2、结菇和一类细菌有关：据埃格和海斯等人的研究报道，认为覆土中含有像臭假单孢杆菌这样一类的细菌，这类细菌对菇蕾的形成有一定作用。蘑菇菌丝体在新陈代谢过程中产生的乙烯、丙酮之类的挥发性物质，可激发覆土层中微生物的活动，同时也间接地诱导了蘑菇子实体的产生。许多研究者认为，在无菌的覆土上不会出现原基。
3、研究者认为营养作用和结菇之间有关联。覆土后，改变了营养条件，促使菌丝在营养较差的土层中，由营养生长转为生殖生长。
4、从生产实践观察，气候、覆土的含水量和蒸发量等，在结菇中起重要作用。覆土层可随时供给蘑菇生长所需要的大量水分。
5、覆土可支持蘑菇子实体的正常生长。
6、覆土对料表面菌丝的物理刺激作用，可促进结菇。
7、覆土层在料面可以形成一个温湿度较为稳定的小气候环境，有利于结菇。
二、覆土的作用
覆土对蘑菇的菌丝生长阶段向子实体生长阶段的转变起到了非常重要的作用，如果不覆土，菇床上将不结菇或很少结菇，蘑菇菌丝体将一直以菌丝的形式继续生长，而不形成子实体。覆土中的某些细菌（如臭味假单孢杆菌）、小气候的变化等，对蘑菇子实体的形成起到了诱导作用。覆土还有防止培养料干掉和病虫害侵害的作用，覆土也为子实体生长提供水分。生长一公斤的蘑菇需要两公斤水，这些水很大部分从覆土提供。
三、覆土的选择
1、覆土材料的性质
覆土是向堆肥输送氧气的通路，同时也是把堆肥中的二氧化碳扩散到空气中的通路，高浓度的二氧化碳积累在堆肥和覆土中后，原基的形成就会受到阻碍。蘑菇的覆土需具备：一是吸水保水持水力高（团粒结构）；二是孔隙度大，通气性好，即使经常喷水也能保持较好的团粒结构；三是中性和微碱性（PH值在7.2—7.8）；四是没有病虫害的污染源（不含杂菌和害虫）；五是不含营养成分（没有碳水化合物、蛋白质等）；六是盐份低（不含镁、钠等）；七是含钙（改善结构）；不含未分解的有机物（污染的营养源）。
蘑菇栽培覆土的土壤以含粘土40%左右的腐殖壤土和泥炭土为最好。
三、覆土的调制
（一）覆土选择
根据栽培实践，蘑菇高产的覆土材料要求通气性和持水性都好的土壤，目前在蘑菇栽培中比较常用和合适的土壤主要有下面几种。
1、泥炭土
欧美国家栽培蘑菇使用的覆土材料主要是泥炭土。泥炭土也叫草煤，是由植物尸体被埋入地下，经长年沉积、埋压而形成。泥炭土具有结构疏松、吸水性强、持水性好（含水量可达80—90%），酸碱性适中、杂菌和病虫少，便于蘑菇菌丝向土层生长，有利于子实体的生长发育。如荷兰的蘑菇栽培者使用泥炭土做覆土材料，其配方为：泥炭土75%（其中70%黑色泥炭土+30%的白垩土）+25%的甜菜渣，覆土是一次性覆4厘米。
2、水稻土
水稻土是指栽培水稻田里的土，是我国蘑菇栽培者常用的覆土材料，理化性质比泥炭土差很多，但使用得好也能取得很好的栽培效果。水稻土要取团粒结构好的壤土，先铲去表土，取表土30厘米左右的土，取回后摊开暴晒，目的是通过暴晒可利用太阳的紫外线进行杀菌，另外可以改善土壤的理化性质。晒干后敲碎备用，土壤颗粒最大不能超过拇指大。
3、麦田土
麦田土是指取自栽培小麦田中的土壤，这在西北地区栽培蘑菇是常用。要取团粒结构好的壤土，先铲去表土，取表土30厘米左右的土，取回后摊开暴晒，目的是通过暴晒可利用太阳的紫外线进行杀菌，另外可以改善土壤的理化性质。晒干后敲碎备用，土壤颗粒最大不能超过拇指大。
