洪武七年（1374年）八月，朱元璋派遣已经归降的元朝威顺王之子伯伯持诏前往云南，招降梁王。在这次的诏书中，朱元璋措辞严厉，有理有据，有节有让，明确指出“云南土地、人民，本大理所有，自汉通中国，称臣朝贡，至唐、宋皆受王封，其来久矣”， 元朝“灭其王而统其地”是当时的天意，如今“元祚既倾，天命已革，尔尚据其境土，不思改图，祸患之报，将不旋踵”。如若“上顺天命，下契人心，即奉贡来庭，则改授印章，尔仍旧封，群下皆仍旧官”，不然，“顺天者昌，逆天者亡！”这是“古今定论，祸福常理”。令朱元璋颇感郁闷的是，梁王对此仍旧置之罔闻。
洪武八年（1375年）九月，梁王派使臣铁知院等一行二十余人出使漠北，被明军俘获，送解京师。朱元璋令湖广行省参政吴云与铁知院等人一道再度出使云南。行至云南的沙榶口，铁知院等人担心自己奉使不达，反被敌人执而送还，会被梁王治罪，于是心生一计，要求吴云胡服辫发，装扮成元使，并且伪造北元国主的诏书，共同欺骗梁王。吴云誓死不从，被铁知院等人杀害。
梁王把匝剌瓦尔密盘踞云南，不仅使得朱元璋统一全国的目标无法实现，而且还不时袭扰大明帝国的边境，收纳明朝逃犯。朱元璋之所以迟迟不选择以武力方式统一云南，原因是“恐劳师费财，以伤远人”。可是，当连续五次的和平招抚计划均告失败之后，他不得不作出武力讨伐的决定。
此间，云南的势力格局也发生了变化。当初，梁王把匝剌瓦尔密曾依靠段功的帮助击退了夏军。作为回报，梁王把自己的女儿嫁给段功，并向元朝政府保奏其为云南行省平章。不久，梁王因功杀掉段功，段氏与梁王之间从此失和。继任的第十代大理总管段宝，曾于洪武四年派其叔段真为使去应天奉表通好，可是，他仍奉北元正朔。洪武七年八月，朱元璋派遣赵元佑、张进等元朝降官出使大理，以“段氏为大理国王”的优厚条件招降段氏，却毫无建树。后来，第十一代大理总管段明、第十二代大理总管段世，也都奉北元正朔，拒不降明。不过，段氏与梁王之间的关系已不再亲密如初。
洪武十四年（1381年）九月初一，朱元璋在奉天门任命颍川侯傅友德为征南将军，永昌侯蓝玉为左副将军，西平侯沐英为右副将军，共率二十五万大军出征云南。命令下达之后，朱元璋照例向主将授予攻伐之计，对他们说：“云南僻在遐荒，行师之际，当知其山川形势，以规进取。朕尝览舆图，咨询于众，得其扼塞取之之计，当自永宁（今四川叙永）先遣骁将别率一军以向乌撒（今贵州威宁），大军继自辰（今湖南沅陵）、沅（今湖南芷江）以入普定，分据要害，乃进兵曲靖。曲靖，云南之喉襟，彼必并力于此，以拒我师，审察形势，出奇取胜，正在于此。既下曲靖，三将军以一人提劲兵趋乌撒，应永宁之师，大军直捣云南（指昆明），彼此牵制，彼疲于奔命，破之必矣。云南既克，宜分兵径趋大理，先声己振，势将瓦解，其余部落可遣人招谕，不必苦烦兵也。”嘱咐完毕，然后亲自到龙江关为大军饯行。
大军出发之后，朱元璋考虑到云南地处蛮夷，宜以夷人打前站，于是遣使前往贵州，诏令播州（今贵州遵义）宣慰使杨铿“以马三千率酋兵二万为先锋”，同时，遣使诏令金竺（今贵州广顺）长官密定“献马五百匹，以助征讨”。随着这些临时奉调部队的加入，攻伐云南的部队总数超过三十万人。
征南将军傅友德统率大军溯长江而上，进入湖北之后，傅友德令都督胡海、郭英、陈桓等骁将率领五万人马，由四川永宁趋乌撒；他本人则与蓝玉、沐英等将率主力部队由辰、沅趋贵州。一切均按照朱元璋的事前的谋略。
