洪武二十八年（1395年）九月，朱元璋又在原先颁布的皇家内典《祖训录》的基础上修改增删，重新辑成一部《祖训条章》，颁布诸司，用以约束后世子孙。这部条章共分为《祖训首章》、《持守》、《严祭祀》、《谨出入》、《慎国政》、《礼仪》、《法律》、《内令》、《内官》、《职制》、《兵卫》、《营缮》、《供用》十三个章节，对朱氏子孙的训诫和指导可谓一丝不苟，面面俱到。在这部皇家内典中，朱元璋再次重申：不许设立丞相、不许后妃干政，不许宦官干政，并殷切希望各位藩王要与皇帝同德一心，共保朱明江山长治久安。
当下，朱元璋最不放心的就是他的那些皇子们。俗语说，事有其利，则必有其弊。封建亲王固然可以藩屏皇室，然而也有弊端，那就是容易酿成诸王之乱，反抗朝廷。此类事情不是没有先例，汉朝七国之乱，晋朝八王之乱，皆为前车之鉴。此间反省朱元璋杀戮功臣宿将的举措，这个办法固然替未来的皇帝解除了来自异姓权臣的威胁，然而同时，同姓藩王又各自坐大，成为镇守一方的磐固力量，一旦他们觊觎皇位，举兵造反，朝廷已无能征惯战的大将可以震慑和制衡，诚如此，大明帝国的百姓无疑又将深陷战争的浩劫之中！
朱元璋此间在这个问题上的尴尬处境，其实早在二十年前就被一位名叫叶伯巨的儒臣不幸言中。
叶伯巨，浙江海宁人，时任山西平遥儒学训导，官职虽小，腹中却有一颗忠君丹心，他乘洪武九年（1376年）天现异象，朱元璋下诏征求直言之机，大胆写了一篇《奉诏陈言疏》，力陈皇帝立法行政的三大弊病，即“当今之事，所过者有三：分封太侈也 ，用刑太繁也，求治太速也。”由于叶伯巨的观点切中时弊，且其有关诸王分封必将带来严重后果的言论，又被日后的事实验证，因而该奏疏被后世人们列为明朝初期的一份经典文献。限于篇幅，这里仅摘录其有关“分封太侈”的一段言论如下，以飨读者：
先王之制，大都不过三国之一，上下等差，各有定分，所以强干弱枝，遏乱源而崇治本耳。今裂土分封，使诸王各有分地，盖惩宋、元孤立，宗室不竞之弊。而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无不连邑数十。城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺之权，则必生觖望。甚者缘间而起，防之无及矣。议者曰：‘诸王皆天子骨肉，分地虽广，立法虽侈，岂有抗衡之理？’臣窃以为不然。何不观于汉、晋之事乎？孝景，高帝之孙也；七国诸王，皆景帝之同祖父兄弟子孙也。一削其地，则遽构兵西向。晋之诸王，皆武帝亲子孙也，易世之后，迭相攻伐，遂成刘、石之患。由此言之，分封逾制，祸患立生。援古证今，昭昭然矣。此臣所以为太过者也。
昔贾谊劝汉文帝，尽分诸国之地，空置之以待诸王子孙。向使文帝早从谊言，则必无七国之祸。愿及诸王未之国之先，节其都邑之制，减其卫兵，限其疆理，亦以待封诸王之子孙。此制一定，然后诸王有贤且才者入为辅相，其余世为籓屏，与国同休。割一时之恩，制万世之利，消天变而安社稷，莫先于此。
这份奏疏由于触及了朱元璋的基本国策，用语过于直白，尤其是“分封太侈”、“用刑太繁”、“求治太速”等言论，不仅批评指责的观点十足，而且颇有离间皇族关系、君臣关系以及君民关系的意味。朱元璋看过奏疏，气得大叫：“小子间朕骨肉，速速逮来，朕亲手射死他！”犯人被押解到京城之后，经丞相胡惟庸用计斡旋，叶伯巨虽未被立即处死，却在不久之后饿死于狱中。