4、草甸土
草甸土是指在在草原或草地上的土，由于长时间的生长，在草皮下面会形成一层厚厚的黑色土壤，这层土壤叫草甸土，草甸土经过了长时间的腐熟，其理化性质很适合蘑菇的生长。取土时先铲去草皮，取草下面的腐熟黑土，取回后摊开暴晒，目的是通过暴晒可利用太阳的紫外线进行杀菌，另外可以改善土壤的理化性质。晒干后敲碎备用，土壤颗粒最大不能超过拇指大。草甸土在西北一带使用，应当注意不要破坏草原生态，所以不主张推广。
5、细土+砻糠覆土
就是采用普通的壤土加砻糠制作成通气性强、持水性好、蘑菇生长发育好覆土。其制作和使用技术如下：
（1）细土准备：在覆土前7—10天，挖取地表20厘米以下的稻田土或麦田土，敲碎后过筛取细土。
（2）砻糠处理：选新鲜无霉变的砻糠，放在太阳下暴晒几天，然后再放在Ph值为10的石灰水中浸泡24小时，还要用0.5%的敌敌畏喷洒杀虫。
（3）细土和砻糠混合：把细土和砻糠混合，在混合土中加入石灰进行堆置，用甲醛进行消毒，Ph值调节和覆土消毒方法后面具体介绍。
（二）覆土处理
1、加石灰和调节Ph值：为了抑制土中微生物的生长和调节土壤的酸碱度，需在土壤中添加石灰和碳酸钙。添加量为：粘壤土加2—3%的石灰，也可按栽培面积来加石灰，一般100平方米面积的覆土加50—75公斤的生石灰，4—5%的碳酸钙，覆盖100平方米面积的蘑菇菇床用土4立方米，把添加的石灰、碳酸钙和草木灰100公斤拌均匀后，堆成火山形的土堆，堆顶挖穴灌水堆制5—7天，使覆土的PH值稳定在7.5左右。
2、加稻谷壳：粘性大的土壤，可拌入4—5%砻糠，砻糠应选用新鲜无霉变的，堆制前经太阳下爆晒2—3天，后用PH值为10的石灰水浸泡24小时，覆土前一天用福尔马林和敌敌畏消毒，经消毒的砻糠（谷壳）覆土时拌入土中。
四、覆土的消毒
土壤中含有大量微生物和害虫，沤制过的土在覆土前须经消毒，杀灭土壤中的病菌和害虫。覆土的消毒是有选择性的，不可能把覆土变成无菌状态。消毒的目的主要是杀死疣孢霉，褐斑病，轮枝孢霉、细菌性斑点病等病菌和线虫、螨、菇蚊、菇蝇的卵和幼虫等。
1、用甲醛消毒：甲醛的水溶液叫福尔马林（含量为35—40%），一般100平方米面积的覆土用福尔马林1公斤，配成浓度为2—4%的福尔马林溶液，在经消毒的水泥地上，铺上15cm厚的土粒，然后喷洒福尔马林溶液，再铺上15cm的土，再喷药，这样反复堆成梯形的土堆，后用塑料薄膜密封盖住2—3天。但气温在15℃以下时，用福尔马林消毒效果差。消毒后，应多次翻动覆土后才能使用。
2、蒸汽消毒：把土粒装入20厘米深的箱中，放入可以密闭的消毒室内，把箱堆叠起来，通入蒸汽，土粒不能太干，不然会影响杀菌效果，在60℃温度下消毒3—5小时，时间不能超过5—6小时，如果覆土汽蒸时间过长、温度太高，会使长菇推迟和产量降低，这可能与蘑菇结菇需要某类细菌受到汽蒸的严重干扰有关。也可把土覆盖在可通蒸汽的管道上，通蒸汽时用塑料薄膜把覆土盖住消毒。
五、覆土前的菌床管理
覆土前应把菌床整平，用手拍动菌床，促进菌丝断裂生长。菌床较干的，应喷水增湿，水中加高效低毒的农药防治病虫生长，还可喷蛋白胨和蘑菇生长素1号等营养液复壮菌丝。喷水后关闭门窗促使菌丝生长，待床面上的菌丝发白后再覆土。
