蒙元降将此起彼伏的叛乱，令明军将领们感到愤怒难忍。洪武五年（1372年）正月，在一次商讨北部边防问题的会议上，作为明朝的第一武臣和两次北伐的主帅，徐达建议再次出击北元，彻底消灭爱猷识理达腊暨王保保等蒙元残余势力，一劳永逸地解决北部边境问题。朱元璋原本的意思是再拖一拖，他这样说道：“彼朔漠一穷寇耳，终当绝灭，但今败亡之众远处绝漠，以死自卫。困兽犹斗，况穷寇乎？姑置之。”孰料众将一致支持徐达的建议，称“王保保狡猾狙诈，使其在，终必为寇，不如取之，永清沙漠”。朱元璋见诸将同仇敌忾，不想打击大家的积极性，便顺口问道：“卿等必欲征之，须兵几何？”徐达因为明军接连胜利而显得有些轻敌，答道：“得兵十万足矣。”朱元璋略微一思考，说：“兵须十五万，分三道以进。”
于是，朱元璋当即命魏国公徐达为征虏大将军，率中路军出雁门关，扬言攻和林，实则诱敌至近边决战；曹国公李文忠为左副将军，率东路军经居庸关至应昌，然后奔袭北元朝廷；宋国公冯胜为征西将军，率西路军出金兰而取甘肃。就这样，出于一种从众心理，素来谨慎稳妥的朱元璋贸然作出了三伐北元的决定。不过，大军出征之际，朱元璋再三叮嘱徐达、冯胜、李文忠等主将，要他们“宜益思戒慎，不可轻敌”！
先说东路军的情况。曹国公李文忠、都督同知何文辉率领东路军出居庸关之后，经应昌北上，到达胪朐河（今蒙古国的克鲁伦河）后，李文忠对诸将说：“兵贵神速，宜乘胜追之，千里袭人，难以重负。”于是令指挥韩政看守锱重，自率大军，每人携带二十日粮，日夜兼程，奔袭土剌河（今蒙古国乌兰巴托西部）。北元大将蛮子、哈剌章闻报，率军渡河，列阵以待。李文忠督兵进攻，逼退元军，渡河追至阿鲁浑河（今蒙古国的鄂尔浑河）畔，与元军大部队遭遇，战斗异常激烈，李文忠马中流矢，指挥李荣将所乘之马让与主帅，自己再从元军手中夺过一匹战马乘之。李文忠策马横槊，突入敌阵，众将士殊死力战，元军溃败，被明军俘获数以万计人马。这次战役，明军虽然最终打退元军，但是，宣宁侯曹良臣、骁骑左卫指挥使周显、振武卫指挥同知常荣（常遇春之弟）、神策卫指挥使张耀等多位优秀将领战死，称不上胜利。
李文忠率军追击元军至称海（今蒙古国哈腊乌斯湖），溃败的元兵得到增援，反过来又将明军包围起来。形势陡变，李文忠到底是大将气魄，他采用疑兵之计，当即勒兵据险，杀牛飨士，并将所获的马畜散放于野，以示闲暇。胡兵怕中埋伏，不敢逼近，围困三天后撤围而去。长出一口气的李文忠这才意识到明军孤军深入过甚，赶紧下令班师回撤。
再说西路军的情况。宋国公冯胜、临江侯陈德、颍川侯傅友德率领西路军于五月到达兰州。冯胜令傅友德率领骁骑五千直趋西凉（今甘肃武威），击退由北元将领失剌罕率领的一支部队，追至永昌，又在忽剌罕口大败北元太尉朵儿只巴，遂进至扫林山（今甘肃酒泉北部），等候冯胜大军。冯胜到达之后，明军再与附近的元军交战，傅友德亲手射死北元平章百花，迫降北元太尉锁纳儿加、平章管著等人。过了几天，北元将领上都驴又前来归顺。六月十一日，明军抵达亦集乃路（治所在今内蒙古额济纳旗东部），北元守将卜颜帖木儿献城投降。七月，明军进至别笃山口，北元岐王朵儿只班兵败逃走，明军俘获北元平章长加奴等二十七人以及马驼牛羊十余万计，收复瓜州（今甘肃安西东部）、沙州（今甘肃敦煌西部）等地。至此，甘肃全境及蒙古东部基本已被西路军扫荡完毕。十二月，冯胜继续采用他惯用的办法，自作主张地将甘州（今甘肃张掖市）、宁夏、西凉、庄浪等城池的营房、仓库以及多得无法转运的米麦料豆全部焚烧弃置，然后令大军赶着牛羊马驼班师回朝。
