北伐军降伏李思齐后，又以破竹之势向东北推进，攻克了安定州（今甘肃定西）、会州（今甘肃会宁）、靖宁州（今甘肃静宁）、西安州等城地。说明一下，这里的西安州治所在今宁夏海原县西，元时属开城路，是元豫王的封地，明军大军压境，徐达令薛显率五千精兵攻打西安，豫王阿剌特纳失里自知不敌，弃城而逃。明军将从西安州所俘的七千余百姓解送北平安置。
接下来，徐达亲统大军，东出萧关，遂下平凉，兵锋直指庆阳。与此同时，与庆阳互为犄角的径州已被明军汤和所部攻克，延安州也被明军指挥朱明攻克，庆阳城四面受敌，岌岌可危。张良弼早在明军攻克临洮之际，便将防守庆阳的任务交给其弟张良臣和平章姚晖，自己则率金牌张等将走奔宁夏，却被先他一步逃到宁夏的王保保逮捕关押。张良臣骁勇善战，在军中被呼为“小平章，但此间势单力孤，遂决定举城投降。
从五月初八开始，张良臣陆续派出几拨使者来徐达军中商谈投降事宜。就在这期间，恰好朱元璋关于提醒“张思道兄弟多谲诈”的敕书送达前线，徐达按照皇帝的指示，谨慎地派出右丞薛显、指挥张焕等人率骑兵五千、步卒六千前往庆阳受降。果不出朱元璋所料，五月十五是受降日，在受降仪式上，张良臣“蒲伏道左，徉为卑下，以示归顺”，到了晚上，他却突然发动袭击，受降部队寡不敌众，张焕被俘，薛显负伤逃回军中。
徐达闻变，对诸将说：“上（皇帝）明见万里外，今日之事，果如前日所谕。然良臣之叛，祗取灭亡耳，当与诸公戮力翦之！”旋即令冯胜、傅友德等人会师于径州，共商破敌之计。此间的庆阳已被明军重重围困，切断了张良臣与外界的一切联络，而明军的战略即是困毙对方。张良臣担心坐以待毙，多次出城挑战均遭失利。其兄张良弼知道庆阳无法久持，竭力请求王保保发兵增援。王保保担心唇亡齿寒，遂不计前嫌，派部将韩扎儿攻破原州，斩杀明军守将陈寿，再陷径州，企图给张良臣打开一条通道。徐达令冯胜引兵出驿马关迎战，韩扎儿大败。冯胜追至邠州，韩扎儿再逃到宜禄（今陕西长武），明军复追而至。韩扎儿连番兵败，部队伤亡严重，知道回天无力，只得率领残部逃回宁夏。
韩扎儿的救援行动失败了，由贺宗哲指挥的另一路援军也是无功而返。贺宗哲原是王保保的部将，任过平章和总制等官职，也是疆场上一个厉害的角色。庆阳被明军围困，他率军猛攻凤翔，意在给北伐军的后院放一把火，以缓解庆阳的压力。没料到镇守凤翔的明军指挥金兴旺和知府周焕等人誓师拒守城池，贺宗哲率军猛攻十五日，“或隧地，或突至瓮城”，所有想得到的办法都用上了，凤翔始终巍然不动。直到庆阳城破，贺宗哲见事已不济，只得撤兵而去。
张良臣当初之所以敢降而复叛，是因为他觉得庆阳城池险固，不仅自己骁勇异常，而且身边有七个精悍善战的养子相助，另外，还有兄长张良弼、王保保遥为声援，贺宗哲、韩扎儿相为羽翼，故欲拒守以图大功。孰料坐困庆阳孤城数月，以至“内外音问不通而粮饷乏绝，至煮人汁、丸泥咽之”，处境着实悲惨。但是，降而复叛乃不赦之罪，张良臣深谙此理，无奈之下，只得硬撑下去。
坚守了三个多月，平章姚晖、熊左丞、胡知院、葛八等人知道大势已去，争相开门请降。八月二十一日，徐达率兵从北门进入城中，张良臣父子投井自杀未死，被捞出腰斩处死。同时被诛斩的还有张良臣的党徒柴知院等二百余人。
