盖闻伐罪吊民，王者之师，考之往古，世代昭然。轩辕氏诛蚩尤，殷汤征葛伯，文王伐崇，三圣人之起兵也，非富天下，本为救民。近睹有元之末，主居深宫，臣操威福，官以贿成，罪以情免，宪台举亲而劾仇，有司差贫而优富。庙堂不以为虑，方添冗官，又改钞法，役数十万民，湮塞黄河。死者枕藉于道，哀苦声闻于天。致使愚民误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有，翼其治世，以苏困苦，聚为烧香之党，根据汝、颖，蔓延河、洛。妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵，千端万状。元以天下兵马钱粮大劳而讨之，略无功效，愈见猖獗，然而终不能济贵安民。是以有志之士，旁观熟虑，乘势而起，或假元氏为名，或托香军为号，或以孤兵自立，皆欲自为，由是天下土崩瓦解。
予本濠梁之民，初列行伍，渐至提兵。灼见妖言，不能成事，又度胡运，难与立功，遂引兵渡江。赖天地祖宗之灵及将帅之力，一鼓而有江左，再战而定浙东。陈氏据我上游，爰兴问罪之师。彭蠡交兵，元恶授首。父子兄弟，面缚舆榇，既以《前闻记》“待之”，不死，又列以封爵。将相皆置于朝班，民庶各安于田里。荆襄湖广，尽入版图。虽德化未及，而政令颇修。
惟兹姑苏张士诚，为民则私贩盐货，行劫于江湖，兵兴则首聚凶徒，负固于海岛，其罪一也。又恐海隅一区，难抗天下全势，诈降于元，坑其参政赵琏，囚其待制孙捴，其罪二也。厥后掩袭浙西，兵不满万数，地不足千里，僭号改元，其罪三也。初寇我边，一战生擒其亲弟，再犯浙省，杨苗直捣其近郊，首尾畏缩，乃又诈降于元，其罪四也。阳受元朝之名，阴行假王之令，挟制达丞相，谋害扬左丞，其罪五也。占据江浙，钱粮十年不贡，其罪六也。知元纲已堕，公然害其丞相达识帖木儿、南台大夫普化帖木儿，其罪七也。恃其地险食足，诱我叛将，掠我边民，其罪八也。凡此八罪，有甚于蚩尤、葛伯、崇侯，虽黄帝、汤、文与之同世，亦所不容，理宜征讨，以靖天下，以济斯民。
爰命中书左丞相徐达率领马步官军舟师，水陆并进，攻取浙西诸处城池。已行戒饬军将，征付所到，歼厥渠魁，胁从罔治，备有条章。凡我逋逃居民，被陷军士，悔悟来归，咸宥其罪。其尔张氏臣寮，果能明识天时，或全城附顺，或弃刃投降，名爵赏赐，予所不吝。凡尔百姓，果能安业不动，即我良民，旧有田产房舍，仍前为主，依额纳粮，余无科取，使汝等永保乡里，以全室家。此兴师之故也。敢有千百相聚，抗拒王师者，即当移兵剿灭，迁徙宗旅于五溪、两广，永离乡土，以御边戎。凡予之言，信如皎日，咨尔臣庶，毋或自疑。敬此，除敬遵外，咨请旋行。
这篇檄文从表面上看，是为了揭露张士诚的所谓罪状，给本次出兵找理由，而其主旨却是朱元璋为自己取代元朝、登上皇帝宝座造舆论。它有两大特征：其一，檄文否定弥勒佛，打击烧香党，诋毁白莲教乃“妖言惑众”，诬蔑红巾军是“暴民逞凶”；其二，在给张士诚拼凑的罪状中，诸如聚众造反、诈降于元、胁制朝廷命官、谋害达识帖木儿和杨完者，这些都是站在元朝的立场开骂，八条罪状中只有最后一条“诱我叛将，掠我边民”勉强与自己有关。檄文置应天西吴政权当下仍奉宋政权龙凤正朔的事实于不顾，有意淡化朱元璋的红巾军战士出身历史，并全然回避朱元璋当下也只不过是和张士诚一丘之貉的军阀身份，公然把自己打扮成替天行道的王者，与轩辕、殷汤、文王同列，其意无非是为了在打败张士诚之后，再行伐元称帝作铺垫。
