山海关战役后，吴三桂从李自成手中夺回陈圆圆。随后，他被清政府封为平西王，陈圆圆也跟着他去了云南。那么，之后的陈圆圆又经历了哪些事情？她的结局如何呢？
史学界流传的一种说法是，陈圆圆年老色衰，好色的吴三桂对她产生厌倦，转而疼爱“四面观音”、“八面观音”（吴三桂宠妾的绰号）。看破红尘的陈圆圆立意吃斋念佛，不与他人争宠。虽然她还住在吴三桂的府中，但独处一室，常年吃素，与世隔绝，与“出家”并无本质区别。
还有一种说法，当清兵攻破昆明城时，吴三桂之孙吴世潘服毒自杀，而吴世潘妻子与陈圆圆均自缢而亡，或陈圆圆绝食而死。清代文人孙旭在《平吴录》中记载：“（吴三桂叛乱失败时）桂妻张氏前死，陈沅（圆）及伪后郭氏俱自缢。一云陈沅不食而死。”《平滇始末》也说：“陈娘娘、印太太及伪皇后俱自缢。”又有人说，陈圆圆在吴三桂兵败后，没有自杀或者绝食而亡，而是在昆明归化寺出家做了尼姑，法名“寂静”。
直到1983年，贵州岑巩县的考古工作者提出“陈圆圆魂归岑巩”的说法，被多数学者所接受。至此，有关陈圆圆结局的争论才告一段落。据考古学家称，在岑巩县水尾镇马家寨狮子山上有一个土堆，便是陈圆圆的墓。墓碑上刻着：“故先妣吴门聂氏之墓位席。孝男：吴启华。媳：涂氏。孝孙男：仕龙、仕杰。曾孙：大经、大纯……皇清雍正六年岁次戊申仲冬月吉日立。”原来，马家寨的人全部姓吴，是吴三桂的后代。当年，吴三桂将败，其爱将马宝将陈圆圆与吴三桂的儿子吴启华偷偷送至四州（今岑巩）。后来，吴启华为纪念马宝的救命之恩，也为躲避清朝政府的追杀，就改姓马，其居住的寨子就叫马家寨。陈圆圆死后，家人不敢明目张胆地写上她的名字，便采用暗语。“先妣”指已经去世的母亲；“吴门”既指代吴家，也表明这里所藏之人是苏州人，古时候苏州亦称吴门；“聂”可看作“双耳”，陈圆圆本名姓邢，后跟养母姓陈，邢和陈都带有“耳”字旁，且“双”字含有美好、团圆之意，因此“聂”暗指陈圆圆；“位席”有正妃之意，表示其地位崇高。于是，墓碑上“故先妣吴门聂氏之墓位席”可以理解成“母亲苏州人氏陈圆圆王妃之墓”。但后来有人根据史书记载，“马宝在楚雄继续对抗，最后兵败被俘，被押送省城，终被凌迟致死”，认为马宝没有去过四州。
一代美女陈圆圆究竟是看破红尘出家为尼，还是为吴三桂殉情，抑或吴三桂兵败后她隐姓埋名生活数年，至今，史学界没有定论。