日本侵略者把魔爪伸进中国，中华民族陷入灾难之中。丁肇中一家和许多家庭一样饱受战争之苦。动荡中，丁肇中度过了坎坷的童年。
1．抗日战争爆发
1937年7月7日，卢沟桥事变发生。日本侵略者在北京东北郊卢沟桥借口寻找失踪的日本士兵，悍然发动了对中国的大规模武装入侵。顿时，江河呜咽流泪，高山悲愤昂头，国土沦落，生灵涂炭，中华民族陷入空前的民族危急之中。
中国的北方已没有安全之地，日照市的上空弥漫着战争的乌云，火药味也越来越浓，不时可以听到日本飞机的轰鸣声，远处传来的枪炮声也依稀可闻。老百姓已纷纷向南逃难，丁肇中的父母抱着丁肇中也加入了逃难的行列，开始了漫长的流亡生涯。
乌云密布，遮盖了蓝天。在村头，丁观海夫妇心情沉重地告别了母亲。奶奶抱着小肇中亲了又亲，把他递给王隽英的时候，转过头揉着流泪的眼睛。路途迷茫，命运未卜，老人已届古稀之年，这次离别，何时才能再次团聚？王隽英接过小肇中时，喉咙已是哽咽，道了声“珍重”，再也说不出话来，和丈夫一起，迈着沉重的步履，转身离去。走了好长一段路，两人回头望去，老人仍站在村口，身影在狂风中摇动。
他们一家三口，冒着酷暑，风餐露宿，于1938年8月12日到达南京。这时的南京也处于风雨飘摇之中。到达南京的第二天，他们听到了日本侵略军进攻上海的消息。这时的南京，商店关门，学校停办，日本人的飞机不时来南京上空轰炸，防空警报声不时尖厉地响起，日军不断沿长江而上，南京市民人心惶惶。看来这里也不是久留之地。丁观海一家告别雄伟的紫金山，凄然地离开了这座古城，随着逃难的人群向南流亡。9月30日，他们到达安徽省合肥，稍作停留，又转道去芜湖。1937年12月13日，他们在芜湖听到了南京沦陷的消息，心中充满了悲哀。
12月12日，日军分三路对南京进行围攻，13日，日军先头部队第六师团，从中华门、雨花台、兴华门先行入城，开始了惨绝人寰的南京大屠杀，其残暴程度，只有德国纳粹在奥斯维辛集中营对犹太人的屠杀才能相比。屠杀一直持续了六个星期，被屠杀的中国军民达三十万人以上，南京军民的鲜血染红了一江碧水，三分之一的房屋化为灰烬。日本法西斯的暴行激怒了中国人民，人民的反抗情绪空前高涨，全国各地举行了反日游行示威，丁观海一家也加入了反抗日本帝国主义侵略的洪流之中。
1937年12月，丁肇中的母亲在芜湖一家教会医院里生下了他的弟弟，取名丁肇华。他们成为四口之家。
2．漫长的逃难之路
时局日益险峻，日本帝国主义如一只吃人的恶魔，正吃红了眼，妄想在短时期内吞掉整个中国。中国怎么办？人民怎么办？这个问题像一块大石头，压在每一个正义的中国人的心上。
在一个宁静的晚上，丁观海夫妇在一起商量他们未来的生活和工作。丁观海一支又一支不停地吸烟，王隽英怀抱出生不久的丁肇华，身边依偎着丁肇中。她心事重重地望着沉思的丈夫说：“我们全家应该到大后方参加抗日战争工作，我们的路线应该从合肥到徐州、郑州，再到武汉……”
丁观海深情地望着妻子。妻子的主意是对的，现在热血青年们积极要求去前方打仗，自己不能亲自扛枪打敌人，到后方去动员民众，生产生活，支援前方，也是为抗日尽自己的一份力量。但是，还有一个老母亲独自生活在日照市，这是一件牵肠挂肚的事。丁观海轻声与妻子商议说：“隽英，我们的母亲在老家，我想我们先回到老人身边，一则照顾她老人家，二则有机会让肇中和祖母相处一段时间，然后去大后方，你看这样好吗？”王隽英深深理解丈夫的心情，她对老人也怀有极深的感情。王隽英很早就来到丁家，她先是老人的女儿，后成为老人的媳妇，因此，对老人有着母亲加婆婆双重的感情。
1938年初春，丁观海一家四口，冒着料峭的寒风，取道北上，回到山东老家日照市。老人在战乱的年代，日夜操着儿子一家的心，见到他们突然回来，心里格外高兴，但是她也非常担忧，因为日本军队离这里越来越近，这里的百姓逃难走了不少，安全越来越没保障。
