明朝开国皇帝朱元璋死后，由于太子朱标已于洪武二十五年死掉了，当时朱元璋有意立皇四子朱棣为太子，但遭到大臣门的反对，于是，朱元璋死后便由皇长孙朱允炆即位，这就是建文帝，史称明惠帝。
建文帝朱允炆在做皇太孙时，就对藩王十分不满，他未登基时就与黄子澄商量削藩对策。朱允炆登基后，采纳齐泰和黄子澄的建议，决定先削几个力量较弱的亲王的爵位，来个下马威，然后再拿燕王朱棣开刀，因为朱棣离南京远，势力庞大。朱允炆还下令诸王不得节制文武将吏，这样一来就迅速激化了皇上与藩王之间的矛盾。
建文帝不知道朱棣的真正实力，就派人监视朱棣，并想顺势逮捕朱棣。朱棣知道后，立即诱杀了前来监视的朝廷将臣，一怒之下，于建文元年七月起兵。朱棣以藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利为由，说齐泰、黄子澄为奸臣，并称自己的举动为“靖难”，以诛灭奸臣为借口，可谓名正言顺。这就是朱明皇室内部的争夺战争“靖难之役”。
朱棣初起兵时，朝廷中的大将多被朱元璋害死了，朝廷已经无人可用。无能的建文帝任用素不知兵李景隆为大将军，李景隆是个纨绔子弟，号令不严，指挥不力，几次进攻，皆被击退。后朱棣带着精兵强将进逼李景隆军营，燕军内外夹攻，南军不敌，李景隆乘夜率先逃跑，退至德州。士兵听说主帅已逃，都无心再战，投降的投降，逃跑的逃跑。
昏庸的建文帝对李景隆的溃败竟毫不知情，反而奖励李景隆。建文二年四月，李景隆会同郭英、吴杰等集合兵将60万众，号称百万去攻打燕军，结果李景隆再次退走德州，燕军穷追不舍，李景隆又从德州逃到济南，结果李景隆立足未稳，在济南残败。幸好济南都督盛庸和山东布政使铁铉的死守，才得以保住济南。李景隆一败再败，建文帝终于知道内情，罢了他的职。又听黄子澄的以求和来养精蓄锐，另派盛庸为平燕将军，屯兵德州，以遏燕军南下。
建文三年，南京宫廷里不满建文帝的太监送来了南京城空虚宜直取的情报。朱棣亲率大军出击，朱棣采用谋士的建议，越过山东，以迅速行动举兵南下，直指京城。建文四年，建文帝曾想以割地分南北朝为条件同燕王议和，燕王毫不理会。六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，朱棣率军直趋金陵。十三日进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王不战而降，亲自开门迎接燕王进京，城内文武百官为保全性命，纷纷跪迎道旁。朱棣在群臣的拥戴下登基为帝，是为明成祖，年号永乐。而就在朱棣进入南京城的那一刻，皇宫一片大火，建文帝也随着那片大火而销声匿迹。
朱允炆实在没有当皇帝的命，不过短短四年，他就被自己的叔叔燕王朱棣篡夺了皇位。可是，自那以后，就再也找不到建文帝的影子，建文帝就这么消失在战火纷飞的南京城中。关于建文帝下落，有很多种说法。他究竟是生是死？这给后人留下了深深的疑问。
有一种说法叫：“阖宫****”。这种说法见于很多的史料记载，据官修史书记载：当时，朱棣率兵打到宫门时，建文帝眼看燕王军队兵临城下，把紫禁城包围的密不透风，根本也没有其他退路可以保命，想逃也来不及了。建文帝深知他四叔是个贪权尚武、残暴无情的武夫，如果被抓住是不会有好好下场的，还不如自己一死了之。不得已下令焚宫，建文帝与他的皇后双双跳入火中****。燕王朱棣人宫后，为了找到建文帝，曾下令严密搜查了三天。最后，宫中未死的太监和宫女都说建文帝****了，并从火堆中找出了一具烧焦的尸体作为证据。燕王见到尸体，仍然放心不下，但也没有其他的办法，与是在他即位称帝后，只得以天子之礼安葬了这具尸体。这种说法在正史的记载中前后矛盾，不能不让后人产生疑问：史书记载朱棣以帝王之礼安葬了那具尸体，可是到底葬在何处？史书桑为什么没有记载？被烧焦的尸体分也不清男女，那具尸体到底是谁的呢？会不会是马皇后的，建文帝独自逃跑了呢？烧死在宫中的人多了，谁也说不清楚那具尸体是谁的。如果建文帝真的烧死了，那朱棣又为什么几次三番的派人到处去找建文帝呢？
还有一种流传较为广泛的说法：“出亡为僧，流落西南”。这个说法也最具传奇色彩，最为人所津津乐道。这种说法认为，燕王在南京城外陈兵数十万，建文帝想求和，燕王不答应，建文帝被无路可走，就想一死了之，但却被身边的老太监王诚拦住了。王诚告诉他说：“先皇临死之前留下了一个铁匣子，告诉我，只有在你大难临头时我才能交给你。我一直把它秘密收藏着。”建文帝一听，急忙把箱子抬出来，打开一看，里面有三张度牒，上面还注明了三个名字。另外还有三件僧服，一把剃刀，还有一些钱。翻到最下面，朱允炆看到一封遗书，朱元璋已经料到他四儿子必反，在信中安排朱允炆从鬼门出，其他人从水关御沟走，傍晚在神乐观西房会集。按照这封信的吩咐，朱允炆剃了头，换上了僧衣，带了九个人来到鬼门。鬼门在太平门内，是内城的一扇小矮门，仅容一人出人，外通水道。建文帝弯着身子出了鬼门，就见水道上停放着一只小船，船上站着一位白眉白须的老僧。老僧让他们赶紧上船，并叩拜建文帝，建文帝问他原由，僧人说：“臣叫王升，是神乐观的主持，昨天夜里先帝托梦于我，他原本与我同门，叫我特别在此等候，接你人观为僧”至此，建文帝似乎是当了和尚，与他爷爷朱元璋开始一样了。
建文帝下落不明，这令刚当上皇帝的朱棣十分不安。他要在有生之年找到朱允炆，否则他心中永远不得安宁。只要有一点线索，他都不会放过。据传，他听说朱允炆有可能流亡海外，就派郑和下七西洋。他还派胡荧在穷山僻壤、市井城镇之间搜寻了十多年，目的也是“隐查建文安在”。当时有许多人对燕王夺位很不满，这些人为了让燕王更加心神不宁，民间不断有假冒朱允炆的人出现。例如，正统五年，广西思恩州的知府岑英出巡，半路上忽然有一个老僧拦住道路，此老僧还大声说：“我乃建文也。”岑英不辨真假，把他带往京城，上奏给朝廷。后来经过反复调查，这个人叫杨行祥，事情弄明白后他就被斩了。朱棣派胡荧秘访民间16年，一直都没有消息，直到他死的前一年，胡荧突然回来了，胡荧告诉朱棣，他探得建文帝的消息了，建文帝离开紫禁城后，确实是出家当了和尚，并且一心向佛，毫无复国的意愿了。后来，明英宗时期，有人在西南地区发现了建文帝的行踪，这时他年纪已经很老了，英宗就把他接进宫中颐养天年，死后就以一般的仪式葬于西山。据说到现在西南还有一部分人认为建文帝是自己的鼻祖。