除了在资本市场上的激情表演，面对汹涌的互联网热浪，赵新先也表现得非常积极。2000年4月24日，就在三九医药上市的同时，号称全国最大医药健康网站的999健康网开通。赵新先宣布，三九将采用“四网合一”的思路，以三九全国的销售网络为依托，以全国医药连锁店为端口，以三九健康网为枢纽，以中药远程诊疗网为延伸，组成一个超级医疗健康服务体系。在“概念就是一切”的互联网热中，赵新先的这番远景描述，自然又是受到市场的一片追捧。
然而，在日后的经营中，“四网合一”根本无法实现，健康网的定位摇摆不定，从健康门户网到学习型网站，再到电子商务，每一次转型就意味着大量的资金投入。赵新先为了展现公司在网络时代的超前形象，又不断收购中小网站，到2003年，三九名下共有13个公众服务网站和29个企业网站，其网站数目之多、性质之杂、烧钱之多都让人惊叹。
在这一时期，三九的发展战略已经从之前的“八大产业并举”，变成了“以生命健康产业为主营，网络信息和金融租赁两大产业为支柱”。赵新先的表述是：“主营好像是飞机一样，支柱则像飞机的两个发动机，它们推动主营发展。”
这样的描述看上去无比鲜亮，它既坚持了三九的中药路线，同时又嫁接了当今商业圈最炙手可热的两大产业——互联网和金融。三九的战略始终看上去非常美好，但是在执行中却缺乏整合和深耕，第二次的扩张，仍然没有让三九实现决定性的飞跃。
一个事实是，三九集团自1990年之后便再也没有开发出一个成功的中药产品。后来的10多年里，它一直靠三九胃泰以及皮炎平等“老臣”支撑着天下。2000年，深圳召开全国性的高科技商品交易会，三九集团一口气推出了一大批带有高新科技含量的医药医疗设备，如精制中药电子调配中心、三九智能煎药机、网上中医诊疗系统、近红外线乳腺癌诊断仪、数字化心脏介入C臂系统等。另外，还有一批网络信息产品亮相，如“VIOP”电话系统、三维数码立体图像制作系统、东方新干线网络信息系统等。这些新产品让三九成为高交会上最耀眼的明星，人们对它的科研开发能力大为惊叹。然而，让人遗憾的是这些高新产品最终都没有形成规模生产，自然也没有为三九带来相应的经济效益。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情况下遭到中国证监会的警告。这天晚上，赵新先在中央电视台的新闻联播节目中意外地听到了自己的名字。新闻称，中国证监会公开通报批评三九医药，指称其在募集资本的使用上与招股说明书不符，大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产的96％，严重地侵占了广大中小投资者的利益，直接威胁到上市公司的资产安全。通报还公开点名批评三九医药的董事长赵新先，称其“有重大失职行为，情节特别恶劣，应当予以谴责”。这是中国证券史上，中国证监会第一次用公开通报的方式，对一家上市公司董事长进行点名谴责批评。
这则新闻对一向形象良好的三九而言，损害之大可以想见。在过去的1年里，庄家吕梁事件、银广夏事件以及基金黑幕等证券市场的负面新闻已经让人们对上市公司失去了信心，中国证监会的公开谴责一发表，三九顿时成为又一个“股市巨骗”。
