（1）起点不同。卓尼禅定寺建立较早，从公元1459年改宗格鲁派后一直致力于弘扬佛法，经过两三百年的发展，卓尼、迭部等地的寺院密度达到了准饱和状态．因而新修寺院的速度自然放慢，新建的寺院主要用于填补各个大寺院之间留下的偏僻“死角”，因此寺院的规模一般都比较小。而在拉卜楞寺建立前，甘南西部地区没有藏传佛教传播中心，所以寺院的数量比较少。拉卜楞寺建立后，大力发展格鲁派教法，建立了许多大的寺院。由于以前寺院的密度小，所以修建寺院时大多数寺院的规模都比较大，因为周围有相对较多的藏传佛教信徒支持寺院的建设。
（2）地理位置的影响。甘南东部地区靠近汉族聚居区，容易受到汉族传统文化的影响，尤其洮州自从明朝以后成为汉藏文化和经济交流的中心，更是经常受到这种影响，因而藏族对藏传佛教的信仰热情不像以前那样特别虔诚。而甘南西部地区距离汉族居住区相对较远，而且背靠广阔的藏区腹地，受到汉族传统文化的影响较小，藏族对藏传佛教信仰的宗教热情比较高，普通牧民对修建寺院抱有积极支持的态度，对修建寺院提供大量的人力、物力方面的支持，因此寺院的修建速度快、建设规模大。
四、近代甘南格鲁派渐趋衰落的现象和原因
从1840年以后，甘南格鲁派的发展已经呈现出衰退的迹象。这一时期新建的寺院不仅数量减少，而且规模也不大。以前创建的寺院大多数到达鼎盛期后开始下滑，寺院的学经制度变得松懈，学经僧人的数量也逐年萎缩。
从1840年到中华人民共和国建立初期的一百多年时间内．甘南地区有创建时间记载的寺院18座，其中属于甘南西部的共有13座，代表性的寺院有旺藏寺（建于1844年）、夏秀寺（建于1852年）、拉卜楞尼姑寺（建于1860年）、科才寺（建于1901年）；甘南东部共有5座，代表性的寺院有贡巴寺（建于1886年）、藏尼寺（建于1889年）、三角坪寺（建于1902年）。
旺藏寺位于碌曲县双岔乡境内，寺院中僧人最多时达到130余人。夏秀寺在玛曲县曼日玛乡境内，是由第一世夏休仓·哈塔次知达吉创建，1879年成为拉卜楞寺的属寺。1957年时有活佛2名、僧人222人、经堂1座、僧舍40余所。科才寺位于夏河县科才乡境内，在四世嘉木样捐赠土地的支持下才得以建起寺院。1958年时有僧人150余人。甘南西部这一时期建立的这三座有代表性的寺院从寺院建筑物和僧人的数量来看规模都不大，比起以前一座寺院动辄四五百名僧人，显然普遍有些小。其中两座寺院分布在比较偏僻、人口稀少的玛曲和碌曲草原上，宗教影响力有限。
甘南东部这时建立的较大寺院是贡巴寺．由热丹嘉措在1886年创建。1889年将车巴沟周围的12所静修院合并到寺内，从此成为卓尼周围仅次于禅定寺的大寺院。清朝末年，罗桑曲丹主持寺务，将寺院献给拉卜楞寺，从此。寺院的教权归属拉卜楞寺，由拉卜楞寺任命法台处理教务。寺院所属教民和教区的政务，仍然由卓尼杨土司管理，形成了政教分离的局面。藏尼寺在迭部县洛达乡，四世嘉木样亲自选定寺址，并筹集资金派人主持创建了该寺，是拉卜楞寺的属寺。寺院内没有活佛转世制度，只设置赤哇（法台），而且由拉卜楞寺委任。三角坪寺坐落在舟曲县三角坪乡，1902年将该乡原有的一座格鲁派寺院迁到本村西北方向，占地只有1亩多大。这几个寺院中除了贡巴寺的规模比较大外，其他的寺院规模都比较小，僧人人数也不多。
这一时期虽然有像拉卜楞寺和卓尼县的贡巴寺这样发展起伏不大的寺院，但是大部分寺院的僧侣数量在不断地减少．由此可以判断出寺院的发展每况愈下，藏传佛教格鲁派在甘南藏区已经从发展高峰期开始下降，逐渐走向衰落。藏传佛教格鲁派从近代以来的衰落现象不但在甘南存在，而且在整个藏区都普遍存在。
（一）藏传佛教衰落的具体表现：
1．寺院规模变小、僧侣人数减少
