章太炎，初名学乘，字枚叔。因仰慕明末清初爱国主义思想家顾炎武（本名绛），更名绛，号太炎，后又改名炳麟。1869年1月12日（清同治七年）他出生于浙江省余杭（今杭州市）县的一个书香门第。他的曾祖父章均曾任训导官，教授儒学，拥有资产百万，富冠一方。又出资创建苕南书院，开办家塾，宗族三百多人都来这里受业。祖父章鉴，承继家业，读书、做官、讲学，又习医道，珍藏宋、元、明古书五千卷。父亲章樽龉知县，能文善诗，不过因遭受兵燹，这时其家道已中落。
章太炎兄弟三人，大哥章恚二哥章箴均高中举人，步入宦途。望子成龙是每个做父母的心愿，为了让小儿子章太炎成材，父亲请来了治学严谨、国学根柢厚实的老学者朱有虔——章太炎的外祖父，专门教授章太炎读书识字。
外祖父的耐心讲解、循循善诱和严格要求，加上章太炎天资聪颖、好学不倦，因此在他13岁时便已“稍知经训”，养成了扎实的学风。此后十年，章太炎又在父亲章榈那鬃远降枷卵习。这期间，他博览群书，除了儒家的四书五经外，还“涉猎史传，浏览老庄”。前四史、昭明太子的《文选》、许慎的《说文解字》、顾炎武的《音学五书》、邵懿辰的《尔雅义疏》、阮元的《学海堂经解》等，都是他晨夕诵读的书籍。“宝剑锋从磨砺出，梅花香自苦寒来”，十年的寒窗苦读为章太炎打下了扎实的国学根底。
1890年春，章太炎虚龄23岁时，章槿ナ溃章太炎失去了慈父严师。但他努力抑制住内心的悲痛，料理完父亲的丧事后，毅然前往坐落在西湖之畔的诂经精舍求学。当时主持这座古老书院的是著名的朴学大师俞樾。他学问精深，治学严谨，著书繁富，享有盛名。章太炎来到这世外桃源般的诂经精舍，潜心治学，不问世事，一晃就是七年。俞樾先生对他非常器重，视之为高足。而章太炎在跟随俞樾学习后，深感自己以前读书虽多，却博而不深，下决心踏踏实实，从头开始，以古文经学为基点，以语言文字学为钥匙，真正打开古典文献的大门，探究其中的无穷奥秘。
对于儒家经典的研究当时有今文经学和古文经学两个不同的学派。今文经是用秦以来的通行文字写成的，古文经是用先秦六国文字写成的。今文经学主张探索经书的所谓微言大义，古文经学则注重于经籍的文字训诂和历史考释。章太炎在潜心研究古文经学的过程中不盲从，肯思索，有主见，时有创新。他的《膏兰室札记》四册、《春秋左传读》就是在此期间完成的。不过，章太炎对自己的著作并不满意，所以没有立即刊印。
在诂经精舍期间，章太炎还向名儒高学治、谭献请教经学和文辞法度，向深通《三礼》的黄以周、精通《周礼》和《墨子》的孙诒让、钻研佛学的宋衡问过学，结识了夏曾佑、杨誉龙等朋友。这些师友，对章太炎帮助很大。学术上的博采广收，使章太炎学问精进、经纶满腹，就此奠定了他成为一代国学大师的坚实基础。
当俞樾老先生将一班弟子关在书院苦读圣贤之书的同时，社会变动的洪波正激荡磅礴于中国大地。先是甲午战败，中国陷入严重的民族危机，继而康有为、梁启超发动“公车上书”，拉开了变法维新的序幕。民族的危机、国家的深重灾难，强烈地刺痛着章太炎那颗热血沸腾的爱国之心。1896年，梁启超、汪康年、夏曾佑等在上海创办《时务报》，宣传变法。当他们向章太炎发出邀请，让他来《时务报》一道工作时，章太炎决然谢辞恩师，于1897年春天来到了上海，开始投入了政治活动。
章太炎来到时务报馆后，立即投入了维新变法的宣传活动，先后发表了《论亚洲宜自为唇齿》、《论学会有大益于黄人亟宜保护》等文章，主张亚洲人联合起来，共同对付欧洲的侵略，要求清政府保护学会，革新政治，“以革政挽革命”。章太炎的这些文章瑰丽闳雅，但是因为他过于追求“文必法古”，所以古奥难懂，远不及梁启超的文笔清新，发表之后，一时间毁誉参半。
这时，章太炎的政治主张总的来说是与康、梁一致的，但思想上却存在明显的分歧。他反对康梁神化孔子、建立孔教，尤其厌恶康门弟子们吹捧康有为为“教皇”、“南海圣人”的行径。从学术流派来说，康有为属公文经学派，章太炎属古文经学派。他经常公开批驳康门弟子们以今附古、牵强附会的考证。随着双方矛盾的加深，口舌之争竟发展到拳脚相加。势单力薄的章太炎仅在《时务报》工作几个月就愤而离去，回到杭州参与改良派主办的《经世报》、《实学报》、《译书公会报》的编辑撰稿工作。