朱元璋是个通晓人情世故的明达之人，他不可能体会不到叶伯巨的赤胆忠心，也不是不明白他所说的这个道理，只是他的逻辑在于：无论如何，朱氏诸王到底皆是自己的血脉，无论他们怎样闹腾，江山终是姓朱，总要好过落于外姓之手。当然，朱元璋是万万不希望发生这种兄弟闾墙、同宗相残之事的，他希望这些皇子们能够懂得敦睦九族，以“亲亲之恩”辅佐他们的皇侄朱允炆，藩屏王室，保存社稷，长享富贵。为此，他在刚刚颁布的《祖训条章》中苦心孤诣地写道：“自古亲王居国，其乐甚于天子。何以见之？冠服、宫室、车马仪仗亚于天子，而自奉丰厚，政务亦简。若能谨守藩辅之礼，不作非为，乐莫大焉。至如天子，总揽万机，晚眠早起，劳心焦思，唯忧天下之难治。此亲王所以乐于天子也。”这是劝导诸王感恩惜福，知足常乐。最后又严厉地警告提醒道：“凡古王侯妄窥大位者，无不自取灭亡，或连及朝廷俱废。盖王与天子本是至亲，或因自不守分，或因奸人异谋，自家不和，外人窥觑，英雄乘此得志，所以倾朝廷而累自身也。若朝廷之失，固有此祸；若王之失，亦有此祸。当各守祖宗成法，勿失亲亲！”
这些诉诸文字的苦心戒勉，包含着朱元璋殷殷深情的期盼和不可遏止的担忧，同时，个中还掺杂着一种无力回天的无奈。一方面，功臣宿将已经被赶尽杀绝，他必须依靠这些皇子们去镇守王朝的江山，不要说像诛杀功臣那样去铲除这些皇子，即使削藩夺权所带来的后果亦令人不敢想像；另一方面，他已经垂垂老矣，虚弱不堪，即将走到生命的尽头，再无精力去处置这些拆梁换柱之类的大事，一切只能听从上天的安排。
§§§第二节 老皇帝匆匆辞世留下的隐患
读者知道，朱元璋一生嗜杀，自洪武四年（1371年）正月勒令丞相李善长退休，到洪武二十八年（1395年）二月大将军冯胜被逼自杀，在长达二十多年的时间里，先后发生过“空印案”、“郭桓案”、“胡惟庸党案”、“蓝玉党案”等一系列震惊时人，影响后世的大案要案。朱元璋借助这些案件，累计诛杀人数超过十万！这些被诛杀的人中，基本上都是公侯贵族和官僚地主以及他们的家属。前面讲过，洪武朝时期的官民比例很小，全国的官员保有量不足万名，照这些数字计算，二十多年里，朱元璋等于将全国官员统统诛杀了几遍！
常言道，杀人一万，自损三千。如此空前残酷的阶级内部斗争，对朱元璋的精神和思想的负面影响不言而喻，加之长期紧张劳累的工作，使他的健康受到很大的损害。洪武初年，他即“患心不宁”，也就是心跳过速，容易情绪失控，“每心火炎上，喜怒不常”。针对这一病症，宋濂建议说：“养心莫善于寡欲，审能行之，则心清而身泰矣。”朱元璋贵为皇帝，却终生过着俭朴的生活，甚至还穿“百纳衣”，后宫妃嫔无数，却从不沉溺其中，故“寡欲”没有问题，但是，“清心”却根本无法做到。国家和民族之间的敌我矛盾，国内的阶级矛盾，阶级内部的权力矛盾，以及家庭之中的父子矛盾，无不令他牵肠挂肚，备感孤独和烦闷。
数十年血雨腥风的残酷杀伐和日复一日波诡云谲的政治斗争，令朱元璋变得相当冷酷和无情，在他的内心深处，只有三桩事情能够成为其情感世界的寄托：一是对朱氏江山长治久安的牵挂；二是对马皇后当年患难之情的逐日报答；三是对早年乡村生活的深切怀念。
洪武十五年（1382年）八月，马皇后病故，生活中乍地没有了令其怀旧和感恩的老妻，朱元璋感到十分悲伤和孤。这时的朱元璋已经五十四岁，正是思乡怀旧情绪强烈的年纪，自洪武八年（1375年）四月巡视凤阳之后，就再也没有回过故乡。作为一名创建了空前伟业的游子，他很怀念微时的乡村生活，少年时期与伙伴们一起劳作戏耍的场景经常在梦中出现。