在清朝前期，甘南地区藏传佛教寺院以格鲁派为主的分布格局已经基本确定。清末以来新建寺院很少，原有寺院的建筑规模没有大的变化，僧人数量总体呈现减少的趋势。除拉卜楞寺、德尔隆寺、贡巴寺等格鲁派大寺外，其余一般寺院规模越来越小，一些寺院因僧人缺乏已经开始自生自灭，或者变为一般性的佛堂，或者与其他寺院合并。即使像拉卜楞寺、德尔隆寺、贡巴寺等格鲁派大寺，历史上规模之大可以和格鲁派最著名的寺院相媲美，但是经过清朝末年和民国期间战乱的毁坏，已经很难再见昔日的壮观景象了。
这一时期格鲁派寺院的衰落还可以从几个比较大的寺院的纵向发展变化比较得出同样的结论。卓尼禅定寺是甘南地区最早改宗格鲁派的寺院，在历代杨土司的大力支持下，发展鼎盛时期僧侣最多达3800余人，统领44座小寺和17个教区。清朝同治年间发生的回民起义波及洮州，卓尼受到战乱的影响，许多属寺被焚毁，僧人四处逃散，僧侣逐渐减少，寺院开始衰落。光绪年间虽然稍有振作，但是在1928年河州事变中又经受了禅定寺被马仲英烧毁的巨大创伤，即使后来重新修复了禅定寺，但盛景难现．在20世纪50年代初期住寺僧人最后仅有四五百人。合作寺也是甘南西部规模比较大的一座寺院，在发展高峰期僧众超过1000人，解放初期，僧人仅有500余人。临潭县的玛闹寺（又称马奴寺）原来的建筑规模宏大，收藏的经卷不仅数量多，而且都非常珍贵，寺内僧人众多，喇嘛最多时达到500人。但是由于经过清朝同治年间的回民起义和民国十八年（1929年）的动乱，寺院大部分建筑和收藏的珍品散失无遗。虽然经过重建，但是难以恢复旧貌，1958年前仅有僧人40多人。迭部县的旺藏寺，初建于清朝乾隆年间，开始僧侣很少，后来一度达到400多人。以后僧人又逐渐减少，1957年时仅有147个僧人。
相对来说．位于甘南西部的合作、夏河、碌曲、玛曲等地，由于藏族人口所占比例很高，信徒对藏传佛教的信仰比较虔诚，因此信仰基础仍然很坚实，寺院的状况要相对好一些，即使如此还是能看到日趋衰落的迹象，这从上面合作寺的变化就可以得出结论。相比较而言，东部地区的寺院和僧人数量减少就比较多。这也从卓尼禅定寺、临潭的玛闹寺、迭部的旺藏寺剧烈变化就可以看到。
2．戒律松弛、学经制度流于形式
对于佛教来说，佛、法、僧“三宝”必须齐备。而藏传佛教寺院尤其重视建立严格地讲经学法制度，学经制度也是衡量寺院等级的重要标志之一。历史上，甘南的卓尼大寺和拉卜楞寺就以多出名僧享誉国内外，其他寺院也学制完备，寺僧戒行严谨，潜心五明文化，在这种宗教文化传统下造就出无数的高僧大德。
卓尼禅定寺严格的学经制度在整个藏区很有名，因此名僧辈出，前来入寺求教者曾经络绎不绝。西藏色拉寺著名格西益西旺秋到卓尼大寺访问时说：“卓尼历史上出现过不少名人．在西藏地方政府和三大寺中担任过高级职务，他们对藏区的政治、文化、宗教等方面有很大的贡献。”甘丹寺赤巴（法台）无论在藏区宗教界还是在文化界，在藏族人的心目中都享有崇高神圣的地位。这样一个崇高神圣的职位，仅卓尼大寺籍的僧人中就有7人荣任。卓尼大寺籍第一位担任甘丹赤巴的是曲结·谢念扎巴（1605—1615年在职）；第二位担任甘丹赤巴的是嘉木样楚成达吉，他曾经前后两次出任甘丹赤巴（1685—1692年；1695—1699年）；第三位担任甘丹赤巴的是罗桑群培顿目嘉措（1699—1701年在职）；第四位担任甘丹赤巴的是罗桑达吉（1708—1718年在职）；第五位担任甘丹赤巴的是策墨林·阿旺慈成，他于公元1777年经乾隆皇帝批准成为西藏摄政王，并在公元1778—1785年兼任甘丹赤巴一职，公元1786年赴京第二次担任雍和宫大堪布一职。阿旺慈成圆寂后被追认为策墨林第一世活佛，这就是西藏著名的策墨林活佛系统名称的由来。卓尼大寺籍第六位甘丹赤巴是策墨林·阿旺绛白慈成．他于公元1792年出生在卓尼县城附近，公元1795年被认定为策墨林一世的转世灵童。担任西藏摄政职务近25年（1818—1843年），并于公元1839—1844年兼任甘丹赤巴一职。第七位甘丹赤巴是策墨林·阿旺罗桑丹白坚参（1908—1914年在职）。
