十一届三中全会以后，开始全面恢复和落实宗教信仰自由政策，宗教活动逐渐恢复并转入正常运行，寺院和宗教活动场所也得到开放和恢复。宗教人士和信教群众的宗教信仰得到尊重和保护，对宗教人士、宗教领袖和高僧的冤假错案得到了平反昭雪。在甘南州政府的支持下，各地僧尼、活佛和群众开始进行大规模维修或者重建寺院，甘南藏区大部分寺院很快得到恢复。除了还俗的僧人外，其他大部分僧人都陆续返回寺院中进行正常的宗教活动。流失在民间的宗教法器和寺院文物陆续被主动归还或者收回。甘南藏区出现了青少年大量出家入寺为僧的普遍现象，前来寺院求法、拜佛的信徒人数之众、捐献钱物之多、宗教热潮持续时间之长可以说是空前的。从甘南藏区宗教二十多年发展的历程来看，它经历了恢复发展和繁荣两个阶段。
（一）恢复发展阶段（1978—1990年）
以十一届三中全会为标志，我国重新正确贯彻执行党的宗教政策，恢复各级政府的宗教管理机构，开始批准开放宗教活动场所，使我国所有宗教信徒重新获得了信仰自由。宗教领袖和宗教职业人员获得了自由，名誉得以恢复，被毁坏的寺院也由中央财政和地方财政拨款予以补偿。
在国家的支持下．藏传佛教信徒被压抑了二十多年的宗教热情迅速地爆发出来，很快掀起了修建寺院的高潮。到1986年底，甘肃省共有藏传佛教寺院108处，其中甘南地区就有89座，这些寺院中除了5座宁玛派、1座萨迦派、5座苯教外全部属于藏传佛教格鲁派。除拉卜楞寺外，其余寺院都是1980年以后各个寺院周围信教群众自筹资金修建的（其中只有一部分寺院国家补偿了一些修建寺院的资金），由于资金来源困难，这一时期修建的多数寺院大多为小型建筑。只有郎木寺、卓尼禅定寺、阿木去乎寺、西仓寺、博拉寺的规模比较大，但是也没有达到原来的规模。1986年，甘肃省共有喇嘛大约5000多人．其中甘南地区就有4700多人，拉卜楞寺有800余人。
1980年2月召开了甘肃省佛教协会第二次代表会议（第一次佛教代表会议于1957年9月召开），拉卜楞寺的第六世嘉木样洛桑久美·图丹却吉尼玛再次当选为会长，拉卜楞寺的贡唐仓·丹贝旺旭、卓尼禅定寺的原任僧纲杨丹珠等人为副会长。随后甘南地区各县相继成立了佛教协会，甘南藏传佛教中的上层人士还被安排在省、州、县人大、政协和佛教协会等政府和民间组织中。为了培养新时代的藏传佛教职业人员和佛学研究人员．1985年在甘南的夏河县成立了甘肃省佛学院，六世嘉木样洛桑久美．图丹却吉尼玛担任院长，贡唐仓·丹贝旺旭等人担任副院长。
宗教信仰自由政策的贯彻落实，宗教上层人士的合理安排，推动了藏传佛教信仰活动的热潮。寺院修复开放后，信教群众的宗教信仰激情爆发出来，转经、磕头、拜佛、求法者越来越多，捐献钱物的规模越来越大，出家人寺的青少年人数也越来越多。到1990年底，甘南地区的藏传佛教寺院达到99座，其中宁玛派5座、萨迦派1座、苯教6座，共有僧人7305人，活佛81人。1990年与1986年相比，虽然寺院总数只增加了10座，但是僧人数量在短短的四年期间增加了将近60％，由此可见这段时期甘南藏传佛教在恢复中获得了超常发展。
这段时期由于藏传佛教的超常恢复产生了两个大问题。
