覆土中的细菌是蘑菇形成的重要因素，研究发现，有有一类细菌（臭味假单孢细菌）对蘑菇原基的形成有关联，可能原因是：蘑菇菌丝体在生长过程中产生的挥发性代谢产物，如乙醇、丙酮、乙酸乙酯等会抑制原基的形成，而这些物质在覆土中被细菌作为营养分解掉，结果诱导了原基形成，覆土灭菌后不会诱导原基形成。
为了原基的形成，需要大量的营养和水分，在覆土层必须要有大量的菌丝，菌丝和菌丝在相反的方向融合形成菌索，菌索起着把堆肥中的营养物质往覆土层的菌丝先端部位的作用，参与菌索形成的菌丝是气生菌丝，基内菌丝不参与菌索的形成。菌索的形成和温度有关联，在覆土后2—3周之内菌索形成达到最大量，温度在10℃时菌索少，16—20℃。菌索达到最大量后，随着采菇的进行而逐渐减少，在中途没有其它菌索在覆土中产生，也就是说，覆土中潜在的原基数目在采菇之前就已经确定了。如果全部的原基都发育成子实体的话，每10平方米可产1600多公斤的菇，因此，覆土后2—3周和采菇期的管理是非常重要的。覆土后温度维持在22—24℃，原基不会长大到2毫米以上，为了原基长大，必须低温处理，研究认为，低温刺激不是诱导蘑菇原基形成的主要原因，温度下降到16℃以后，原基就正常长成长成的子实体，必须低温的时间是原基的长到6毫米的2—3天，以后在稍高温的条件下会促进原基长大，从直径10毫米的子实体长大到菌幕破裂的天数，在温度超过10—25℃范围时，与温度存在线性关系，温度每上升4.6℃，蘑菇成熟提早一天。
高浓度的二氧化碳会抑制蘑菇原基的形成，同时对子实体的长大也有影响，菇房二氧化碳浓度达到0.3—0.5﹪时，菇柄会伸长，如果到了接近5﹪，菇柄就会异常生长，菌盖不长，形成畸形菇。
蘑菇子实体的水分在90﹪以上，但不能防止子实体的水分蒸发到周围环境中，在正常的管理条件下，子实体的蒸发量是：菌盖直径10毫米的子实体一天蒸发1毫升以下，菌盖直径20毫米的子实体一天蒸发2—4毫升，普通正在长大的子实体，水分的蒸发量是6毫克/小时/平方米，如蒸发超过这个标准，蘑菇的子实体表面就会变成鳞片状，变褐色。
（二）降温
蘑菇子实体原基形成的适温为16—18℃。在覆土后的第10—14天之间，菌丝已经在覆土层中长足，菌丝长至覆土表面时。这时要把菇房的温度降至15—17℃，菇床温降至18—19℃，促使菌丝变粗扭结，形成线状菌丝。在24℃以上极少形成原基，在10℃以下的温度原基形成的数量也少。但据有的研究认为，低温刺激不是诱导蘑菇原基形成的主要原因，低温是促使原基长成子实体的条件，温度下降到16℃以后，原基就正常长成的子实体，必须低温的时间是原基长到6毫米的2—3天，西北地区夏季栽培遇到气温高时，可利用内陆地区气候日夜温差大和地下水水温低的特点，在夜间打开门窗通风，并喷水调温。
（三）通风
最适合蘑菇原基形成的二氧化碳浓度为0.04—0.08%。二氧化碳的浓度高于0.2%以上时会抑制蘑菇子实体的形成。菌丝长满覆土层、在覆土层中长足以后，应结合降温加强通风，使覆土表面干燥，抑制菌丝往覆土表面生长，把菇房的二氧化碳浓度降至0.1%以下，以诱导蘑菇菌丝扭结变粗、形成线状菌丝，并进一步发展成子实体原基。根据笔者的试验，菌丝体在覆土层长足后及时进行大通风，降低二氧化碳的浓度，让覆土稍干点，过几天后用手指挖开覆土观察，会发现在覆土层中有大量的白色米粒状的子实体原基，后面温度降低后，打结菇水，床面上就会形成大量的子实体。
（四）喷水
蘑菇子实体原基的形成，还受土层中盐分浓度的影响，在栽培过程中，可溶性盐类会随水分从菇床表面蒸发而向覆土层移动，覆土层中可溶性盐类浓度增加后，会抑制原基的形成。喷水可降低土壤中可溶性盐的浓度，有利于原基的形成，另外补水可保证原基的发育过程所需要足够的水分。
