巴氏消毒结束后，这时堆肥中心部位的温度为55℃，室温保持在40—45℃，堆肥应按一天降1℃的速度降到52℃，使菇床中心的温度为52℃，培养料整体的平均温度保持在46—53℃的范围内，（堆肥温度在45℃以下和54℃以上对制作优质堆肥是不利的），室温保持在40—45℃，以维持堆肥温度，以创造蘑菇堆肥发酵有益微生物大量繁殖的温度条件，从降温开始的发酵时间为7—10天。在发酵过程中可通入少量的活蒸汽，以保持适宜的温度和空气相对湿度。温度的控制要注意保持堆肥的中心温度为50—52℃，为便于测定料温，最好使用温度传感器，把温度探头插入料中央，以检查堆肥温度，同时在室内空间也放温度计以检查室温，把温度计的显示表挂在室外，在室外进行观察。一个200平方米的菇棚使用5个温度传感器探头，一个测室温，四个测料温，每30分钟测一次，发酵结束时适宜的温度是：料中心温度为50—52℃，料表面温度为45℃。
（4）冷却
二次发酵结束后，迅速打开所有门窗，通入新鲜空气，在12小时之内把温度降至30℃以下，并立即进行整床播种，防止发酵好的培养料再污染。
（5）二次发酵后优质堆肥标准
堆肥颜色灰色（下霜状）；稿秆纤维柔软、有一点抗拉力；培养料的表面和内部都有白色的有益真菌和放线菌的菌落，堆肥手感不污手、完全没有粘性、有弹性；紧握堆肥不滴水，含水量65%—68%；无氨味，有甜和新鲜的香味；含氮量2%—2.4%，C/N16—17，含氨量在0.04以下，PH值6.8—7.4。
五、堆肥集中二次发酵技术
1、集中发酵的概念：集中发酵有别于一区制栽培（即在同一个菇房内完成二次发酵、菌丝培养和出菇等过程），而是把堆肥集中到专门设计建造用来堆肥二次发酵和培养菌丝的隧道或发酵室内进行集中二次发酵和菌丝培养，一般是一次集中发酵50—100吨的堆肥。利用隧道自动控制进行集中发酵的技术是由意大利人发明的，到了70年代在法国和荷兰的蘑菇企业中实用化成功。目前我国有些蘑菇生产企业也有应用这项技术。
2、集中发酵的优点：集中发酵节省能量，温度、通风和各项操作更好控制，堆肥质量更好，把二次发酵和菌丝培养从栽培室中分离出来，从而把一区制（一室方式）改为三区制（三室方式），缩短了每周期菇房的占用时间，增加了栽培次数，同时对菇房的建造要求更简单，降低了建筑材料和设备的损耗，更有利于机械化操作，节省人力。
3、集中发酵隧道的设施和设备：
（1）发酵隧道（发酵室）：隧道的尺寸一般为：宽3—4米，高3.4—4米，长根据装料量而定（1吨堆肥约需占地面空间1.2平方米）。地面由2层构成，下底层是水泥地板，但要求有隔热功能，上层是木制的、金属制的或水泥制的格子层。墙壁和屋顶要用隔热材料建造，还要求有防潮层。门要求有双重门、密封和隔热。
（2）地面构造：两层地面之间的自由空间至少必须有40—50厘米，为了较好地分配压力和限制空气的速度，地面对着空气入口至少倾斜2﹪，也有利于在低洼处排出积水、冷凝水和清洗隧道时的用水。排水口必须气密和装有开关。
（3）通风换气装置：通风换气装置主要由蒸汽入口、外部新鲜空气入口、空气过滤器、内部回风口和排气口等部分组成。
4、集中发酵的过程：
（1）装料：通过一种可伸缩旋转的传送带，把堆肥均匀地装入隧道，堆肥堆肥厚度为2米左右，堆肥四周和墙壁之间最少要有50—80厘米空间距离，堆肥顶部和屋顶要有1米以上的距离，有利于通风。装好料后，安装好温度传感器，关闭发酵装置，通入循环空气，最少要通入5—10﹪的新鲜空气，防止嫌气发酵，促进堆肥发热。温度控制在室外进行，把堆肥的温度和室温控制在50℃。