徐达攻破庆阳之时，也是李文忠于大同大破脱伯列、孔兴之时，明军的这次军事行动可谓取得了全线胜利。其时已是洪武二年（1369年）九月，大明帝国成立已接近两年，然而，这些王朝的开拓者们却仍在前线出生入生，浴血奋战，将士们人心思归！为了安抚将士之心，朱元璋诏令右副将军冯胜留守庆阳，节制晋陕甘宁边境各镇兵马；徐达、李文忠、傅友德、邓愈、汤和等其他主要将领均返回京师“议功赏”。令人大跌眼镜的是，徐达于洪武二年（1369年）十一月初一返京，刚过了十三天，自持功大的冯胜竟然私自率部还京，急着找皇帝请赏。
一直蛰伏宁夏准备相时而动的王保保，见明军南下，立即动员十余万大军发起反攻。善于用兵的王保保采用“围点打援”的策略：先以数万部队围困兰州，另将主力部队屯驻于地势险要的定西。明军兰州卫指挥使张温（即韩温）在打退元军的第一拨围攻之后，由于寡众相殊，只得闭城据守。此间，镇守巩昌的明军鹰扬卫指挥使于光率兵来援，在马兰滩遭遇伏兵，兵败被俘，被元兵执至兰州城下，令他劝说张温出降。于光对着城上大喊：“我不幸被执，公等坚守，徐总兵将大军行至矣。”元军怒极，抡刀朝于光脸颊一阵乱砍，这位忠烈之士就此殉国。张温等人见此情景，悲愤交加，守城益固。元军将兰州重重围困，且时时纵兵在兰州、平凉、巩昌等地大肆掳掠人畜。远在京师的朱元璋获报上述情况，极为恼怒，在严厉斥责冯胜的同时，也决定对王保保还以颜色。
§§§第二节 第二次北伐
洪武三年（1370年）正月，朱元璋又任命右相国徐达为征虏大将军，浙江行省平章李文忠为左副将军，都督冯胜为右副将军，御史大夫邓愈为左副副将军，御史大夫汤和为右副副将军，再次出征北伐。
大军出征之前，朱元璋召开军事会议，征询诸将的意见，大家都认为，“保保之寇边者，以元主犹在也，若以师直取元主，则保保失势，可不战而降。”朱元璋不以为然，他提出自己的主张：“王保保方以兵临边，今舍彼而取元主，是忘近而趋远，失缓急之宜，非计之善。吾意欲分兵为二道：一令大将军自潼关出西安，捣定西，以取王保保；一令左副将军出居庸，入沙漠，以追元主，使其彼此自救，不暇应援。况元主远居沙漠，不意吾师之至，如孤豕之遇猛虎，取之必矣。事有一举而两得者，此是也。”皇帝这个分兵两路的方案显然更加稳妥和完备，诸将纷纷赞同，就此一锤定音。
二月初，按照皇帝制定的战略部署，两路大军同时启程。左副将军李文忠统帅十万大军经兴和（今河北张北）北上，出击元惠宗眼下栖身的应昌。二月下旬，在察罕脑擒获从山西大同逃遁过来的元平章竹贞。此后不久，又在白海子境内的骆驼击败元太尉蛮子、平章沙不丁等人率领的元军。
此间，明军北平守将孙兴祖阵亡于三不剌川的五郎口，时年三十五岁。孙兴祖是濠州人，素为朱元璋器重，他以骠骑大将军、大都督府副使的身份戍守北平重镇。爱将阵亡，“上甚悼之，遣使往北平致祭”，被追封为燕山侯，并“命配享于通州开平王常遇春祠”。
五月上旬，李文忠再次攻入开平，稍事停留，于十三日向应昌挺进。行至数十里，抓获一名前往开平报国丧的胡骑，原来，元惠宗妥欢帖木儿因患急性痢疾已于四月二十八日在应昌病逝。李文忠立即督令部队，日夜兼程，全速前进。
