通过分析生化学院学科自身优势科研项目，并以优势科研项目为支撑，以五个专业学科整合和交叉为基础，紧密结合解决社会重大挑战的领域，紧紧围绕高新技术领域，既具有前沿性和前瞻性，又具有相应的理论体系和学术特点，凝练学科的重点特色和主要研究方向。
一、以五个专业学科整合和交叉，凝练学科重点特色
1.五个工程类专业和21世纪社会需求
21世纪人类面临资源与能源、食品与营养、环境与健康等三个重大挑战，生化学院化工、生物、食品、制药、材料等五个工程专业恰是为了应对人类三大挑战。
2.五个学科专业的交叉性特点
五个专业都是理工科类重头专业，既经典又前沿，涉及多个一级学科，利用五个专业同属一个二级学院，进行学科整合和交叉创新，同时强化应用型、工程型和国际化背景，则可成为省内高校同类学科的一大特色。
3.五个学科专业教学和科研的共性特点
通过五个专业具有共性的三大技术和手段，获得有功能性化学结构物质，包括精细化学品、功能性食品、生物制品、药品、功能性材料等。
——化学技术和手段
——生物技术和手段
——提取分离等过程工程技术和手段
4.五个专业人才培养知识结构的共性和个性点
——基础重点是五大化学和微生物学等
——专业基础重点是过程工程学等
——专业重点是各自的工艺学等
5.初具特色的交叉学科建设
以生物质资源为原料，采用三大共性技术和手段，进行在化工、食品、生物、制药、材料等领域的精深加工科研和开发。
——以生物质资源生物化工过程为主要特色
二、以科研项目为支撑，凝练学科重点特色的研究方向
生物质资源生物化工过程是以生物质资源为原料，研究开发包括化工、食品、生物、药品、材料、能源等产品，涵盖化工、食品、生物、制药、材料五个专业。
分析生化学院近几年来自身学科优势科研项目，并以优势科研项目为支撑，凝练出特色研究方向，组成了相对完整的相应理论研究和技术开发体系：
——生物质化学转化技术方向
——生物质生物转化技术方向
——生物质提取分离等绿色过程工程技术方向
以生物质资源利用替代石油、煤炭等矿物质资源利用的生物质资源生物化工是人类可持续发展的必然趋势，已显示出其强大的生命力，它与现在矿物质资源加工最大的区别就是环境友好。该领域的研究开发仍处于初级阶段，任重道远，以五个专业整合和交叉为基础，建设生物质资源生物化工特色学科，浙江省内高校尚没有建立和建设，该学科发展中重点要研究以下核心问题：（1）生物质的高效、清洁转化问题；（2）生物质替代化学品的绿色合成问题；（3）生物质生物化工过程系统化问题。
三、根据定位和特色，规划学科建设
1.五个专业人才培养三层次教学平台建设（专业课程及教学体系建设）
——专业基础教学平台：化学、微生物学、化学工程学
——专业教学平台
——交叉学科教学平台
2.人才培养特色建设
——应用型、工程型实践思维和实践动手能力培养
——学科交叉、创新型、独当一面
——国际化背景
3.应用型、工程型实践特色师资队伍和学术梯队建设
——搞实验室研究
——搞工程化开发
——行业、企业联系广泛
4.实验室和基地平台建设
——分析测试实验室平台建设
——五个专业实验室平台建设
——共性技术实验室平台建设
——工艺、过程装备与控制、工程设计等工程实验室平台建设
——省级重点实验室或中试基地等申报
5.应用型、工程型特色科研建设
——科研带头人和科研群体培育
——横向和产业化项目培育
——共性、关键高新技术培育
6.推进产学研结合
——产学研合作科研开发与转化
——产学研合作研发基地培育
——产学研合作实习实践基地培育
7.运行机制和环境建设
——和谐生化学院文化构建
——学术自由环境和氛围建设
——运行机制建设
（在2005年7月12日校暑期中层干部学习会、2005年11月5—6日校学科建设大会（海宁会议）和2005年12月8日生化学院学科建设研讨会上的主题发言摘录）