（1）恢复和修建寺院时段集中，群众的宗教负担过重。虽然国家为修建寺院拨过专款，但是杯水车薪，无法解决所有寺院的重建问题，所以大部分寺院都是群众自筹资金或者自行摊派修建起来的。1986年夏河县甘加乡白石崖寺大经堂修建所需的费用为20万元，群众以自行摊派的形式分摊给寺院周围各户，纯牧区平均每人负担100元，半农半牧区人均30元。1987年碌曲县西仓寺和拉仁关寺在修建大经堂时，所属牧民共募集资金100万元，其中西仓寺募集60万元，拉仁关寺40万元。玛曲县阿万仓寺以修建拉卜楞寺大经堂（1985年因失火烧毁）为名，1985年将该乡牧民承包的大牲畜牛、马等均按习惯折合成羊，每只羊摊派4元，总共摊派了41．7万元，一次性收款31万元．分别布施给四川阿都寺10万元、本乡新旧二寺各3万元、青海塔尔寺2万元，当时还结余13万元，准备给拉卜楞寺布施20万元。除了这些支出以外，信教群众还承担了诸如佛像、唐卡以及佛事用品的制作或者购置费用，少则花费数百元，多则数千元乃至数万元。如此巨额的宗教开支，再加上群众在修建寺院过程中普遍的无偿劳动，导致大量的人力、物力和财力投向寺院的修建，从而影响了信教群众的生产发展和生活水平的提高。
（2）青少年入寺问题相当普遍。为了确保少数民族青少年接受现代教育的权力，根据义务教育法和宗教信仰自由的原则，国家明确作出了禁止青少年人寺的规定。规定特别强调指出：“绝不允许强迫任何人，特别是十八岁以下少年儿童入寺、出家和到寺庙学经。”但是随着宗教信仰自由政策的落实，少数民族地区青少年入寺现象相当普遍。根据统计资料，甘南州的夏河县1982年在寺僧人1796人，其中18岁以下者133人。占当时夏河县僧侣总数的7．4％；卓尼县16座寺院有僧侣889人，18岁以下者167人．占全县僧侣总数的18．7％：迭部县有僧侣401人，18岁以下者60人，占僧侣总数的14．9％。1982年以后青少年僧人的比例还有所增长。藏族群众受过去数百年来送子入寺的传统习惯影响。对接受现代教育的观念很难一下子适应。他们认为在寺院不仅可以学习佛学知识，还可以学习天文历法和藏医．再加上对宗教信仰自由概念的误解，把宗教信仰当作个人或者家庭的私事，因此出现了青少年出家人寺的普遍现象。
（二）稳定发展阶段（1991以后）
藏传佛教寺院被批准开放后，1990年以前主要在寺院的数量上迅速得到了恢复。随着寺院数量的相对饱和，在寺院的维修或建造、寺内设施购置等方面出现了相互攀比的现象。甘南藏区各地这时也开始大兴土木、大规模扩建或重建寺院及佛塔，有些寺院和佛塔的建筑规模、豪华程度超过以往任何时候。郎木寺从1989年开始兴建大经堂，即闻思学院的经堂．至1997年全部完工，耗资数额在500万元以上。虽然寺院的重建规模在数量上没有完全恢复，但在质量上大大超出历史水平，部分建筑中运用了现代的砖瓦水泥。电灯、电话这些现代化的设施全部安装完备。有些寺庙大量雕塑、浇铸、绘制佛像，刻印佛经，购置各种法器以及僧侣生活用品．有些寺院组织人员撰写出版本寺寺志和活佛转世系统传记。与此同时，民间也掀起了在家中设置佛龛的热潮。
宗教恢复的重要标志之一，就是宗教活动场所——寺院的恢复和开放：宗教发展的基础是宗教职业者和信徒群体得到了宗教信仰自由的权利：宗教繁荣的主要因素是经济基础。而寺院、信徒和经济三者是相互关联、相辅相成的关系。藏传佛教在甘南藏区具有深厚的群众基础．当他们有了宗教崇拜对象和宗教活动场所后，必然经常进行宗教活动。藏传佛教教义重来世轻现世，信徒以死不带走、生不带来的宗教观念将家中的财产常常捐献给宗教活动。随着改革开放的深化，人民生活水平的日益提高，普通群众的经济收入较前有了大的提高，从而使寺院的发展具有一定的经济保证。但是为了减轻信教群众的经济负担，同时也是为了探索社会主义社会宗教的自我发展途径，从1983年开始中国佛教协会提出“以寺养寺，农禅并重”的号召后，在国家各项政策的引导和支持下，各地寺院在保证僧人进行宗教活动的前提下。根据本寺所处的外部环境和已有的经济基础，因地制宜地结合各自寺院的特点，采取了形式各异、结构有别的寺院经济发展模式，开始进行不同的经济活动。
