洪武四年（1371年）二月，北元辽阳行省平章刘益归顺明朝，朱元璋诏令在其驻地盖州得利嬴城（今辽宁瓦房店以北的得利寺山城）设置辽东卫，任命刘益为指挥同知。三月，曾与刘益一起归降明朝的北元辽阳行省平章洪保保、马彦翚、八丹等人叛杀了刘益。接下来，坚持降明的北元辽阳行省右丞张良佐、左丞房暠又擒杀了马彦翚，并逮捕八丹和知院僧儿解送应天，剩下洪保保则逃归到纳哈出处。朱元璋闻报，当即诏令张良佐、房暠任辽东卫指挥佥事，并在辽阳地区设置定辽都指挥使司，从山东登州、莱州调来马云、叶旺为都指挥使，“总辖辽东诸卫军马，修治城池，以镇边疆”；同时令靖海侯吴祯率水师由山东登州经海路往辽东输送粮饷，从海路协助经略辽东。
名将吴祯到底不负圣望，不久，他便以出色的外交手段招降了北元辽阳行省平章高家奴、知枢密院高大方、同佥高希古、张海马以及辽阳路总管高斌等人并送到京城。朱元璋趁势在辽东增设军事机构，先后设立定辽左卫、定辽右卫、定辽前卫、定辽后卫、海州卫、盖州卫等六卫，这些卫皆隶属定辽都指挥司管辖。
同僚的叛降，明军的扩张，使纳哈出的势力范围日趋缩小。朱元璋趁热打铁，于洪武四年（1371年）六月派纳哈出当年的同僚——万户黄俦，持书前往招抚。这封信写得很客气，言必称“将军”，面子给得很足，内容照例是讲天命、讲形势，并且，只要求对方“遣使通旧日之问，贡献良马”，明朝便“姑容就彼顺其水草，犹可自逞一方”。
孰料纳哈出依旧无动于衷，反而变本加厉起来。洪武五年（1372年）八月，他率军袭破明军的牛家庄粮仓，陷没明军将士五千余人。洪武八年（1375年）十二月，他趁天寒地冻之机，再次率部袭击明军。不过，这次他不走运，因为此前朱元璋曾遣使诫谕辽东都司诸将：“今天寒水结，虏必乘时入寇，宜坚壁清野以待之，慎勿与战。使其进无所得，退有后虑，伏兵阻险，扼其归路，虏可坐致也。”明军辽东最高军事长官马云、叶旺及指挥韦富、王胜等人，按照皇帝的命令早已做好准备。纳哈出接连在金州、盖州遭到明军的迎头痛击，损失惨重，其骁将乃剌吾受伤被俘，“纳哈出仅以身免”，狼狈逃回金山。
洪武十一年（1378年）四月，北元皇帝爱猷识理达腊病故，脱古思帖木儿继承汗位，自称乌萨哈尔汗，庙号元益宗，改元“天元”，故又称天元皇帝。这位脱古思帖木儿，《明史》、《明史纪事本末》等史书记载他是爱猷识理达腊之子，有些元史专家考证他就是被朱元璋放归的那位买的里八敕，但萨囊彻辰所著的《蒙古源流》则称他是爱猷识理达腊之弟。本书采信“脱古思帖木儿就是买的里八剌”这一说法。
脱古思帖木儿继位之后，虽然形式上仍控制着东自松花江，西达伊犁河这么一大块广阔的土地，但是，由于他自身资历浅，处在乱世却没有足够的本钱去慑服那些骄横跋扈的诸王和大臣，而那些拥兵自重的大臣彼此之间又相互猜忌，北元的实力更加衰微。反观明朝，局面却越来越好：四川已经平定；北部边疆自西向东，在徐达、李文忠、冯胜、邓愈、傅友德、汤和、陆聚、王弼、蓝玉等等一大批名将的轮番屯守经略下，已日益巩固；洪武十一年（1378年），朱元璋诏令次子秦王朱樉、三子晋王朱棡分别就藩西安、太原，洪武十三年（1380年）又令四子燕王朱棣就藩北平，授予他们军事大权，加强边疆国防；至于辽东地区，前面讲过，北元的一些守将们或降或逃，剩余者势力最大的也就只有纳哈出一人。
