麦哲伦遭到拒绝，自不待言。可是他又向国王提出第三个请求——其实也算不上请求，只不过是一个问题。麦哲伦问，如果别国为他提供优厚条件，他出国任职，国王是否怪罪。国王一脸不高兴，冷冰冰地表示这件事跟他毫不相干。不管什么地方，只要那里能找到差事，麦哲伦就可以去。
在麦哲伦像叫花子似的被赶出国王宫廷的刹那间，他恍然大悟，再不能等待和耽搁了。
麦哲伦忠诚地为自己的祖国服务多年之后，在生命的半途上才认识到了自己的天职。而因为他的祖国拒绝给他实现理想的可能，他只好把理想作为自己的祖国。他坚决地毁掉了自己一时的名声和公民的荣誉，把躯体溶化在自己的理想和不巧的功绩之中。
期待、忍耐和周密思考的阶段，对麦哲伦来说已经结束。1517年秋，他勇敢地把决定付之实施。暂时让不够勇敢的伙伴法利罗留在葡萄牙，麦哲伦自己则越过了生命中的鲁比肯河——西班牙边界。1517年10月20日，同他很久以来就形影不离的奴隶恩里克一起来到了塞维利亚。
这里万商云集，船长、经纪人和各种代理人摩肩接踵。于是，国王命令在塞维利亚建立了特别的贸易公司，著名的东印度公司或一些商会里保存着一切密报、地面要图以及商人和海员的笔记。国王在这个城市里建起了专门进行海外贸易的公司，来往海外的客商都汇集在这里。
印度公司既是商品交易所，又是船务经理处——最确切地说，可称之为海上贸易管理局问讯咨询处。这儿，在当局的监督下资助海洋探险队的实业家同希望率领这些深险队的船长们谈判签订协议。凡是想率领挂着西班牙国旗的船队从事新的探险的人都得首先设法取得东印度公司的许可和支持。
麦哲伦并不急于走这必不可少的一步，这足以证明他不同凡响的沉着和善于沉默、善于等待的天才。麦哲伦讨厌凭空幻想和朦胧含糊的乐观主义或徒鹜虚荣的自我陶醉，他总是准确地计算一切，是个心理学家和现实主义者。他预先权衡了自己的种种可能，认为条件还不够成熟。他知道，只有当别人的手为他按住门把手的时候，东印度公司的大门才会对他敞开。麦哲伦本人——这里有谁知道他？至于他在东方海洋里航行过七年，在阿尔梅达阿尔布克尔克指挥下打过仗，在这个所有大小酒馆里都挤满退休的冒险家和亡命徒的城市里，在哥伦布、科尔特一雷阿尔和卡博特手下进行过航海的船长们还活着的城市里，是没有多少价值的。至于说他来自国王不愿安排他做事的葡萄牙，他是流亡者，严格地说，甚至是叛逃者，这也不能多少提高他的身价。不，东印度公司里的人，对这个来历不明、默默无闻的外国移民是不会给予信任的，因此，麦哲伦决定在时机没有成熟之前根本不跨它的门槛。他有丰富的经验，他知道，此刻他必须这么办。像一切推荐新计划的人一样，他首先必须找到关系和“保人”。在跟握有权力和金钱的人谈判之前，必须赢得有财有势者的支持。
他的保人就是奥古巴·巴尔彼查，西班牙武器库长官，也是麦哲伦的岳父，这时麦哲伦可以毫不犹豫地跨越东印度公司门槛了，但东印度公司没有给他协助，就在绝望中，东印度公司经理胡安·德·阿朗达帮助了麦哲伦晋见国王查理五世，通过这次接见，麦哲伦获得了一切。
麦哲伦施展他的外交技巧摆脱了法利罗，法利罗自己观了星象，断定他不可能从这次航行中活着回来，便自愿放弃了航行。表面上，被客客气气打发走了的法利罗的离去安排得倒像是提升——皇帝的御旨任命他为率领第二支船队（只是纸面上有船舷和风帆）的惟一的海军上将，交换条件是法利罗把自己的地图和天文图表让给麦哲伦。这样，无数困难中的最后一个困难排除了，麦哲伦的事业重又变成了原先的样子。现在，一切重担和操劳都将落在他一个人的肩上，但他也将得到创造个性的最大的精神愉快，因为他只对自己负责，去完成他自己选定的终生事业。
告别仪式是在“圣玛丽亚·维多利亚”大教堂举行的。
当着全体船员和肃敬地观看这一场面的群众，麦哲伦跪下宣誓，然后，从圣马尔季涅斯·列瓦总督手中接过国王御旗。此时此刻他回忆起自己第一次启航去印度前在大教堂下跪宣誓的场面，不过当时他面对是葡萄牙国旗，不是向西班牙国王查理，而是向葡萄牙国王伊曼纽尔宣誓尽忠，不惜流血牺牲。过去这个年轻的普通水兵也曾怀着虔诚的心情观看阿尔麦达上将打开旗帜，让他飘扬在跪拜的人群上空。现在，265名船员怀着同样虔诚的心情注视着他们命运的主宰者——麦哲伦。