1897年11月，德国出兵强占我国胶州湾。12月，沙俄舰队又侵入旅顺港。帝国主义列强纷起效尤。“瓜分之形，烊缣┥健薄Ｕ绿炎将挽救危局的希望寄托在一些汉族的封疆大吏身上。1898年2月，他上书李鸿章，提出了联日抗欧，以同种抗异种的主张，结果却杳无音信。这时，湖广总督张之洞派人延请章太炎到武昌帮办《正学报》，他欣然应命。
章太炎到武昌是想借助张之洞的权势以推动变法，而张之洞延请章太炎却是仰慕他学术上的名气以为自己增光添彩。殊途异路，当张之洞拿出自己以“忠爱”、“忠君”为核心，鼓吹“中学为体，西学为用”的得意之作《劝学篇》，让章太炎稍加润饰时，两人的矛盾即暴露无遗。早在外祖父朱有虔为他授课之时，章太炎就知悉了清初吕留良、曾静等案，“夷夏之防”已在他幼小的心灵留下了深深的烙印。此时，他学富五车，更是引经据典地宣传说：《春秋》是主张“国杀君”的，国君如果太坏，国民就可以把他杀掉。满清蹂躏汉族已近三百年，“茹毛饮血，视民如雉兔”，还谈什么“忠爱”？这些大逆不道的话，吓坏了张之洞。没等《正学报》出版，章太炎就被扫地出门、逐出报馆了。
回到上海后，原来主持《时务报》的梁启超被排挤，改由汪康年主持，《时务报》也改名《昌言报》。章太炎遂应汪康年之邀主持该报笔政，继续宣传改良思想。然而好景不长，康有为等轰轰烈烈地推行维新变法尚不过百日，慈禧太后就于1898年9月21日发动政变，囚禁光绪皇帝，捕杀了谭嗣同等“戊戌六君子”，并严令缉捕维新人士。章太炎因为列名维新团体强学会，参加了变法宣传，也遭到通缉。12月初，他被迫避难逃往台湾，任《台湾日日新报》记者。
在台湾，章太炎一面为报社撰稿，一面着手整理自己的政论以及经学、史学、哲学、文学、音韵学等方面的论著，辑订成册，题为《铮ㄒ魆iú）书》。1899年夏，章太炎因抨击日本的治台政策，得罪了当局，遂离台赴日，寄寓梁启超在横滨所设立的《清议报》馆。经梁启超介绍，他认识了孙中山。9月，章太炎返回上海，参加《亚东时报》的编辑工作。
戊戌维新的失败，使章太炎对改良维新的道路产生了怀疑。几个月的流亡生活，促进了章太炎思想的转变。1900年义和团运动兴起，如火如荼的反帝爱国烈火，让章太炎备受鼓舞。这年7月，康有为的弟子、谭嗣同的同学唐才常在上海发起“中国国会”，创设自立会，组织自立军。到会的有容闳、严复、章太炎等八十余人，大家推举容闳为会长，严复为副会长，唐才常自任总干事。“国会”宣布的宗旨是：一、保全中国自主之权，创造新自立国；二、决定不承认满清政府有统治中国的权利；三、请光绪皇帝复辟。章太炎对此坚决反对，认为“不当一面排满，一面勤王，既不承认满清政府，又称拥护光绪皇帝，实属自相矛盾，决无成事之理”①①引自冯自由的《记上海志士与革命运动》，见《革命逸史》第2集，中华书局1981年出版。为表示反清的革命决心，他当场“宣言脱社，割辫与绝”，脱下清朝服装，换上西装，后来还写了《解辫发》一文以明志。断发易服，是章太炎与改良派决裂的标志，是他正式踏上反清革命道路的起点。
章太炎踏上革命道路后已经义无反顾。唐才常的自立军起义失败后，章太炎为逃避追捕而东躲西藏，不得已来到美国基督教会设立的东吴大学任教。这期间，他回乡探望恩师俞樾。不料，俞先生见面后痛斥他从事革命是“不忠不孝，非人类也”，“小子鸣鼓而攻之可也”。章太炎虽然一向尊敬老师，这一次却很不以为然。他当即反唇相讥，并写了《谢本师》一文，公开声明与俞樾断绝师生关系，挣脱了一切羁绊的章太炎随着时代的潮流而进，成为一名英勇的革命斗士。
1901年，章太炎发表了《正仇满论》，批驳梁启超的君主立宪观点。他大声疾呼，当今之世，“革命固不得不行”。他利用东吴大学的讲台，启迪学生的反清革命思想，要学生们以《李自成胡林翼论》为题作文。官府很快嗅察到“乱党章某”，章太炎又一次避祸日本。