最后来说由主帅徐达率领的中路军的情况。二月，魏国公徐达、中山侯汤和、都督佥事蓝玉等人率领中路军从应天出发，经雁门关前往山西。中路军打前锋的是青年将领蓝玉，三月期间，他率部抵达土剌河，在这里与王保保相遇。王保保汲取前番沈儿峪战役中与明军阵地战惨败的教训，采用诱敌深入之计，诈败而走，意在将明军吸引到草原深处，然后利用自己骑兵部队机动作战的优势，伺机歼灭明军。素来沉稳的徐达也是求胜心切，忘记了出征时朱元璋让他诱敌至近边决战的战略决策和“益思戒慎，不可轻敌”的叮嘱，挥师穷追。五月，中路军追敌至杭爱岭（今蒙古国乌兰巴托东北部）北部时，遭到王保保和北元平章贺宗哲的伏击，轻意大意又疲惫劳累的明军猝不及防，仓促应战，明军大败，牺牲近两万人，徐达急忙收兵回营，然后固守营寨。事隔不久，徐达又接到探马报告：负责殿后的汤和在断头山遭遇元军，战斗失利，御史中丞章溢之子暨平阳左卫指挥同知章存道战死。中路军损失惨重，徐达见求胜无望，只得下令班师回京。
此次北征沙漠，虽然西路军获得一些胜利，但明朝三路大军共计损折数万将士，另有曹良臣、周显、常荣、张耀等大将牺牲。在朱元璋看来，这是一次极其失败的军事行动，因此，他把主要责任归咎到自己身上，直到洪武三十年（1397年）六月，朱元璋写信诫谕镇守北疆的晋、燕二王，谈及此事，仍自责自己此番是在“诸将日请深入沙漠”的情况下，“轻信无谋”，遂使大军“疲兵于和林，以致伤生数万”。当然，北伐军主要将领仍需承担失败之责：徐达惨遭败绩，但念其过往的功劳巨大，不予问罪；李文忠俘敌万人，但自己也损兵折将，功过相抵，不予行赏；冯胜此役虽然颇有建树，可他私自焚弃甘州、宁夏、西凉、庄浪等城，而且还私匿驼马，被追夺券诰爵禄，贬为庶人。
乘着明军的失利，北元军队开始发动反击。洪武五年（1372年）八月，北元攻破云内（今内蒙古呼和浩特西南部）州城，州同知黄里战死。十一月，北元辽阳行省左丞纳哈出在辽东地区攻破了明朝牛家庄（今辽宁海城西北部）粮仓，掠走和焚毁粮食十万余石，五千余名明军将士阵亡或被俘。
到了洪武六年（1373年），北元军队的活动更加频繁，他们凭借轻骑来去快捷的优势，在东自辽东、西达甘陕的漫长边疆，袭扰明军，兴和、亦集乃以及西北地区的许多边塞城池又重新落入北元之手。此外，镇守云南的梁王把匝剌瓦尔密在中国南疆遥向呼应北元政权；就连已经臣伏明朝的高丽，也于洪武十年（1377年）改奉北元为正朔，再次成为蒙元的藩属国。以此为标志，北元政权已经得到巩固，据《高丽史·恭愍王世家》记载，北元国主爱猷识理达腊在下达给高丽国王的诏书中曾这样说道：“顷因兵乱，播迁于北。今以扩廓帖木儿（王保保）为相，几于中兴。”说明北元的实力确实不容低估。
面对北部边疆出现的这种严峻形势，朱元璋夙夜忧思，由于云南尚被蒙元的梁王所控制，而梁王手上又有数十万军队，这就成了明军北伐的后顾之忧。鉴于此，朱元璋汲取教训，审时度势，对北元采取防御和招抚两手策略。
朱元璋这次对北元制定的防御政策有三个要点：其一，在边塞要冲增置卫所，增加戍边兵力，屯田戍守，徐达、李文忠、冯胜、邓愈、傅友德、汤和、蓝玉、王弼等公侯都曾在北部边疆练兵备边。其二，在边疆实行坚壁清野，将沿边百姓不分华夷，皆迁入内地集中居住，为此，洪武六年（1373年）春，朱元璋在奉天殿特意叮嘱将要去山西、北平备边的徐达、冯胜、邓愈、汤和等人：“夷狄豺狼出没无常，但保障清野，使来无所得，俟其惰归，则率锐击之，必掩群而获。”其三，令明军“持重”固守，即所谓“御边之道，固当示以威武，尤必守以持重，来则御之，去则勿追，斯为上策。若专务穷兵，朕所不取，卿等思之。”这是朱元璋交待给御边将领的原话。
事实证明，朱元璋的这个防御政策收到很好的效果，经过一段时期的经营，大明帝国北部边疆塞堡林立，卫所相望，从东至西构成了一道坚固防线，把北元军队牢牢的拒挡于塞外。
再看招抚。本书前文例举的许多事件表明，朱元璋并非穷兵黩武之人，面对强大的对手，他的首选方式总是尽量招抚，争取以和平手段解决纷争，万不得已时才诉诸于武力。对于元惠宗父子，他曾亲笔写过三封信，劝对方顺应天命，归降明朝。洪武五年（1372年）十二月，他再次亲笔致信爱猷识理达腊，苦口婆心地劝说对方顺天归命来降。这封信旁征博引，情真意切，写得十分雄辩，现引录如下：
