多尔衮率清军入关后，以安置满族“东来诸王、勋臣、兵丁人等”为由，三次下令“圈地”，并逼迫汉民“投充”旗下，强制实行落后的农奴制。奴隶逃亡，即行重治窝主的“逃人法”。留容逃人做工甚至住宿的均算窝主、加之连坐，丧身亡家的不止几千万人。多尔衮又以“剃发易服”、“不随本朝制度剃发易衣冠者杀无赦”的命令拉开征服天下的序幕。“留头不留发，留发不留头”，有蓄发者立执而剃之，不服则斩，悬其头于剃头挑子所缚高竿上示众。江阴、昆山因之被屠城，嘉定因之被三次屠城。
多尔衮摄政期间，还三次下令在近京四百里内进行大规模圈地。“圈地”政策，致使许多汉人的土地和房屋被大量圈占，成为无家可归的流民。几次“圈地”下来，农民“田地被占，妇子流离，哭声满路”，生活十分凄惨。
尽管后来在这些政策的实施中，多尔衮逐渐发现了其弊端甚多，也曾多次对这些法令进行修改或禁用，但他颁布的几大弊政还是对社会起到不少消极的影响。
太后下嫁之谜
1.疑点一：“皇父”摄政王的称号
皇太极死后，在继承者的争斗中，多尔衮放弃了竞争，毅然提出由九皇子福临继位，他与郑亲王济尔哈朗共同辅政。于是，摄政王多尔衮与福临之母孝庄皇太后之间的关系便引起了人们的兴趣，“太后下嫁之谜”也成为清初四大疑案之一。关于太后是否下嫁的问题，史书并无记载，赞成“太后下嫁”观点的研究者主要有三点依据：
最能引发人们猜想的就是多尔衮的称号——“皇父摄政王”。清军入关后，摄政王多尔衮总管朝政大事，随着他权势的增长与地位的高升，其称号也由“叔父摄政王”进为“皇叔父摄政王”，直至“皇父摄政王”，试策、本章、旨意都改称他为“皇父”。如果太后没有下嫁，又怎么会称多尔衮为“皇父”呢？持此观点的人们认为，多尔衮称号的逐渐改变，正反映了孝庄皇太后与多尔衮的婚姻由隐秘到公开的过程。再者，满人入关之初，尚未完全摆脱民族风俗，伦常关系跟中原不同，叔嫂结合是很有可能的事情。
否认太后曾下嫁多尔衮的历史学者，如著名清史学家孟森先生等，也给出了相应有力的辩驳。其实，多尔衮的称号，是一步步抬高的。公元1644年十月，即顺治帝在京举行登基大典后，多尔衮因功被封为“叔父摄政王”。公元1645年五月，有个御史赵开心疏称多尔衮以皇叔之亲而兼摄政王之尊，仪制宜定，“称号必须正名”，他说原来的“叔父摄政王”不妥，建议正名为“皇叔父摄政王”，经礼部等议定批准。到了1647年十一月，经部院大臣集体讨论，多尔衮的称号定为“皇父摄政王”。自此，直到多尔衮病逝，清政府的公文中都是这样称呼的，现存清代档案可为确证。而且据朝鲜李朝《实录》记载，公元1648年二月接到的清朝咨文中已称“皇父摄政王”。从时间上看，这一称号的确定，比传闻太后下嫁的时间早了一年多。显然，“皇父摄政王”之称号实为崇显表彰其功德，沿用古代国君尊称臣下“尚父”、“仲父”、“相父”之遗意而已。
2.疑点二：民间报道与太后婚诏
在民间报道里，也曾留有一些蛛丝马迹。曾跟郑成功组成联军抗清，有“明末文天祥”之称的张煌言，在他的《建州宫词》（建州是满清的旧称）第七首里，留下了这么四句：“上寿称为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”张煌言正是清初的人，他在诗中所录应该是当时发生的事情。
