此次北疆大捷使朱元璋对其诸子信心大增，在收到捷报之后，即令晋王驻守山西北部的天成、白登等地，操练兵马；同时令燕王留守上都开平，并将该次出征的部队分驻于开平、兴和等地，由燕王统一指挥，随征公侯则全部调回北京。至此，北方边疆的防务基本上都交给了晋王和燕王。
洪武二十三年（1390年）五月，朱元璋首次对勋臣宿将大开杀戒，吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、延安侯唐胜宗、河南侯陆聚、宜春侯黄彬、荥阳侯郑遇春等开国大将以及太师韩国公李善长等人，因追坐“胡党”被杀，其余诸公侯被放遣还乡。此时距晋、燕二王全面接手北疆防务刚刚一月时间，从某种意义上讲，朱元璋之所以敢如此无所顾忌地处置勋臣大将，个中与诸王长大成人并逐渐担当了干城之寄不无关系。
洪武二十五年（1392年）五月，皇太子朱标去世，朱元璋册立十六岁的皇太孙朱允炆为皇储，为了替这位年幼的继承人扫清未来皇位上的潜在威胁，遂于次年二月兴起“蓝玉党”大案，导致大批勋臣宿将被杀。在处置这个大案之初，朱元璋令驻防山西的西线边防总兵官冯胜、傅友德返回京城，其兵马交由晋王朱棡统帅，并令代王朱桂率其护卫前往协防；同时令东线边防统帅燕王朱棣加强戒备，严阵以待。为了保证万无一失，朱先璋先是把冯胜和傅友德从“蓝玉党”中暂时分离出来，并在抓捕“蓝党”的高潮期间，将二人派往北平练兵备边，接受燕王节制。两年后，随着冯胜和傅友德两位公爵的相继被逼自杀，勋臣宿将消亡殆尽，至此，整个大明帝国百万雄师的指挥权基本上被散布各地的朱氏藩王所掌控，朱元璋以自家人掌控自家天下的心理目标基本实现。
生于皇家，儿子们被父皇寄予厚望和作用，女儿也同样承担政治重担。朱元璋有十四个公主长到成年，其中有七人嫁到公侯勋臣之家，分别是：临安公主下嫁给韩国公李善长之子李祺，宁国公主下嫁给汝南侯梅思祖侄子梅殷，汝宁公主下嫁吉安侯陆仲亨之子陆贤，寿春公主下嫁颍国公傅友德之子傅忠、南康公主下嫁东川侯胡海之子胡观，永嘉公主下嫁武定侯郭英之子郭镇，汝阳公主下嫁都督佥事谢彦之子谢达。剩下七位公主的驸马，尽管他们的门第不高，可是一旦成为皇帝的女婿，也随即被委以国家重任，比如，怀庆公主的驸马王宁受命执掌后军都督府，大名公主的驸马李坚受命执掌前军都督府等等。这些皇女与她们的皇兄皇弟一样，其婚姻往往带着强烈的政治色彩，起到联系皇室与勋臣之间的关系和平衡各派之间的力量的作用。故尔从这个意义来讲，朱元璋的这些女儿依旧不过是其父皇政治棋盘中的一枚枚棋子。
既是棋子，当棋局需要时，父皇牺牲他们也就毫不顾惜。前面讲过，朱元璋曾经数次准备处死两个骄纵不法的儿子，终因太子苦求作罢，可是，这种事情倘若让作为外姓人的驸马遇上，那他则没有这般幸运。读者或许还有印象，洪武三十年（1397年），朱元璋曾因贩运私茶之罪坚决逼杀了安庆公主的驸马欧阳伦。此外，临安公主的婆家李善长家、汝宁公主的婆家陆仲亨家、南康公主的婆家胡海家，宁国公主的婆家梅思祖家族——这些公主之家因坐“胡党案”而惨遭灭门。覆巢之下，少有完卵。这些家庭的驸马或被处死，或被流放，或被谋害，或侥幸活命。无论结局如何，公主夫妇的人生已被注定是场悲剧。
不过，话说回来，尽管朱元璋在客观上将其儿女当作是调节国家政治格局的一颗颗砝码，但在主观上，他对自己的孩子委实很不错。朱元璋是一个睿智的人，在他看来，自己打江山坐天下，既是出于个人的天赋使命，又是为了朱氏家族的荣耀，而这荣耀之中自然又包含了朱氏子孙的荣华富贵。为此，朱元璋创立详细制度，倾心而周密地替子孙后代谋划，以保证他们能够永久过上优裕生活。
这一制度规定：亲王嫡长子年及十岁，立为世子，嫡长孙立为世孙，其余诸子年及十岁，封为郡王；郡王嫡长子立为郡王世子，嫡长孙立为长孙，其余诸子封镇国将军；孙封辅国将军，曾孙封奉国将军，四世孙封针国中尉，五世孙封辅国中尉，六世以下皆封奉国中尉。皇女封公主，夫婿号驸马都尉；亲王女封郡主，郡王女封县主；郡王孙女封郡君，曾孙女封县君，玄孙女封乡君，他们的夫婿皆号仪宾。
