排污单位必须按所在地环保部门指定的时间，填报《排污申报登记表》并提供必要的资料。新、改、扩建项目的排污申报登记，应当在项目的污染防治设施竣工并经验收合格后一个月内办理。排污单位所填报的《排污申报登记表》经其行业主管部门审核后，向所在地环境保护行政主管部门登记注册后方可领取《排污申报登记注册证》。
关于个体工商户的排污申报登记，由县级以上地方环境保护行政主管部门规定。排污单位在申报登记后，若所排放的污染物的种类、数量、浓度、排放去向、排放地点、排放方式、噪声源种类、数量和噪声强度、噪声污染防治设施、固体废物的储存、利用或处置场所等需作重大改变的，应在变更前十五天内，经行业主管部门审核后，向所在地环境保护行政主管部门履行变更申报手续。发生紧急重大改变的，必须在变更后三天内履行变更手续。发生重大改变而未履行变更手续的，视为拒报。排放污染物超过国家或者地方规定的污染物排放标准的单位，申报登记时应当写明超过排放标准的原因及限期治理措施。