欢迎会后，章太炎被委任为《民报》主编。《民报》是同盟会的机关报，创刊于1905年。这时，《民报》正和保皇派的《新民丛报》进行一场大论战，论战的核心问题是要不要革命，推翻清朝，要不要实行民主政治，要不要改变封建土地制度。章太炎主持《民报》后挥笔上阵，发表了一系列的文章和时事评论，以鲜明的革命立场，渊博的中外知识，无情地抨击保皇派的谬误。他愤怒地声讨和控诉满清统治者的种种罪恶，强调当今之时，“唯革命之不可以已，而不可以有二也”，“共和之政、均土之法”是救时的最良药方。《新民丛报》的主编梁启超原以为自己的笔锋无人可比，不料《民报》的捉笔者也妙笔生花为文晓畅，娓娓动人，气势磅礴，以至“向之与《新民丛报》有关系者，莫不倒戈相向”。保皇派逐渐败下阵来，《新民丛报》也不得不于1907年7月关门停刊。
保皇派并不甘心失败。1906年9月，清政府颁布了“预备仿行宪政”的诏书，梁启超遂于1907年10月成立“政闻社”遥相呼应，以抵制革命。章太炎对此作了坚决的斗争，揭露清政府的立宪是“阳示仁义、包藏祸心”的大骗局，那些不事生产的统治者根本就没有立宪参政的资格。改良派高唱立宪的真实用心是“志在干禄”，为求一官半职。章太炎以犀利的笔锋无情地撕下了蒙在改良派脸上的伪装。
反清革命的思想随着《民报》而四处传播，清朝统治者断难坐视不理。清政府专门为此照会日本驻华公使，要求封禁《民报》。东京巡警总厅遂以“扰乱秩序、妨害治安”为由，于1908年10月19日封禁了《民报》。章太炎大为恼火，亲赴东京地方裁判厅诉讼。但最终章太炎“理胜而事不胜”，《民报》还是被禁止出版。
这时又发生了一起针对章太炎的“毒茶案”。与章太炎有私仇的汪公权被清朝驻日使馆收买，将一包毒药放进《民报》社的茶壶，欲毒死章太炎。不料却误毒了他人而诡计败露。章太炎怒不可遏，只身去找封禁《民报》的罪魁唐绍仪算账，但唐早已离去，章太炎无可奈何，径奔留学生总会击落唐的画像，蹬足践踏，以泄己恨。
章太炎在主持《民报》期间，与孙中山思想上出现分岐，更因《民报》的经费问题发生龃龉。他反对孙中山不断地筹划起义，空耗钱财，要求增加办刊经费。遭到拒绝后，他大骂孙中山接受日本贿赂，指责孙中山为“卖《民报》”之人，多有人事攻击之举。1909年，章太炎与陶成章等人重组光复会，章、陶分任正副会长，竟与同盟会分道扬镳。
1911年，爆发武昌首义，满清王朝这座朽烂不堪的庞然大物轰然坍塌。对一日千里的革命形势，章太炎感到无比欢欣鼓舞。1911年11月18日，他兴奋地回到祖国，投入了革命的洪流。但这位被舆论誉为“革命文豪”的章太炎对革命的复杂性和长期性显然认识不足，下车伊始，就大发议论，高唱起“革命军起，革命党消”的不合谐音调。