尽管纳哈出冥顽不化，累教不改，朱元璋还是用最大的耐心去和平争取他归顺。洪武十一年（1378年）八月，朱元璋第四次遣使致书纳哈出，这一次，信中的用语生硬冷淡了许多，颇有最后通谍的意味：“自今以后，若能与我通一介之使，则前日之仇必成冰解火焚矣。谕至之后，不然朕言，彼必就缚，生见朕面，恐无言可对。尔思之！”纳哈出还是置之罔闻。
无奈之余，朱元璋开始采取军事行动，洪武十二年（1379年）六月，他令已被提升为都督佥事的马云率兵攻下大宁；洪武十四年（1381年）四月，又令徐达、傅友德、沐英等将率军攻下全宁，扫清了北平东北方向与辽东接邻地区的北元武装。迫于明军强大的态势，辽东的北元武装和女真诸部纷纷归降，朝廷在女真聚集地设置东宁卫，下辖东宁、南京、海洋、草河、女真五个千户所。至洪武十七年（1384年），北元政权与高丽王国的交通路线便被彻底切断。
随着平定辽东的条件日趋成熟，明朝内部要求用武力解决纳哈的呼声日益高涨。洪武十七年（1384年）十一月，江西布政使司参议（故元降官）胡昱建议发兵攻打已陷入“势孤援绝”境地的纳哈出。朱元璋说：“利其弱而取之，非武也；因其衅而乘之，非仁也。纳哈出之为人，朕素知之，不过假元世臣之名，以威其众尔。然人心外合内离，亦岂能久？今姑待之，若其一旦觉悟，念昔释归之恩，幡然而来，不犹愈于用兵乎？”当场否决了这个建议。不过，纳哈出则自恃兵力雄厚，拒绝自动归降。
洪武二十年（1387年）正月初二，在经过充分准备之后，朱元璋令宋国公冯胜为征虏大将军，颖国公傅友德为左副将军，永昌侯蓝玉为右副将军，南雄侯赵庸、定远侯王弼为左参将，东川侯胡海、武定侯郭英为右参将，前军都督商暠参赞军事，率师二十万北伐辽东。同时，又命曹国公李景隆（李文忠之子）、申国公邓镇（邓愈之子）、江阴侯吴高（吴良之子）、临江侯陈镛（陈德之子）随军出征。
大军出发之际，朱元璋照例告诫诸将：“虏情诡诈，未易得其虚实，汝等慎无轻进。且驻师通州，遣人觇其出没，虏若在庆州，宜以轻骑掩其不备，若克庆州，则以全师径捣金山，纳哈出不意吾师之至，必可擒矣。”冯胜等领命而去。
二月初三，明军到达通州后，按照朱元璋的叮嘱，冯胜即派游骑出长城的松亭关打探敌情，侦知庆州驻有一支北元军队，便令蓝玉率轻骑冒雪奇袭庆州，斩杀了北元平章果来，生擒其子不兰奚。三月初一，冯胜等率师出松亭关，开始修筑大宁、宽河、会州、富峪四座城池。城池修好之后，五月二十一日这天，冯胜分兵五万驻守大宁，然后亲率其余大军向纳哈出的老巢金山开拔。六月，到达辽河东岸，在金山西侧安营扎寨，与纳哈出形成对峙态势。
这里需要交待一下，此次平定辽东，朱元璋做了两手安排：除了令冯胜等将领率军武力征伐外，同时还派遣使臣携带亲笔御书前往辽东做最后一次和平招抚工作。使臣一共三人，主使就是洪武八年十二月在金州被明军俘虏的纳哈出的骁将乃剌吾。当年，定辽都指挥使叶旺派人把乃剌吾送解到京师之后，“群臣皆请戮之”，朱元璋不仅不杀，而且“命乃剌吾为镇抚，赐以妻妾、田宅”，令他感恩戴德，甘愿完成这个使命。另外两位使者：一位叫蛮子，也是蒙古人，现任仪礼司官；一位叫张允恭，官任镇抚，是位汉人。