（第九节）出菇管理
正常温度和管理条件下，第一潮菇的采收大约在覆土后18—25天，一般每潮菇以7—10天为一个周期，在工厂化栽培中，采菇期大约为5—8周时间，我国在自然条件下的季节性栽培采收期长达120天左右。蘑菇的产量和质量由培养基、覆土、菌种、环境条件和管理方法等因素决定，出菇管理技术对蘑菇的产量和质量影响很大，而管理技术又不是机械的、不是完全可以量化的，蘑菇管理是种“艺术”，是栽培者一进入菇房，就能感觉到菇床上的蘑菇需要什么，并创造蘑菇需要的条件。这种艺术不能从书本上学到，而要长期的实践经验，形成的一种感觉。所以，管理技术也是蘑菇栽培者最不容易掌握的，是一辈子都学不完的。而蘑菇栽培的技术书籍在管理方法部分往往不能表述清楚，只能是基本管理的方法，需要栽培者根据实际情况去不断总结体会，找出适合自己栽培场的管理方法。
一、菇蕾的生长发育
蘑菇子实体是如何生长发育的呢？观察单朵蘑菇时，可以发现，首先由线状菌丝扭结形成一个小球开始的（即原基或菇蕾），原基在适宜条件下7天会达到黄豆大小的菇蕾，然后细胞开始分化，形成菌柄和菌盖，如果条件适宜黄豆大小的菇蕾就生长发育成成熟的蘑菇子实体，3—4内就可以采收。如果这朵蘑菇留下不采，它就会继续生长发育，并且在菌盖下面出现菌幕，以后菌幕破裂，菌盖扩展，菌盖下面就可看见粉红色的菌褶，在这些粉红色的菌褶上形成了大量的紫色孢子并弹射出来，大量孢子弹射后，子实体就完成了它的使命，这朵蘑菇就开始衰败。这就是蘑菇子实体的整个生长发育过程。具有商品价值的蘑菇子实体应在子实体菌盖还未展开、菌膜未破裂时采下。在适宜的条件下，由原基长至具有商品价值的子实体（即到可采收的时间）约需10—12天。
二、菇潮
蘑菇子实体的收获不是一次性的，而是多次生长、多次收获。蘑菇子实体生长会出现高峰期和低潮期，像潮水一样，这种周期会重复出现，这就叫菇潮。每生长一次、收获一次俗称为“潮”。蘑菇子实体开始生长时，通常是先在边缘先出现，而不会连续整齐地出现，菇蕾出来3—4天后许多子实体就可以采收了，菇床上子实体生长量达到高峰，但是过后量迅速减少，几天后完全停止，与此同时，新的菇蕾正在发展成成熟的子实体，再过几天行成另一个生产高峰。这就叫一潮菇。每潮菇的高峰期只有1—2天，而后数量逐渐减少，如果把每潮菇子实体发生的数量和时间画成曲线，就可看到每潮菇之间的菇峰和菇谷。两潮菇的菇峰之间的间隔时间约在7天左右。两潮菇间隔的时间一般为7天，在自然条件下栽培一个产季一般可采收五潮菇，但主要产量集中在秋季的前三潮菇，占产量的70﹪左右。每潮菇都能形成高峰，尽可能形成3—4次子实体发生量大的菇潮，才能取得高产。
俩潮菇之间的天数受采收期间菇房的温度、采收时刻等影响，如果蘑菇子实体留到开伞时再采收，蘑菇子实体保留在菇床上的时间较长，俩潮菇之间的时间也就较长。在管理过程中，应使子实体转潮快。
可以采收的蘑菇留在菇床上不采收，下一潮菇的菇蕾就不会进一步发展，因为，下一潮菇的养分被留在菇床上的菇消耗了。菇床上的菇蕾不是一样大小的，较小的菇蕾无法与较大、较快生长的菇蕾竞争，会停止生长。为了使尽可能多的菇蕾同时发展，在装堆肥时要尽可能使堆肥发布均匀和平坦，播种要均匀，菇床要压平，使床温和床中间的二氧化碳浓度到处都一样，覆土层厚度和含水量一样，这样就可使菇蕾同时整齐长出。
三、喷水管理
喷水技术是栽培蘑菇的最重要、最难掌握的技术，是影响蘑菇产量和质量的关键技术。蘑菇子实体生长发育需要的水分是来自于覆土？还是来自于堆肥？根据研究认为，子实体生长发育是从堆肥中吸收水分的，覆土只是为堆肥输送水分，堆肥水分不足时，从覆土的水分来补充。所以栽培蘑菇的应从以下几个方面来进行水分管理：
