培植好人，抑制邪恶的小人。
魏忠贤及其党羽对杨涟等人恨之入骨，于是发起汪文言的案件，想要罗织他们的罪名，事情虽然过去了，然而正人君子的形势一天比一天危险。
明熹宗本是在杨涟等正直朝臣舍命扶持下才得以登基，但他并没有像东林党人所希望的那样革除万历朝弊政，相反，却是变本加厉，更加游戏无度，荒淫奢靡，昏庸无能。宦官魏忠贤和熹宗的乳母客氏相互勾结，在宫中独揽大权，肆意为虐。那些邪恶派的官吏也纷纷投靠魏忠贤，结成“阉党”，打击和排斥东林党人。
杨涟怀着满腔的悲愤，挺身而出，讨伐魏忠贤。
“目前，魏忠贤正受陛下宠爱，难道你就不怕惹火上身吗？”
同僚劝杨涟道。
“现在不说，等他逆谋之事成功之时，杀他也不一定能阻止得了！难道要让后世子孙嘲笑我满朝文武竟没有一个男子汉吗？”杨涟228大义凛然地回答。
天启四年（1624年）六月初一，杨涟将写好的奏疏藏在怀里，准备趁早朝时面奏皇帝，当场揭露魏忠贤。不巧当日免朝，杨涟恐怕经过一夜，机密会有所泄漏，只好交给会极门侍官转呈皇帝。
杨涟在奏疏中说：
太祖皇帝（朱元璋）曾下令，内官不许干预朝政，只负责‘掖廷洒扫’，违反者杀无赦。先帝圣令在先，但仍有人肆无忌惮、扰乱朝纲，东厂太监魏忠贤就是其中的一人。臣列其罪状，请圣上过目。
接着，杨涟列举了魏忠贤的二十四大罪状：
魏忠贤本是市井无赖，中年净身后入宫当了太监。起初在一些小方面略显忠诚，博得了皇上的信任，但后来他惑乱朝政，成为大奸大恶之徒。祖宗的制度，由专门负责的内阁大臣来拟定圣旨。魏忠贤擅自专权，多次传奉，有时直接自己批准。破坏祖宗两百余年的政体，这是第一项大罪。
刘一燝、周嘉谟是先帝任命的顾命大臣，而魏忠贤却让孙杰弹劾罢了他们的官。急于剪除自己顾忌、仇视的人，逼迫陛下不得不更改先皇的任命，这是第二项大罪。
先帝驾崩，有一定的隐情，魏忠贤却排挤伸张正义的孙慎行、邹元标二人，偏袒与李选侍有关的沈綋，歪曲事实，使沈綋最终加官晋爵。亲近奸邪小人，仇恨忠义大臣，这是第三项大罪。王纪、钟羽正早年对国家有重大贡献，王纪任司寇时执法如山，钟羽正任司空时清正廉明。魏忠贤勾结党羽，排挤二人。在如此盛世，朝廷里却容不得有正直廉明的官员存在，这是第四项大罪。朝廷最重视枚卜，魏忠贤却想把它控制在自己手里，大力阻止孙慎行、盛以弘二人，甚至用禁锢他们人身自由的方法来让他们效忠自己，难道真要把他培养成门生宰相吗？这是第五项大罪。在朝中没有比官员的推举、任命更重要的了，但去年，“南太宰、北少宰”都按魏忠贤的意思任命，一时间名人贤士都不能各安其位。魏忠贤玩弄权术，使得朝廷任用官员黑白颠倒、权诈横行，这是第六项大罪。
皇上推行新政，正需要忠正贤明之士，于是满朝文武都推荐文震孟、熊德阳、江秉谦、徐大相、毛士龙、侯震叻等。这些人的229言论只要让魏忠贤觉得有些忤逆，就被立刻贬黜，虽然他们也屡次受到皇上的恩典，但是魏忠贤竟然想方设法阻止他们在仕途上的发展。这真是“天子之怒易解，忠贤之怒难调”啊，这是第七项大罪。去年去城南郊祀的那天，传闻宫中有位贵人，因为性情贞静，受到皇上的宠爱。魏忠贤害怕她暴露自己的骄横之举，谎称贵人得了急病，置她于死地。使陛下不能保护自己非常宠幸的人，这是第八项大罪。
裕妃因为怀孕准备加封，朝廷内外都为皇上感到高兴。但魏忠贤却因她不肯依附自己，假传圣旨，命她自尽。使陛下不能保护自己的妃嫔，这是第九项大罪。
皇后有喜，怀上了皇子，却忽然离奇流产，传闻是魏忠贤与客氏谋划的。使陛下不能保护自己的儿子，这是第十项大罪。先帝做皇子四十余年，能保护他处于孤立、危难之中的却只有王安一人。先帝突然驾崩，王安拥护新帝，有很大的功劳。但魏忠贤因为一些私人恩怨，假传圣旨，在南苑将他杀了。这不是仇视王安，而是仇视所有跟随先帝的大臣们，而那些无罪而被他杀害、赶走的人，更不知有几千几百人，这是第十一项大罪。
魏忠贤要挟众人，屡次亵渎皇言，今天要个奖赏，明天又要赐个牌匾。最近又在河间地区毁坏居民，修建牌坊，镂凤雕龙，直插云霄，然后又开始拟定修建其陵寝的占地方案，这是第十二项大罪。
今天恩荫中书官，明天恩荫锦衣卫。金吾之堂都是些乳臭未干的小子，诰敕之馆更全是目不识丁之人，如魏良弼、魏良材、魏良卿、魏希孔以及其外甥傅应星等。魏忠贤胡乱世袭恩荫，亵渎朝廷，超越了任何朝代，这是第十三项大罪。
魏忠贤设谋，想要置戚畹一家于死地，诬陷国戚，动摇中宫，若不是大臣们极力反动，言官纠正，这一家人也要被投入牢狱之中，这是第十四项大罪。
良乡生员章士魁因为争煤窑而死，魏忠贤却假言其开矿而死。如果是偷了皇陵一掬土，又该怎样处理呢？赵高指鹿为马，魏忠贤煤可为矿，这是第十五项大罪。
王思敬等人犯了一点儿小事，责任本在有司。魏忠贤却暗地设下陷阱，草菅人命，这是第十六项大罪。