十二月，明军主力部队攻占了普定和普安，兵锋指向曲靖。正向朱元璋预料的那样，梁王闻报明军占领普定，为保曲靖要冲，立即派平章达里麻率精兵十余万屯驻曲靖，阻击明军。沐英与傅友德商量说：“彼不意我师深入，若倍道疾趋，出其不意，破之必矣。上所谓出奇制胜者，此也。”傅友德同意这个意见，催师急进。
也是天意该灭元军，明军行至距曲靖数里之地时，忽然大雾弥漫，能见度下降。明军冲雾而行，一直奔到曲靖东北的白石江畔才停止前进。这时，大雾退散，元军忽见明军兀然出现，惊慌失措。傅友德正欲下令渡江，沐英提醒说：“我军远来，形势既露，固利速战，然亟济恐为所扼。”于是，明军将领商量出一个声东击西的战法：沐英亲率部队到江边，摆出一副准备渡江的架势，与此同时，另外派遣数千人从下流偷偷渡河，绕道敌后，准备两面夹击。
元平章达里麻正忙着以精锐之师防备江对岸的明军，忽然背后金鼓齐鸣，旄旗招展，大骇之下急忙撒去部分江边守军准备御敌。沐英趁敌军慌乱之际，拔剑大呼，督师渡江。达里麻后退数里才稳住阵脚，这时明军已渡过白石江，傅友德传令大军出击，一时间矢石齐发，呼声动天地。沐英率鉄骑一马当先，捣其中坚，所向披靡，元军大败。这一仗除生擒达里麻之外，还俘敌两万余人。傅友德“悉抚而纵之，使各归其业。夷人见归者，皆喜慰，而军声益振”。
曲靖，水陆交通四通八达，为云南门户。正如朱元璋所说的那样，是“云南之喉襟”，拿下曲靖，就等于扼住了云南的命脉。占领曲靖之后，明军高级将领严格按照皇帝的谋略行事，再度兵分二路：一路由傅友德率领，北捣乌撒，接应由永宁而来的胡海、郭英所部大军；一路由蓝玉、沐英率领，直捣昆明。坐镇昆明的梁王把匝剌瓦尔密急忙向大理总管段世求救，段世见达里麻兵败，出于保存实力的私心，便按兵不动。梁王自知不敌明军，便与左丞达的、参政金驴等人率部退守罗佐山。
洪武十四年（1382年）十二月，蓝玉率军抵达昆明东郊的金马山。此间，云南行省右丞驴儿从曲靖赶回，对梁王说：“事急矣，将奈何？”孤立无援的把匝剌瓦尔密带着家人及亲信退逃到普宁州的忽纳砦，再也无路可走，于是逼迫妻子家人投滇池自杀，自己则与达的、驴儿等人走入一间草舍，一同自缢而死。留守昆明的右丞观音保等人见大势已去，于次年正月献城投降。
在明军主力攻打曲靖之际，由胡海、郭英、陈桓等人率领的偏师已攻入乌撒地界，并俘虏元将阿客指蛮。再往前进军时，却遭到时元右丞实卜的抵抗。实卜是个女人，乃当地土著首领，智勇双全，早先被元朝授予右丞之职，后来又归顺明朝，被朱元璋任命为乌撒知府。此间，她见明军自永宁犯境，便聚兵在赤水河畔阻挡。直到傅友德亲率部队自曲靖北援而来，在南北两面夹攻的形势下，实卜才拔营逃走。蓝玉、沐英占领昆明之后，两人作了分工：由蓝玉暂时镇守昆明，由沐英率一路人马北上接应傅友德，另派曹震、王弼、金朝兴等人率兵二万三千，分道进取临安诸路。
乌撒是当时西南少数民族的政治、经济中心，在蛮夷土著心中有很重的份量。明军多路夹攻，好不容易才攻克这座城池。乌撒即下，“云南诸郡邑皆震”。接着，傅友德又攻下七星关（今贵州毕节西南的七星山上），拿下可渡河，“于是东川、乌蒙、芒部诸蛮震詟，皆望风降附”。与此同时，沐英、曹震等也降伏了云南的大部分州路。