乃剌吾一行也是六月到达纳哈出的驻地松花河（今第二松花江），与冯胜大军到达的时间差不多。见到老部属，纳哈出大吃一惊，道：“吾谓汝死矣，今日乃复得相见！”然后高兴地“执手劳问殷勤”。乃剌吾趁机“述帝恩德”，讲了这些年的经历，并呈上朱元璋的书信。信中写道：“尔纳哈出等聚兵，愈出没不常，意较胜负，由是乃剌吾留而未遣，今有年矣。朕推人心，谁无父母之念、夫妇之情？故特命其生还，以全骨肉之爱，且闻其善战，今遣北归，更益尔战，将他日再较胜负，尔心以为何如？呜呼！天之改物，气运变迁，果人事之必然耶？抑天道之使然耶？”
纳哈出看完这封信，即喜又纠结，当即派其左丞刘探马赤、参政张德裕等人带着马匹等礼物，以送明使张允恭等人的名义去冯胜军中打探虚实。冯胜洞察到刘、张二人的企图，索性将其扣留并遣人送赴京师。纳哈出见刘、张二人被冯胜扣留，心中愈发疑惧，便把乃剌吾送至漠北，交由北元皇帝脱古思帖木儿处置。脱古思帖木儿原拟杀掉乃剌吾，大臣们劝谏说：“乃剌吾久被俘囚，今获生还，奈何杀之？”乃剌吾身为蒙古人，却在明朝和北元分别遭受两种不同待遇，心情可想而知。回到纳哈出的驻地后，他“备以朝廷抚恤之恩语其众”，鼓动得许多元军将士都有降意。
读者知道，冯胜为人作风彪悍，他见纳哈出始终犹豫不决，便下令大军翻越金山。途中发生一悲一喜两个事件：悲事是临江侯陈镛遭遇敌骑，力战而死；喜事是大军路经女真部落苦屯时，纳哈出的部将全国公观童归降。
数天之后，明军抵达金山东北。冯胜派遣一位姓马的指挥使前往招降纳哈出。这是典型的城下之盟，当时，“纳哈出分兵为三营，一曰榆林深处，一曰养鹅庄，一曰龙安一秃河”，明军大军压境，“纳哈出计无所出，乃剌吾因劝之降，纳哈出犹豫未决”，见马指挥使到来，赶紧遣使随其去冯胜军营，“阳为纳款而实觇兵势”。冯胜听说纳哈出答应投降，立即令蓝玉前往一秃河受降。
纳哈出的使者回来后，备言明军师盛。纳哈出听后，“指天啧啧叹曰：‘天不复与我有此众矣’”，于是亲率数百骑前往蓝玉军中商谈归降事宜。蓝玉大喜，设宴款待，相谈甚欢，不曾想却在宴饮过程中凭空惹出一场巨大风波。
原本是个闹酒小事：纳哈出向蓝玉敬酒，蓝玉请他先饮，纳哈出一饮而尽，斟满后再敬蓝玉。不料，蓝玉却提出一个条件，他脱下自己的战袍递给对方，说：“请服此而后饮！”纳哈出觉得在这种场合穿蓝玉的汉族服装是对自己的侮辱，坚决不受，蓝玉也持酒不饮。争执久了，气头上的纳哈出将酒要回来泼在地上，用蒙古语告诉部下准备脱身离开。当时郑国公常茂在座，有个赵指挥能听懂胡语，悄悄告诉了常茂。常茂早就烦透了这个多年来一直对明朝以怨报德的元将，闻听此言更是怒不可遏，当即离席向他扑去，准备擒住他。纳哈出惊起，拉过一匹战马想夺路而走。常茂拔刀就砍，伤了纳哈出的臂膀，血流如注。在座的都督耿忠等将领赶紧劝解，然后，众人簇拥着纳哈出去见大将军冯胜，请他裁决。
纳哈出的妻子儿女及十余万将士当时正在松花河北岸等候消息，听说纳哈出被伤，遂惊溃四散，也有部分亲信欲聚众到明营抢回纳哈出。紧急关头，冯胜派前不久刚刚归降的那位全国公观童前往说明情况，并且，冯胜“以礼遇纳哈出，复加慰谕，令耿忠与同寝食”，误会解除了，“于是其众亦降，凡四万余，并得其各爱马所部二十余万人、羊马、驴驼、辎重亘百余里”。
