赵新先在很长一段时间里，没有思考过这个问题。1998年，国有企业改革进入攻坚阶段，产权明晰化试验一度受到默许，不少企业都开始尝试经营层MBO，南方的TCL、美的等企业先行一步完成了产权改造。对此，赵新先表现得很无所谓，对前来采访他的记者说：“三九是我做大的，MBO多此一举。”到后来，他开始意识到产权的重要性，但也仅仅轻描淡写地一句：“这个问题我考虑没有用，这要我的‘婆婆’去考虑才行啊。”1998年底，中央下达军商脱钩的命令，三九与解放军总后勤部脱钩，归口中央大型企业工委管理；到2003年，国务院成立国有资产监督管理委员会，三九作为中国直属187家企业之一，转属其管理。随着“婆婆”的变更，赵新先在产权改造上的主动性渐渐变得越来越小。
当2003年秋天的财务危机总爆发的时候，赵新先突然觉得这是一个可以利用的机会。
他算了一笔账：“三九发展到今天，上缴给国家的利税是40多个亿，上缴给银行的利息是30多个亿，上缴给上级将近10个亿。这个数字跟三九在银行的贷款数字相近，都在80亿元左右。”由此，他提出了两个要求：“一是实现出资到位的问题，解决50亿元净资产的最终归属；二是完成股份制改造，建立规范的法人治理结构，最终完成激励机制和监督机制的完善。”在一次媒体访谈中，当有记者提问“三九如何走出困境，继续去完成整合中国中药产业的使命”时，他直截了当地回答道：“不把我的产权问题解决好，三九就没有办法去整合这个产业，只有三九把产权问题解决了，它才有整合的力量、整合的动机。”
2004年3月，在北京召开的全国“两会”上，作为全国政协委员的赵新先在接受中外记者采访时，再度把矛头直指国资委。他说，国资委管辖的中央企业里，存在着部分这样的企业，即国家并没有投入资本金，企业是靠向原来的上级单位借款发展起来的，不仅在当初的两三年内还清了借款，而且向上级上缴了相当于借款数十倍的利润，这样的企业虽然归属国有企业，但国家早已没有了实际的、直接的资本金投入。因此，作为国有资产的代表机构，国资委应当担负起企业股东为获得发展的流动资金增加投资，投入新的资本金的职能。
赵新先的这些言论其实是拿他的职业生命当了赌注。他大胆逼宫国资委，无非想达到两个目的：其一，国资委担负起出资人的职能，对三九注资50亿元，这样，银行逼债风波自然化解；其二，国资委同意三九进行股份制改造，那么他及其团队就可以顺势成为三九的真正主人。这两个目的无论达成哪一个都是令人满意的。而他之所以敢于如此动作的原因是，三九自创办以来一直由他掌控，从人事、财务到产业没有第二人了然全盘，如今乱局如麻，除他之外何人敢接、谁人能解？
然而，事态的发展并非如他所愿。果不其然，就在北京“两会”期间发言的两个月后，5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先三九企业集团总经理、党委书记职务。其公开的理由是，国资委管辖的干部60岁必须退休，而赵新先已经63岁了，离职退休是正常的。他同时给予了赵新先很高的评价，称他“40年如一日，为我国的医药事业，为三九企业集团的发展，作出了突出贡献”。
赵新先的经历再次证明，企业家是一个多么残酷的职业。
1995年，正如日中天的赵新先作为特聘兼职教授，受邀参加清华大学经济管理学院的元旦座谈会。时任国务院副总理兼经济管理学院院长的朱镕基对他说：“你放心，即使南方药厂垮了，我还要请你当教授，为什么？因为你可以从这里总结经验，企业是怎么垮的。当然我不希望垮。”此言悠悠，竟藏无穷忧虑。
2004年10月，一直深受赵新先重用的三九集团副总裁、年仅43岁的陈重因病猝亡，在清理他的办公室时，发现数额巨大的不明存款；随后，审计署介入对三九的审计事宜，集团副总裁荣龙章、三九广州医院院长崔崇林、三九生化总经理张欣戎、三九汽车公司经理陈达成、三九工程公司总经理林长兴等相继被“双规”或通缉。种种迹象表明，这些三九重臣们的问题都与赵新先有丝缕牵连。
根据后来的信息披露，赵新先涉嫌“向境外转移资产”。香港特别行政区公司注册处提供的资料显示，三九在香港注册了50多家公司，其类别均为“私人公司”，赵新先出任多家公司的董事长；而且在三九健康城等项目中，有数亿元资金不知去向。香港科技大学郎咸平教授在研究了三九的财务状况后，总结了赵新先的“捞钱六招鲜”：截、借、垫、套、挪、赖。
除了资金上的违法行为外，《财经》杂志则另外给出了一种观察的结果：赵新先被突然宣布退休后，其继任者一直难以开展工作。一方面，三九的各项业务均出现崩塌迹象，用“一地鸡毛”来形容一点不为过。号称投资数十亿元的健康城因土地审批问题胎死腹中，连锁药店项目难以为继，最后不得不以区区400万元的低廉价格转让。2005年5月，三九集团将其所持有的三九发展和三九生化的国有法人股，分别以3500万元和2.05亿元的价格出售给浙江、山西的两家民营企业，从这两家上市公司中彻底退出，所谓的“三九系”宣告瓦解。到秋季，有媒体报道，庞大的三九集团共有500多家企业，从总公司到分支公司共分五级管理，到第三级公司大多已出现鸟兽散的失控局面。另一方面，面对如此复杂、艰巨的重组工作，赵新先的一些旧部仍占住“小山头”不放，并且相信赵新先能再度复出。在此情形下，有关部门果断出手将赵新先“拿下”。
无论如何，原本以为能安全着陆的赵新先在退休两年多后又成了焦点人物。
赵新先被捕的经过是这样的：