洪武三年（1370年）五月十六日，明军攻克应昌，俘获元惠宗的嫡孙买的里八剌，同时被俘的还有惠宗的后妃宫人以及诸王、达官、士卒等等，缴获了宋元玉玺和金宝、玉册、镇圭、大圭、玉带、玉斧等大量宝物，只有皇太子爱猷识理达腊带着数十骑从逃去。李文忠亲率精骑追赶，一直追到北庆州（今内蒙古巴林右旗），不及而还。返程路过兴州，元将江文清率军民三万六千九百余人请降；走到红罗山，元将杨思祖率所部一万六千余人请降。李文忠派遣得力将士，将元皇孙、诸王、后妃、江文清、杨思祖等降将，以及所有宝物全部解赴京师，由朱元璋发落，文忠自己则率领大军回师北平。
李文忠的这次军事行动的战果可谓极其丰硕，只是惜乎走脱了爱猷识理达腊，他带着随从朝西北方向一路狂奔，逃回到自己祖先的发祥地旧都和林，然后，利用自己皇太子的身份东山再起，给大明帝国制造一段很长时期的麻烦。相关情况，以后再讲。
下面来说说由大将军徐达统帅的这路大军的情况。徐达兵出潼关，往西而行，一路上好消息纷至沓来：二月二十五日，龙骧卫指挥使金朝兴攻克东胜州；三月二十三日，都督同知汪兴祖攻克武州和朔州……原来，这都是朱元璋为配合徐达而令山西地方驻军将领所采取的军事行动。
洪武三年（1370年）三月下旬，徐达大军抵达定西。王保保闻徐达军至，急撤兰州之围，合兵一处，退驻兰州之东的车道岘，布阵迎战。此次徐达由京师带来的部队连同当地驻军，共有三十多万人，明军数量多于元军。为了保证完胜，徐达亲率十万精兵进驻沈儿峪（今甘肃定西北部），其余部队扼守定西要冲。
明军自三月二十九日到沈儿峪之后，徐达没有立即发动进攻，而是令邓愈隔涧立栅扎营，与元军相迫甚近。双方交战数日，互有胜负。四月六日，王保保派千余精兵悄悄从东山小道偷袭明军东南的大营，明军猝不及防，士卒惊惧，负责东南营垒的主将胡德济也惊慌失措，被元军攻入营寨，坐镇中军的徐达急忙率军策应。打退元军的进攻之后，徐达将东南营垒的指挥赵某等数名将校斩首正法，并将左丞胡德济囚禁治罪，以此号令三军。全军上下，无不股栗！
整肃军队之后，徐达见士气可用，遂决定向元军发动全面进攻。次日，双方于沟涧北面的一片乱坟岗展开决战，徐达亲自临阵督战，数十万军队混战一团，明军将士莫不舍生忘死，奋勇当先，直杀得尸积如山，血流成河，最后，元军大败。这场战争，明军生擒元朝郯王、文济王及国公阎思孝、平章韩扎儿、虎林赤、严奉先、李景昌、察罕不花等官员一千八百六十五人，俘虏元军将校士卒八万四千五百余人，缴获马万五千二百八十余匹和大量骆驼、骡驴以及其他牲畜。
唯一遗憾的是，王保保再次成了漏网之鱼。不过，王保保此役输得委实悲惨——“仅与其妻子数人从古城北遁去，至黄河，得流木以渡，遂由宁夏奔和林”！包括其妹妹的其他家眷皆为明军俘虏。由于王保保是皇帝朱元璋的心腹大患，故徐达命令都督郭英率轻骑追击，一直追到宁夏，最后不及而返。顺便提一下，王保保逃到和林以后，再次受到北元最高统治者爱猷识理达腊的重用，屡屡成为明军的麻烦。相关情况，以后再讲。
沈儿峪大捷之后，部队稍作休整，徐达令左副副将军邓愈率部前往元朝吐蕃等处宣慰使司都元帅府驻地河州（故治所在今甘肃临夏）招谕吐蕃诸部归降；徐达自己则亲统大军攻略夏国的北部门户兴元府（今陕西汉中）。