赵新先对这次事件毫无预知。在他的意识中，三九集团和三九医药本就是他的左口袋和右口袋，资金挪用应属正常之事。想当年他创办三九，便是把建职工用房的钱擅自挪用去买设备了，因此还被传为佳话。有一次，他去北京大学做演讲，还曾用嘲讽的口吻讲过一段他与外国投资商的“斗争”逸事：“当初外方收购我们的股权时，按照当时我们的财务管理，外方的钱进来，是进到财务结算中心的，这个财务中心的钱放在这里，大家可以花。我拿这些钱，搞了房地产，搞了旅游，外方不满意了。按他们的企业管理规则，公司的钱母公司不能占用，宁可存在银行里也不能动。外方的几个代表就到上级管理机关告我们的状，说你们的赵总花了我们的钱。上级领导也是业务干部，就说，你们看看《中外合资法》，上面写的是，为了利用外资搞中外合资企业，为什么赵新先给你们打工？不就是为了钱吗？”据记者记录，赵新先的这番话，“引来了巨大的掌声”。
没有想到此一时彼一时，反差如此之大。不过尽管内心不满，他还是表现出了企业家的风度和理性。3天后，他出现在中央电视台记者的镜头前，第一句话是“接受批评”，第二句话是“道歉”。不过他始终认为，自己“其实没有错”。他对记者说，我们这些项目没有造成国有资产的流失，而是为将来国有资产的增值做了保障。
第三次扩张： 回归专业化的狂想
“公开谴责事件”让赵新先的资本扩张受到了战略上和心理上的双重打击。自此以后，“三九系”的多家上市公司基本上失去了融资功能。根据年报数据显示，到2002年底，三九集团的经营净利润只有2271.3万元，资产负债率高达92%，债务总额为191亿元，资产回报率仅为0.1%。在这种十分严峻的形势下，赵新先转变了多元化的资本扩张战略，而试图回归中药行业。然而，他的回归，仍然表现得激情无限。他提出了三九专业化的“三化战略”，即“中药现代化、中医专业化、健康服务化”。
他观察到，中国商业似乎进入到了一个“渠道为王”的时代，比如说在家电领域，国美、苏宁等连锁渠道商迅速崛起，对制造商构成了强大的渠道优势威胁。三九的药品绝大多数是通过医药站和医院出售的。赵新先敏锐地意识到，随着医疗体制的改革，连锁药店势将成为最热门的投资领域。这个时候，他已经对中国制药企业在技术上的开发和竞争能力产生了极大的怀疑。他认为：“对于没有太多核心技术的国内制药企业，其优势不在技术，也不在研发，而应该是在国外制药大佬进来之前尽快建立自己的生存壁垒。”他所谓的“生存壁垒”，就是要把三九从生产制造向营销、商业服务方向转型。
为了实践这个理念，他提出在国际和国内两大战线同时出击，分别实施“麦当劳计划”和“沃尔玛战略”。
“麦当劳计划”是在全球建立一个连锁型中药诊所网络。赵新先计划在5年内开办1000家连锁诊所。他算了一笔账，在美国开一家诊所大概需要20万美元，一年可收入1000万美元，总额就可达100亿美元。根据他的调查，在美国就有大约1万家小型的中医诊所，在加拿大也有2000家，如果能够把这些资源整合起来，就可以十分轻易地建成一个全球性的中医连锁诊所。三九先是在加拿大多伦多创办了第一家中医药医疗中心，之后又在英国、美国和马来西亚等国家相继开设了50多家类似的中心。此外，还在洛杉矶开办了一所现代中医药研究院。然而，因为种种缘故，这个激动人心的“麦当劳计划”最终也跟三九的很多项目一样，成了一个“半拉子工程”。
“沃尔玛战略”则是在国内编织一张最大的连锁药店网络。赵新先对连锁药店的关注其实在2000年就开始了，在那年的7月30日，三九召开连锁战略研讨会，确定从金融租赁公司筹资13亿元，建立5000家连锁药店的发展计划。后来，这个计划又增加到了空前的1万家店。赵新先对连锁药店寄予厚望。他不断催促部下到各地跑马圈地，控制终端。他甚至认为，连锁药店将是三九集团的第一品牌。在短短1年多时间里，三九连锁药店就发展到了1000家的规模，但是由于开店费用很高，而规范化管理及营运成本控制不力，连锁药店很快呈现后续乏力之势。赵新先再次犯了“战略清晰、战术紊乱”的老毛病。美国的《财富》中文版在一篇评论中，直接称之为“中国‘大跃进’式的冒进，美国安然式的牛皮泡泡”。
