读者知道，朱元璋的政权是从宋政权的江南行省发展而来的，而宋政权的建置则基本模仿元制。大明王朝建立以后，为了规避旧政权模式的弊端，体现出新王朝的特色，朱元璋决定重新构建自己的政权体系。
先说行政机构。元制惯例，以中书省总理全国行政事务，中书省设有中书令（由皇太子担任），以“典领百官，会决庶务”，右、左丞相受其所制，百官尚右。朱元璋则取消了中书令这一职位，并改百官尚右的惯例为尚左。中书省左、右丞相为最高行政长官，官秩正一品，另配平章政事、左右丞及参知政事。中书省以下设吏、户、礼、兵、刑、工六部，其职责分别为：吏部掌天下官吏、选法、封勋、考课之政；户部掌天下户口、田土、贡赋、经费、钱货之政；礼部掌天下礼仪、祠祭、燕享、贡举之政；兵部掌天下军卫、武选、厩驿、甲仗之政；刑部掌天下刑法及徒隶、勾覆、关禁之政；工部掌天下百工、屯田、山泽之政。吏部乃六部之首，“各部设郎中、员外郎、主事分掌其事，而以尚书、侍郎总其政务”，其中，尚书的官秩为正三品。另外，全国分设若干个行中书省，其最高行政长官为平章政事，官秩为从一品，另配左右丞及参知政事。行中书省以下，设府、州、县三级地方行政机构，知府的官秩为正四品，知州的官秩为从五品，知县为正七品。
再看军事机构。唐、五代、宋、辽、元等朝代的最高军政机构为枢密院，朱元璋于至正二十二年（龙凤八年，1362年）春，改枢密院为大都督府，以大都督为最高长官，又于至正二十五年（龙凤十一年，1365年）罢设大都督，以左、右都督为最高长官，其官秩为正一品。地方行省设立都卫指挥司，后来简称为行都司；全国共有三个行都司及十三个都司，其长官为（行）都指挥使，官司秩正二品；（行）都司下辖卫所，其长官为卫指挥使，官秩正三品；卫所下设千户，长官为千户，官秩正五品；千户下设百户，长官为百户，官秩正六品。由于明朝实行军屯制度，故卫所不只是军事机构，它还下辖一定范围的卫地，并兼管卫地的行政事务，卫地之中既有军士耕种的屯田，也有百姓耕种的民田。如此一来，在明朝版图内的许多地方，便有两条平行的管辖系统：一条是由中书省至行中书省至府、至州、至县而构成的行政系统；一条是由大都督府至（行）都司、至卫所而构成的军事系统。
最后来讲讲监察机构。出身贫寒的朱元璋骨子里对贪官污吏有一种本能的憎恨，开建大明王朝之后，他尤其注重对官员贪腐的防范及惩治，在任期间，王朝的监察机构大约有三块：其一，中央政府设立的御史台，其最高长官为御史大夫，官秩从一品，吴元年（至正二十七年，1367年），御史台设置给事中之职，掌管侍从、规谏、补阙、拾遗等事务，官秩正五品；其二，于洪武六年（1373年）在吏、户、礼、兵、刑、工六部设给事科，每科配给事中两人，其职责是补阙拾遗及举劾六部官员，官秩为正七品；其三，在各行中书省设置提刑按察司，负责监察该行省所辖府州县的官员，其长官为按察使，官秩为正三品。
在上述三大政权中枢机构之外，朱元璋还曾另外设置翰林院、大理司、察言司、磨勘司等辅助政权机构。这些机构忽设忽废，只有翰林院被保留下来，它是一个带有深厚学术色彩的政府衙门，其职责是掌制诰、史册、文翰之事，考议制度，详正文书，备皇帝顾问。朱元璋的翰林院设正官学士承旨（正三品）、学士（从三品）、侍讲学士（正四品）、侍读学士（从四品）、直学士（正五品），以及待制（从五品）、修撰（正七品）、典簿（正七品）、应奉（正七品）、编修（正八品）等属官。
