（二）新建格鲁派寺院
公元1578年5月，三世达赖喇嘛索南嘉措到达青海湖西北的仰华寺，与俺达汗等蒙古王公相会。双方根据当时蒙古社会的实际状况，共同制定了一系列旨在推动格鲁派发展的“禁治”条例，使蒙古族改变原有的原始宗教信仰，以法律形式强制推行藏传佛教格鲁派，因而，格鲁派在蒙古地区迅速发展。随后不久。三世达赖喇嘛索南嘉措又应邀到内蒙古参加俺达汗葬礼，他在沿途进行传法活动，进一步扩大格鲁派在甘、青、内蒙等地的影响，使格鲁派在甘青地区得到了较大的发展，这在西北藏传佛教史上都有深远的影响。再加上明朝的有意扶植，河湟地区成为藏传佛教格鲁派发展的中心，出现了众多著名的寺院．如塔尔寺、瞿坛寺、佑宁寺、灵藏寺、宏化寺、西纳寺、扎藏寺、天堂寺、妙因寺、马蹄寺等。很多寺院的活佛被封为“国师”、“禅师”或“僧纲”，不少寺院建立起区域性政教合一制度。由于格鲁派势力的鼎盛，甘青地区藏传佛教的其他教派则势力渐微。不断萎缩。
甘南藏区受河湟地区格鲁派快速发展的形势影响，除了原有的苯教和藏传佛教其他宗派改信格鲁派外，这段时期还新建了许多格鲁派寺院。
在17世纪以前，甘南地区就修建了一批格鲁派寺院，江口寺是甘南藏区创建最早的格鲁派寺院之一。江口寺的前身是车巴三寺之一的垂巴寺，由从西藏来到明朝洮州卫西边的古务他（今卓尼县阿子滩乡李子滩村附近）的喇嘛阿旺老布藏在明宪宗成化三年（1467年）修建了垂巴寺，后来寺院毁于战乱。明武宗正德四年（1509年），阿旺老布藏的侄儿阿送恼布召集原来寺院里的僧人重新建起了垂巴寺。明朝嘉靖元年（1522年），阿送恼布的侄儿洛扎排销在洮河岸边同时修建了两座格鲁派寺院，即录巴寺和江口寺，与前面已经建立的垂巴寺统称为“车巴三寺”。垂巴寺的三世活佛贡却·丹贝坚赞于道光十一年（1834年）将寺院迁到现在的东珠那境内，并开始修建寺院。江口寺原来属于垂巴寺僧刚管辖，北迁后摆脱了僧刚的控制．建立了嘉木卡尔古肖活佛和齐哇堪布活佛两大转世系统的寺院管理体系。
卓尼境内也从16世纪开始修建了安科尔白石崖寺、恰盖寺、石门寺等格鲁派寺院。恰盖寺是由恰盖噶居哇·敦悦嘉措在藏历第十绕迥火猪年（1587年），遵照西藏前藏地区的一位格西嘱托而修建的。建寺后厘定寺规，严格戒律，寺院戒行严谨，声誉闻名远近。白石崖寺最初是一个游方僧人贡却达木其嘉措的修行之地，在明朝万历十一年（1583年）开始初步修建寺院。以后通过寺院周围部落的支持，逐渐扩大了建筑规模，僧人数量不断增加，寺院的影响也持续扩大。石门寺兴建于藏历第十绕迥木羊年（1595年），创建人是加玛沟的凯乔·罗哲隆智，现在存放于寺院东侧的藏汉两文石碑记载：“寺院建于明万历二十三年四月十一日”。寺内建有大经堂、药师殿、白度母殿、法王殿等九座佛殿，寺院周围有嘛呢经轮房和许多佛塔。寺院鼎盛时期有僧人500余人，后因历史原因衰落。另外迭部的迪岗寺也是这一时期修建的。这个寺院是由该寺的第一世活佛贡巴．罗桑达尔吉在藏历第十绕迥土鼠年（1588年）兴建的，后来成为卓尼大寺的属寺，兴盛时僧侣近300人。
公元17世纪至拉卜楞寺筹建（1709年）是甘南格鲁派发展的高潮期，这一时期建立的格鲁派寺院有据可查的有17座（其中包括一座改宗格鲁派的寺院）。合作市和夏河县建立的有6处，分别是合作寺、多合尔寺、扎油寺、麻隆寺、唐尕昂扎西寺和甘加白石崖寺；卓尼、迭部和舟曲三地共新建10座寺院，改宗一座寺院（由萨迦派改宗为格鲁派）。新建的10座寺院分别是牙路寺、旗布寺、勺哇寺、康多寺、多玛寺、当多寺、拉桑寺、卡坝路寺、八楞寺和黑峪寺，另外鲁琼达合仓寺在公元1688年由萨迦派改宗格鲁派。
