对于新建立的大明王朝而言，清查户口是一项十分迫在眉睫的工作，因为它关系到许多相关国策的制定，因此，朱元璋命令驻扎在全国各地的百万大军，挨家挨户上门清查户口，与当地政府所呈报上来的户籍档案进行勘合，发现作弊弄假者，如果责任在民户，则将该户充为军籍，如果责任在官府，则将相关官吏问罪处死。
洪武三年（1370年），全国实行户帖制度，即详细登记每个民户的乡贯、丁口数目和家庭成员信息（姓名、年岁、事产等），并编以字号用以与户部的档案勘合，以半印（即骑缝章）钤记。这种户籍档案一式五份，一份送呈户部存档，一分发给各个民户作为该户的户籍证明，另三份分存于行省（布政司）、府、县。因为送呈户部的这份户帖系用黄纸作为封面（其它四份用青纸封面），故户帖又被称作黄册。
在控制户籍取得初步成效之后，洪武十四年（1381年），明帝国又开始推行里甲制度，据《明史·赋役志》记载，明朝的里甲制度是“以一百十户为一里，推丁粮多者十户为长，余百户为甲，甲凡十人，岁役里长一人，甲首一人，董一里一甲之事，先后以丁粮多寡为序，凡十年一周，曰排年。在城曰坊，近城曰厢，乡都曰里。”也就是说，明朝农村每一百一十户为一里，每里挑选十户丁粮多者为里长，这些里长同样按丁粮多少为序轮值里长，十年为一周。里长的职责十分广泛，他与里正、里老等人相互配合，除安排农业生产、征收粮赋、勾摄公事之外，还负责教化乡民、调解邻里纠纷等等事务。总之，它是当时最广泛的基层组织单位并兼具农村政权的性质。
此次里甲制度是结合早先的户籍黄册一起实施的——政府在重新编制黄册时，将户籍纳入里甲体系，并在户帖黄册中标注民户所应完纳的赋税徭役，因此，户帖黄册又被叫做赋役黄册。由于赋役黄册对国家的关系重大，为保证黄册的安全，朱元璋特地令人在玄武湖中的岛上建造库房，专事收藏保管黄册。玄武湖当年曾被称作后湖，故这些收藏黄册的库房被史学家称为后湖黄册库，它是中国古代历史上最大的档案库。
赋役黄册和里甲制度的实施，为新兴的明王朝作出了重大贡献，通过它们，政府把人民牢牢地捆缚在固定的土地上，用以确保赋税、徭役以及兵役的来源。相伴赋役黄册配合实行的还有鱼鳞图册，以后将给读者专门介绍。
屯田制度。朱元璋推行的屯田制度包括民屯、军屯和商屯等三大部分。
所谓民屯，就是移民垦荒。元末明初时期，由于各种因素的缘故，人口分布状况与土地的比例极不均衡，有些地区地狭民多，无田耕种；而有些地区则地广人稀，田地荒芜。为解决这一矛盾，朱元璋决定效仿汉高祖刘邦，实行大规模的移民屯田政策。
明代的民屯，按照移民来源的形式，分为三种。
第一种，就是所谓的“移民就宽乡”，也就是把无田或田少的农民从“窄乡”（即人多田少的地区）移居到“宽乡”（即田多人少的地区），进行垦田生产。办法有二：一是人多田少的农户，按一定的比例分丁迁移；二是无田者和无恒产者，全家迁移。“移民就宽乡”是最主要的一种民屯形式。
第二种，是召募“流移未入籍之民”（即流民）垦田生产。在采用这个办法时，政府同样给予优惠政策——“赏钞锭，分田给之”。不过，因为长期战争的缘故，洪武年间流民稀少，召募规模并不大。直到明宣宗以后，由于土地兼并日益严重，失地农民剧增，流民大量涌现，募民屯田的规模才日渐扩大。
第三种，便是“罪徙”屯田。罪徙的对象包括战争中的俘虏、边境地区少数民族降民、豪强群雄的残余势力和犯了罪的官民及其家属等成分。罪徙有明显的惩罚目的，同时，拓荒垦地也是重要的目的。