1912年元旦，自海外归来的孙中山宣誓就任中华民国临时大总统，并委任章太炎为总统府枢密顾问。在这个关键时刻，章太炎本应抛开个人恩怨，以大局为重，精诚团结，共渡难关。但章太炎对孙中山心存芥蒂，态度冷淡，着实做了不少令亲者痛仇者快的蠢事。对枢密顾问一职，他虚与委蛇，到南京转了一圈便溜回上海，未尽半分职责。1月14日，光复会领袖陶成章被陈其美派人暗杀，因陶与孙中山隔亥较深，章太炎以为系孙所为，不问青红皂白几至每会必骂同盟会。他还纠集一些封建官僚、立宪派在上海成立了一个鱼龙混杂的中华民国联合会，自任会长。在革命党人与袁世凯的斗争中，章太炎倒向袁一边，说袁世凯有才有力，乃中国一时“雄骏”，誉词洋溢。孙中山退位前为了将袁世凯政权置于革命党人的监视之下，力主建都南京。袁世凯则老奸巨滑，不肯离开他的大本营，坚持建都北京。在这场建都之争中，章太炎看不清袁世凯的真面目，既撰文，又通电，支持建都北京，斥责孙中山要建都南京是图谋禄位，助长了袁世凯的反动气焰。袁世凯上台后，章太炎一会儿给他写信，陈述对国家官制设置的看法，一会向他献策，谈安邦定国的治术，甚至向袁世凯密告黄兴非等闲之辈，要妥加防范。章太炎组织的中华民国联合会也几经改组后，由统一党而变为共和党，反孙倒黄拥袁，最终投进袁世凯的怀抱。
袁世凯深知章太炎之笔，能抵十万雄兵，送上门的礼物，自然求之不得。当上民国大总统后，袁世凯慷慨地委之以总统府高等顾问之职，章太炎高兴地接受了。但没过多久，他就察觉袁心胸狭窄，不能容人，去意顿生。1912年冬，袁世凯委任他为东三省筹边使，这正合他出京之愿，遂不顾隆冬匆忙赴任。章太炎这个筹边使徒有虚名，僚属十人，经费每月三千，虽有满腔抱负、雄心勃勃，却难以任事。此行唯一的实绩是找人绘制了一份比较精细的黑龙江地图。
1913年3月发生的“宋教仁血案”震惊了章太炎，也让他看清了袁世凯心狠手辣的真面目。惊悉噩耗的当天，他托事南返，亲自参加了宋教仁的葬礼，并手撰哀辞，沉痛悼念。此后，章太炎又极力鼓动时任副总统的黎元洪出来竞选总统，以对抗袁世凯，未果。于是他冒险进京以作最后的劝导。袁世凯为示笼络，授予他一枚二级勋章。章太炎不为所动，对袁世凯说：“现在南方北方，众口一词，都说你要做皇帝了。依我看，在现在这样极端贫弱的中国，如果有人能打败俄国或者日本，那他才有称帝的资格，否则，妄而称帝，必将自取灭宗灭族之祸”。袁世凯听后默然不语。章太炎知其意难回，小住几日遂匆匆回沪。不久正式致电辞去东三省筹边使职务。7月，“二次革命”爆发，章太炎参与策划其事，撰写《讨袁檄文》。由于讨袁革命军各自为战不相统一，“二次革命”很快归于失败。8月，袁世凯要共和党党部急电黎元洪、章太炎来京议事。章一入京即被袁世凯软禁起来，这一禁就是三年。
软禁期间，章太炎数次逃跑未遂，忧愤煎心，常狂酗滥饮，借酒消愁。他不时摇动毛笔，大书“袁贼”二字，以火焚之，聊以解恨。为抗议袁世凯的迫害，他蓬头垢面，足蹬破靴，手持羽扇，挂上袁世凯亲授的二级大勋章，来到总统府，既骂且砸，搞得总统府鸡犬不宁。当时京城内外皆津津乐道于这一“章疯子大闹总统府”的故事。他还将袁世凯送来的锦缎被褥，用香烟烧出一串串小窟窿，扔到窗外。虽然处于严密监视之下，他仍然利用一切机会来与袁世凯作斗争。1915年袁世凯积极筹备复辟时，章太炎答应说客上劝进请愿书，令袁大喜过望。哪知打开一看，竟是斥骂袁为“民国之叛逆”、“清室之罪人”的一段话，把袁世凯气得七窍生烟。
章太炎不仅是一个激进的革命家，更是一个学问家。他无论在什么时候都始终没有停止自己的学术研究和讲学活动。
