蒋介石于杭州笕桥机场住一夜后，于次晨乘机返乡，开始检讨他这次失败的原因。这种检讨，他以后不断地进行，说法也屡有改变。此时他认为“当政二十年，对其社会改造与民众福利，毫未著手，而党政军事教育人员，只重做官，而未注重三民主义之实行；今后对于一切教育，皆应以三民主义为基础；亡羊补牢，未始为晚。”
此仍为轻描淡写，其实，根本原因在于他的专制独裁，人民无权监督政府与官员，致政治极其腐败，人民怨声载道。他仍是“信仰”和“实行”主义的“好官”治国而不愿给人民以权利。所以他到台湾后，也根本不可能实行民主政治，而是在小范围中实行“好官”政治，促进经济发展。这种政治，只在小地区可以发挥一定作用，一旦在广大国土上实行，仍必是腐败政治。这已由他在大陆的腐败政治所证实；因为人民无权，中央又无监督众多官吏之力，势必是一团糟。
这时，宋美龄正在美国“哭秦廷”未返。他更感凄凉和孤单了。蒋的座机于宁波市郊栎社机场降落后，陪送和迎接的人均很多，轿车队浩浩荡荡，直奔溪口而来。到溪口后，武岭学校的学生列队欢迎。蒋介石因心绪不佳，连手也没有抬一下，就过去了。
蒋在溪口的警卫工作由蒋经国编组的侍卫总队和国防部绥靖总队担任。原来，俞济时要安排八十八军担任，只因军长是程潜的干女婿段沄，蒋未批准，并训斥俞济时说：“你不知道他是程潜的干女婿吗？哼！程潜可靠吗？嗯？”
蒋到溪口后，仍在指挥军事和有关方面的事务。1949年1月25日，蒋又召见何应钦、顾祝同、汤恩伯等高级将领到溪口开小型军事会议。会上，蒋划江西湖口以东归汤恩伯防守，湖口以西归白崇禧防守。他估计白的人马还有七十五个师，四十五万人。
关于作战计划，他指示各高级将领们：“以长江防线为外围，以京沪杭三角地带为重点，以淞沪为核心，采取持久防御方针，最后坚守淞沪，与台湾遥相呼应。必要时，我们以优势海空军从台湾支援淞沪，然后，伺机反攻。”
这是蒋的最初战略设想。因为江西湖口以西由自崇禧控制，他无能为力，幻想保住淞沪地区为台湾的桥头堡，再转而反攻大陆。至于南京，因为李宗仁上了台，他决心放弃，并令汤恩伯将江宁要塞的大炮秘密拆运上海，把主力部队放在镇江以东。然后问汤听懂了没有，汤则大声回答：“懂了！卑职一定遵命，不成功便成仁！”
蒋下台前夕，已决定放弃大陆。李宗仁对此有如下说明：“蒋先生在下野前夕，既已预备放弃大陆，他要我出来，显然是借刀杀人，好让他争取时间，抢运物资赴台。此种司马昭之心，连美军顾问团也看出来了。”“一月五日，时距蒋先生正式下野尚有十余天，司徒大使遣其私人顾问傅泾波来见我说，美驻华军事代表团长巴大维将军闻悉蒋氏有计划放弃大陆，经营台湾，甚为诧异。”蒋的此一目的据李宗仁自己说：“他要我出来，不过暂作他的挡箭牌，好让他从容布置，布置好了，他就要促使我早日垮台，再由他自己来和共产党唱对台戏。我如果真在南京励精图治，作防堵共军渡江的有效措施，即有违于蒋先生的腹案。他必然用尽方法，破坏我的计划，使我不能以半壁河山与中共分庭抗礼。”
对此，李宗仁说蒋破坏了江防计划，非常气愤。会上，蒋又继续说：“共产党只要我的命，可是桂系的人既要我的命，又要我的钞票。”对此，谁也不敢表态。这一切，都表明蒋桂矛盾又达高峰，当然可被利用。为了鼓励士气，蒋又说：“麦克阿瑟表示，只要我们争取支持一年的时间，他们一定会全力支援我们。一年后国际形势必将发生重大变化，第三次世界大战会打起来。”他现在一心希望第三次世界大战打起来；只要对他蒋介石有利，第三次世界大战就应当打起来，至于全世界人民处于怎样的灾难和痛苦之中，他是不屑一顾的。至于复兴中国，造福国民，这时他更连想也未想到。
1949年1月29日系春节，不用说蒋的心情不怎么好，最使他开心的事，是他对蒋氏宗谱的修订深为满意。此次修谱，蒋把结发妻毛福梅写成其母的义女，是他的义姐；把蒋纬国改在宋美龄名下，为宋所生。尤其是他的祖先蒋浚明为北宋光禄大夫一事，竟使他有了下台以来的第一次笑容。