以上三种形式的民屯，移民来源身份不同，所移居的地区更是十分广泛。根据《明史·食货志》记载，“东自辽左，北抵宣、大，西至甘肃，南尽滇、蜀，极于交趾；中原则大河南北，在在兴屯”，其中，尤以山东西部、河南和北平府这些饱经战争摧残的地区接受移民数量最多。另外，朱元璋的龙兴之地凤阳、泗州以及京师应天（南京）接受移民的数量也很多。整个洪武一朝，究竟有多少移民？这个数字很难确切计算。笔者查阅大量史料，估算移民总人数应当不低于三百万。
这些移民到达屯区之后，皆“以屯为里甲”——一屯为一里，每里十甲，共一百一十户，在官府的监管指导下进行垦田生产。他们耕种的土地由官府“验其丁力，计亩给之”，并且“永为己业”。这种土地属官田性质，具体分配数量各地不等，一般大概是“户率十五亩，又给地二亩与之种蔬”。移民在徙时会分得一些路费、衣粮；到了屯区，耕牛、农具和种子一般也由官府发放。另外，移民还可享受免除三年赋役的惠政，三年期满之后则正常缴纳税赋。
明初的民屯制度在一定程度上医治了战争创伤，调整了不同地区劳动力和土地配置的疏密程度，许多荒芜人烟的草莽之地得到开发，从国家的层面来看，这一政策的实施具有重大而积极的意义。
军屯，就是军队屯田制度。前文第四章中曾讲过，早在刚刚攻占应天不久，朱元璋就令康茂才为营田使，率所部人马兴修水利，协助各地守将垦荒屯田，这种“且耕且战”的临时营田措施便是军屯的雏形。朱元璋从这件事上尝到甜头，明朝建立以后，随着战事日渐减少，他又开始琢磨让军人自食其力。洪武二十一年（1388年），朱元璋敕谕五军都督府臣的一番话道出了他的心曲——“养兵而不病于农者，莫若屯田。今海宇宁谧，边境无虞，但若使兵坐食于农，农必受弊，非长治久安之术。其令天下卫所督兵屯种，庶几兵农兼务，国用以舒。古之良将若赵充国辈，皆以此策勋当时，垂名后世。”基于上述理由，诏令部分将士专事守御，部分将士则专事屯垦。
军屯是以“屯”为单位，相当于民间的“里”，由于明朝的军队实行军户制度，故每屯也是一百军户，其最小单位为“屯田百户所”。军士戍守、屯田的比例，有时是“八分屯种，二分戍逻”，有时是“十之七屯种，十之三城守”，有时则又“全伍屯田”，因时制宜，因地制宜，各不相同。
军屯之地也属官田，军士因改调、疾病、死亡缘故而不能耕种者，须将所种之田交回国家，不准个人转移或买卖。军户的农具、种子和耕牛也由官府发放，实行军屯之初，官府免征屯粮，只是相应减少军饷。但是，自洪武七年（1374年）开始，国家开始征收屯粮，具体数额因地制宜，一般比民田略高，军屯制度自此便演变成为一种变相的农奴制度。不过，凡事皆利弊相辅，这种军屯制度在明初年间为减轻农民负担、充实国库、保障军粮的供给、恢复国家的经济等方面，都曾做出过积极的贡献。
所谓商屯，其实是一种特殊形式的民屯，其产生背景是这样的：明朝初期，四面边境驻扎大量军队防范外地，虽然实行军屯制度，但边境军队的粮饷仍然无法实现完全自给，国家每年均需向他们输运大量军粮物资，由于关山阻隔，路途遥远，从而成为国家的一项沉重负担。后来，朝廷想出办法，利用国家掌握的食盐专卖权，规定若商人自行把一定数量的粮食运到边境粮仓，即可换取一定比例数量的盐引（又叫盐钞，取盐的凭证），然后凭盐引去盐场支取食盐，再运到指定的地区贩卖获利。如此一来，国家就等于把运输军粮的劳顿差事转嫁给了商人，而商人因为有利可图，也乐意去赚这个辛苦钱。久而久之，商人发现边疆地区有大量土地闲置荒芜，为了省去路途劳顿，多获利益，在征得官府同意之后，他们便雇人直接在边疆垦荒屯种，就近生产粮食换取盐引，这就是商屯的由来。
不言而喻，明初商屯的出现和兴旺，是一种皆大欢喜的共赢格局：于国家而言，减轻了财政、人力、物力等各方面的负担，保障了戍边军队粮饷的供应，开发了边疆土地，活跃了边境经济；对商人而言，减少了路途劳顿，获取了更大利益。这一做法可谓皆大欢喜！