夏历三月十九日（公历4月26日）是明末崇祯皇帝自缢身死的日子，为了借此宣传反清革命思想，章太炎和秦力山等人在孙中山的支持下，于1902年在东京发起“支那亡国二百四十二年纪念会”。章太炎手撰大会宣言，号召留日学生继承明末清初各地抗清志士的传统，为推翻清朝统治而坚决斗争。留学生闻讯，踊跃报名赴会，一时间震动了整个学界。由于清朝驻日公使蔡钧的破坏，大会被日本警署禁止。预定开会之日，数百名赴会的留日学生被驱散，但孙中山、章太炎等仍然约集同志六十余人举行了纪念仪式。“支那亡国纪念会”是留日学生举行的规模较大的一次以反清为宗旨的重要集会，它对于鼓动、教育一大批爱国青年走上革命道路，起了重要作用。会后，章太炎启程返回上海。回国后，他着手对《锸椤返某蹩瘫窘行修订，删去了以前鼓吹改良的文字，增加了反清革命的色彩。修订本《锸椤酚1904年正式刊行。这本书虽然颇晦涩难懂，但充满了反满反帝的激进色彩，在当时的革命宣传中仍然发挥了重要作用。章太炎后来被捕入狱，第一条罪名就是作《锸椤罚其影响之大可见一斑。
1903年春，章太炎在家乡完成了《锸椤返男薅┕ぷ骱螅应邀来到蔡元培在上海创设的爱国学社任教。这年6月，章太炎针对康有为在1902年发表的《与同学诸子梁启超等论印度亡国由于各省自立书》和《答南北美洲诸华侨论中国只可行立宪不可行革命书》，逐条进行批驳，写下了著名的《驳康有为论革命书》。这篇文章气势磅礴、感情充沛、旁征博引、笔锋犀利，具有强烈的感染力，是章太炎革命论述中最光辉的作品，也是中国资产阶级革命史上最重要的文献之一。在这篇文章中，章太炎热情地讴歌革命，论证了革命是最大的权威，“公理之未明，即以革命明之；旧俗之未去，即以革命去之”，“革命非天雄大黄之猛剂，而实补泻兼备之良药矣”。他还历数清朝专制统治的罪恶，直斥被保皇派捧为圣明的光绪皇帝为“载跣〕螅不辨菽麦”。这篇战斗檄文吹响了资产阶级革命运动的进军号角，并成为日后革命派与改良派大论战的前哨战。
在爱国学社，章太炎激烈地鼓吹革命，对一些激进的革命青年也倍加爱护。青年革命家邹容以及章士钊、张继等人与他的关系尤为密切，四个人还一起结拜为兄弟。邹容这时刚刚完成《革命军》一书，就把它交给章太炎加以润色。这本书以浅近通俗的文字写成，大声疾呼革命是天演之公例，世界之公理，号召人们彻底推翻清朝统治，建立一个独立、民主的中华共和国。章太炎深深地为书中迸发的革命激情所感染，主动提笔为之作序，称赞《革命军》为振聋发聩的雷霆之声，为革命“义师先声”。《革命军》问世后，《苏报》连续发表多篇文章为之介绍。这样，《革命军》不胫而走，风行国内外。
《驳康有为论革命书》和《革命军》的广泛传播，引起了清政府的恐慌和仇视。两江总督魏光焘以“苏报馆刊布谬说，而四川邹容所作《革命军》一书，章炳麟为之序，尤肆无忌惮”①①《苏报鼓吹革命清方档案》，见《辛亥革命》第一册第421页。为词，密令查封爱国学社和苏报馆，捉拿蔡元培、章太炎、邹容等人。章太炎闻讯后毫不畏惧，警察来到门口，他不慌不忙，挺身上前，用手指着自己的鼻子高声说道：“余人俱不在，要拿章炳麟，就是我！”从容入狱。邹容得知此情后，不愿让章太炎一个人承担责任，自动投案。这就是轰动一时的“苏报案”。
对章太炎和邹容，清政府恨不得立即将他们置之于死地。但帝国主义要维护他们统治租界的绝对权威，清政府未能如愿引渡二人加以杀害，只好延请律师向租界的会审公廨控告章太炎和邹容，这样就在中国的领土上演出了一场以清政府为原告，以章、邹二人为被告，以外国人为裁判的一场诉讼闹剧。章太炎在法庭上据理力争，弄得清政府的代表们狼狈不堪。这场官司旷日持久地打了十个月，最后判处章太炎监禁三年，邹容监禁二年，监禁期满，逐出租界。
监牢并没有锁住章太炎的革命热情。他一面无所畏惧地同凶恶的狱卒斗争，以文弱之躯与他们拳脚对打，以绝食进行抗争；一面密切注视着狱外的革命风云，以笔为武器同封建专制作斗争。不幸的是，1905年4月，与他情同手足的邹容在狱中病逝。章太炎悲痛莫名，泪如泉涌。
1906年6月，章太炎熬完了三年的铁窗生活。出狱的当晚，同盟会即派人迎接他前往日本东京。船抵东京之日，章太炎受到英雄般的欢迎，码头内外，人山人海。7月15日，同盟会在东京神田区锦辉馆举行盛大的欢迎会，二千多人为一睹英雄风采将会场挤得水泄不通。章太炎即席发表了长篇演说，赢得了一阵又一阵雷鸣般的掌声。