纳哈出归降，辽东大体平定。大将军冯胜遣使奏捷报朱元璋，然后带着纳哈出及归降的北元将士一起班师。孰料，大军凯旋之际，却发生一起重大不幸事件：奉命率三千骑兵殿后的都督濮英，遭到纳哈出那些溃散部众的伏击，由于寡不敌众，三千明军全部战死，濮英被俘，中途寻机剖腹自杀殉国，后被朱元璋追封为金山侯。
冯胜较策略地平息了收降纳哈出过程中的那场风波，平定辽东，照理来说是建树了大功，但是，洪武二十年（1387年）八月，朱元璋以其“专为己私，不能抚辑降虏，乃播恶胡中”、“窃取虏骑，为数不少，又娶虏有丧之女，使人忘哀成配，大失人伦”，以及“旋师之际，部降胡而南，又不如法调遣，致使濮英等人马三千陷没于虏，又不听朕命，擅发留守大宁军卒，遂遗残胡后患”等罪名，撤去其征虏大将军之职。
常茂乃常遇春之子，又是冯胜的女婿，但是，翁婿之间关系不睦，“胜每于众中卑折之，茂不能堪，出不逊语，胜衔之。及降纳哈出而虏众惊溃，胜欲自解，故归咎于茂而奏之”。常茂被冯胜械送回到京师后，向皇帝“陈所以降纳哈出之故”，朱元璋说道：“如尔所言，（冯）胜亦不得无罪！”这也是朱元璋撤掉冯胜征虏大将军之职的另外一个原因。朱元璋对壮年早逝的常遇春怀有深厚感情，念及于此，他赦去常茂死罪，将其贬谪到广西龙州，于洪武二十四年（1391年）死于谪所。
数负朱元璋的纳哈出归降以后非但没有受到报复，反而得到特别优待：洪武二十年（1387年）九月，纳哈出来到京师，朱元璋“抚慰甚至，赐以一品服，封为海西侯”，此后不久，又赐其“禄米二千石，以江西公田给之”。另外，其他“大小官员俱与名分”，所有归降将士皆得到赏赐和妥善安置。
洪武二十一年（1388年）七月，纳哈出跟随征南将军傅友德前往云南平叛，行至武昌，因饮酒过量引发疾病，死于船上。朱元璋闻报，诏令将其灵柩运回京师应天，葬于都城南门外，其子察罕承袭爵位，改封为沈阳侯。随着斯人逝去，纳哈出与朱元璋长达三十多年的恩怨纠结，也终于划上句号。
§§§第四节 北元的覆灭
前文讲过，自元主退入漠北以后，辽东地区便成为拱卫北元政权的臂翼和藩屏。纳哈出二十万大军一朝瓦解，辽东易主，令北元政权失去东部屏障，直接暴露于明军的兵锋之下，原本势微的北元朝廷，更加“虏心惶惑”。朱元璋审时度势，决定乘胜进军，一举荡平草原。
为打有准备之仗，洪武二十年（1387年）九月，朱元璋诏令在辽东增设大宁都指挥使司，下辖大宁左卫、大宁中卫、大宁右卫、会州卫、木榆卫、新城卫等六卫，从上述各卫中共抽调二万余名将士驻防大宁，并令左副将军傅友德在大宁训练和整编那些新附的北元降军，此外，他还下令在大宁与遵化、通州等地之间设立数十个驿站，用以快捷联系后方，力求把大宁打造成进攻北元朝廷的桥头堡。
战略准备工作完成之后，朱元璋于九月底遣指挥赵隆赍诏驰往前线，诏令右副将军蓝玉接替冯胜担任征虏大将军，令延安侯唐胜宗为左副将军，武定侯郭英为右副将军，都督佥事耿忠为左参将，都督佥事孙恪为右参将，帅师十五万讨伐北元。朱元璋在诏书中如此勉励诸将道：“奋扬威武，期必成功。肃清沙漠，在此一举！”