1519年8月10日。未来新世界的统治者查理签署协定后一年零五个月，5艘船只终于全部离开塞维利亚港，沿瓜达尔基维尔河下行至圣路卡巴拉麦达港。舰队将接受最后一次检验，装载最后一批粮食。
这里，在圣路卡尔迪巴拉麦达港，麦丁·西多尼大公的宫廷对面，麦哲伦正在进行航前最后检查。尽管他对所有这5艘船只早已了如指掌，但他仍象一个怀着欣喜而不安的心情在调弦的音乐家一样，一次又一次地检查自己的舰队。
麦哲伦结束了自己的巡查。他可以问心无愧地对自己说，凡人能估计和预料的一切，他都估计和周密考虑过了。然而，海洋征服者的大胆航行向上苍的力量提出了挑战，这种力量是凡人无法计算和估量的。一个竭力预先准确判断一切成功可能性的人，同时也必须考虑这种漂泊的十分可能的结局——一去就回不来了。因此，麦哲伦把自己的意志化为尘世的事业之后，在启航前两天也写下了一份遗嘱。
1519年9月20日，星期二黎明，船队轰隆隆地起锚，篷帆孕满了海风，炮声——向即将隐去的土地鸣放的告别礼炮声震撼着海空。一次伟大的漫游，一次人类整个历史上最勇敢的航行开始了。
环球航行
1519年9月20日，麦哲伦的船队驶离了大陆。在那些年代，西班牙的国土远远超出了欧洲的疆界。启航六天之后，船队的五艘船开到加那利群岛的特内里费上水加粮的时候，他们仍然处于皇帝查理五世的统治范围之内。在继续开往不知何处的航程之前，勇敢的航海者们又有最后一次机会踏上祖国的可爱土地，再一次吸一口祖国的空气，听一听祖国的语言。
但这最后一次途中休息转眼就结束了。麦哲伦已准备扬帆，突然间出现了一只西班牙的轻快帆船，老远就向船队发出了信号。它给麦哲伦送来了他岳父迪奥古·巴尔波查的一封密信。秘密消息一般都是坏消息。巴尔波查通知女婿：他从可靠方面了解到西班牙船长的阴谋——在途中违背服从麦哲伦的义务。阴谋的首领是布尔戈斯主教的堂兄弟胡安·德·卡尔塔海纳。麦哲伦没有根据怀疑这一警告的真实性和正确性，但决心已经下定，面临的明显的危险只不过使麦哲伦的坚定决心变得更加坚定罢了。他往塞维利亚写了一封骄傲的回信：无论发生什么情况，他都将无条件地为皇帝效劳，他的生命就是保证。关于这封他一生中收到的最后一封信，给他带来了多么阴郁而又真实的警告，他只字未提，便命令起锚。几个小时以后，特内里费峰的轮廓便渐渐隐没在远方的天际。大多数船员最后一次看见祖国的土地。
在这次航行的一切困难中间，对麦哲伦来说，最困难的任务是率领船队中排水量和航速差别很大的所有船只紧密编队前进。只要一只船掉了队，对于船队来说，它就丢失在没有航路、茫茫无边的海洋里了。早在启航之前，麦哲伦征得东印度公司的同意，制定了一套保持船只之间经常联系的特别方法。不错，船长们和舵手们了解大体的航向，但在大海里他们必须执行一项命令：跟随领队的旗舰“特立尼达号”前进。白天，遵守这一命令完全可以办到，甚至在狂风大作的时候，各条船之间也不会失掉联系；夜间，要在五条船之间保持不断的联系就困难多了。为达到此目的，发明和周密设计了一套信号系统。天黑，“特立尼达号”船尾的灯笼里便点燃一个浸过树脂的火炬，使跟在后面的船只不至同旗舰失去联系。如果在“特立尼达号”上除了浸过树脂的火炬，又点起两盏灯，这就表示，遇到了不顺之风，其余船只应当减速或者曲折前进。点起三盏灯就是预示飓风即将降临，因而应当系紧辅助帆。如果点起四盏灯，就必须落下所有的帆。如果旗舰燃起许多忽亮忽灭的灯火或者鸣炮，就是警告要提防浅滩或暗礁。
11月29日桅楼上传来了欢呼声：巴西海岸已经在望了。
12月13日，舰队经过11周航行驶入里约热内卢湾。
在那遥远的时代，里约热内卢港恬静多娇的自然风光比之当代的都市繁华毫不逊色，对疲惫不堪的船员来说，它当然是真正的天堂。沿岸绿树成荫，郁郁葱葱，美丽多姿的小岛星罗棋布，西班牙船只在这里抛锚停泊。