洪武十六年（1383年）初秋，朱元璋令太监张林将刘英、汪文等二十家守陵邻居接到京师，以解思念之情。八月初一，张林奏报说人已到京，但他们的衣衫破旧，不宜入殿朝见。朱元璋令尚衣监为每人赏赐一套服饰，次日早朝之后，由张林将他们引至谨身殿相见。见到这些乡邻，朱元璋十分兴奋，彼此共叙故旧乡情，中午在奉天殿左庑设宴招待，饭后，每人赐一个装满精美食品的黄龙袱，让张林带往会同馆休息。第三天，朱元璋又兴冲冲地亲自领着他们游览了皇宫，还让代摄六宫事务的李淑妃与他们相见。临别之际，再次赐宴款待，每人赏赐若干钞币，并亲自送出西安门。
人的思想真的很奇怪，尽管朱元璋平日里对这些乡邻思念有加，相见之时也是发自内心地高兴与真诚，可是，等到他们走后，冷静地一想，又觉得了无意趣！一方面，“时位之易人”，当年的伙伴而今成了自己治下的臣民，两者之间已经赫然被礼法的鸿沟所隔断，彼此再也无法平等地倾心交流，畅所欲言；另一方面，大明开国已经十六年，这二十家乡邻也是自己当年御赐的守陵户，有“赐朱户，免赋役”的待遇，可是，他们竟然穷得连套像样的服饰都没有，朝见皇帝时还衣着破烂，这让他这个做皇帝的在尴尬难堪之余，进一步感到心事沉重和任重道远。基于此，他以“路途遥远，江河雨雪不便”为由，传旨让这些乡邻以后不必再来京师朝见。
相濡以沫的马皇后走了，对乡邻伙伴的念想也断绝了，所剩的惟有对朱氏江山长治久安的牵挂。然而，在这件事情上，一向垂青呵护于他的上天却偏偏唱起了对台戏，每每令他难以如意：自己耗尽心血培养嫡长子朱标为皇储，并不惜大开杀戒，诛杀功臣，为其当太平天子铺路，孰料天不假其寿，太子竟然先他而去！自己儿子虽多，但出于对“诸子夺嫡”事件的防范，他只能选择年幼稚嫩的嫡长孙朱允炆为皇位继承人，并因此再行杀戮，将朝中剩余老将诛杀殆尽。可是万万没有想到，解除外姓功臣的威胁却又造成了同姓诸王的尾大不掉，这对爱孙朱允炆的皇位仍旧是一个巨大威胁……朱元璋就像火场上的消防队长，面对原野上四处窜生的火苗，尽管他拚尽力气左扑右打，火势仍旧此消彼长，始终难以消停。
长期的“忧危积心”和“克勤不怠”使朱元璋积劳成疾。早在太子朱标去世的第二年，朱元璋便“患热症”病倒，一连多日，高烧寒噤，汤水不进，“几将去世”，御医们束手无策。这时，当年在鄱阳湖大战期间曾以法术助朱元璋破陈友谅的那位疯道人周颠托人送来丹药，朱元璋服后，药到病除，与死神擦肩而过。出于感恩，病愈之后的朱元璋御笔亲撰《周颠仙传》，刻碑立于庐山，以资纪念。
洪武三十年（1397年）十二月，朱元璋再次病倒，御医们全力救治，虽暂时转危为安，但病灶未除，身体极其虚弱，头发胡须悉数花白。次年三月，三皇子晋王朱棡患病死去，在此之前，二皇子秦王朱樉已于洪武二十八年（1395年）三月病亡。这些变故带给日薄西山的老皇帝不惟是暮年丧子之痛，更多的则是沉甸甸的担忧。朱元璋清楚，四皇子燕王朱棣对皇帝宝座垂涎已久，以前有两位皇兄的名分在前，他即使有野心也不敢公然造次，而今燕王成了实际上的皇长子，已没有了名分上的障碍，当父皇驾崩之后，他还能够安心本分去做皇侄朱允炆的臣子吗？一旦燕王起兵造反，文弱稚嫩的小皇帝又该如何应付？