前已提及章太炎在维新变法失败避居台湾期间曾辑订成《锸椤贰４耸槌蹩瘫居1900年问世，共五十篇。1902年作了较大幅度的修订，篇目由五十篇增为六十三篇，内容上增加了反清革命的色彩。在修订本《锸椤房行（1904年）后十年，章太炎被袁世凯软禁在北京时，再次对《锸椤芳右孕薅，删去了很多有关革命的内容，并更名为《检论》。《锸椤返牟煌版本，反映了章太炎不同时期的思想主张。其中最能反映他的革命思想并获得广泛赞誉的，是1902年的修订本。
作为一位海内知名的学者，章太炎经常应邀讲学，他本人对教育也非常重视。在爱国学社期间，他就非常认真地为学生讲授国文；在主持《民报》期间，他一边办报，一边讲学，除开了一个“国学讲习会”定期开讲之外，还应一些留学生之请另外开设了一个小班。《民报》被禁后，他专事讲学和著述，直到他离开东京回国。当时在日本留学的鲁迅、许寿裳、钱玄同、黄侃、朱希祖、沈兼士、周作人等人，都是在这个时候成为章太炎的学生的。也是在此期间，章太炎完成了《文始》、《小学答问》、《新方言》、《国故论衡》等很多学术论著。《文始》是探讨语言文字根源的一部专著，共九卷，它与许慎的《说文解字》不同，不是从字的形状结构，而是从读音入手，按声韵分类，互相推较，析其本义。《小学答问》是以问答的形式对语言文字学进行解释。《新方言》是研究古今方言的一本专著。《国故论衡》是一本论学文集，共三卷，所收文章广泛涉及文字音韵、散文诗赋、诸子学说等。章太炎的这几本著作立论严谨，新见纷呈，充分展示了他深厚的古文学功夫，有很高的学术价值。他自己也曾自豪地说《文始》一书“一字千金”，无人可比。胡适在1922年撰文称赞“章炳麟是清代学术史的押阵大将，但他又是一个文学家”，“可以说这两千年中只有七八部精心结构，可以称做著作的书，……章炳麟的《国故论衡》要算是七八部之中的一部”①①引自熊月之著的《章太炎》第141页，上海人民出版社1982年出版。
除了以上提到的一些著作以外，章太炎还有很多文论和著作。他把整个身心都扑在革命和学问上，常常不拘小节，加上他生性洒脱不羁，因此，这位国学大师常闹出一些令人忍禁不住的笑话，亦堪称一位怪杰。他不修边幅，着装怪异，虽邋遢而自得。在爱国学社讲课时，由于生活无人照料，治学授课工作繁忙，无暇顾及自身装束，夏天他仅着半截长衫，腰间系一根草绳，到朋友家也不待客请就自脱上衣，袒胸赤臂。他长年不作沐浴，不换衣服，以致污垢满袖，油光发亮，鼻涕流出随手以衣袖揩去，见者无不怪异。他不辨东西南北，找不着家门是常有之事。在苏州东吴大学任教期间，因他常误归别人之家，为避形迹而装的一条假辫也屡屡坠落于地，以至于同事们打赌说“太炎若自天赐庄至观前不迷途，不堕辫，当输一席盛筵”①①见钱大成的《章太炎逸事》，载《申报》1948年4月9日出版。他的这个毛病直至晚年都无所改变。他在上海安享晚年时，有一次外出不归，害得全家人满世界找他。原来，他坐上人力车后只吩咐车夫拉到“我的家里”，车夫问他家在哪里，他说“马路上弄堂口，弄口有家烟纸店”，车夫只好拉着他兜来转去。章太炎嗜烟如命，吸不绝口，有时讲学兴起，忘乎所以之际，常误以粉笔为纸烟，就口猛吸。穷得一文不名时也离不开此物，不惜屈尊向朋友乞借银元“以购香烟”。章太炎讲课时诙谐幽默、妙趣横生，但他脾气之暴烈也同样出名，这使他很难与别人搞好团结。章士钊就曾说章太炎和陈独秀，是他一生中所遇到的最难共事的两个人。