（2）巴氏消毒：当堆肥温度达到50℃时，把温度设定在57—60℃，开始通入活蒸汽，促使堆肥升温，温度达到57—60℃时，维持这个温度6—12小时，进行巴氏消毒。如温度超过60℃以上，应立即通入外界新鲜空气进行降温。巴氏消毒结束后，通入新鲜空气进行降温，使温度降到48—53℃。
（3）堆肥腐熟：通过新鲜空气和回风（室内循环空气）自动开关，把堆肥的温度维持在48—53℃，保持5—7天。堆肥发酵结束后应在12小时内把温度降到30℃以下，并立即接种。接种是通过传送带把堆肥送出过程中，用接种机在传送带上进行自动接种，把菌种散布在堆肥中。
（第七节）播种和播种后管理
二次发酵好的堆肥具有一定的选择性，有利双孢蘑菇的菌丝体生长，但必须尽快播种，使蘑菇菌丝尽快地在堆肥中生长，从而抑制竞争性的霉菌和其他的微生物生长。在自然气候条件下，播种期应选择蘑菇菌丝最适合生长的季节，蘑菇菌丝体最适宜的温度为22—26℃。
一、菌种
我国目前生产栽培种常用的培养基配方为麦粒和经过发酵的棉籽壳配方。麦粒配方的优点是萌发快，但会发霉，很快变绿，会引诱老鼠，透气性差，不耐储存，笔者曾经遇到放在冷库里的菌种由于通气不良，菌种全部死亡。而棉籽壳发酵料配方的优点是透气性好，耐储存，不会发霉，没有鼠害，笔者曾经做过试验，菌种长满后储存在低温条件下6个月播种，菌种照样萌发很好，但是菌丝的生长点较少。
用种量以每平方米面积1—1.5瓶较好，根据试验，用种量增加蘑菇产量也增加，主要原因是快速生长的蘑菇菌丝具有抵制竞争性微生物的能力，增加用种量后提高了这种能力，同时缩短了堆肥的发菌期。但是播种量超过一定数量后，经济效益就不合算。
菌种在长满后10天内使用，如没有及时使用，应放在2℃的条件下储存。菌种在32℃条件下持续一段时间，菌丝就会死亡，麦粒培养基的菌种会开始发酵，发出像坏啤酒那样的酸味。当菌种运到菇场后，应放温度低的场所，并立即打开包装物，疏散排开。
二、播种
（一）播种前的准备工作
1、翻架铺料：堆肥温度下降到30℃以下时，把菇房内的废气排除干净后，进行翻架铺料。把二次发酵好的堆肥均匀地铺放各菇床上，边翻料铺床，边将草粪混匀，捡弃杂物，把料铺平整，厚度一致、松紧一致，稍压实，堆肥压实厚度为16—18厘米。整床铺料时，要检查发酵料的含水量。如太干，要喷浓度为1%的石灰水，使堆肥含水量达65%左右，整床后，搞好菇房的卫生，并马上播种。
2、菌种准备
（1）菌株选择
蘑菇菌株的优劣，是关系蘑菇栽培能否取得高产优质的决定性因素。菌株的推广、菌种的生产目前国内重要产区都实行严格的控制和管理，以防给栽培者造成重大损失。如福建省对蘑菇菌种的生产专门制定了管理条例，根据专家评定和多年的中试，确定推广菌株。国内蘑菇生产比较好的菌株有As2796等。这些菌株经多年的栽培实践证明，产量高，质量好，适用性广，抗性好。
（2）菌种质量
选用菌种时，应当选择无杂菌、无病虫、菌丝洁白、菌丝生长旺盛，上下均匀不萎缩、不退化、不吐黄水，绒毛菌丝多、菌丝健壮、蘑菇香味浓，长满瓶后10天左右的菌种。
（二）播种方法