拉卜楞寺在发展过程中人才辈出，从而使寺院名声大振，享誉整个藏区。第一、二、三世嘉木样活佛都是精通佛典群籍、著述等身、蜚声学林的著名学者，他们创作的宗教佛学作品数不胜数。其他的像著名僧人贡却坚参著有《汉、藏、蒙、土史》，他的弟子热贡巴仓三世智观巴·贡却乎丹巴饶吉著有闻名遐迩的《安多政教史》。二世嘉木样活佛的弟子土观·却吉尼玛呼图克图留下了《土观宗教源流》这本名著，在19世纪就有英译本。
明清以来作为藏区文化中心的格鲁派寺院一直十分重视高僧的著述，极力提倡严格遵行藏传佛教的戒律。但是时至清末和民国期间，这种名噪一时的学风好像已经成为历史，除极少数大寺仍然保持比较严格的学经制度外，多数寺院学风日下，实际成为一般的宗教活动场所。就连拉卜楞寺这样的大寺也戒律松弛、学经制度不严格，其他寺院的情况就可想而知了。藏历第十四绕迥火龙年（1856年）10月，拉卜楞寺十几名触犯戒规的僧侣被逐出；次年（1857年）又有一百多名不守清规的沙弥、比丘僧被逐出拉卜楞寺。整个藏区的格鲁派寺院和僧侣普遍出现了这种现象：“格鲁派教律废弛……僧众喝酒、吸烟、下棋、化装为俗人夜游；贵族家庭出身的僧侣不守法规，在乡间游玩，召妓侑酒，弹唱歌舞，赌博吸烟，仗势欺人；农牧奴家庭出身的贫苦僧人为生活所迫，多到乡下念经乞食，或外出做苦工：经堂例会以有无布施决定其参加与否；经堂诵经不披披风，不坐夏，等等。”由此可见，这一时期格鲁派寺院普遍出现了戒律松弛，学经制度流于形式的问题。
3．宗教观念淡化，世俗化倾向日益明显
甘南地区藏传佛教的兴盛与这里存在着深厚的信仰基础、藏族虔诚的宗教信仰观念密切相关。藏族普遍相信藏传佛教宣扬的“因果报应”、“六道轮回”等一系列说教，把超脱生死、追求来世幸福作为人生的最终目标，认为只有潜心向佛才是人生最有价值的选择，从而表现出对信仰的坚定不移和罕见的至诚。这种信仰的外化形式一般表现在慷慨布施、送子人寺、礼敬喇嘛、积极参与各种宗教活动等许多方面。但随着近代社会的发展．世俗观念对神圣世界产生了强烈的冲击，人们的宗教观念日趋淡化，信徒逐步转变“重来世、轻现世”的旧观念。对待喇嘛、活佛一改往日毕恭毕敬、俯首唯诺的态度，开始认为活佛、喇嘛也是与人平等的。寺院宗教活动的规模趋于缩小，原有的传统宗教活动有的自然消失，有的减少了活动时间、缩小了活动规模。延请僧人诵经祈寿、治病驱邪之类的活动日益减少，在一些地区已经变成罕见现象。其他祭山神之类的民间活动宗教色彩逐步减弱，更多地带有世俗娱乐的性质。
佛教虽然不追求现世的福报，不特别寄希望有救世主救助自己脱离苦海，但是这种出世主张不可能彻底割断信徒与现世的一切联系。随着近代社会的变化和思想观念的日益更新，这种神圣与世俗之间的联系在逐步加强。这在社会生产力相对发达的局部地区表现得尤其突出．信徒开始把自己的信仰同现实的社会生产、生活结合起来。在藏传佛教的信仰活动中，诸如为老人诵经祈寿、遇事占卜吉凶、遇旱祈雨等都带有相当鲜明的世俗功利性。另外，僧人的生活领域中也渗透进许多世俗的东西，原来那种离俗遁世、专一灵修的“参巴”、“日朝巴”再也很难见到了。僧人学习的领域就从过去单一的佛教理论学习扩展到对藏族文化的其他领域和近代科学知识的了解，更注重医学、绘画、雕塑等实用技艺的学习。拉卜楞寺在民国年问举办的拉卜楞寺青年喇嘛职业学校和卓尼禅定寺举办的甘肃卓尼喇嘛教义国文讲习所就主要让僧人学习职业技术和近代文化知识．拉卜楞寺五世嘉木样曾经能熟练运用从西方传教士手中买来的照相机、手表和无线电收发机，这些现象真实地反映了藏族传统宗教观念的变化。
4．宗教控制领域逐渐缩小、社会影响减弱