剩下的主要对手就是大理段氏。第十二代大理总管段世是个很张狂的人，明军攻占昆明后，考虑到段氏在大理的根系深厚，朱元璋晓谕傅友德，力争招降段世。段世不仅不从，反而向明军下战书挑战，并致信辩解说云南与华夏自古以来不过是国与国之间的遣使通好关系，即便双方罢兵，也须按照洪武七年朱元璋所许诺敕封段氏为大理国王的条件办理，还说大理段氏曾“抗衡赵宋三百十有五年”云云。
傅友德回信义正辞严地指出，皇帝的许诺诏谕发布于元朝梁王灭亡之前，倘若段氏于彼时降明，共灭梁王，自可履行封王之诏。然而，段氏彼时首鼠两端，并始终与梁王站在同一阵营，且时过境迁，当然就不再存在履行诏谕的问题了。至于段氏想凭借深沟高垒负隅顽抗，那就骑驴看唱本——走着瞧！答复段世之后，傅友德立即派指挥何福回京禀报前线情况并陈述拟攻打大理的方略。
朱元璋得到报告，即刻令何福返回前线，敕谕傅友德道：“云南自汉以来，服属中国，惟宋不然，胡元则未有中国，已下云南。近因彼肆侮朝廷，命卿等讨平之，今诸州已定，惟大理未服，尚生忿恨，当即进讨，故命福驰回，谕诸将军。夷性顽犷，诡诈多端，阻山扼险是其长计，攻战之策，诸将军必筹之熟矣，若顿师宿旅，非我之利，要在出奇制胜，乘机进取，一举而定，再不劳兵可也。所奏事宜，悉从尔请。”
得到皇帝的敕谕，傅友德即令蓝玉、沐英进兵大理。大理城背倚点苍山，西临洱河，城北和城东分别有南诏皮罗阁所筑的龙首关和龙尾关，皆是出名的要塞。段世闻明军来攻，集合精锐军队扼守龙尾关。蓝玉、沐英等见从正面难以攻取，便令王弼率兵由洱水东趋龙首关；同时令胡海洋夜出石门，绕到点苍山背后，攀木援崖而上，在山上打出旗帜；沐英则亲率所部人马进抵龙尾关。及至天明，龙尾关前的明军望见点苍山上的明军旗帜，皆踊跃欢呼，酋兵惊惶失措。沐英策马渡河，身先士卒，将士人人奋勇，个个争先，胡海趁势率军冲下。敌众腹背受敌，遂拔其城，段世就擒。接着，傅友德再分兵取鹤庆，略丽江，破石门关，下金齿（今云南保山）。期间，车里（今云南西双版纳）、平缅（今云南德宏）等边地土酋相率来降，云南悉数平定。
脱离母邦四百多年的云南再次回归到华夏大帝国的怀抱，朱元璋当即着手改定云南的政权体系，以加强中央政府对这个边陲之地的统治。自洪武十五年（1382年）正月始，先后设立了贵州都指挥使司、云南都指挥使司、云南布政使司等军事机构和行政机构。三月，朝廷更置云南布政司所属府州县，将云南分为五十二府、六十三州、五十四县。在各地的交通要塞增设卫所，全云南共置十四个卫指挥使司，令出征云南的江西、浙江、湖广、河南等四都司的士兵留在当地驻守，控制局势。与此同时，朝廷继续承认元朝政府先前所授予当地土酋首领的各种官职，并将部分土酋“悉送入朝”，实行改土归流。
孰料，这种改土归流的的做法激起了土酋首领的反抗，洪武十五年（1382年）四月，东川、乌撒、乌蒙、芒部降而复叛。朱元璋令傅友德、沐英等前往镇压，稍后又令安陆侯吴复为总兵官、平凉侯费聚为副总兵官，率兵增援。双方大战于乌撒的作窝壁、岩野沟等地，叛军兵败。九月，白族首领杨苴等人见明军忙着四处平叛，昆明城守备薄弱，复聚集二十万众发动叛乱，进攻昆明。
当时镇守昆明的大将是都督谢熊、指挥冯诚（冯国用之子）二人，见贼兵势大，只得坚城固守，以强弓硬弩防御，作权宜之计。驻兵乌撒的沐英闻报，急率一万骑兵往救，行至曲靖，令一士兵提前潜入城中报信，结果被叛兵俘获。审讯时，这名士兵欺骗说：“总兵官领三十万军至矣！”杨苴等人闻言大惊，拔营起寨，连夜撤围而去。沐英调兵遣将，趁机围剿，前后共生擒四千余人，诸部悉定，云南复平。