另一种方式是：菇床上堆肥干透是时，覆土前不喷水，待覆土后，采用重水浇淋的方法补水，连续3天间歇淋水，方法是：覆土后用洒水壶一样的喷头，直接往菇床上淋水，淋到水从床底下漏出为止，然后进行24小时连续大通风，第二天不淋水；第三天继续按上面方法淋水，第四天大通风，不淋水；第五天再淋水，然后打通风，整个淋水期间都不关门窗，进行大通风，这种采用间歇淋水的方法，既能补充堆肥的水分，又不会造成堆肥的不通气，菌丝经这样处理后，生长非常旺盛。这种方法很适合在自然条件下栽培、菌丝长满后由于气温太高不宜覆土，只好把堆肥通干的管理方法，堆肥通干有利于改善堆肥的物理性状，增强堆肥的通气性，菌丝通过干湿的变化会断裂，加湿后反而会生长更旺盛。
六、覆土
覆土时使用的用具要求干净（经消毒的），覆土前的土壤的含水量在55%左右，用手握能成团、落地后散成碎块为准，土壤颗粒小于1立方厘米，均匀地铺在菌床上，覆土厚度3—4厘米，第一次覆土厚2厘米左右，以后再补土至3—4厘米。覆土厚度要求均匀，不然，菌丝可能开始在一个位置已经长到覆土层表面，而在另一个位置才长入一半覆土层。只有在覆土层厚薄一致时，菇蕾才不至于在覆土下形成地雷菇和在薄覆土层上形成质量不好的菇蕾。当覆土厚度不均匀时，在喷水阶段可能导致水漏过覆土层薄的部位，而较厚的部位覆土仍然处于干的状态，造成覆土层的水分不均匀，影响出菇和产量。
七、覆土后的管理
覆土后的管理好坏对蘑菇的产量和质量影响很大，要使蘑菇子实体数量多、质量好，就必须使蘑菇的菌丝体往土层生长，并且要能够向上生长至土面，然后通过出菇管理措施把结菇部位定位在表土下面，所以覆土后的管理是项技术性很强的工作，必须根据蘑菇的生物学特性和当时的气候条件，来采取合理的管理措施。覆土后通过喷水、温度、通风等管理，促使堆肥中的菌丝体往土层上旺盛生长，为子实体的形成和高产打下基础。
（一）水分的管理
1、在覆土前菌床干没有补水的，在覆土后当天浇重水，每平方米4公斤，覆土后第3天浇第二次水，每平方米2.5公斤，覆土后第五天浇第三次水，每平方米1.5公斤。在浇水期间把所有门窗打开，持续通风，第三次浇水后通风3个小时，然后关闭门窗，促使菌丝往土层生长。
2、西北气候干燥，在覆土后应把菇房的地面、墙壁和床架喷湿，使菇房的空气相对湿度保持在85—95%，应紧接着给覆土喷水，覆土后的头3—4天，每平方米需要洒6—8公斤的水，每次每平方米洒2—3公斤，使覆土含水量达到覆土最大持水量，第三次喷水后，检查土壤的含水量，如果土粒仍有“白心”，未湿透，应再一次喷水直至土粒湿透为止。喷水应少量多次，注意防止覆土板结。当覆土能很容易挤出水时，覆土湿度就够了。第二次喷水时喷0.5%的福尔马林溶液，关闭门窗过夜，第二天上午通风。
3、在第7—8天，菇床应每隔一定时间喷少量的水，保持覆土一定的湿度，以后的几天中，每次每平方米可喷0.5—1公斤水。当蘑菇菌丝长入覆土层1厘米时需要比较多的水分，而到8—10天，菌丝达到覆土层70﹪时（覆土表面的40﹪被白色的菌丝覆盖），这时水分蒸发多少就补喷多少，喷水不能太多。
4、如果出现覆土板结，可在覆土后的第6—7天，用布满铁钉的划线板在土层上划线，把充分潮湿的覆土层弄粗糙。
5、结菇前覆土的水分管理：结菇前后的水分管理是蘑菇出菇管理的关键技术。结菇前几天覆土不喷水并结合加强通风，使覆土层水分降低，让覆土层偏干点，即使覆土表面干至稍发白也无碍，使菌丝在覆土层内健壮生长。