皇天无亲，惟德是辅。此古今不易之大训，君其思之。自古国家必有兴废，以小事大，理势之常，贤智者亦所乐行而不以为辱。昔我中国赵宋将衰之际，为金所逼，迁都于杭，纳以岁币，其后金为君家所灭，君家亦遣使于宋，约纳岁币，一如金时，虽疆界有南北之分而前后延祚百五十年，此小事大之明验也。且尔国之俗，素无姓氏，其族贵嫡而轻庶，君乃高丽有姓者之甥，又为庶出，君何昧而不察，固执不变？朕观前代获他君子孙，必献俘庙社，夸示国中，其初亦有待之以恩，授之以爵者，及其后也，非鸩即杀，虽君家亦尔宋之幼主，削发为僧，终不免于一死。在朕则不然，君之子至京师，今已三年，优待有加，君宜遣使取归，何也？朕本布衣，生长君朝，承平之时，混于民间，犹勺水之下沧海，一粟之在大仓，岂有志于今日哉？自辛卯，盗起汝颖蕲黄间，君家天运已去，人心已离，四海土崩瓦解，朕观君父子国势不振，民罹荼毒，始议兴师，保身救民，一时群雄僭称名号者尽为朕所俘虏，虽君之父子亦不能守宗庙社稷，北遁沙漠，此天运也，人力有不可为。自古有识之君，孰不畏天，故特致书，以达朕意，君其察焉。
与此同时，朱元璋另给北元辅政大臣刘仲德、朱彦德二人写信，告诫他们“毋教人绝父子之道”、“毋教人以倔强”，要他们以臣下的名义规劝元主认清时势，接受明朝招抚，并迎回其被俘的儿子买的里八剌及其他眷属。朱元璋的期望颇高，孰料爱猷识理达腊竟然无动于衷。
元主的冷漠并没有令朱元璋恼羞成怒，相反，仍旧大度宽容地善待对方。洪武七年（1374年）九月的一天，朱元璋对朝臣们说：“草木无心，遇春而长茂，遇秋而零落，气之所感，犹之荣悴，况于人乎！崇礼侯买的里八剌，南来已五载，今已长成，岂无父母、乡土之思，宜遣之还。”于是，派遣元朝归降的咸礼、袁不花帖木儿两位老成持重的宦官一路护送。
元朝皇孙买的里八剌辞行时，朱元璋对他说：“尔本元君子孙，国亡就俘，曩即欲遣尔归，以尔年幼，道路辽远，恐不能达。今既长成，朕不忍令尔久客于此，故特遣归，见尔父母亲戚，以全骨肉之爱。”然后又叮嘱两位宦官：“此尔故君之嗣也，不幸至此，长途跋涉，尔善视之。”
买的里八剌带回北元的除了朱元璋赠送其父爱猷识理达腊的“织金文绮及锦衣各一袭”等礼物之外，还有朱元璋的亲笔信一封。这封信照例是劝说爱猷识理达腊要知天识命，早日归顺明朝，否则，后果难测。这是朱元璋写给元惠宗父子的第五封信，也是最后一封信，爱猷识理达腊对此仍旧不予理睬，从而人为地堵死了与明朝的和解之路，并最终导致了蒙元王朝的最终覆灭。此乃后话，后面再讲。
大明帝国皇帝朱元璋在竭力招抚北元国主爱猷识理达腊的同时，对那位堪称“蒙元台柱”的王保保也十分上心。他曾先后七次致信王保保，竭力劝说对方归顺明朝，而王保保的态度只有三个字——“皆不答”。洪武三年（1370年）三月底，王保保在沈儿峪遭受惨败之后逃到元朝旧都和林，他那沦为明军俘虏的妹妹被朱元璋作主嫁给自己秦王朱樉，两家成了亲戚关系。尽管如此隆恩，王保保还是对朱元璋的善意无动于衷。《明兴野记》记载了这样一个掌故：洪武七年（1374年），朱元璋派从元朝归降过来的李思齐，前往北地做招抚工作。此间任职北元丞相的王保保向李思齐表达了不事二主的心志，却假意对这位老战友以礼相待，留住几天之后，派骑从送李思齐返国。行至边界分别时，骑从说遵丞相令，请将军留下一条胳膊作纪念，李思齐知不可免，只得从命，回国不久就一命呜呼。
朱元璋费尽心机招降王保保而不得，十分遗憾，他曾对臣下感慨道：“（常）遇春虽人杰，吾得而臣之。吾不能臣王保保，其人奇男子也！”洪武八年（1375年）八月，王保保病死于哈剌那海（今阿尔泰山以北）的衙庭，其妻毛氏自杀殉夫。
朱元璋招抚北元的努力虽然失败，但是，随着王保保病卒，北元中西部的军事力量开始日渐削弱，大明帝国的北部边境形势也日渐稳定下来。洪武中期，朱元璋曾令沐英、徐达、蓝玉等将两次率军北伐，回击北元残余部众的骚扰。由于这两次军事行动规模都不是很大，本书不予详细介绍。又过了六、七年，亦即洪武二十年（1387年）前后，朱元璋才又大举兴师北伐，最终荡平残元势力。