靠着远交近攻的策略，加上几十年如一日的努力，公元前221年，秦王嬴政终于灭掉最后一个实力强大的诸候国——齐，统一天下，结束了自战国以来长达二百五十多年的纷争，建立起中国历史上第一个统一的多民族封建国家——秦。
为了巩固自己的专制统治，蠃政在政治、经济、军事、文化思想方面采取了一系列措施。首先，他觉得自己统一了天下，功绩之大超过古代传说中的三皇五帝，不能再用“王”的称号，应该用一个更加尊贵的称号。最后在李斯的建议下采用“皇帝”的称号，取“合三皇五帝之功”之意。由于他是中国历史上第一个皇帝，所以自称“始皇帝”。他还规定，他的子孙接替皇位要按顺序排列，第二代叫二世皇帝，第三代叫三世皇帝，依次类推，以至千秋万代。
政治、军事等领域的改革完成之后，秦始皇便开始试图控制人们的思想。在春秋战国时期，中国长期处于一种学术上百家争鸣的局面，直到秦初，那些熟读孔孟的儒生们还保留着敢于直言、相互争鸣的学术传统。尤其是那些原本属于六国的书生们，有着家国之恨，非但不对秦始皇歌功颂德，反而以先秦时期的“善政”、“仁政”为根据，讥讽时政，煽动不满，这在一定程度上阻挠了政令的推行。对于秦始皇来说，这绝对是大逆不道。这就为后来的“焚书坑儒”埋下了伏笔，一切都只等一个机会。
公元前213年，秦始皇在咸阳宫大宴群臣。参加宴会的还有当时一些极有名望的书生，其中大部分是儒生。秦始皇的酒不是白喝的，这次宴会的目的是要讨论一件大事，即实行分封制还是改成郡县制。宴会上，以王绾、淳于越为代表的儒生一派主张实行以前的“分封制”，而李斯、周青臣等大臣则主张实行“郡县制”。两派针锋相对，展开激烈辩论。尤其是周青臣和淳于越更是唇枪舌剑，水火不容。
周青臣手持酒杯，对秦始皇说道：“陛下平定海内，放逐蛮夷，此等文治武功即使三皇五帝也有所不及，如能改诸侯为郡县，则人人安乐，无战争之患，传之万世。”几句不无溜须拍马之言听得秦始皇喜形于色。
淳于越一听，赶紧前走几步，激动地对秦始皇说：“陛下！我听人说，商周两朝传了一千多年，之所以能如此，就在于他们都采取了分封制，那些被分封的子弟和功臣像众星捧月般保护着中央，如有一人不服，众多子弟功臣即去讨伐。实行郡县制只有陛下您一个掌握大权，子弟们却毫无实权。万一将来出现田常那样的乱臣贼子，谁能挽救这种局面呢？而且，周青臣并没有说出郡县制有什么具体好处，他只是一味地奉承、讨好您，我看他不是忠臣，陛下还是采用分封制为好！”
显然，不管淳于越说得是否有道理，他很不会说话是毋庸置疑的，秦始皇听了这些话有些生气。
这时，丞相李斯发言了：“大家都知道，周代没有使用商代留下来的老办法治理国家，却把国家治理得很好。很明显，时代变了制度也要跟着变才行。陛下平六国、驱匈奴，功绩可比日月，这些岂是淳于越那样的腐儒所能理解的。他们凭着一张利嘴，以古非今，蛊惑百姓，只要新的政令一出，他们就议论纷纷、拉帮结伙、哗众取宠。如果再让他们继续胡闹下去，不仅会降低陛下的威信，而且很有可能会引起****。”
秦始皇一听，心中暗喜，问道：“你认为应该怎么办呢？”
“只有禁书”！
“怎么禁？”
“臣以为，除了秦国的史书，其余列国史书、诸子百家及其他典籍一并烧毁，民间只留医药、占卜、农书等。同时，陛下应禁止百姓借《诗》、《书》之名以古非今，违者处死。对于想学法令的百姓，可以官员为师。”
此言正中秦始皇下怀，他当即点头说：“就这么办，以后胆敢以身犯法者死！”
一场史无前例的“焚书”运动在整个秦国范围内开始了。从都城咸阳到偏僻的农村，到处是焚书的熊熊烈火，那些凝聚着各家学派心血的宝贵典籍化成缕缕青烟，中国文化也遭受了永远无法弥补的损失。
看起来，事情到此应该结束，书都没了，书生们也就没有依据来以古非今了。事实并非如此，还没等焚书的灰烬完全熄灭，一件比“焚书”运动更为惨烈的事件降临到书生头上，那就是“坑儒”事件。在很多史书中，是这样记载“坑儒”事件的。