（二）温度管理
覆土后要通过调节覆土的温度和菇床的氧气含量促使双孢蘑菇菌丝强壮地迅速地生长到覆土中，并开始形成菇蕾。
1、双孢蘑菇菌丝生长的最适温度为24—26℃，所以覆土后一周内，保持菌床温度为24—26℃，菇房室内温度为21—22℃，蘑菇菌丝将以每天3—4mm的速度生长。覆土浇水后的一周内，由于菌丝的旺盛生长，菇床温度会急剧上升，会比室温高5—6℃，应及时调节室温，抑制菇床温度的上升。
2、气温较高，菇房内室温高于27℃是，一定要及时采取降温措施，菇床温度如长期高于28℃易发生褐霉，但在通风降温时应注意避免覆土层中的水分的散失，特别是在菌丝还没有长入土层中时，过早通风、通风太强和时间太长，不利于菌丝往土层中生长，会使菇在覆土层的深处形成菇蕾，变为地雷菇。覆土后床温长时间在28—30℃，会造成以后菇床中间不出菇，如加上通风不良、覆土层又太湿，可能会产生灾难性的后果，造成堆肥中的菌丝全部死亡消失，堆肥变黑。笔者在西北夏天进行双孢蘑菇栽培时经常遇到这种情况。
（三）通风管理
通风是调节菇房内温度和二氧化碳的主要手段，二氧化碳浓度是决定蘑菇菌丝体结菇的重要因素之一，通风的好坏，影响蘑菇菌丝在覆土生长发育的好坏，也是影响蘑菇产量和质量的好坏。覆土后的6—7天内，在温度正常的情况下，尽量少通风，保持菇房空气相对湿度85—95%，防止通风过量，菌丝在覆土层生长不良，过早结菇，特别是气温在18℃以下时。通风量只要使菇房内的空气能循环流通就够，当菌丝有少量冒出土面时，少量适当通风，使菇房保持较高的二氧化碳浓度（1—2%），防止冒菌丝，以利菌丝往土层中生长。当蘑菇菌丝还未在覆土层长足，气温在又在18℃以下时，菇房不能通风，防止菇房内的二氧化碳浓度降而过早结菇，影响产量。当菌丝已长透覆土层，应加大通风量，使覆土层稍干，以诱导原基形成。
（四）补土管理
第一次覆土时，一般先覆2厘米左右，有利于菌丝往土面生长，当菌丝长至覆土表面呈白色时，进行补土，补土后菌丝继续生长至覆土表面再呈白色时再补土，一般补土2—3次，直至覆土层厚达3—4cm为止。补土时用的土要经过消毒，水分掌握在能成团、但不粘手。
（第九节）原基诱导管理
菌丝体在覆土层长足后，就应马上改变管理措施，创造菌丝体向子实体转化的小气候条件，使菌丝扭结，形成子实体原基，从而发育成菇蕾。原基诱导管理的内容是通风、降温、降低二氧化碳浓度、增加水份，促使菌丝扭结形成原基，使蘑菇的生长从营养生长向子实体生长过渡。
（一）蘑菇的营养生长和生殖生长
根据研究报道，蘑菇菌丝在堆肥中的生长条件和长入覆土层的条件几乎是相同的，比诱导原基形成的条件更宽，在一定范围内高的盐浓度和二氧化碳浓度对菌丝生长没有什么不良影响，而对诱导原基形成有很强的抑制作用。
覆土的物理结构、菇房的环境和出菇的管理，对蘑菇子实体的生长有重要作用。反复喷水造成覆土板结，影响了覆土层和堆肥的气体交换，二氧化碳浓度升高，影响原基的形成，二氧化碳浓度达到0.2﹪以上时，原基的形成就会受到限制。蘑菇子实体数目的多少和覆土材料有很大关系。蘑菇子实体原基的最适浓度为0.04—0.08﹪，二氧化碳浓度浓度在0.2﹪以上，蘑菇的原基形成受到限制，只进行营养生长。
蘑菇原基形成和覆土中无机盐的浓度有关系，特别是覆土中的镁，对原基的形成是有害的，高浓度的镁会造成蘑菇减产。