河州曾在去年四月被右副将军冯胜攻克，但冯胜觉得它是化外之地，驻军戍守劳民伤财不合算，便索性令将士城楼库房焚烧殆尽，然后将居民、牲畜掳掠南归。因此，自洮河一直到积石关（在今甘肃积石山县境内）三百余里，皆“骸骨遍野，人烟一空”。邓愈到达河州后，一面令部将韦正率兵修整城池，一面遣使招抚吐蕃势力。
关于吐蕃这里简单介绍一下，它是七至九世纪古代藏族建立的一个王国，唐时的汉族人民称其为吐蕃，在鼎盛时期，其疆域范围一度包括西域及河陇地区。吐蕃政权瓦解之后，宋、元及明初的史料依旧沿用过去的称谓，把该地区的藏族等土著称作吐蕃。
洪武三年（1370年）六月，吐蕃法理上的所有者——元朝镇西武靖王卜纳剌和元朝陕西行省吐蕃宣慰使何锁南普等人，率领吐蕃诸部酋长，带着元朝政府授予的金、银牌印，到邓愈的军门献表归降。此后不久，“河州以西，甘朵、乌思藏等部皆来归，征哨极甘肃西北数千里始还”。邓愈兵不血刃，圆满完成了招抚西域边陲吐蕃势力的任务。
此间，徐达亲自统帅的部队也取得不错的战果。他率领冯胜、傅友德、李思齐等大将，先是攻克略阳，生擒元朝平章蔡琳；接着占领沔州（今陕西勉县）；最后，他派凤翔卫指挥金兴旺等将领出连云栈，两路夹击攻打兴元。兴元守将刘思中、知院金庆祥见势不妙，开城迎降。徐达令金兴旺镇守兴元，自率大军返回西安。
朱元璋闻报，诏令改兴元府为汉中府，升任金兴旺为大都督府佥事，令其仍守汉中。同时，任命和调整一批官员，用以加强和充实晋陕甘宁地区的政权建设：令秦王府武相耿炳文兼陕西行省右丞，总领陕西军政事务；令大都督府佥事郭兴为秦王府武传兼陕西行都督府佥事；令大都督府同知汪兴祖为晋王府武传兼山西行都督府同知。值得一提的是，兰州卫指挥使张温因先前死守兰州而受到朱元璋的特别褒奖，称之“兰州之捷，可谓奇功”，提升他为大都督府佥事兼陕西行都督府佥事。徐达、冯胜、汤和、傅友德以及其他大小将校，稍后将另行论功封赏。至此，晋陕甘宁地区基本平定。
§§§第三节 大封功臣
第二次北伐圆满实现了朱元璋所制定的战略目标，洪武三年（1370年）十一月初七，征虏大将军徐达、左副将军李文忠奉命班师还京，朱元璋亲临龙江关迎接和慰劳这些凯旋而归的将士。以后数天，君臣更是一连串的忙碌：
八日，朱元璋率诸皇子和文武群臣在奉天殿接受徐达、李文忠各自进献的《平沙漠表》。徐达表称“乾坤宣五德之运，历数在于一人。帝王开万世之基，功业超于百代”；李文忠表称“皇帝陛下，广运如天，宏谟盖世，明见万里之外，遂成千载之功”。 表中，两位将军除简单陈述驱逐胡虏、廓清沙漠的战况和人心攸戴、将士效命等胜利因素之外，把主要都业绩归功到皇帝“圣神合德”、“天命所归”方面，对自己个人的功劳极为淡化。《平沙漠表》献毕，中书左丞相李善长再率文武百官进献贺表，仪式方告结束。
九日，朱元璋率文武群臣于郊庙祭告上天。稍后，命大都督府兵部整理评定诸将功绩，令吏部评定勋爵，令户部筹备赏物，令礼部制定礼仪，令翰林院撰制诰令，准备大封功臣。
洪武三年（1370年）十一月十一日，这是一个让明朝开国君臣终生难忘的日子——洪武皇帝朱元璋在奉天殿大封功臣。
这天，日丽风和，整个京师彩旗招展，锦带飘扬。奉天殿上，皇帝朱元璋端坐正中，皇太子和诸位皇子分侍两旁，左丞相李善长、右丞相徐达率文武百官分列于丹阶左右。仪式过后，朱元璋的一番开场白饱含了人情世理，讲得十分精彩，现实录如下：