老人的忧虑不幸应验了。丁观海一家回来不久，日照市就沦陷了。日本侵略军到处烧杀抢掠，抢粮抓人。顿时，日照市变得暗无天日。丁观海带着一家老小，在亲友的协助下，过着隐居的生活。他们白天躲藏起来，夜晚有人站岗放哨，一有风吹草动，就立即带着老人，抱着孩子，藏到较为安全的地方。
这时候，全家过着提心吊胆的日子。丁肇中和弟弟，平时不敢哭，不敢玩耍，幼小的心灵受到了很重的创伤。丁肇中的祖母是一个很有主见的女性，过去她支持丈夫留学、反清、干事业，支持儿子、媳妇飘洋过海，到美国留学，把千斤重担挑在自己的肩上；现在，在全家人何去何从的关键时刻，她又做出了重大决定。
一天，她把儿子、媳妇叫到跟前，丁肇中紧紧依偎在奶奶身边，丁肇华在老人怀里甜蜜地熟睡着。老人说：“我老了，也没多少日子好过了，我留下来，日本兵也不能把我一个老婆子怎么样！你们都还年轻，应该出去做些事情，为孩子考虑，你们也应该逃出沦陷区！”丁观海夫妻二人深明老人的用意，也为离开老人而心里难过，他们明白，这样做也是迫不得已的。在一天夜里，丁观海一家四口告别了老人，离开了故乡。他们心里都明白，兵荒马乱，民族危急，再次离别，不知何日才能得以相见。
北方的三四月份，依然寒气逼人。铅灰色的乌云笼罩着大地，丁观海一家装扮成难民，跟着一批到后方参加抗战的爱国青年，从日照市逃了出来。
这时候，丁肇中两岁多，丁肇华才几个月。一路上，丁观海夫妇每人背一个孩子，还要背着包袱，他们的肩上比别的逃难人更沉重。那是怎样的日子啊！蓬头垢面，脚上都打了泡，他们经过三个月的长途跋涉，从家乡到徐州，再到郑州，经郑州南下，终于到达武汉。
当时的武汉，民心沸腾，到处讲抗战，人人谈救国。武汉集中了北方各省市及沪、浙、赣的爱国学生，在这里组成了临时大学。大学生们一边学习，一边深入到民众中宣传抗日救国，组织民众团结起来共同抵御日本侵略者，成为宣传革命的重要力量。
丁肇中的父母本来打算在武汉住下来，找个工作。但是他们的想法很快就破灭了。南京沦陷后，日本侵略军由南京、芜湖、镇江分三路渡江北上，1938年5月19日徐州失陷，日寇魔爪向南延伸，采用长江南北夹击武汉的战略。武汉的沦陷已经为期不远，丁观海一家离开了武汉，又踏上了流亡之路。
他们搭船溯长江而上，轮船在长江里缓缓行进，乘客大都是逃难的难民，人人面黄饥瘦，个个衣衫褴褛，大家的心里如同灌了铅，没有欢声笑语，更无心观赏沿途美好的自然景色，彼此相对默默无言，失去了家园的人心情就像灰暗的天空一样。几天后，经巴东，过三峡，穿过重重险滩，他们到达了四川省万县。
万县是一座山城小县，县城就在长江边上。平时人口不多，显得萧条冷落。自从中国的北方和东方大片土地和城市沦陷后，人们纷纷到这里避难，这个地方就变得热闹起来。青岛大学、山东医学院等高等院校先后迁到这里，这里也充满了抗日救国的热烈气氛。丁观海一家到达这里后，丁观海到青岛大学教书，一家人暂时安定下来，紧张的心情暂时得到了缓解。
3．小学时期
丁观海一家在万县生活一段时间后，感到这里也不是久居之地。1938年12月，丁观海一个人去了重庆，打算找个更合适的工作，王隽英带着两个孩子留在万县，等候他的消息。不久，丁观海就在重庆大学和从上海迁到重庆的复旦大学找到了工作，同时担任两个学校的教学任务。他在重庆安下身以后，托人捎信给在万县的妻子，王隽英就带着两个孩子也来到了重庆。丁观海在两所大学任教，十分繁忙，夜晚在家备课，白天在家庭与两所高校之间奔忙，非常辛苦。一开始，王隽英带着两个孩子，做好家务，减轻了丈夫的负担。到了1941年，王隽英在四川教育学院找到了工作，担任教育学的讲课任务，两个人更加忙碌。从1939年到1945年抗战胜利，丁观海一家在重庆度过了六年，这六年是相对安定的日子。丁观海夫妻二人终于有了施展自己才学的机会，把赴美学到的科学知识报效于社会，报效于人民。他们忘我地工作着，简直不知道什么叫做苦和累。他们这种为国家为民族默默耕耘的精神，从小就深深印在丁肇中的脑海中。