从文章主旨来看，这篇檄文应当是出自刘基、宋濂等人手笔，然后经过朱元璋首肯润色而已。这些人出身于地主世家，饱受儒家正统观念熏陶，又曾为官于元朝，满脑子的君臣父子和三纲五常，他们深恨红巾军这类起义“暴民”。有例为证，至正二十四年（1364年）正月，朱元璋在应天自称吴王，不过名义上仍尊小明王为皇帝，以龙凤纪年。当时中书省尚设有小明王的御座，正月初一，群臣皆按惯例向御座礼拜，而刘基却骂道：“彼牧竖耳，奉之何为！”这个例子可以很好地佐证刘基之流骨子里对起义者的仇恨和鄙视。朱元璋本系起义暴民，然而，此一时彼一时，现在他既然成了天下首屈一指的大军阀，离帝王宝座仅一步之遥，刘基这类习惯于依附强权统治者而实现自己人生理想的传统儒士，当然会竭力鼓动自己的新主子早日去和那些凭借造反起家的军阀们划清界线，成为儒家的护法，以赢得占社会主流阶层的那些地主乡绅们的支持。
至正二十六年（1366年）七月底，朱元璋召集中书省及大都督府的文臣武将开会，商议进兵事宜。右丞相李善长建议暂缓一缓，其理由是：“张氏宜讨久矣，然其势虽屡屈而兵力未衰，土沃民富，又多储积，恐难猝拔，宜俟隙而动。”左相国徐达则认为“张氏骄盈，暴殄奢侈，此天亡之时也”，主张立即发兵。朱元璋赞成徐达的看法，对他说：“诸人局于所见，独尔合吾意，事必济矣！”于是命令诸将检阅士卒，择日启程进兵。同时，为了防止王保保乘虚引兵南下，朱元璋再度遣使与其通好，以达到麻痹拖延对方的目的，免使自己两面受敌。
八月二日，朱元璋命令中书左丞相徐达为大将军，平章常遇春为副将军，率兵二十万攻伐张士诚。他告谕诸将道：“卿等宜戒饬士卒，毋肆劫掠，毋妄杀戮，毋发丘垄，毋毁庐舍。闻张士诚母葬姑苏城外，慎勿侵毁其墓。”并当场每人发一纸条，戒约上述规定。
部队临出发前，朱元璋把徐达、常遇春叫到密室，商讨首攻目标。常遇春道：“逐枭者必覆其巢，去鼠者必熏其穴，此行当直捣苏州（平江）。苏州既破，其余诸郡可不劳而下矣。”朱元璋则认为张士诚起于盐枭，与湖州守将张天骐、杭州守将潘元明等人犹如手足，假如张士诚处境危急，张天骐等人担心唇亡齿寒，必定会并力赴救，因此，“莫若出兵先攻湖州，使其疲于奔命。羽翼既披，然后移兵苏州，取之必矣。”朱元璋的这一方案无疑更加谨慎稳妥，可是常遇春坚持己见，反复争辩。朱元璋作色道，攻湖州若失利，我自担责任；若先攻苏州而失利，我拿你是问！常遇春这才不再说话。
首攻目标确定之后，朱元璋又悄悄叮嘱二人，说前番赣州守将熊天瑞的归降并非出其本意，这次令他一起出征，刚才制订的攻略方案不要让任何人知道，对外则宣称直捣苏州，熊天瑞必定会把这个消息传递给张士诚，如此便中了我的计策。这样一来，既麻痹了张士诚，又让熊天瑞形迹毕露，可谓一石双鸟。徐达、常遇春闻计，称妙不已。