以上是国家政权机构。此外，朱元璋还在皇宫大内设有宗人府、詹事府、六尚局以及宦官机构，以便管理皇家事务，为皇帝、后妃及皇族服务。
最初，朱元璋于洪武三年（1370年）设立大宗正院，设宗人令及左右宗正、左右宗人各一人，官秩皆为正一品，由亲王或勋戚大臣兼任，不另备官，洪武二十二年（1389年）改名为宗人府。这个机构负责“掌皇九族之属籍，以时修其《玉牒》（即皇室族谱），书宗室子女嫡庶、名封、婚嫁、嗣袭、谥葬之事。凡宗室陈请，为闻于上，达材能，录罪过”之职。
詹事府是辅佐太子的机构，洪武二十二年（1389年）四月始设这一衙门，初名詹事院，三年后改名为詹事府。该机构设詹事一名，官秩正三品，其职责是“掌统（詹事）府、（左、右春）坊、（洗马）局之政事，以辅导太子”；设左、右春坊大学士各一名，官秩正五品，其职责是“掌太子奏请、下启笺及讲读之事，皆审慎而监省之”；设洗马数名，其职责是“掌经史子集、制典、图书刊辑之事”。
朱元璋时代的所谓六尚局，指的是尚宫局、尚仪局、尚服局、尚食局、尚寝局、尚功局等六局，其长官分别称作尚宫、尚仪、尚服、尚食、尚寝、尚功，官秩初为正六品，洪武十七年（1384年）改秩为正五品。朱元璋虽然起身于微末，但他勤奋好学，熟知历史，有感于“女宠之祸常始于干政，外戚之权常始于怙恩”，于是，他汲取历史教训，“严宫闱之禁”，坚决做到“不牵于私爱”。为此，朱元璋命翰林院特地修撰了《女戒》，详尽规定后妃们的行为准则并列举古代贤妃故事，以供后妃们学习。朱元璋定下规矩：皇后只管宫中嫔妇之事，外朝之事毫发不得参与；所有宫人皆不许与外界通讯，犯者处死；皇帝不接见臣僚命妇，外朝命妇只能按例于每月初一和十五入宫朝见皇后，其余时间不许擅自进宫；皇帝及亲王的嫔妃应从良家女子中择聘，严禁接受大臣私自进献的女子；对于宫中女官，告诫她们的父兄弟侄安分守己，不许仗势侵犯当地官府。由于朱元璋的法令严明，加之皇后马氏恭谨贤良，故终洪武一朝，丝毫不曾出现后妃干政及外戚恃宠祸民的现象。
宦官机构也值得重点说道：朱元璋于至正二十四年（1364年）称吴王之后开始使用宦官，但直到吴元年（1367年）始设内使监，其长官为监令，官秩正四品。明朝建国之后，吏部确定的宦官机构为二监（内使监、内仓监）、二司（御马司、御用司）、四局（尚酒局、尚醋局、尚面局、尚染局）、一库（内府库）。后来，随着宫延事务的增多，宦官机构日益扩大，到洪武三十年（1397年）时，已增至十二监、二司、七局，分别是：神宫监、孝陵神宫监、尚宝监、尚衣监、尚膳监、司设监、内官监、司礼监、御马监、印绶监、直殿监和都知监；二司已改为钟鼓司和惜薪司；七局指兵仗局、内织染局、针工局、巾帽局、司苑局、酒醋面局以及银作局。监的长官太监仍称监令，其官秩为正四品；司的长官太监称司正，官秩正五品；局的长官大监称大使，官秩也为正五品。
较之于汉唐时代内廷宦官动辄逾数千人的规模，明朝时期宦官的规模要小得多，终洪武一朝，其保有量大抵就是数百人。这是因为朱元璋汲取了历史上宦官专权乱政的教训，把宦官的用途定位在“止可使之供洒扫、给使令、传命令而已”的位置，认为这些人“岂宜预政典兵？！”除了汲取历史教训以外，朱元璋还从人性的角度给宦人定位，他曾对左右侍臣评论宦人说：“此辈自古以来，求其善良，千百中不一二见，若用以为耳目即耳目蔽矣，以为腹心即腹心病矣。驭之之道，但常戒敕，使之畏法，不可使之有功，有功则骄恣，畏法则检束，检束则自不敢为非也。”这番分析，入木三分。