据传说合作寺的修建，在藏历第十绕迥土羊年（1619年），青海隆务寺的玛玛尔活佛彭措达尔吉被合作部落中的一个土官请到合作，首先建起了一座静修院。接着于藏历第十一绕迥土马年（1678年）由当地土官资助将静修院扩建，并且广招僧人，寺院的规模逐渐变大。合作寺发展到鼎盛时，僧侣超过1000人。当多寺始建于藏历第十一绕迥木虎年（1674年），位于迭部县益哇乡当多沟尼哇村附近山坡上，后来成为郎木寺的属寺。卓尼的鲁琼达合仓寺是在甘南地区苯教兴盛时期创建的，萨迦派盛行时改宗了萨迦派。藏历第十二绕迥土龙年（1688年），卓尼土司洛桑顿珠（杨威）将鲁琼达合仓寺改宗为格鲁派，从此成为卓尼大寺的主要属寺之一，并且由卓尼大寺委任法台住持该寺教务。
虽然藏传佛教格鲁派在这一时期掀起了建寺高潮，但是苯教和藏传佛教宁玛派仍然在发展，表现形式就是还在修建寺院。黑高寺位于迭部县卡坝乡吾一卡村背后的山坡上。建于明朝成化二年（1466年）。拉益寺位于迭部县卡坝乡尼欠沟内，大约修建于明朝成化元年（1465年），是由西让加才主持创建的苯教寺院，是桑周寺（苯教寺院）的属寺。迪日寺位于卡坝乡安子沟葱地村附近，在明朝嘉靖三年（1524年）是由洛桑丹珠主持新修的苯教寺院，是电尕谢协寺（苯教寺院）的属寺。上面三个苯教寺院创立年代相距不远，地点也基本上互相邻近，这说明迭部是苯教活动的一个中心地区。苯教能够在格鲁派发展的旺盛时期保持继续发展的态势，这说明苯教在当地的存在还是有一定的社会基础。
藏历第十二绕迥水蛇年（1692年），四川康区的西钦活佛嘉贡·仁增嘉华道吉来到玛隆智地索道（今玛曲县木西合乡木拉村），开始传授宁玛派。当时，木拉喇嘛道青等敬请仁增嘉华道吉为佛主，成立帐篷寺。后来修建了一座菩提塔和经堂，1885。年修建了大悲观音佛殿。1948年又在西钦喇嘛·根桑尼玛的帮助下建立了一座大经堂。
这一时期甘南藏区格鲁派寺院建设的重心在卓尼和迭部。这两块地盘当时都处在卓尼杨土司的治理下（迭部在17世纪下半期才直接归杨土司管辖）。格鲁派在卓尼和迭部的显著发展依赖于杨土司势力的不断扩张，卓尼大寺在甘南，尤其在卓尼和迭部地区宗教发展上起着主导地位。由此可以看出，卓尼大寺作为宗教中心在发展中之所以能发挥领头羊的作用，就是因为得益于政教合一的卓尼政教集团对它在政治、经济等方面的大力支持。
三、拉卜楞寺建立后甘南藏区格鲁派的发展
拉卜楞寺的创建者一世嘉木样俄昂宗哲出生于甘南夏河县甘加部落哇德村，十三岁时落发为僧，受了沙弥戒。公元1668年，他到西藏进入哲蚌寺深造，在西藏学经期间博览群书，很快获得了格西学位。随后在第五世达赖喇嘛座前授比丘戒，赐法名“俄昂宗哲”，由于他殷勤诚恳学法，不追求虚名，获得了“嘉木样雅贝多杰”（意思为“妙音笑金刚”）的雅称，此后人们一直尊称他为“嘉木样雅贝多杰”，而他的法名“俄昂宗哲”却被人们渐渐淡忘了。藏历第十二绕迥金龙年（1700年），五十三岁的嘉木样出任哲蚌寺郭莽扎仓的堪布。公元1709年，嘉木样应青海蒙古和硕特部河南亲王察罕丹津父子回籍建寺、弘扬佛法的邀请，返回故里开始筹建拉卜楞寺。
嘉木样在公元1709年带领一百多名亲传弟子回到甘南开始了修建拉卜楞寺的选址、奠基和创办闻思学院等的准备工作。17儿年开始修建寺院，1718年向第一批学僧授予格西学位，至此新建寺院已经初具规模。1720年康熙皇帝册封嘉木样大师为“掌教护法额尔德尼诺门汗”，专门派官员授予金册金印。到二世嘉木样（1728—1791年）时建成时轮学院，这一时期拉卜楞寺积极扩充属寺，108个属寺的规模就在此时形成。三世嘉木样（1792—1855年）完成了医药学院的建筑工作，他曾经被道光皇帝册封为“扶法禅师”。四世嘉木样（1856—1916年）时建成了喜金刚学院，光绪皇帝颁赐给他“广济禅师”的印册。五世嘉木样（1916—1947年）时建成续部上学院，扩建了许多座佛殿，民国政府授给他“辅国禅化禅师嘉木样呼图克图”的称号。拉卜楞寺经过历世嘉木样200余年的增修扩建．成为一处具有六大学院、四十八座佛殿以及众多活佛宫邸和五百多座僧院的庞大建筑群。