春节过后，蒋氏父子便于宁波、溪口和奉化山水之间，徜徉忘返，但心情之沉重，却无法掩饰。他于这一天再次表示：“本党非彻底改造，断不能从事复兴革命工作。”他只从主观上想问题，不看客观实际，真正属于主观唯心论体系。所以对于国民这一方而，他从不关心，更看不到他们的意向和力量。一这期间，蒋又紧催汤恩伯电令资源委员会委员长孙越崎赶快将南京五厂拆迁台湾。这五个大厂是电照厂、有线电厂、高压电瓷厂、无线电厂和马鞍山机器厂。但孙越崎一再拖延，并找李宗仁帮忙。蒋未达到目的。为此，哀叹说：“孙越崎误国。他不迁厂，又骗了我一大笔拆迁费。唉！资源不走，资源留在大陆上了。……唉！”5月7日，阎锡山、朱家骅等到了桂林再劝李宗仁，李宗仁遂于8日飞往广州。蒋介石则于5月18日经澎湖列岛到台北，居于北郊有许多温泉的草山。
李宗仁到广州后不久，何应钦提出辞职。李宗仁提名居正接任，可是立法院以一票之差将此否决了。李宗仁只好同意由阎锡山接任，当然很容易即被立法院通过。7月14日，蒋介石率国民党要员由台湾飞抵广州。立即召开国民党中常委会、中央政治会议联席会议，决定成立“中央非常委员会”，蒋介石以总裁的身分兼任非常委员会主席，李宗仁兼副主席。李宗仁清楚蒋介石的用意，是要“非常委员会”凌驾于政府之上，蒋介石可以直接控制政府。
失败己成定局，谁也挽救不了国民党的命运。当五星红旗在天安门广场升起的时候，中国人民解放军正发起广东战役。国民党政府决定迁重庆办公。面对这个失去首都的必垮的政府，这回没有一个国家的使馆再随之迁移。
面对败局蒋介石又提出“确保大西南”的方针，企图割据西南、建都重庆。10月10日，国民党政府人员迁到重庆，14日李宗仁也到达重庆。此时国民党中一部分人要蒋介石“复行视事”，李宗仁觉得自己仍是个摆设，11月初借口出外巡视，离开重庆，到昆明等地。在人民解放军兵临四川时，阎锡山在重庆电请蒋介石到渝。蒋介石于11月14日由台北飞抵重庆。当日，蒋介石电邀李宗仁来渝，李宗仁却于11月20日飞往香港。22日，国民党政府人员再迁逃成都。蒋介石派人再劝李返，李宗仁坚持不回，并于12月4日，举家飞往美国。
蒋介石目睹“确保大西南”方针没有任何希望了，于12月10日在成都登机飞往台北，从此再没有回过大陆。
桂系之所以在最后跟蒋介石的斗法中失败，原因很多。首先是李宗仁判断失误，他以为只要美国插手中国事务，共产党就不可能取得最后胜利，而依靠美国的帮助以为就能实现南北分治。但实际上，美国早已经准备从中国离开了，美国不会为国民党打仗，这已经是一个不用争论的话题了。如果李宗仁能够清醒地认识到这一点，他恐怕不会在最后关头，再与蒋介石交锋争“总统”之位了，因为这个位置已经没有几天的寿命了，除了过把瘾之外，没有任何实际的意义。
另外，李宗仁再次犯了前两次一样的错误，前两次逼蒋介石下野，但在财政、军事和外交上根本拿不出办法，以维持局面，最后还是要等蒋介石收拾。第三次下野，蒋介石虽然已经是败军之将，但他仍然控制国库黄金，控制最后的根据地——台湾，他虽然失去了美国的支持，但没有失去黄埔系、一帮文人政客的支持，而这两样桂系都不具备，在广西这个大本营被共产党占领之后，他连栖身之地也没有了，大陆不愿意呆，台湾不敢去，只好去了美国。
1950年2月4日，台湾《中央日报》发表社论，在抨击李宗仁婉拒返台的同时，呼吁蒋介石“绾领国事，统帅三军”。2月4日，“监察院”电质李宗仁，究愿返台，抑或辞职？并作出决议，提请“国民大会”予以弹劾。同日，国民党中央非常委员会部分委员联名致电李宗仁，明确提出：“同人等佥认为总统及统帅职权不可再事虚悬，政府更不容长此处于危疑莫定之境，如我公能于立法院集会以前命驾返台，主持国政，实为衷心所蕲；倘公届时实在不能返国，则同人等怵于时局艰危，群情望切，惟有吁请总裁依照中常会三十八年十一月二十七日临时会议之建议，继使总统职权，以维大局。”李宗仁不为所慑，于18日复电云：“余出院后，即准备返国，嗣据医嘱，身体尚未完全复原，不能于此时速作长途旅行。”21日，非常委员会再次向李发出最后通碟，坚持其必须于电到3日内返回台北，否则即以放弃代总统职守论，并要求蒋介石复任；非常委员会12名委员中的9名，在这项最后通碟上签了名，没有签名的3人是：蒋介石、李宗仁和孙科。隔2日，国民党第六届中常会第226次会议，复作促请蒋介石复行视事的决议，内称：“元首之位久虚，大计秉承无自，群情惶惑，险象环生……政府益陷于危疑莫定之境，全国军民、海外侨胞及各级民意机关，无不展望总裁尊重全民之付托，当机立断，复主中枢。”24日，“立法院”以全体委员的名义，电请蒋介石复行视事。