在繁重政务和巨大忧虑的双重压力之下，洪武三十一年（1398年）五月初八，朱元璋病势加重，最初，他还勉强支撑，“日临朝决事，不倦如平日”，过了不久，便卧床不起。皇太孙朱允炆率领一干御医昼夜侍奉在爷爷的御榻前，伺侯坐卧，进奉汤药，然而，老皇帝的病却愈发加剧。朱元璋自知将不久于人世，下令诸妃为他殉葬，并焚香如是告于上天：“寿年久近，国祚短长，子孙贤否，惟简在帝心，为生民福。”临终之前，他立下一份遗诏，其内容如下：
朕受皇天之命，膺大任于世，定祸乱而偃兵，妥生民于市野。谨抚驭以膺天命，今三十有一年，忧危积心，日勤不怠，专志有益于民。奈何起自寒微，无古人之博智，好善恶恶，过与不及多矣！今年七十有一，筋力衰微，朝夕危惧，虑恐不终。今得万物自然之理，其奚哀念之有？皇太孙允文，仁明孝友，天下归心，宜登大位，以勤民政。中外文武臣僚，同心辅佐，以福吾民。葬祭之仪，一如汉文勿异。孝陵山川，因其故，毋所改。诸王临国中，毋得至京。王国所在文武吏士，一听朝廷节制，唯护卫官军听王分处。诸不在令中者，推此令从事。布告天下，使知朕意。
洪武三十一年（1398年）闰五月初十日，朱元璋怀着对大明江山无限的牵挂，驾崩于西宫御榻，享年七十一岁。
闰五月十六日，即朱元璋驾崩的第七天，皇太孙朱允炆奉遗诏即皇帝位，葬朱元璋于孝陵，追上谥号“高皇帝”，庙号“太祖”，并于次年改元为“建文”。
贵为大明王朝的开国皇帝，朱元璋走得并不安心，数十年尔虞我诈的斗争经验和敏锐的政治直觉使其明白：或许自己一旦驾崩，平素所担心的诸王夺嫡之事件就会很快发生。故而他未雨绸缪，在遗诏中明令自己驾崩之后“诸王临国中，毋得至京。王国所在文武吏士，一听朝廷节制，唯护卫官军听王分处”，以便保证皇太孙顺利继承皇位。朱允炆同样清楚当前的局势，他匆匆安葬爷爷并登基即位，就是担心诸位皇叔借奔丧之机向自己发难。
朱允炆颇有自知之明，在做皇太孙时，他就曾向做过自己伴读的太常寺卿黄子澄表达过对诸王尾大不掉的担忧：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”黄子澄宽慰道：“诸王护卫兵，才足自守。倘有变，临以六师，其谁能支？汉七国非不强，卒底亡灭。大小强弱势不同，而顺逆之理异也。”朱允炆听后一想，觉得是这个道理，心中稍感安慰。还有一次，朱元璋颇有些自得地对他说：“朕以御虏付诸王，可令边尘不动，贻汝以安。”朱允炆趁机反问爷爷：“虏不靖，诸王御之；诸王不靖，孰御之？”朱元璋听后一愣，沉默良久，问道：“汝意如何？”朱允炆答道：“以德怀之，以礼制之。不可，则削其地；又不可，则废置其人；又其甚，则举兵伐之。”朱元璋别无良策，只得说：“是也，无以易此矣。”
从这些情况来看，朱允炆虽然仁孝，却是一个有忧患意识的人，对诸王坐大的局势早有打算，故在登基的第三天，他就诏令黄子澄兼任翰林学士，并提拔自己的另一名亲信——兵部左侍郎齐泰为兵部尚书，三人开始密议削藩，也即此拉开了他们各自悲剧人生的序幕。读者知道，建文帝朱允炆是在皇宫中长大的皇孙，虽然饱读诗书，但却缺乏人情世故的历练；黄子澄在洪武十八年（1385年）以会试第一的成绩被录用为翰林院编修，后被选拔到东宫做皇太孙的伴读，是真正的文人入仕；齐泰也是典型文人出身，他在洪武十七年（1384年）应天乡试第一，次年又考中进士，先是任职兵部郎中，洪武二十八年（1395年）升任兵部左侍郎，一次，朱元璋向他询问边关诸将的姓名以及各个边塞要津的地理形势，皆对答如流，历数无遗，令皇帝备感惊讶，不时召至身边咨询军务政事，由此得以亲近皇太孙。