2005年11月19日，赵新先去北京颐和园游玩，那天他的心情不错，一路上让家人拍了不少照片。在出园的时候，几名警察拦住了他。第二天，赵新先出现在南方的深圳梅林看守所。它位于笔架山西南侧一个很冷僻的山坳里，四周长满细高笔直的桉树和硕大树冠的荔枝树。赵新先被关押在一间只有几个平方米的囚室里，囚室的窗口很高，踮着脚往外望，瞧得见南方浩瀚的星空。从这个地方向东走1000多米，再拐一个弯，就是当年赵新先睡过狗棚的地方。
从狗棚到囚室，赵新先走了整整20年。
【三九大事记】
1985年8月7日，赵新先率14人上深圳笔架山，创办南方药厂。
1988年，赵新先首创出租车灯箱广告和明星代言广告。南方药厂实现产值18亿元，利税４亿元，居全国500家最大工业企业的第82位。
1989年4月，解放军总后勤部向全军作出了《关于向赵新先同志学习的决定》。9月，赵新先被国务院授予“全国劳动模范”的称号。
1992年9月，朱镕基视察三九集团。赵新先的“一人机制”轰动全国。
1995年5月1日，在美国纽约曼哈顿时代广场，竖起了第一块中国公司的广告牌——“999三九药业”的霓虹灯广告。
从1996年到2001年，三九出手并购了140多家地方企业，平均每个月并购2家，迅速扩张成全国最大的中医药企业，总资产猛增到186亿元。
2000年，三九集团的旗舰公司“三九医药”上市，同时并购江西和上海的两家上市公司，赵新先成为国有企业资本运作的第一人。
2000年4月，创办号称全国最大医药健康网站999健康网。到2003年，三九名下共有13个公众服务网站和29个企业网站。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情况下遭到中国证监会的警告。中国证监会公开通报批评三九大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产的96％。通报还公开点名谴责赵新先。
2002年，赵新先提出在国际和国内两大战线同时出击，分别实施“麦当劳计划”和“沃尔玛战略”，后都中途夭折。
2003年5月，曼哈顿时代广场上的广告牌被悄然拆除。9月28日，媒体刊文《98亿贷款：银行逼债三九集团》，三九的资金危机全面爆发。
2004年3月，北京召开全国两会，全国政协委员赵新先大胆逼宫国资委，声称：国有出资人是存在的，但却没有实际出资。他要求国资委为三九注资50亿元，或让三九产权明晰化。
2004年5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先的一切职务。
2005年，拥有500多家公司的三九集团呈现失控局面，“三九系”宣告瓦解。11月19日，赵新先涉嫌经济犯罪，在北京被拘捕。
赵新先出局后，三九重组成为众多重量级企业争夺的目标。上海实业集团、复星集团、德意志银行、华润集团和新世界集团等参与竞争。2007年3月，国资委决定，由央企华润集团重组三九。
【后续故事】
赵新先一直被关在看守所里，从未被投入监狱。2007年6月27日，他因“国有公司人员滥用职权罪”，被深圳市罗湖区人民法院一审判处有期徒刑一年零九个月。由于抵扣羁押时间，赵新先的刑期至2007年9月20日到期。也就是说，只要他认罪，在宣判两个月后就可以获得自由。面对一审判决结果，他“在综合考虑之下”，决定不上诉。
一年后，赵新先以顾问身份加盟南京小营药业集团。该集团前身为南京小营制药厂，隶属南京军区空军司令部，于2005年被永泰投资控股有限公司采用溢价方式收购改组。此外，他还受聘担任深圳清华大学研究院中药、天然药物研究中心主任。
据熟悉他的人称，赵新先一直“心有不甘”。他认为，自己当年以不到5亿元的价格买入大龙健康城项目，并因此获“滥用职权罪”，而到2009年地价已升至20亿元，“足证这一决策的正确”。赵新先自称是“中国最老的农民工”、“三无人员”。因为军转民衔接不畅，赵新先的退休手续一直办不下来，没有退休金、医疗保险，没有产权房，还在深圳住着三九集团的职工宿舍。年近70岁的赵新先在大连尚有九十高龄的父母，自谓仍须打工以尽孝养。
没有了赵新先的三九医药却呈现完全不同的命运。在被央企华润集团重组后，公司更名为“华润三九医药股份有限公司”。2008年，华润三九获评中国上市公司价值百强企业，被列入沪深300指数、深证100成分指数。2009年，公司实现营业收入48.53亿元。
【八方说词】
赵新先的“捞钱六招鲜”
无节制的扩张、急速膨胀的债务和迅速上升的成本，无可避免地导致“三九系”资金链的紧张。为了解决资金的困境，赵新先通过三九集团旗下的3家上市公司进行资本运作，所用手法并非独创，但是其动作之大胆、视法规及股东利益为无物则非常罕见。财务专家郎咸平将之总结为“捞钱六招鲜”，六招分别是：截、借、垫、挪、套、赖。
截字诀——直接截流上市公司从市场上融资所得的资金。2001年10月，深圳证券交易所公开谴责三九医药大股东三九集团占用上市公司资金25亿元。三九医药从股市实际募集资金16.7亿元。25亿元是16.7亿元的1.5倍，相当于三九医药净资产的96％，这意味着三九医药的资金几乎被全部占用，只剩下一个空壳。
借字诀——三九集团向下属上市公司借钱，往往有借无还。根据三九医药2002年的财务年报，集团累计向它拆借了21.9亿元的资金，还让它为另外一家三九数字健康管理有限公司“代垫费用”近4900万元。