为防止宦官干政，朱元璋制定了许多严规酷法，如不许内官读书识字、不许穿戴外朝官员冠服，不予兼领外朝官衔等；另规定，内官凡彼此斗殴、心怀恶逆及干预政事者，处以斩首或凌迟的刑法。另外，朱元璋还多次提醒大家防范宦官，疏远太监，据《明太祖实录》记载，他曾一再告诫皇子和臣僚道：“阍寺之人，朝夕在人君左右，出入起居之际，声音笑貌日接乎耳目，其小善小信皆足以固结君心，而便辟专忍其本态也，苟一为所惑而不之省，将必假威福、窃权势以干与政事，及其久也，遂至于不可抑，由是而阶乱者多矣。”由此可知，朱元璋对宦官的防范是多么严密，正因为如此，终洪武一朝，宦官们皆谨小慎微，不曾出现蠹害朝政之事。
§§§第三节 创建和完善典章制度
前一节给读者讲了大明王朝建国初期国家政权机构和皇宫大内机构的设置情况，下面来说说朱元璋在开国之初所创建和完善的几项重要制度：
官吏任用制度。在讲解这个制度时，首先要廓清“官”和“吏”的概念。许多读者往往把二者混为一谈，其实远不是那么回事。自汉代以后，官员首先要通过察举或科举等手段的选拔，然后由国家吏部正式任命，故曰“朝廷命官”，朝廷命官定有品级，因此又叫“品官”，其俸禄由国家拨付。官员的道德或文化水平普遍较高，受民众认可，因而社会地位尊崇。吏则是各级政府衙门因工作需要而自行招聘的事务性工作人员，一般称作吏典或胥吏，其薪水由衙门主官自己想办法解决，其身份等同于官员的奴仆，其文化水平和道德素质皆与“官”不可同日而语，长官轻视他们，民众憎恶他们，他们甚至被呼之为“狗吏”。举个例子：明朝洪武十七年（1384年），江西布政使李宜之纳吏为婿，违反了“上官驭吏，动必以礼”的规定，竟然被贬谪到广西思恩县任主簿！由此可见吏员的社会地位之低下。
朱元璋创立大明王朝之后，在官吏任用方面，最为突出的特色就是严格实行亲属回避和籍贯回避制度，用以防止官吏利用亲属、地缘关系结党营私，贪赃枉法。朱元璋的观点是：治人者，必先自治。因此，洪武元年（1368年），他在刚颁行的《大明令》中明文规定：“凡内外管属衙门官吏，有系父子、兄弟、叔侄者，皆须从卑回避；凡流官注拟，并须回避本贯。”意思是说，父子、兄弟及叔侄等，不得在同一衙门及其下属部门任职，倘若出现这种情况，则辈份低的官吏则应调往其他衙门任职；此外，任何人不得在自己的籍贯所在地为官，常用办法是，南方人派到北方做官，北方人派到南方做官，最大限度地避免亲属、同乡之间相互结党营私现象的发生。
元朝亡国，原因颇多，以吏治国就是其中因素之一。蒙元统治者以夷狄外族侵略者的身份入主中原，为了牢牢捆绑广大汉族人民的手脚，他们制定了极其繁琐的法令条格，时间一长，便文牒主义盛行，处理公文公务便成为一项专门技能，新上任的官员一时往往难以通晓，于是乎，“欲习其业，必以故吏为师，凡案牍出入，惟故吏之言是听”，衙门的公务便由胥吏大包大揽，曾经毫无地位的胥吏们开始扬眉吐气，成了治国治民的专才。既是专才，便被国家依赖，升迁晋级也就成为情理之事，一时间，县、州、府乃到省、台、院，各级政府衙门的主要领导岗位都充斥着由吏出身的吏官，元朝就此形成以吏治国的局面。前面说过，吏的道德和文化水准普遍很低，并且长期地位低下，遭受白眼，一俟身份转变，皆变本加厉地舞弊弄权，夤缘为奸，上欺国家，下害百姓，损公肥私，唯利是图。长期的吏治腐败，加剧了统治者与被统治者之间的矛盾，成为元朝亡国的原因之一。
