谭嗣同将佛学、西学和王夫之、黄宗羲等人的思想，以及过去学到的儒家、墨家等学说，杂糅在一起，于1897年完成了《仁学》一书。《仁学》全面地展示了谭嗣同关于哲学观念和社会理想。
他提出了一个达到理想社会的途径：仁——通——平等。所谓“通”，就是去掉界限。“仁”的第一个根本要求就是要铲除君臣、父子、夫妇、男女、长幼等的界限，使他们均处于平等的地位、享有平等的权利。为了建立理想的社会，谭嗣同放达地发出了“冲破封建网罗”的呐喊。
谭嗣同将佛学、西学和王夫之、黄宗羲等人的思想，以及过去学到的儒家、墨家等学说，杂糅在一起，于1897年完成了五万字的《仁学》一书。《仁学》抨击封建专制制度和封建的纲常名教，以宣传资产阶级民主思想及反清思想为核心，全面地展示了谭嗣同关于哲学、社会政治、民主及反清思想等方面的思想。
谭嗣同的哲学思想体现了鲜明的唯物主义倾向。中国历史上的思想家在回答世界的本原是什么时，尽管有不同的回答，但大多数人都未能摆脱唯心主义的羁绊，认为世界是由精神属性的东西构成的。谭嗣同根据自己对西方自然科学知识的了解，提出“以太”是世界本原的学说。
谭嗣同的著作《仁学》
远在数千年以前的古希腊，华达哥拉斯派提出了“以太”这一概念。19世纪中叶，英国物理学家马克斯威尔创立电磁理论时，曾假定“以太”是一种传导电、光、热、磁的媒质，并用以说明物质的相互关系与物质运动的连续性。不久，严复和英国传教士傅兰雅把“以太”的概念传到中国。谭嗣同从中国古代哲学中找出“仁”这个伦理学范畴，加以改造，拿来与“以太”相配合，以自然规律来解释客观世界的复杂现象。认为世界上各种现象的关联、变化、结合与依存，都是“以太”的作用，并且把“以太”这种沟通世界成为一个整体的作用称作“仁”，而“仁为天地万物的本源”，所以把这种学问叫作“仁学”。
谭嗣同力图说明“以太”是不生不灭的，永存的，这种不生不灭的存在是不受任何超自然的神秘力量所主宰的。而是随着“以太”不间断地运动和转换而处于日新的状态中。“以太”遵循一定的规律运动，整个宇宙也就以此方式永恒地存在下去。
谭嗣同对“以太”的研究是建立在他对西方科学知识的了解基础上进行的。虽然，他对光热电磁的知识十分贫乏，还没有借助科学器仪的实验进行研究，但是却为他在社会政治方面提出冲击封建网罗提供了哲学依据。
谭嗣同的哲学思想和社会政治思想是紧密联系的。他提出了一个达到理想社会的途径：仁——通——平等。他认为可以用这一命题来考察和衡量一切的社会问题。“通”就是去掉界限。“仁”的第一个根本要求就是要铲除君臣、父子、夫妇、男女、长幼等的界限，使他们均处于平等的地位、享有平等的权利。但是，中国几千年的历史都是在“君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲”，“仁、义、礼、智、信”等以维护封建专制君权为核心的伦理道德的重压之下，封建帝王正是借此作为禁锢人们思想，束缚人们行为的道德准则和行为规范，使人们俯首贴耳地接受统治，维系封建王朝的长治久安。为了建立理想的社会，谭嗣同放达地发出了“冲破封建网罗”的呐喊。