采用混合播种法，播种前，手、衣服、器具，都要进行消毒，把菌种从容器中取出后，充分搅碎。播种方法采用混播，把四分之三的菌种撒在培养料表面后，用手把菌种和堆肥混合，剩下四分之一的菌种撒播在堆肥表面，这种播法用种量大，但发菌速度快。另一种是三分之二菌种撒到堆肥表面后，用手拍动，让菌种下沉到堆肥中，另三分之一的菌种撒在堆肥表面，这种方法的好处是堆肥表面菌种量大，有利于表面蘑菇菌丝形成优势。混合播种因为增加了用种量，在堆肥中提供了更多开始的生长点，使蘑菇菌丝能更快地在堆肥中长透，节省了发菌时间，减少了堆肥中竞争性微生物发展的机会，从而为提高产量有好处。
播种结束后，把料面压平压实，以利于保持堆肥温度，然后盖上报纸或地膜，防止堆肥表面干燥和阻隔竞争性微生物的孢子落到堆肥中，减少杂菌的污染。为了杀死这些正在萌发的杂菌孢子，每周要用0.5%的福尔马林药液在报纸或地膜上喷洒，菇房四周和地上喷杀虫剂，防止害虫在菇房内繁殖。
三、播种后的管理
播种后的管理，主要是提供蘑菇菌丝体生长所必需的适宜的温度、通气、水分等条件，并防止杂菌和害虫的发生，促进菌丝健康快速地在堆肥中生长。播种后第3天，菌种的周围就长出绒毛状的菌丝，然后定值在堆肥中并向四面八方繁殖，和其它种块的菌丝融合在一起。
1、温度管理：播种后的第三天，菌种的周围就开始长出绒毛状的菌丝，并在堆肥中定植向周围扩展。播种7—8天后，由于菌丝的旺盛生长，菇床温度会上升，比菇房空间的温度会高出1—3℃，应把菇床温度控制在25—27℃，不要超过28℃。防止菇床温度超过28℃。可采用通风降温，把菇房空间温度降至21—22℃，菇床温度维持在25—27℃，通常14—20天菌丝就能完全长满堆肥。菌丝长满堆肥后就可以开始覆土。
2、湿度管理：播种后的前4—5天应不通风或少通风，把菇房空气相对湿度控制在90—95%，防止菌丝失水干掉，促使菌种早萌发、快定植。菌丝定植吃料后，加强通风，使菇房内氧气充足、湿度下降，降低堆肥表面的湿度，增强堆肥的透气性，使菌丝往堆肥中心和下部生长，促使菌丝往堆肥内部生长，抑制堆肥表面杂菌的生长。随着菌丝生长量的增加，通风时间随着延长，没有通风设备的菇房，通风窗要多，通风时间要根据菌丝生长情况和天气来延长，即使堆肥表面通干了也无碍。笔者曾做过试验，把堆肥随着菌丝的生长，不断加强通风，最后菇床上的堆肥全部通干，覆土时用水多次浇透，菌丝会生长得很旺盛。
3、通风管理：刚播种是不通风或少通风，随着菌丝的生长，不断加强通风，通风时，一般情况下，朝南和北的门窗同时打开，风大时只开背风的通气窗。我国西北干燥地区，要注意缩短通风时间。播种10天左右，当菌丝长入培养料二分之一时，应及时将堆肥松动一次，促使菌丝更快往下长，生长更旺盛。经过14—20天左右，菌丝就能充分长满堆肥，这时整个菇房可闻到很浓的蘑菇菌丝香味。
在菌丝培养半个月时，要喷施一次杀虫、杀菌剂，防止菇蚊、菇蝇，螨类及杂菌的发生蔓延。
四、菌丝的营养吸收
据有关研究资料报道，蘑菇菌丝可分为气生菌丝和基内菌丝，气生菌丝向空中进行先端生长，基内菌丝向培养基内进行先端生长。从营养吸收方面来看，基内菌丝在先端部进行活泼地吸收营养，而气生菌丝附着在培养基上，没有直接进行营养吸收的能力，数日后先端部作为基内菌丝转变职能后，才发挥吸收能力。气生菌丝本来不具有吸收营养的功能，其营养靠从基内菌丝运送来。但是，基内菌丝和气生菌丝有可以互相转化的性质。基内菌丝的吸收是靠近比较先端的部分进行的，被吸收的低分子物质在该处被合成高分子化合物。菌丝具有分枝的能力，断后会长出更浓密的菌丝。