他们的小舰刚一靠岸，从茅舍和树林里面迎面跑出许多土著居民，好奇而毫无惧色地观望这些全身披甲的军人。看上去他们很和蔼可亲。
几小时以后，实物交易热热闹闹地开始了。现在比加费德有了用武之地。11周的航行没有给这位渴望成名的历史学家提供多少素材，他只不过写了几篇关于鲨鱼和野禽的小故事。逮捕卡尔塔海纳的情形，他错过了机会，未能目击其事。可现在要把新世界的所有奇观怪闻都写进日记，恐怕随身带来的羽笔是勉强够用了。他对美丽风光毫无描述，他最感兴趣的是从未见过的水果——菠萝，“好象又大又圆的松球果，但味道甜美可口”；其次是红薯——其味道类似栗子；还有甘蔗，使这位善良的好心人真是欣喜若狂。
当地居民卖给外国人的食物便宜得惊人，一根色竿可以换五、六只母鸡，一把梳子换两只鹅，一个小镜子换10只五颜六色的鹦鹉，一把剪刀换来可供12人吃的鱼……那里的姑娘也不值钱，比加费德羞愧地写道：
“她们唯一的衣服是长长的头发，用一把斧子或一把小刀可以换到两三个姑娘终身使用。”
船队经过30天停泊，于12月底离开这难忘的辽阔海湾的时候，麦哲伦比同时代的其他南美洲征服者可以更问心无愧地继续自己的航行。因为，即使他在这里没有为自己的国王夺得新的土地，但作为一个善良的基督教徒，他为上帝增加了臣民的人数。在这些日子里，没有使任何人受到一点侮辱，没有强使一个土著人离开家庭和祖国。麦哲伦和平地来到这里，又和平地离去。
舰队在恶劣的气候下，从拉晋拉塔湾至圣胡立安海湾行驶了两个月。船员们几乎每天都同飓风搏斗，同这一带闻名的巨大风暴争斗。暴风一起，能吹断桅杆，撕毁船帆，周围一切日渐荒凉、晦暗，海峡却依然渺无踪影。失去的几周时间正在为自己的徒然虚度而毫不留情地进行报复。
日益猛烈和寒冷的暴风雨不断袭击船只。船队同可怕的自然力进行着不倦的搏斗，勉强地向前行驶，用了整整两个月的时间才向南前进了12个纬度的距离。3月31口，在荒凉的岸边终于又出现了一个海湾。海军上将第一瞥视线里就蕴含着他最后的希望。这个海湾是否通向纵深，是否就是梦寐以求的海峡？不对，这是个封闭的海湾。然而，麦哲伦命令船队开进去。因为根据粗略的观察就可以判断，这里不缺乏泉水和鱼类，他命令停泊。当船长们和船员们得知，他们的海军上将（不预先通知，也不与任何人商量）决定在这里，在圣胡利安湾过冬时，不仅十分惊讶，而且无不感到恐惧。这是一个地处南纬49°无人知道、无人居住的海湾，从来没有一个航海家到过这里，这是地球上最阴郁、荒凉的地方之一。
圣胡立安湾的乌云低垂，而且寒冷阴暗。面对这些心灰意乱的船员，麦哲伦不怕火上添油，竟然采取了节粮减酒的措施，来充分证明麦哲伦刚毅不屈的性格。全舰队只有麦哲伦一人明白，要到达富饶的热带地区，最早也得数月之后，所以他下令节约粮食，减少每日定量。已经满腹牢骚的船员，一听到骤然节粮减酒的命令，顿时便大闹一场。
事实上，后来正是这一果断的措施拯救了舰队。要不是竭力保存下一定数量的粮食，舰队怎能在太平洋上坚持赫赫有名的100天航行？可当时船员们对他的意图既不清楚，也不过问，只是坚决反对和限制。一种相当正常的本能使这些疲惫不堪的水兵意识到，即使这次航行能使他们的上将扶摇直上，他们至少也得有3/4的人因为他的胜利挨饿受冻，历尽艰难而惨然丧生。他们怒气冲冲地说，如果粮食不够，就该立即返航。即使这样，他们比任何人往南走得都远了，回国后也不会有人谴责他们半途而归。他们中间已经有人冻死，而且当初受雇是去马鲁古群岛，而不是去南冰洋。
对这些叛乱者的鼓噪，麦哲伦的回答和他镇静沉着、不动声色的形象很不一致，实在令人难以置信。他说，他万万没有想到，这些卡斯提利亚人竟然如此懦弱，忘记了他们接受这次航行任务，就是要效忠皇帝，效忠祖国。他还说，他受命指挥舰队时，原指望能在他的同伴身上看到自古以来鼓舞西班牙人民的那种勇敢精神。至于他本人，他决定宁可去死，也不辱命回国，所以他希望大家耐心等待，度过严冬，他们的牺牲越大，将来国王给他们的报酬就越高。
但娓娓动听的语言从来也不能充饥。在这千钧一发之际，拯救麦哲伦的不是他那几句漂亮话，而是他不投降、不作丝毫让步的坚强毅力。