八月四日，徐达、常遇春率大军从应天龙江关出发，于十二日抵达太湖，常遇春在南岸港口击败张士诚的当地驻军，擒其将尹义、陈旺，并占据湖中险要之地洞庭山；未几，又攻克湖州辖区的昆山，擒其将石清、汪海等人，张士诚的太湖水师因此不敢出战。此间，果如朱元璋所料，指挥熊天瑞寻机叛逃到东吴的张士诚那里。
二十五日，徐达率部抵达湖州城外的三里桥，湖州守将张天骐兵分三路出城阻击：以参政黄宝负责南路，院判陶子实负责中路，张天骐自己负责北路，另以同佥唐杰为后备支援部队。正当徐达率兵准备下令进攻时，随军负责占卜的术者则说“今日不宜战”，常遇春怒斥道：“两军相当，不战何待？！”于是，徐达令常遇春攻打黄宝，令王弼攻打张天骐，徐达自己则攻打中路的陶子实，另派骁将王国宝率长枪军直攻湖州。战斗打响，黄宝被常遇春击败，准备撤回城中时，不巧城下吊桥已断，无法入城，只好返身回来力战，结果被擒。张天骐、陶子实等见西吴兵攻势太猛，不敢接战，皆敛兵而退。张士诚闻报，派司徒李伯昇率部来援，由荻港潜入城内，协助张天骐闭门拒守。徐达令王国宝攻打西门，自己则率大军殿后，将湖州四面重围起来。
湖州的存亡攸关平江安危，张士诚不敢掉以轻心，又令其养子张虬（又称五太子）、朱暹、王晟、戴茂、吕珍、李茂等人，率兵六万来前来增援，驻扎于城东的旧馆，构筑五座营寨，就地固守。徐达、常遇春及刚从常州赶来增援的汤和则分兵攻占了东迁镇以南的姑嫂桥（在旧馆东面），连筑十垒，以断绝旧馆与平江之间的往来。可笑的是，李茂、李成等人未及开战即逃离战场。此间，张士诚的女婿潘元绍（杭州守将潘元明之弟）驻兵于乌镇之东，与吕珍等人互为犄角之势。徐达派兵乘夜对潘元绍发动突袭，把他赶到了嘉兴，然后填塞沟港，绝其湖州的粮道。张士诚见事态急迫，便亲自从嘉定方向率兵来援，与徐达激战于皂林之野，结果大败而归。
九月二十日，天色阴暗，风大雨急，张士诚令同佥徐志坚率轻舟正面出击东迁镇姑嫂桥的西吴军队，常遇春率部接战，双方舟师大战于太湖水域。东吴水师大败，徐志坚及部下二千余士兵被俘。此间，朱元璋被张士诚的频频救援扰得闹心，便令驻军严州的外甥朱文忠出兵攻打杭州；令华云龙从淮安出兵攻打嘉兴；令廖永忠、薛显率兵攻打湖州与杭州交界处的德清。以牵制张士诚的兵力，使其首尾不能相顾。
屡次救援失败，令张士诚感到恐慌，便派其右丞徐义前往旧馆观察形势，却又被常遇春切断了归路。徐义被困，只好派人联系士诚之弟士信出兵配合旧馆的东吴军与西吴军力战，张士诚又令潘元绍率赤龙船亲兵往援。徐义脱险后，与潘元绍共率赤龙船亲兵屯于平望，然后另乘小舟潜至乌镇，欲援旧馆。没想到常遇春竟然从别的港道绕到平望，纵火焚烧东吴的赤龙船，再次断了他们的退路。自此以后，旧馆驻军的外援断绝，粮饷不继，军心开始浮动。
十月四日是湖州会战的转折点，这天，常遇春率部向乌镇发起进攻，徐义、潘元绍等抵挡不住，向旧馆败退。常遇春追至升山，攻破东吴平章王晟的陆寨，同佥戴茂与王晟先后投降，徐义、潘元绍则撤退到旧馆之东的营寨固守。
十月三十日，徐达率部攻击升山水寨，指挥使顾时以数只小船绕到水寨之侧，东吴士兵居高临下，嘲笑不已。顾时见东吴兵松懈，率壮士跃入其舟，大呼奋击，其余士兵一拥而上，奋勇厮杀。此间，五太子张虬率领所部来援，却被常遇春部缠住，西吴将领薛显乘机率舟师奋前搏击，将对方战船烧毁大半。朱暹、吕珍、张虬等人十分孬种，他们见西吴军队勇不可挡，竟然率领旧馆的六万驻军向徐达投降！