五、集中发菌技术
有一种新的发菌方式叫大堆发菌（也叫集中发菌），用传送带把集中二次发酵装置中二次发酵结束的堆肥传送到另一个集中发酵装置，在传送过程中把菌种混合进去，混合菌种的堆肥厚度在1.5米左右。发菌时的温度控制在25℃，温度通过隧道的通风控制装置来调节。通风量少，每小时10立方米就够了。
集中发菌应注意通风不能太强，不然会造成堆肥局部温度的紊乱和二氧化碳浓度太低，不利于生长。
六、播种后发生的异常情况及处理
1、菌种不萌发：播种3—4天后要检查菌丝生长情况，正常情况下，播种3天后，菌丝就会萌发，如果在适宜季节播种，菌种不萌发主要原因可能是温度高于30℃，如果料温连续2—3天高于33℃，菌种颗粒上的菌丝就会“烧死”而不能萌发。或堆肥的游离氨浓度高，菌种在氨气的刺激性也不能萌发。发生后要及时查明原因，采取相应措施。如菇房温度过高，应及时采取通风降温或其他降温措施。如培养料中有氨味，应及时翻动堆肥，或喷1%的福尔马林、或喷过磷酸钙水，消除游离氨，再增加播种量。菌种死亡后不能萌发的要及时补播。
2、菌丝不吃料：菌种萌发后不在堆肥中生长即不吃料，可能的原因有PH值偏高或偏低、堆肥太湿或太干，或营养成份失调。如培养料太干，应喷PH值7.5的石灰水调节；如培养基太湿应松动堆肥，加大通风，也可撒碳酸钙粉或草木灰降湿，PH不适合和营养比例失调的应重新配料发酵。
3、堆肥内菌丝生长弱、缓慢：可能的主要原因是在配料时使用质量差的原料，前发酵时料温没有达到70℃以上，又没有进行二次发酵，使用的草粪等材料已经淋雨、发过热、发霉，养分差。为防止这种情况的发生，应保证堆肥的质量，使前发酵达到高温快速。
4、堆肥内绒毛菌丝稀少、线状菌丝形成：主要原因是堆肥配方不当和发酵技术控制不好、粪肥过量、前发酵过程中又造成嫌气发酵、加上堆肥过熟、透气性差、氧化不足等因素，妨碍了绒毛状菌丝的生长，提前形成了线状菌丝，过早地由营养生长转入生殖生长。要防止这种情况的发生，主要应改善堆肥的通气状况，堆肥配方中的粪肥不能过多，前发酵堆置时间不能太长，堆肥含水量不能提高，堆肥太湿时在堆中打孔增加透气性。
培养料中的营养份不适合蘑菇菌丝生长，
（第八节）覆土和覆土后管理
覆土就是在长满菌丝体的堆肥上覆盖一层3—4cm厚的壤土、泥碳土等材料，促使蘑菇的生长阶段从菌丝体生长阶段向子实体生长为主阶段转变，在土层中形成子实体原基，并发育成成熟子实体。
一、双孢蘑菇结菇的原理
长期以来，世界上就有不少人对双孢蘑菇营养生长向生殖生长转化、形成菇蕾进行了研究，想找出双孢蘑菇为什么要覆土才能才能结菇的机理，经研究取得了多方面的成果，虽然还有完全搞清楚，但目前研究有报道的是以下方面。
1、结菇和二氧化碳浓度有关：菇房内床上与空间的二氧化碳浓度不同，由于菌丝体的生命活动，使堆肥和覆土层中二氧化碳百分比增加，除二氧化碳以外，由于新陈代谢的结果，菌丝体的生命活动也可能释放出极微量的其它的气体，当空气中的二氧化碳含量为2﹪的时候，蘑菇的菌丝体生长还是生长良好。当菇床上面的二氧化碳浓度接近新鲜空气的二氧化碳的含量时（0.06﹪），在覆土的某些部位二氧化碳含量将下降到0.15—0.1﹪，甚至更低，这时蘑菇菌丝体停止生长，如这时其它条件有利于结菇，菇床将开始结菇，蘑菇结菇时的二氧化碳浓度为0.08—0.15﹪。