拉卜楞寺建立后，甘南地区在原有卓尼禅定寺一个藏传佛教格鲁派传播中心的基础上又增加了另一个格鲁派的传播中心，从此以后，甘南的格鲁派逐渐发展到鼎盛时期。
这可以从格鲁派寺院的修建情况得到具体的印证。
从拉卜楞寺创建的公元1709年开始到1840年为止，格鲁派寺院的建筑数量和速度明显加快。可以确证为这一时期兴建的格鲁派寺院有37座，其中夏河、碌曲和玛曲一带共新建寺院26座，代表性的寺院有：郎木寺（建于1748年）、阿木去乎寺（建于1760年）、隆哇寺（建于1838年）；卓尼、临潭、迭部和舟曲一带共修建寺院11座，代表性的寺院有：达尕寺（建于1748年）、武坪寺（建于1767年）、沙昌寺（建于1804年）、亚湖寺（建于1829年）。
郎木寺的创建与嘉参桑盖的努力分不开。嘉参桑盖于藏历第十一绕迥土马年（1678年）出生在碌曲县双岔乡青科岗村，十一岁时（1689年）出家为僧，二十七岁时（1704：年）远赴拉萨哲蚌寺修习佛经。1747年嘉参桑盖应青海和硕特蒙古河南亲王丹津旺舒克的邀请返回甘南建寺弘法，他建立了郎木寺并制定了严格的学经制度。1749年嘉参桑盖应邀前往合作寺弘扬佛法．并担任法台。1756年，嘉参桑盖圆寂，被尊为第一世赛赤活佛。1764年。第二世赛赤活佛罗桑·坚赞桑盖被迎至郎木寺人寺坐床。他成年后主持修建了大经堂、密宗续部学院和印经院，后来因为与河南亲王府温波（管家，亲王驻寺院的代表）产生矛盾而移居合作寺。三世赛赤活佛嘉华·丹增桑盖四岁时在合作寺院坐床，一生中几乎没有在郎木寺里住过，这就影响了郎木寺的发展。从第四世赛赤活佛开始，郎木寺与合作寺各自迎请了赛赤活佛的化身。
郎木寺经过长期的发展逐渐成为甘、青、川交界地区的政教中心，并且形成了一套比较严密的政教组织系统来对寺院内部及其属寺进行管理。郎木寺的政教组织系统主要分为三部分：一是寺院教务的管理系统：二是寺院财务的管理系统；三是涉及寺院政务的管理系统。郎木寺在历史上最多时曾有属寺14座（其中包括静修院2座），全寺有僧侣600余人，活佛转世系统23个。
甘南东部地区同一时期修建的寺院数量少，规模也相对较小。达尕寺是清朝乾隆十三年（1748年，与郎木寺同年修建）由洛让尼玛活佛主持创建的格鲁派寺院。根据《安多政教史》记载，最初建于达候（今达秀沟口）地方，由于盗贼侵扰，迁移寺院于达尕，位于今花园乡东边。原系卓尼禅定寺的属寺，历任赤哇均由禅定寺委派，后来因寺院内部活佛和赤哇不和，禅定寺不再委派赤畦而脱离直接从属关系。
在格鲁派发展高潮的影响下，还有个别藏传佛教其他派别寺院改宗格鲁派的现象。卡加曼寺位于合作市下卡加乡境内，大约13世纪萨迦派执掌藏区大权时。卡加土官将原来的几所禅院合并后建立了一座萨迦派寺院。公元1701年，卡加土官将寺院献给格鲁派僧人姜绕仓活佛管理。于是改宗格鲁派。在卡加曼寺院鼎盛时期，僧侣多达500余人。
这个时期虽然格鲁派达到极盛，但是还有少数藏传佛教萨迦派、宁玛派和苯教新修寺院。迭部的自古寺创建于藏历第十四绕迥土猪年（1839年），是由四川若尔盖县岱卫求吉寺扎阿巴活佛的转世化身更旦仁宝钦和多儿西让村的格巴二人来到迭部主持创建的萨迦派寺院，是四川岱卫求吉寺的属寺。白古寺以寺址最初建于自古村而得名，后来迁到不远处的迭部县多儿乡白古村北河谷台地。旧址处的经堂和弥勒佛殿至今保存完整。玛曲县阿万仓娘玛寺是藏历第十四绕迥水蛇年（1834年）由四川康区多知钦寺喇嘛奥达创建的宁玛派寺院，最初在黄河沿岸与另一座寺院散日玛寺毗邻，后来迁到扎西贡赛滩，建起了帐篷寺院。高布寺建于乾隆三十五年（1770年），是由尤忠丹增主持创建的苯教寺院，位于迭部县腊子口乡朱立沟内．曾经在1802年和康多村日绰小寺合并。
这个时期受卓尼禅定寺影响的甘南东部地区和受拉卜楞寺影响的甘南西部地区呈现不均衡发展，东部地区寺院建设的数量和规模明显落后于西部地区。主要原因有：