十月，朱元璋发布安民诏书，宣布：云南大事已定，所有土酋凡自首者俱免前罪，凡顽抗到底者严加惩处；要求士农工商务必各安其业，各族百姓不得擅带弓箭枪弩，不得相互仇杀；各府州县要兴办学校，教育子弟。朝廷恩威并施的政策使得一大批土酋首领自愿出降，朱元璋对这些降官也酌情授予官职，如：那位桀骜不驯的女土官实卜，出降后被任命为乌撒知府；故元右丞观音保被任命为金齿指挥使，并改赐姓名为李观；段世被送解至京师后，朱元璋令其“随侍齐王，给千户禄”。
为了防止再度发生叛乱，朱元璋令傅友德、蓝玉、沐英率所部大军继续镇守云南，直到云南的局势已经相当巩固之后，才于洪武十七年（1384年）令傅友德、蓝玉班师回京，而留下义子西平侯沐英继续镇守云南。八年后，沐英去世，其子沐春承袭爵位，此后，沐氏子孙世代承袭，直到明朝灭亡。
§§§第三节 征伐辽东
前文讲过，蒙元统治者退居漠北草原以后，仍旧控制着东自辽东、西至甘陇等一大片辽阔的土地。明朝建立以后，朱元璋曾经三次对北元用兵，前两次胜利，第三次失败。考虑到明帝国初建，各级政权尚不十分巩固，以及帝国的后院云南尚未平定等多种因素，朱元璋果断作出停止征伐北元、实行固守疆国的策略，集中精力休养生息，经略西北，平定西南，为最终消灭北元做战略上的准备。
随着四川、云南等地的逐一平定和西北边疆局势的日渐稳固以及综合国力的大幅度提升，朱元璋开始把目光重新投向北元，这一次，他要平定的战略目标是辽东地区。
从地理形势来看，辽东是北元的左翼，元朝在辽东地区设辽阳行中书省，省府治所设在辽阳，下辖辽阳、大宁、广宁、东宁、开元、水达达等七个路，辖地面积囊括了今天的整个东北三省，为元朝东部的藩屏。
元朝末年，天下大乱，元惠宗率皇室退守漠北，元朝廷的威望一落千丈，北元境内开始出现地方割据势力，而辽东地区军事实力最强的一个割据势力是纳哈出。
据明末清初史学家查继佐所著《罪惟录·纳哈出传》记载：纳哈出生于蒙古世家，但起初的官职并不高，元末时仅任太平路（今徽当涂）万户。至正十五年（1355年）六月，朱元璋攻克太平，纳哈出被俘，后获释回国，继承父祖之职，镇守辽东，“久之据金山（今辽河北岸），有众二十余万，孳畜富于元主”，控制着今天的伊通河、饮马河等全部流域直至松花江上游流域的广大地区，与屯驻沈阳的知院哈剌章、屯驻辽阳的平章高加奴及屯驻开元（今辽宁开原）的行省左丞也先不花“互为声援”。至正二十八年（洪武元年，1368年）八月，元惠宗在上都开平发布诏令，提升也先不花为中书省左丞相，任命纳哈出为辽阳行省左丞相，使其成为和元惠宗、王保保遥向呼应的东、中、西三路防线之一。
明朝建国以后，朱元璋觉得自己当年对纳哈出有释放之恩，决定对他采取招抚政策。洪武二年（1369年）四月，朱元璋遣使致信元惠宗，需路过辽东，就顺便给纳哈出写了一封信：“将军昔自江左辞还，不通音问十五年矣。近闻戍守辽阳，士马强盛，可谓有志之士，甚为之喜。兹因使通元君，道经营垒，望令人送达，所遣内臣，至将军营，即令其还，书不多及。”因为这仅是一封无关紧要的问候信，纳哈出见信后痛快照办。次年五年，李文忠攻克应昌，俘获元惠宗嫡孙买的里八剌和后妃宫人以及诸王、达官，朱元璋再次遣使致书纳哈出，信中称其为“辽东故人”，并踌躇满志地表示希望对方记取“窦融以河西归汉”的历史事例，归顺明朝，以“尽宾主之欢”。出乎朱元璋意料的是，这封信送达后如泥牛沉海，纳哈出根没有任何回应。