据甘南州民族宗教事务局统计，甘南州藏传佛教寺院的自养收入1990年为115万元，1991年为117万元，1992年为200万元，1993年为230万元，1994年为232万元，1995年为239万元，1996年为240万元。其中1995年各县寺院生产自养的收入分别为：夏河县150万元，碌曲县44．9万元，玛曲县18万元，临潭县15万元，卓尼县9．3万元，舟曲县1．5万元，迭部县4000元。甘南寺院生产自养活动开展较为成功的是拉卜楞寺。1995年，拉卜楞寺的收入为108万元，其中寺院门票一项收入就达30余万元。
拉卜楞寺地处公路沿线，拥有适宜于在流通领域内进行营销活动的地理环境，因为营销活动不需要土地和牧场，只需要资金和人才，而这又恰恰有利于寺院扬长避短。拉卜楞寺凭借寺院是宗教活动的场所、民间信仰的中心，能吸引众多游客和无数信徒的特殊优势，从事着客运、商业、服务业为一体的多种类型的营销活动。在甘南藏区承担着集散部分日用消费品和民族特需用品以及收购农牧土特产品的重任。使其成为沟通城市与乡村、本地与外地的纽带，在藏区社会中起着特殊的作用。拉卜楞寺组建的集团公司——“达尔吉”商业集团公司，在甘、青、川、藏等地设有分公司，从事着跨区域的寺院经济活动。拉卜楞寺经济活动的成绩和夏河县形成了鲜明的反差对比，1994年底夏河县出现财政赤字800万元。而拉卜楞寺却购买了三菱牌日产高级越野小汽车2部、大客车2辆、东风大卡车4辆、丰田客货两用车1辆。拉卜楞寺车队开通了夏河——同仁、夏河——玛曲、夏河——青海省河南县的专程客运。这在夏河地区交通史上也是破天荒的创举。如此规模庞大的寺院经济活动，在藏区也是一大创举。
甘南藏传佛教寺院利用自养经济的收入，扩建寺院，购置建造寺内设施，使许多寺院的建筑规模、寺内的设施、僧侣的生活有了一定程度的改善。寺院经济不仅解决了寺院的一部分开支，而且相应的减轻了信教群众的宗教负担。过去喇嘛的生活来源全部靠群众布施供养，现在通过自养，各寺院或多或少有了钱粮收入。在寺院积极开展各种各样生产和服务性劳动以增加收入、开展自养的同时，一些活佛、高僧还利用各种场合要求僧侣爱国守法，积极为社会主义物质和精神文明建设服务，使宗教活动与改革开放同步进行。同时，僧侣也在进行经济活动的工商业实践中，进一步培养了自己奉行五戒、十善的信念，坚定了用实际行动普度众生的佛法理念。
在社会主义市场经济条件下，寺院经济的发展开创了寺院自给自养的一条途径，打破了一千多年来藏传佛教寺院靠信徒布施的传统模式，从而使寺院不仅具有减轻信徒的经济负担，同时也有为社会创造物质财富和精神财富的社会功能，其意义要比单纯经济上的“以寺养寺”要大得多，从某种意义上讲，可以称得上是一场深刻的宗教革命。因为藏传佛教寺院分布广、影响大，革命性不仅表现在藏传佛教寺院本身，同时也能够解放信徒的思想观念．对藏区农牧民的经济思想和经济行为起着潜移默化的引导作用，从而带动区域经济的发展，对今后藏区经济的发展起到不可低估的示范和辐射作用。