1946年10月，近代学者刘文兴撰文《清初皇父摄政王多尔衮起居注跋》，其中写道，宣统元年（公元1909年），他的父亲刘启瑞任内阁侍读学士，奉命收拾内阁大库档案，“得顺治时太后下嫁皇父摄政王诏”。如果现在真的能够找到这一诏书，那无疑是太后下嫁的铁证。
反对者认为，张煌言本为抗清名将，他的诗文带有反清的倾向性，有可能是为讽刺清宫伦理道德的歪曲之作，其诗句并不足信。而野史中所载的大婚恩诏，文学笔法较浓，现存清代档案至今并未发现此诏，所以，所谓的太后婚诏也无实据。
3.疑点三：孝庄皇太后的安葬地
孝庄皇太后死后葬在远离盛京（沈阳）昭陵千里之遥的东陵“风水墙”之外。但是按清朝早期丧葬制度，皇后、嫔妃最终都要与皇帝合葬。可是，孝庄皇太后并未与清太宗皇太极合葬于沈阳的昭陵。于是许多人认为，这是因为孝庄改嫁而不得与皇太极合葬。史料中也确有这样的记载。孝庄皇太后曾在遗嘱中说，“卑不动尊”，不忍再惊扰皇太极，这实在是托词。对祖母孝庄的心思，康熙自然心知肚明，但将祖母单独安葬实在没有这样的先例，康熙不知道怎么处理才好，孝庄的棺材就这样在东陵的地面上一直停放了38年之久，直到雍正三年（公元1725年）才为孝庄建陵安葬。长眠在清东陵的5个皇帝、14个皇后、136个嫔妃，都葬在了风水墙之内，而只有孝庄葬在风水墙外，这的确令人生疑。
对于太后下嫁的说法诸多，但在清代档案和典籍中并没有任何记载。有人认为这是清朝统治者为遮丑而将史籍中的有关记录删改了，这种推断也比较牵强，因为在同时期朝鲜的史料中也未发现有关的记载。但大多数人还是相信，孝庄皇太后为保儿子的皇位，是曾下嫁于多尔衮的。不过，“太后下嫁”之说，至今仍是一件历史悬案。
削爵毁陵，清算“谋逆”
1.“明黄龙衮”露反意
多尔衮的一生可谓是波澜壮阔，充满了谜题与传奇，就连他生前与死后的境遇都大相径庭。他生前战功显赫、位至极尊，死后却因谋逆之罪遭到毁陵戮尸。那么，“皇父摄政王”是否真有谋逆之心？
公元1650年十一月，多尔衮出猎古北口外。他在行猎时不慎坠马跌伤，医治无效，十二月初九日死于喀喇城，享年仅39岁。多尔衮的灵柩运回北京，顺治帝追尊他为义皇帝，庙号成宗。多尔衮的葬礼也依照皇帝的规格举行。
没过多久，在次年正月，多尔衮的贴身侍卫苏克萨哈便向顺治皇帝递上一封检举信，揭发多尔衮生前曾与党羽密谋，企图率两白旗移驻永平（今河北卢龙县），“阴谋篡夺”皇位。
据正白旗大臣苏克萨哈等知内情者揭发：多尔衮死后，其府上的侍女吴尔库尼在殡葬之前，曾告诉身边亲近之人：“王爷没有让别人知道，他曾准备下八补黄袍、大东珠、素珠、黑狐褂，现在可以偷偷放往棺内。”后经查证，情况属实。
2.生前身后两重天
多尔衮意图谋反的证据被揭发后，时年仅有13岁的顺治皇帝，第一次亲理朝政，而且审理的是曾经的“皇父摄政王”遗案。他召集王爷大臣密议，公布郑亲王济尔哈朗等的奏折，抖数多尔衮的罪状，主要是“显有悖逆之心”。顺治帝向诸位王爷宣告说：“多尔衮谋逆都是事实。”于是，多尔衮被撤去帝号，他的母亲及妻子的封典也全都被削夺了。