谭嗣同对封建专制制度和封建意识形态的批判，不仅其深刻性和彻底性远远地超过中国历代和同时代的思想家，而且这一批判所具有的理论性、系统性和所表现出来的勇敢无畏的精神达到了那一时代的最高水平。在谭嗣同的胸中，对祖国的热爱和对封建专制制度及封建意识形态的痛恨紧紧地交织在一起，像积压在火山之下的岩浆，奔腾而泻：初当冲决利禄之网罗，次冲决俗学若考据、若词章之网罗，次冲决全球群学之网罗，次冲决君主之网罗，次冲决伦常之网罗，次冲决天之网罗，次冲决全球群教之网罗，终将冲决佛法之网罗。然真能冲决，亦自无网罗，真无网罗，乃可言冲决。故冲决网罗者，即是未尝冲决网罗。在这里，封建的君主制度、奴役人的伦理道德、繁琐无用的考证写作诗文、包括佛教的各种宗教都被谭嗣同认作是禁锢、折磨人的罗网。应为民“取代”“忠君”，把国家与国民结合起来，是谭嗣同思想的精华所在。
谭嗣同主张建立平等的父子、夫妻关系。他从男女平等、婚姻自由的思想出发，提出男女选择爱人，都要遵循两厢情愿的原则，而不由得男方强加于女方。
在君臣、父子、夫妇、兄弟和朋友中，谭嗣同认为只有朋友之间的关系是最完美的，这种关系体现出“平等、自由、尊重主权”的精神。要破除“三纲”之害，首在铲除君臣关系。谭嗣同注意到君臣关系是“三纲”中的核心，实现了君臣关系的平等，铲除了封建专制制度，改变其他父子、夫妻的关系才有了保障。
谭嗣同对“三纲”的批判，标志着资产阶级对封建伦理道德的清算已经步人理论和系统的水平。就此而言，他的思想远远地走在康有为等人的前面。
谭嗣同对历代统治者以及清政府所实行的专制统治进行了深刻地揭露，表现出了浓重的民主革命的色彩。谭嗣同首先从论理上说明了古来并无君臣，而后才有，君臣本来是平等的，君权并非是上帝授与的，借以从根本上摧毁“君权神授”、神圣不可侵犯的立论基础。他指出：“起初，人类社会没有君臣之别，大家都无法治理公共的事情，因此大家推举一人做君。因为是大家推举的君，所以大家也一定可以废掉他。君，是为全体人民办事的人，而不是竭尽全体人民的生命财产供他骄奢淫逸的。”他指责秦始皇为了维护万世一姓的统治，发明了一切残酷暴虐人民的办法。而后世帝王竭力效仿，并倡导忠君思想，为君而死。但是，“人民只有为国事而死，而绝没有为君而死的道理。”因此，古代所说的“忠”是多么的愚昧呀！“忠”，即诚实的意思，怎么能只要求臣向君尽忠，而君却可以任意奴辱臣民呢？而且，历代帝王都把忠君与爱国联在一起，口口声声说“报国”，实际上民是国家的根本，报国应是为民，离开为民而谈忠，那是本末颠倒，荒谬至极。应变“忠君报国”为“为民报国”。
谭嗣同尖锐地指出中国两千年的历史，就是“秦始皇暴政”横行的历史；两千年来的帝王，都是“独夫民贼”。皇帝的权力至高无上而人民的权力全部丧失，这是中国长期以来衰弱的根本原因。因而造成中国没有平等，没有公理，各级官吏奴役百姓残忍至极。他指出：国家的权力本来不是一个人的智慧和能力所能承担的，以区区一人，而担当亿万人的权力，就像是一人而到亿万人家里，代人谋划生产生活。这种情况就如同让小孩替有功夫的匠人砍木料，让侏儒像乌获（战国时的大力士）一样举起万钧之物。要是这样，这一人怎么能不断指而绝膑呢？因此，他主张铲除封建专制制度，建立民主政治。
谭嗣同不仅抨击历代的专制统治，而且还把抨击的矛头对准了当时的清王朝。首先，他揭露了清初统治者对汉族人民的暴行，指出那些屠杀掳掠与历史上的隋炀帝等人没有什么不同。而且，他还倡导人民学习历史上的农民领袖，揭竿而起，推翻腐败统治。过去杀死君主是天大的罪过，今天，贪暴的君主，人人都可起来除掉他，这一举动本来就无所谓叛逆。而叛逆的罪名是君主为恫吓天下人民而设立的。
虽然谭嗣同的《仁学》在他壮烈牺牲后才得以发表，但他在写作中曾请朋友阅览，他的思想和精神早已为人们所传颂。