三九的第二大“专业化工程”，是筹建一家中医院集团。它与海南省达成协议，收购海南中医院，同时还跟广东省的一些中医院商谈收购事宜。赵新先打算把这些中医院整合成一个新的集团，买壳在香港上市。同时，三九在深圳东部筹划开建一个规模惊人的健康城，其中包括90个洞的国际上最大的高尔夫城、一个超豪华的五星级健康宾馆，以及一个包括疗养院、临终关怀医院和特殊护理医院在内的大型综合健康服务系统，其总投资将超过40亿元。
赵新先是那种颇有战略直觉的企业家。在产业的每一个转型点，他都能很早就意识到，并迅速地做出反应。但他在项目的执行上却总是显得“大而不当”，在一次又一次的布局和冲杀中，三九的企业规模越来越大，但是能够给企业带来直接效益的项目却始终未出现。在第三次扩张中，赵新先的表现像一个巅峰已过、力不从心的老棋士，开局宏伟，中盘紊乱，尾局不堪入目。《新财经》在一篇评论中分析说：“三九的专业化战略让人疑惑，制药业属于生产领域，连锁药店业务属于流通领域，医疗健康更侧重于服务领域，三项业务均和‘医药’有关，但实质则截然不同，投资风险更大。”在某种意义上，三九的此次专业化回归是一次缺乏深思熟虑、更具冒险性的赌博。
龙种与跳蚤
2003年，四处狂奔而无所收获的赵新先和他的三九冲到了悬崖的边缘。
5月，曼哈顿时代广场上的那块“999三九药业”广告牌被悄然拆除了，赵新先坚守了8年的梦想随风飘逝。为了这块广告牌，三九每月大约需支付12万美元，8年下来总金额超过1000万美元，三九的资金现状已经养不起这道昂贵的风景线了。
9月28日，《21世纪经济报道》刊文《98亿贷款：银行逼债三九集团》，披露三九共欠银行贷款余额98亿元，已经陷入巨额财务危机。此文一出，顿时把三九的资金窘境曝光天下，接下来的1个多月里，“讨债大军”纷至沓来，三九总部一片混乱。一些性急的银行开始封存三九资产，冻结质押股权，并向法院提起了诉讼。三九在全国各地的数百家子孙公司都成了银行逼债的对象。其中做得最绝的是浙江湖州的中国工商银行，索性冻结了三九湖州药厂的银行账户，将所有进入的流动资金全数扣押，造成药厂资金链断裂，生产经营陷入停顿，只好宣布破产。
对于所有企业来说，银行信用的破产几乎是无可救药的。三九到了自创办以来最惊险的时刻。在这样的时候，试图自救的赵新先突然把矛头对准了国有资产的拥有者。他认为：“三九负债率偏高的根源在于三九集团是一个怪胎，作为国有企业，其国有出资人是存在的，但却没有实际出资，国有出资人没有履行出资义务。对于三九集团而言，国家不仅没有出一分钱，而且也从未享受过债转股、贴息贷款等优惠政策。”
很显然，已经超过了60岁退休年龄的赵新先不想再坐等下去了。他想利用此次财务危机，彻底——至少部分地解决三九的产权问题。
在三九的产权问题上，赵新先表现得非常摇摆。
他一直觉得三九是他一手缔造出来的。甚至在一次中高层干部会议上，他对台下的部属说：“没有我赵新先，就没有三九。”这句话在某种意义上是不错的，在他治理三九的相当长时间里，几乎没有受到过太大的约束和干涉；他所受到的待遇也是极高的，除了全国劳模、全国政协委员等政治荣誉外，他还拥有军中文职二级官衔，享受中将待遇，这在中国企业家中绝无仅有。不过，尽管他缔造了三九，但三九却始终不是他的。