朱元璋的这些子孙，其俸禄由朝廷支付，并且“世世皆食岁禄，不授职任事”。按照洪武九年（1376年）二月的规定：亲王岁支米五万石，钞二万五千贯；已受封公主赐庄田一所，岁支米一千五百石，钞二千贯；已受封郡王，岁支米六千石，钞二千八百贯；已受封郡主，岁支米千石，钞一千四百贯；郡王诸子年及十五岁，赐田六十顷作为恒久产业，并免除租税，“诸子所生之子，唯世守永业”。
由于朱元璋的孩子越生越多，朝廷为此开销巨大，洪武二十八年（1395年）闰九月，朱元璋下诏“量减各王岁给，以资军国之用”，于是，户部奉诏对皇亲岁禄重新作出规定：亲王岁支米万石，郡王岁支米二千石，镇国岁支将军米一千石，辅国将军岁支米八百石，奉国将军岁支米六百石，镇国中尉岁支米四百石，辅国中尉岁支米三百石，奉国中尉岁支米二百石；公主及驸马岁支米二千石，郡主及仪宾岁支米八百石，县主及仪宾岁支米六百石；郡君及仪宾岁支米四百石，县君及仪宾岁支米三百石，乡君及仪宾岁支米二百石。同时规定：“郡王嫡长子袭封郡王者，岁赐比始封郡王减半支给。”
重新修改之后的皇亲俸禄制度，虽将皇室姻亲的俸禄减少了几倍，但仍高于朝廷官员的岁俸，例如，一位亲王的岁禄差不多相当于十位一品官员岁俸的总和，一位郡王的岁禄也要相当于两位一品官员岁俸的总和。特别值得一提的是，此次皇亲俸禄制度改革百密一疏，有个致命的漏洞：先前制度规定郡王之子（即镇国将军）赐田六十顷，作为其子子孙孙的“世守永业”，新制度则改为对其子孙按具体标准分别逐一支给的岁俸。
这个办法在王朝初期皇家宗室人口尚少时，倒还无关紧要。可是，随着宗室人口几何式的倍增，这项支出越来越成为大明帝国的沉重经济负担。尤其是在经历建文朝的“靖难之役”和永乐朝的“高煦之叛”事件之后，朝廷为预防宗藩叛乱，出台政策对各地藩王加强约束，严格控制诸王活动范围，堵塞其政治进取之路，即“防闲过峻，法制日增，出城省墓，请而后许，二王不得相见”，“贤才不克自见，知勇无所设施”。朝廷不仅阻断了宗室人员政治上的发展路途，而且还不许他们染指“士农工商”这些平民职业。
宗室人员因此而沦为被国家奉养的一个寄生阶层，他们被局限于王宫和府第一隅，以多娶妻妾、多生子女来增加禄赐总量。如此一来，宗室人口迅速膨胀。根据明末崇祯年间的礼部尚书兼文渊阁大学士徐光启所作的推算，明朝宗室人数每三十年左右即增加一倍，洪武年间在册的宗室人数不足百人，到嘉靖三十二年（1553年）已增至一万九千六百余人，到万历三十二年（1604年）更是增加到八万余人。这八万多人全是朱元璋的血缘直系后代，多么惊人的繁殖速度啊！
宗室人员的急剧增长，使得禄米的支出日渐成为国家的一项沉重负担。例如，嘉靖三十一年（1552年），全国田赋收入共计二千二百八十五万余石，而次年全国的禄米支出是八百五十三万石，占了三分之一强。地方行省的收支逆差则更加巨大——“即如山西一省，存留米麦一百五十二万石，而宗室禄米该三百一十二万石，河南一省存留八十四万三千石，而宗室禄米一百九十二万石，是二省之粮，是无水旱蠲免，升合俱完，犹不足以供禄米之半”。
如此巨大数额的禄米支出，使朝廷无法应付，无奈只好下令禁止宗室子孙纳妾和收养异姓，并诏谕诸王自动削减禄米，或改粮折钞，或减半支付乃至三七支付。各藩王宗室利益受损，一方面对朝廷心怀不满，一方面又想办法堤外损失堤内补，凭借强力拚命兼并土地，鱼肉自己封地的人民，弄得百姓怨声载道。不堪压榨和盘剥的人们纷纷揭竿而起，改用武力来为自己争讨生存下去的权力。
为了解决日益尖锐的社会矛盾，万历三十四年（1606年），万历皇帝朱翊钧下诏开“开宗室之禁”，允许宗室子弟参加科举，除授官职。但是，已经晚了，数万宗室人员的就业问题不可能一蹴而就解决，许多宗室成员由于衣食无着，“不得不杂为贱役，或作非为”，个别人员甚到故意犯罪，以期被关成凤阳的宗室监狱，好歹混个温饱。这十分可悲的一幕，不仅令今人感到不可思议，而且也有悖朱元璋的初衷。朱元璋制定这一政策的本意，显然是为了让其子孙后代能够安然享受朱氏庞大产业的花息，然而，凡事都是双刃剑，他万万没有料想到朱氏子孙有一天竟会因为自己制定的呵护政策而被圈养成一群与社会脱节的寄生虫，更为糟糕的是，他亲手创建的大明帝国最终被因此而四处爆发的农民起义所推翻！