1916年6月，袁世凯在皇帝梦的幻灭中死去，章太炎这才得以挣脱监禁的牢笼。此后，他一度参加“护法运动”，担任孙中山在广州成立的护法军政府秘书长。因见护法军内部勾心斗角，矛盾重重，遂丧失信心，一路观山玩景而去。
1918年，他回到上海安居，自此很少外出，过着悠哉游哉的生活。段祺瑞函聘他当高等顾问，蔡元培请他帮办教育，南京政府让他出任高等顾问，他都一概力辞不就。因身体欠佳，他对医药的研究颇有兴趣。药罐相陪、黄卷相伴之余，“卖文字以为活，文则每篇千元，字则另有润弧雹佗见曹亚伯的《论章太炎先生》，载《制言》第25期。1931年以后，他开始了日渐频繁的讲学活动，希望通过讲学，宣传祖国的历史、文化，激励人们的爱国热情，鼓舞人们的抗日斗志。1934年，他迁居苏州，创设了“章氏国学讲习会”，同时出版《制言》杂志，自任主编。章太炎的讲学态度极其严肃认真，他每周三讲，每讲连续两小时，讲完之后一一回答学生提出的疑难问题，直至学生们满意为止。
在归隐的日子里，章太炎并没有完全脱离政治。用鲁迅先生的话来说，1931年“九一八”事变以前的他“既离民众，渐入颓唐”。章太炎在1919年“五四”运动爆发后，政治态度日趋倒退。1922年他公开在报纸上对自己先前的批孔表示悔恨，斥责当时打倒孔家店的浪潮为离经叛道。晚年，他更鼓吹“尊孔读经有千利而无一弊”。他竭力宣传“联省自治、虚置政府”，拥护军阀割据，还为一些反动军阀撰写寿序碑文，歌功颂德。他攻击俄国的十月革命，反对孙中山“联俄、联共、扶助农工”的三大政策，反对国共合作。1926年，广东革命军挥师北伐，向反动军阀发起进攻，章太炎公开通电，反对北伐。
但章太炎始终是一个爱国者。“九一八”事变发生后，中日民族矛盾上升为主要矛盾。年老的章太炎强烈谴责蒋介石出卖东三省的罪行，力主抗日。1932年“一·二八”事变，守卫上海的十九路军重创日军，章太炎为之兴奋、为之鼓舞，写下了《书十九路军御日本事》一文，热情赞颂抗日将士的英勇事迹。2月，他以羸弱之躯跋涉至北平，策动张学良抗日。1933年，他与马相伯、沈恩孚联名发表了一系列宣言，号召全国人民团结一致，抵御侵略，收复失地，消灭伪满洲国。抗日前线每有捷报传来，章太炎都要致电祝贺。这时，他对中国共产党的态度也有所转变，认为“纵有加入共产党者，但问今日之主张何如，何论其平素①①见汤志钧编的《章太炎政论选集》下册第872页，中华书局1977年出版。？”这不能不说是一个可喜的变化。
1936年6月，章太炎已是六十七岁的老人，身体非常虚弱，气喘病、胆囊炎诸病并发。但他仍强打精神，执卷临坛，勉为讲论，夫人虽极力劝说也无济于事。为了抓紧时间，在讲完预定的课程《尚书》之后，又加授《说文部首》。终于有一天，当他遵照医嘱饭后绕宅散步时，突然昏倒，一厥不起。不过十日——6月14日，一代国学大师不幸魂归天外。逝世前，他尚不忘给家人留下遗嘱：“设有异族入主中夏，世世子孙毋食其官禄。”