这些来自官方和民间的呼吁，当然都秉承了蒋介石的意旨。时至今日，蒋之复出已成不可改变的事实。
经过一番密锣紧鼓的准备之后，蒋介石于3月1日正式“复行视事”。是日上午10时，蒋着深黄色呢军服，佩青天白日勋章，左手提白色手套，右手执帽，由“总统府”秘书长邱昌渭、参军长刘士毅陪同，步入“总统府”礼堂，向在场的200余“民意代表”及文武官员宣读事先准备好的《复行视事文告》，内称：
中正许身革命四十余年，生死荣辱，早已置诸度外，进退出处，一惟国民之公意是从。际此存亡危急之时期，已无推诿责任之可能。爰于三月一日复行视事，继续行使总统职权。
出席此次仪式者，有“行政院长”阎锡山、东南军政长官陈诚，以及于右任、居正、陈立夫、张群、朱家骅、顾祝同等要员。仪式共历时8分钟，即告结束。蒋介石复至“总统办公室”，批阅由“秘书长”邱昌渭呈上的公文一件，以示确已复职。
蒋介石在复职后的第二天，于中山堂光复厅举行茶会，招待在台的“立、监委员”、“国大代表”、台省参议员及国民党、民社党、青年党中央委员共千余人。此乃蒋以“总统”身份，在台首次与“民意代表”和各党派人士晤面。蒋介石偕夫人宋美龄，由邱昌渭、刘士毅陪同，步登二楼，即至播音器前致词，宣告了视事后的4项方针政策，即：第一，在军事上，先要巩固台湾基地，进图“光复大陆”。第二，在国际上，必须先要尽其在我，自力更生，一面要联合世界上“民主国家”，共同反共，一致奋斗。第三，在经济上，必须以劳动为第一要义，提倡节约，奖励生产。第四，在政治上，必须尊重民意、厉行法治。
3日上午10时，蒋介石着特级上将深黄色制服，头戴军帽，宋美龄穿黑呢夹大衣，领系花绸围巾，出席了有10万人参加的群众大会，接受群众的“欢呼”和“拥护”。蒋略显激动地表示，自己“一方面感到惭愧，另一方面感到欣慰！今后决定和全国同胞共同努力，消灭全国共匪，收复一切失地，实行三民主义，完成革命大业”。蒋致词后，遂回办公室，接受台省“民意机关”的致敬。前来向蒋表示“致敬”的有：省参议会议长黄朝琴福、议长李万居、秘书长连震东，台北市参议会议长周延寿、副议长潘渠源等。蒋介石说：“承各位远道来此参加大会，我非常感谢！今后在军民密切合作之下，勘乱必定成功。”
蒋介石声称：“我们的中华民国到去年（按指1949年）年终，就随大陆沦陷，而几乎已等于灭亡了”，“我们今天都已成了亡国之民。”因此，他此次复职的使命，“就是要恢复中华民国，解救大陆同胞；而最后的目的，乃是在消灭共产国际，重奠世界和平。”惟其如此，他亲拟了6句口号，即：“刻苦耐劳，笃实践履，组织第一，情报在先，防谍保密，铲除共匪。”
可是，就在蒋介石踌躇满志地重登“总统”宝座的时候，“代总统”李宗仁却从大洋彼岸的美国，毫不客气地指责他违背了“中华民国宪法”。李宗仁于3月1日在纽约声称，他仍然是中国“总统”，正准备回国，并反对蒋介石复职。他声明：
蒋氏会宣布他自己为中国总统，实令人惊异而难以置信，蒋氏自一九四九年一月辞去总统职务后，已成为一介平民，现在竟不经选举，而自命为总统，实令人惊异。
李宗仁还将一封致蒋介石信，散发给新闻记者。他在信中对蒋说：
阁下的高压专横的行为，既无法以宪法来作解释，且非人民所赞同。当此我国历史紧急之秋，阁下此种严重错误，对国家命运将有深切影响。
李宗仁的批评，自不无道理。因为自1947年12月开始施行的“中华民国宪法”规定：“总统因故不能视事时，由副总统代行其职权。总统、副总统均不能视事时，由行政院长代行其职权。”“行政院长代行总统职权时，其期限不得逾3个月”，若超过3个月，则应由“国民大会临时会”“补选总统、副总统”。有鉴于此，在蒋介石复职的新闻、文告中，均谨慎地避开了依照“宪法”行事的问题，而只以“俯顺民意”。“惟国民之意是从”等语带过。现在李宗仁既下了战书，当然不好再行回避。于是由“司法院长”王宠惠出来周旋，称蒋在1949年1月时，并非“辞职”，而为“引退”，以便促成和谈；今和谈既已失败，“引退之目的未达，不能视事之原因亦已不复存在”，复行视事乃属当然。
蒋介石尽管可以为自己的复职进行辩解，也尽可以将复职的场面搞得热热闹闹；但是，李宗仁咄咄逼人的抨击，还是给“复职”投下了一个不大不小的阴影。