根据当时在北京的意大利传教士卫匡国在《鞑靼战纪》中的记载，世祖还命人毁掉多尔衮的陵墓，并将其掘墓、鞭尸、削首示众。由于当时依照满俗应为火葬，故多尔衮被抛骨扬灰的可能性更大。无论如何，对比多尔衮生前与死后的际遇，实在令人感慨。
不过从这件事看来，太后下嫁之说显然难以成立。如果孝庄确实曾下嫁多尔衮为妻，就不会出现多尔衮尸骨未寒即遭戮尸清算的结局，因为损毁多尔衮，对于孝庄和顺治母子的名誉尊严都大有损害。若果有其事，继续维护多尔衮的名誉，才是孝庄和顺治的明智之选。
直到百年后的1769年，乾隆帝弘历念及多尔衮的功绩，才下诏令人修缮其墓。九年后，乾隆帝阅看实录，以为多尔衮“定国开基，以成一统之业，厥功最著”，明示平反昭雪，还其原爵，成为清代八家铁帽子王之一。
3.谋逆之心，顺治之恨
世祖顺治帝在多尔衮死后还要对他戮尸问罪，可见，他对多尔衮是十分仇恨的。之所以仇恨，不仅仅是因为多尔衮的谋逆之心，顺治帝对多尔衮有太多的记恨。
多尔衮的谋反之心是始终存在的，当年在竞争皇位时对福临的扶持只是无奈中的选择，而作为摄政王，多尔衮已然是事实上的皇帝。顺治五年十一月，他凭借自己的权力，用皇帝的口气批文降旨“加皇叔父摄政王为皇父摄政王”。当时人写的《汤若望传》说：“他穿的是皇帝的服装。”顺治七年七月二十五日，他操纵追封自己的生母、努尔哈赤的大妃那拉氏为太皇太后，这样一来，多尔衮就是自视为皇帝。福临曾对诸王大臣回忆当时的事说：“那时墨尔根王摄政，朕只是拱手做点祭祀的事，凡是国家的大事，朕都不能参与，也没有人向朕报告。”多尔衮一旦得到机会，必然会亲自登上皇位，只不过他早逝，没能等到那个机会出现。
顺治对多尔衮的愤恨，还来自于他对豪格的不公。公元1648年，多尔衮告发豪格图谋不轨，并以“诸将请杀虎口王（豪格）”为理由，逮捕豪格下狱，企图将其谋杀。由于顺治小皇帝坚持哭泣“不准行”，豪格才得以免死。但数月后，多尔衮还是将豪格幽禁起来，以致豪格枉死狱中。豪格死后，多尔衮竟强迫豪格的福晋博尔济锦氏做自己的妃子。杀人夺妻，况且是对自己的亲兄弟，顺治帝如何能不恨他？
福临即位后，还只是年幼的孩童，多尔衮对福临采取放纵的态度，故意任其每天耽于玩乐之中。众文臣常上书致多尔衮，请示为幼帝选择明经儒士“朝夕论讲，及时典章”，然而多尔衮以皇上幼冲为由，统统予以驳回。他还选派了亲信护从侍候福临，经常要他们带福临出城习马。有时福临摔下马背，这些护从见了也并不在意，甚至对福临加以奚落。他们敢这样对待年幼的福临，无非是仗着多尔衮的势力。
公元1650年，多尔衮的元妃初亡，他竟以福临“宜循家人礼”来府探望暗示下臣，要他们逼福临到自己的府上请安。于是，贝子锡翰与几位内臣不顾侍卫的拦阻，擅自进入殿内，以“让皇上探视摄政王”为由，拥扯着福临出宫，“驾幸”摄政王府，逼令福临向多尔衮请安，慰其新亡元妃之哀痛。多尔衮此举彻底惹怒了满朝文武，他竟然无视小皇帝到如此地步，当时福临已经12岁了，这种羞辱，他自然铭记在心。如此看来，多尔衮死后，顺治帝会对他进行残忍的报复，显然是在发泄长久积压于心的愤恨。
多尔衮一生无缘于皇位，却堪称大清的实际统治者，抛开其谋逆之心，作为清朝重要的开国功臣，他是当之无愧的。