笔者之所以斥责朱暹、吕珍等人孬种，缘于这六万投降将士的命运。大家知道，早先朱元璋一般情况下本是严令手下将领杀降的，此次伐东吴，在《平周檄》中也曾信誓旦旦地表示：“凡我逋逃居民，被陷军士，悔悟来归，咸宥其罪。”然而，据明代史学家王世贞所著《弇山堂别集》记载，旧馆一役，朱元璋由于担心俘虏太多而生哗变，亲自下令将大部分俘虏就地处决。该命令内容如下：
吴王亲笔：
差内使朱明前往军中，说与大将军左相国徐达、副将军平章常遇春知会，十一月初四日捷音至京城，知军中获寇军及头目人等六万余众。然而俘获甚众，难为囚禁。今差人前去，教你军中将张军精锐勇猛者留一二万，若系不堪任用之徒，就军中暗地去除了当，不必解来。
龙凤十二年十一月初五日
如此算来，此役杀俘应有三四万人之多！战争是残酷的，作为胜利者，朱元璋有权力去做任何他认为符合己方利益的事情。可是，朱暹、吕珍等人作为一军统帅，在己方并未丧失战斗力的情况下，贪生怕死，举城投降，枉自断送数万将士的性命！如此，上对不起主公，下对不起士兵，岂不哀哉！
十一月六日，徐达让冯国胜把吕珍、王晟等降将押到湖州城下，劝说城中将士出降。东吴司徒李伯昇在城头大呼道：“张太尉养我厚，我不忍背之。”说罢，抽刀欲自杀，却被左右死死抱住。左右劝道：“援绝势孤，久困城中，不如降。”李伯昇俯首不语。这时，张天骐下令献城投降，李伯昇也只得跟着投降。湖州既下，徐达又率军沿着太湖东进北上，行至南浔，元帅王胜请降，再至吴江，参政李福和知州杨彝又是不战而降，西吴大军得以轻松进抵平江（今苏州）城南之郊。
与此同时，由朱文忠指挥的南方战场也取得关键性突破。朱文忠极会用兵，在受命之初，他便率指挥朱亮祖、耿天璧等人，一鼓作气攻下桐庐，迫降了守将戴元帅；接着，又令袁洪、孙虎攻下富阳，俘虏了张士诚的同佥李天禄；然后，合兵一处，围攻余杭。余杭守将乃朱元璋的叛将谢再兴之弟谢五，朱文忠遣人对谢五说：“尔兄以李梦庚小隙，归于张氏。今若来降，可保不死，且享富贵。”谢五原本就是西吴的旧将，和朱文忠相熟，对西吴这边很有感情，迫于时势随兄长投降了东吴张士诚，这会儿见故人劝降，就是：“我诚误计，若保我以不死，我即降耳。”朱文忠信誓旦旦地作了承诺，说：“我是总兵官，不得杀你！”朱文忠不仅是权重位高的总兵官，而且还是朱元璋的亲外甥，谢五得到他的保证，十分放心，便与其兄谢三、侄儿等五人献城出降。朱文忠按照朱元璋的指示将谢氏叔侄解送应天，由于担心他们被杀，还特地上奏道：“恐失信于人，后无肯降者。”朱元璋深恨谢再兴一家的背叛，怒气冲冲地回复道：“谢再兴是我亲家，反背我降张士诚，情不可恕！”乃下令将谢五叔侄五人凌迟处死。
十一月中旬，朱文忠率部向杭州进发，大军尚未抵达杭州城下，杭州守将、东吴平章潘元明竟然派员外郎方彝前来军中乞降，这令朱文忠十分费解，问道：“吾兵适至此，胜负未分而遽约降，无乃计太早乎？”方彝说：“此城百万生灵所系，今天兵如雷霆，当之者无不摧破，若军至城下，欲降恐无及，故使先来请命。”朱文忠答应止兵而待。