战国初期，阴阳五行之说开始盛行，及至战国未期，这种学说愈演愈烈。几乎所有诸侯国君都不同程度地信奉这种学说。为了达到目的，他们对外宣称，在海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座仙山，山上住着长生不老的神仙，生长着各种长生不老的妙药。在“长生不老”的诱惑下，很多国君、贵族们往往一掷千金，以求得道成仙。
秦始皇统一天下之后，一些方士为了得到器重和赏赐，开始以各种手段接近他，并大肆吹嘘自己能觅得长生不老之药。秦始皇信以为真，对他们的要求一一允诺，充分满足。这些方士心中明白，求取仙药不过是骗取功名富贵的一种手段而已，世上哪有什么仙药。
就在焚书的第二年，有两个方士侯生和卢生感到秦始皇的性情越来越孤僻、残暴，担心天长日久秦始皇生疑，到时候依秦始皇的个性，必死无疑。他们决定给自己开脱：经常在一些场合闲聊什么秦始皇贪恋皇权啊、刚猛好杀啊，像他这种人如果不改变的话根本就求不到仙药等等。他们的用意很明显，求不到仙药不能怪我们无能，是你自己的问题。当然，秦始皇也不可能改变，这样，他们就可以永享富贵了。他们没想到的是，秦始皇听到这个消息后大为震怒，他认为对卢生等赏赐丰厚，而他们竟然用这样不负责任的话来糊弄自己，决定要狠狠地惩治他们。秦始皇派人去抓捕，谁知他们早已逃跑了。
这样一来，秦始皇更为恼火，严令御史大夫一定要把此案查个水落石出。经过调查，御史大夫发现一些儒生也议论过此事。秦始皇把那些儒生一一拿来审问，当然，这中间免不了严刑拷打。儒生们经不住拷打，又东拉西扯招出了一大批人。最后，秦始皇下令，把其中犯禁严重的460个儒生活埋处死，其余的流放边境。这就是历史上所说的焚书坑儒。
一直以来，“焚书坑儒”成了秦始皇不可推卸的历史责任。近代，有学者认为，秦始皇焚书是有的，“坑儒”却是后人的强加之罪。即使是坑杀，坑杀的也不是儒生而是方士。持这一观点的主要有章太炎、顾颉刚两位历史大家。经过研究，他们发现至少有三点可以证明秦始皇没有坑儒。
首先，秦始皇的发怒是由方士引起的，按照情理来说当时坑的460人是方士而非儒生，至少可以说其中儒生很少。据《盐铁论》载，当时为秦始皇求取仙药的不下千人，如果说被坑杀者没有方士或都是儒生，明显于理不通。即便秦始皇牵怒于儒生，也不会放过始作俑的方士。
其次，坑杀方士的可信度相对较高。秦初时期，儒士在社会上的地位相比战国时期不仅没有下降，反而有所提高，这从公元前213年的那场辩论中可以看出。此后秦始皇东巡时，还将齐鲁地区的七十余位儒生任命为博士，随他一起到泰山举行封禅仪式。如果当时坑的是儒生，秦始皇不可能如此重视儒生，这也从侧面证明了当时坑杀的并非儒生，即使有也占少数。
再次，坑儒之说最早出现在公元前81年，坑杀事件已经过了一百多年，其准确性值得怀疑。后来很多人认为秦始皇坑儒之事完全没有疑问，但一些儒学大家对此持谨慎态度，如韩愈、苏轼等人一直都称其为“坑杀学士”、“屠术士”，而不是“坑儒士”。
还有的人认为，秦始皇不但坑的是“儒”，而且“坑”了不止一次。如东汉学者卫宏在《诏定古文尚书序》中写道：秦始皇下令焚书之后，怕天下人反对，不按他制定的法令办事，下令召集天下的读书人，到的都封为“郎”，前后共到了700余人。待诸生到齐后，秦始皇又以骊山温谷冬季瓜熟的奇异现象诱诸生齐集于骊山山谷观看，儒生们来到山谷后，秦始皇下令趁机填土秘杀而埋之，这些儒生全部被活埋在山谷里。这次坑儒，规模相对于众所周知的那一次坑儒更大，手段也更为残忍毒辣，而且为掩天下人耳目，做得十分机密。
对于这种说法，有人提出质疑：“第二次坑儒发生在哪一年？200多年后的卫宏又是从哪里掌握史料的？
也有人认为，秦汉时期儒生和方士并没有严格界限，即儒生可以兼事方术，方士也可能兼事儒术，一些方士甚至超过大儒。客观地说，这句话不无道理。根据当时的实际情况来看，秦始皇迷信方术，单纯的儒术肯定也受其影响，毕竟这些人当中很多为了功名而来，儒生兼习方术或弃儒专事方术是极有可能的。
真是公说公有理，婆说婆有理。那么，到底秦始皇当时坑杀的是不是儒生呢？我们认为秦始皇坑杀的人中，一部分儒生并不是单纯的儒生，而是为了达到某种目的兼修方术或者“弃儒从方”。方士没什么考核标准，当时为秦始皇寻求仙药的人当中不乏滥竽充数者，这些滥竽充数者极有可能是儒生。