朱元璋从蒙元手中抢得天下，建国伊始，官员稀缺，为了国家机构的运转，只得不拘一格地任用吏员。然而，朱元璋颇知以吏治国的危害，故在使用吏员时并非简单的拿来主义，而是建立全新的吏员制度：其一，新聘吏员必须从“身家无过”的农民中选择，士兵、市民及曾有衙门工作经历者一律禁用，通过这种办法最大限度去保证吏员队伍的纯朴性；其二，府县两级衙门的吏员必须实行避贯对迁政策，道理与官员籍贯回避相同；其三，吏员在聘期间每三年考核一次，连续三次考核合格并经吏部审查之后可转正为官员，授予相应官职，特别优秀者可以破格提拔。
上述官吏任用制度的改革和实施，在一定程度上纯洁了官场生态环境，提高了政府衙门的办事效率，具有积极的时代意义。
军事兵役制度。军队是国家政权的重要组成部分，明初的军队实行都督府统辖卫所制度，其行政架构前面已讲，这里来说说它的军队规模和兵役制度。
明朝的军事制度的模式是军队卫所制，它为朱元理所创建，其构想来自于隋唐时代的府兵制。洪武七年（1374年）八月，朱元璋正式确定卫所制度，按照规定：每个（行）都卫指挥司下辖若干个卫所，每个卫所统兵五千六百人；每个卫所分为五个千户所，每个千户所统兵一千一百二十人；每个千户所分为十个百户所，每个百户所统兵一百一十二人；每个百户所分两个总旗，每个总旗各领五个小旗，每个小旗士卒十人。
明朝建国初期，由于国家尚未完全统一，战争连年进行，故国家的兵员并没有一个准确的统计数据，直到洪武二十一年（1388年）蓝玉率军一举荡平元朝的残余势力之后，国家才逐渐趋于平静。据《明太祖实录》记载，迄止洪武二十五年（1392年）十二月，军队“在京武官二千七百四十七员，军二十万六千二百八十人，马四千七百五十一匹；在外武官一万三千七百四十二员，军九十九万二千一百五十四人，马四万三百二十九匹”，全国军队共计一百二十一万五千余人。
明初军人的来源大约有以下八种形式：
一是从征。即最初跟随朱元璋打天下的“诸将所部兵”，包括郭子兴的班底部队，以及朱元璋在征战时期亲自收编的各种成分的武装部队。
二是归附。是指应天吴政权建立以后所投降过来的元朝军队以及陈友谅、张士诚、方国珍、何真等其他割据势力的军队。
三是谪发。所谓谪发，就是因犯罪而被罚充军。这种出身成分的军人又叫“恩军”或“长生军”，是建国以后才普遍实行的一种制度。明朝初期，戍守辽东的各卫军士即是“多以罪谪”而来的。
四是垛集。垛集就是征兵，明初兵役法规定，民户以三户为一个垛集单位，一个垛集单位必须有一丁服兵役，若某户有一丁从军，其户即为正户，子孙世代皆入军籍，父死子继，其他两户则为贴户。若有逃亡或死亡，而户下又无丁可补者，则取贴户中有丁者补缺，这种办法又称“勾军”。
五是世袭。元朝时代，国家将国民划编为军、民、医、匠等不同户籍，实行职业身份世袭制度，明初时期部分继承了这种制度，元朝时期的军户依然为军户，继续为新的王朝服兵役。
六是佥充。这种办法就是从男丁较多的民户中选择身强体壮的青年，加入到锦衣卫、旗手卫等卫所充当力士、校尉乃至将军等职。
在封建时代，尤其是战争年代，兵源的成分来源复杂，兵役制度也相对混乱。由于朱元璋为人精细，他所建立的这些制度和办法，相对来说则比较完善，它对约束军队纪律、维护社会治安起到积极的作用。
户籍里甲制度。在封建时代，对国民实施户籍管理，是稳定社会秩序，保障国家财赋收入的一种重要手段。明朝建国之后，朱元璋明确下令：“凡军、民、医、匠、阴阳诸色户，许各以原报抄籍为定，不许妄行变乱，违者治罪，仍从原籍。”