重庆是一座美丽的山城，这里环境优美，景色奇特，多少文人骚客吟诵出了歌颂它的诗篇，多少丹青妙手泼墨绘出了它的雄伟画卷。早晨，云气飘渺；夜晚，一层层灯光，似梦似幻，人们仿佛生活在仙山琼阁之中。
这时生活在重庆的人们，顾不上欣赏重庆的美妙风光。这里成为中国抗日大后方，人们为抗击日本帝国主义的侵略，在辛勤、忙碌地工作着，用自己的力量支援前线抗击日军的将士们。
丁肇中到了入学的年龄，母亲为他特意做了一套新衣服，缝制了一个小书包，丁肇中高高兴兴地背着书包上学了。一天，丁肇中正在放学回家的路上，警笛声凄厉地响了起来，日军的飞机飞来了。远远地听到了飞机的轰炸声和机枪的扫射声，小肇中吓得赶紧趴在地上，他又惊又恨，攥紧小拳头，发着狠，长大以后要和日本帝国主义算清这笔账。
重庆时常受到敌机的轰炸，肇中的小学课程也时断时续。这时候的小肇中上穿布棉袍，脚蹬一双布鞋，他常因敌人的轰炸耽误学习而苦恼。他的小学教育，大多是他母亲亲自教导他的，这样才不至于在他求知欲极旺盛的童年，留下一片空白。
抗日战争时期，许多高等院校从沦陷区迁到大后方。清华大学、北京大学、南开大学迁到云南的昆明，组成了西南联大，复旦大学和南京的一些大学都迁到重庆。师生们过着俭朴的生活，斗志却极为旺盛。丁肇中很小就跟着大哥哥、大姐姐们学会了唱他们的校歌：“千秋耻，终当雪；中兴业，须人杰，便一成三户，壮怀难折。
多难殷忧新国运，动心忍性希前哲。待驱除仇寇复神京，还燕碣。”
丁肇中的家里，不断有爱国的流亡学生来拜访他的父母。父亲多是给这些学生讲科学知识，母亲讲的较多是教育和抗日救国的道理。每当这时，丁肇中总是在旁边，手托着胖胖的圆脸，睁着好奇的大眼睛，静静地听着。这些革命的道理，在他幼小的心灵中打下了深深的烙印。丁肇中的父亲后来在回忆这段经历时说：“当时和我们来往的朋友，几乎都是和教育有关，而且隽英因为参与政治，经常有流亡学生来我家访问和借住，这使得肇中从小就受到一些正规教育以外的熏陶。我想，这对他早期的生活，有若干程度的影响。”
丁肇中和父母在重庆生活期间，母亲又为他生了一个小妹妹，取名叫丁肇民。1945年，抗日战争胜利后，一家五口乘飞机回到南京，先是住在首都招待所里，后来丁观海思母心切，回山东探望母亲，得知老母亲为避乱已经去了青岛。丁观海那时刚好也接到了青岛大学的聘书，于是他们全家都到了青岛。祖母想念孙子，就把肇中留在身边，丁肇中就进了一所天主教小学读书。
一天晚上，已经八点钟了，丁肇中还没回家，父亲跑到学校打听，学校早已放学了。父母急得头上直冒汗，于是到警察局报了案。正在这时，丁肇中背着书包晃晃悠悠地回来了，原来他放学后经过一家电影院，混进去看电影，等到散了场才回家。这是丁肇中第一次看电影，也因此给家里带来一场小小的风波。丁肇中进入中学以至工作后，都很少看电影，他常说看电影太浪费时间了。
1946年，王隽英在南京社会教育学院执教，她把丁肇中接到了南京。1947年夏天，丁肇中和母亲住在南京栖霞山，在学院附属小学学习了一段时间。1948年冬天，丁观海先去了台湾的台中市，随后全家都去了台湾。丁肇中的童年是在颠沛流离的逃亡生活中度过的，这样的环境促成了他的早熟。他的成长过程始终受到爱国主义的熏陶，受到家庭的科学文化的教育，这些都对他的未来起了极为重要的作用。