1、在制作堆肥时，应加足堆肥的含水量，使播种时堆肥的含水量达到65—68﹪。堆肥水分不足影响子实体的生长，堆肥干掉后，幼菇就会开伞。所以在出菇管理过程中，菇房的空气湿度要保持不能太低，覆土要保持合理的水分，防止堆肥干掉。
2、第一潮菇的结菇水：打结菇水前，覆土要先通风3—4天，抑制菌丝往覆土面生长，让覆土表面稍干点，然后再覆土面撒一层细土，把覆土表面的菌丝盖住，以保护菌丝，同时也可防止子实体生长在覆土表面。覆土管理结束后，在自然条件下栽培的，当气温下降稳定在18℃以下时，配合通风和降温措施，进行打结菇水，结菇水要喷重，分多次轻喷，把覆土含水量调到很容易从一把覆土中挤出水为止，并且不断地往墙壁和地板上喷水，保持较高空气相对湿度。不过要做到这样的含水量只有泥炭土的覆土材料才能达到，国内大部分使用的覆土材料持水性都没有这样好，所以就给水分管理带来难度。结菇水的喷水量，要喷到覆土中的含水量能保持到菇蕾生长到黄豆大小为止的需水，因为，在菇蕾生长到黄豆大小前是不能喷水的，喷水不当易造成菇蕾的死亡，只有待子实体生长到黄豆大小时，才能喷重水。
喷水用的喷嘴不能太细，喷雾器不宜用来给蘑菇喷水，要另外加工喷嘴，喷嘴的出水要像细雨一样，既能供给水，又不损伤蘑菇和封闭覆土层。
3、菇蕾长大的水：从菇蕾平均生长到黄豆大小时起，蒸发量就会急剧增加，必须给予更多的水，使供给的水量和蒸发损失的水里平衡，使菇蕾长大。根据研究，蘑菇子实体生长需要的水是取自于堆肥。有经验的菇农会根据菇床上菇蕾的多少、大小和天气情况来决定喷水量。每生长一公斤的蘑菇需补充1公斤的水，每次喷水量每平方米不超过1公斤，每天喷水2次。根据菇床上可产菇的数量分4—5次补足水分。子实体快成熟时不能喷水，此时喷水会造成菇柄伸长，菇的含水量增加，影响菇品质。喷水时机要在高峰期前进行。
在第一潮菇的采收过程中，已诱导第二潮菇原基的形成。但是，通常由于第一潮菇生长消耗了大量水分，菇床上的水分已经严重不足，已经不能满足第二潮菇蕾生长需要的水分。因此，不能延长第一潮菇的采收时间，应把菇床上的零星的小菇全部采掉，把全部精力放在培育第二潮菇上。
4、在第一潮菇采收结束时，马上要大量喷水，促进第二潮菇子实体的生长。当第二潮蘑菇预计每平方米有5—6公斤时，分4—5次喷水，每次喷水不能超过1公斤，一天喷两次。喷水步骤和第一潮菇一样。
5、第三潮菇喷水时要更加小心，因为菇床上的蘑菇数量减少了喷水量也应减少，因为菇床菌丝的活性降低，通风也减少了，使覆土中水分的蒸发也降低。第三潮后蘑菇子实体生长量逐渐下降，所以必须减少喷水量。
第三潮菇采收以后，由于菌丝的活力降低，菇床上的子实体数量减少，对水的需要量也减少。因此第三潮菇采收后不能马上喷水，喷水量根据可产菇的数量相应减少。
6、喷水的方法因环境的不同、季节的不同，不会有统一的方法。一个栽培者要把在他菇房中所用的水量和另一个菇房用的水量进行比较是完全不可能的。喷水的方法必须适应于各种环境。如夏季温度高，通风加大，蒸发量增加，需要喷更多的水，而气候既温暖又潮湿时，则相反。
不同覆土要按不同的方法喷水，单纯泥土吸收的水量要比泥炭土化合物吸水要少得多。
7、检查覆土的含水量时，不仅要检查覆土层的表面，而且要检查覆土和堆肥层的交界处，有时喷水量太少时，这个部位会太干，使堆肥和覆土之间的连接断开，引起菇蕾死亡。所以喷水是要用特殊的喷嘴，让水能渗入整个覆土层，而又不破坏覆土层的通气结构。检查覆土层的含水情况时，可用指尖插到覆土下层，检查覆土的水分，水分过少时，覆土和堆肥的交界处干而分开。