1996年，全国的国有企业改革进入最艰难的时刻，在民营资本及跨国资本的双向夹击下，深受体制之困的国有企业在很多领域里都出现了集体溃退的现象，不少地方财政已经无力支撑沉重的包袱。于是，“国退民进”成了现实的策略，出售或并购国有企业原本是一种被禁止或不受提倡的行为，现在也成了最可选择的出路，各地政府纷纷推出老企业改组、嫁接的新政策，企业并购风起云涌。正在扩张兴头上的赵新先无疑看到了这一趋势。他在企业高层会上说：“社会上这么多的资产闲置，是三九下山摘桃子的大好机会，千万不能错过，过了这个村，就没了这个店。”很快，三九拟订了大规模收购兼并的战略。
三九第一次“下山摘桃子”就非常成功。四川的雅安制药厂是国内生产中药针剂最早的厂家之一，到1995年底，这家老牌国有企业已经到了山穷水尽的地步，全年产值只有1000多万元，利润仅2万元。赵新先在一次出差中发现了这家企业，当即拍板投资1700万元予以收购，并委派最得力的干将入川经营。雅安厂的针剂贴上三九的品牌，通过三九的营销网走向全国市场，一年后产值就达到了1亿元，实现利税2000多万元。并购效应之显著，出乎所有人的预料。
收购雅安的成功经验顿时让赵新先雄心万丈。他认为，国有老企业的所有痼疾都是由体制造成的，只要将三九的机制和品牌注入，再加上适度的启动资金，完全可以让它们一夜之间铁树开花。1996年底，三九召开雅安经验学习会。会后，赵新先宣布成立三九投资管理公司，委派60多名干部，奔赴全国各地，专事收购兼并工作。
笔架山上号令一响，一彪人马浩浩荡荡冲下山去。在当时国内，三九品牌响彻天下，举目四顾，像它这样既有国有企业的正宗血统，又有资金、品牌和销售网络者，几乎没有几家。把企业交给三九，不但能够得以救活，而且没有贱卖国有资产的嫌疑。因此，赵新先每到一个省，书记、省长必出面接待；到了市里，更是惊动五大班子集体迎送，各地媒体更是追踪报道，热烈捧场。一些偏僻地方的企业听说三九开始大并购，便千里迢迢地跑到深圳三九总部要求兼并。河南兰考县一下子就把7家企业都“送”给了三九；在西部某省，一个酒厂的厂长下跪恳请赵新先“吃”掉他的工厂。
赵新先并购企业，主要有3种方式：第一种是“承债式”，三九把企业的资产和债务全部打包吃下来；第二种是“控股式”，三九出一部分资金成为企业的控股方；第三种是“托管式”，只管经营，不承担债务，从增长的效益中分成。总体而言，三九的并购成本非常之低。赵新先最倡导的并购理念是“输出机制不投钱”，也就是说，当地政府把企业送给三九来管理，再搭上一大部分的股份，三九付出的是“三件宝”：机制、品牌和渠道。湖南的郴州药厂是赵新先常常用来做宣传的例子。这家老企业是妇科中药生产基地，多年来获得的药品批号有50多个，可其经营却一塌糊涂，在被三九兼并前，年年亏损，资产负债率高达99％。赵新先兼并该厂后做的第一件事情，就是给每个职工分送一本他主编的《论三九机制》，班组学习讨论两个星期，然后在企业内推行“干部能上能下、职工能进能出、工资能高能低”的市场化管理，药厂的产品也贴上三九的商标，进入三九的销售渠道。1年后，药厂实现产值2200万元，创造利税300多万元。很显然，这样的案例跟雅安经验一样实在太富有戏剧性，足以让所有的地方官员们怦然心动。
在外人看来，三九的一次次攻城略地无疑是辉煌而炫目的。通过并购式的扩张，三九的产品从冲剂向针剂延伸，从消化类中药扩充到抗癌类、妇科类等多个门类，俨然已构成了一个中药帝国的雏形。1999年9月，踌躇满志的赵新先出席《财富》全球论坛上海年会并发表演讲，畅谈中医、中药是中华民族参与世界竞争非常有潜力的资源和最优秀的文化品牌。他提出，三九将用5年时间建成世界上最先进、最大的植物药生产企业，用10年时间把集团建成亚洲最大、最强的综合型制药企业，用15年的时间进入世界500强的行列。美联社记者问：“赵先生，您的演讲是一个脑子里的蓝图，还是战略目标？”赵新先用军人般的口吻坚定地说：“是一定要实现的战略目标。”在那次论坛上，他见到了自己的偶像——GE的杰克·韦尔奇。后者在回到美国后评论他所见到过的中国企业家时说：“他们好像是在演戏。”
从1996年到2001年，三九出手并购了140多家地方企业，平均每个月并购2家。其中，承债式占45％，控股式占35％，托管式占20％。就在这种跑马圈地式的疯狂并购中，三九集团迅速扩张成全国最大的中医药企业，总资产猛增到186亿元，所属企业遍及全国，形成了医药、汽车、食品、制酒、旅游饭店、商业、农业和房地产八大行业，其旗下甚至包括一家华南地区最大的夜总会。
2002年，三九厂庆，赵新先吩咐重新装修厂史陈列室。设计人员在陈列室的入口处，放置了一艘航空母舰的模型，军舰的甲板上放了56架飞机，它们分别代表了集团直属的56家二级子公司，在它们的旗下则还有上百家三级、四级公司。赵新先对这个创意十分满意，每有贵客来，他必在军舰前一一介绍。他说：“这就是中国中药产业的航空母舰，我们要让飞机达到100架。”到他退休之前，飞机最多的时候为98架。
发生在20世纪90年代中后期的那场国有企业并购浪潮被认为是“最后的晚餐”，很多国有企业经营者乘机将企业廉价改造，占为己有；有些人则上下其手，通过倒卖企业牟取暴利；也有一些企业则在这次浪潮中顺势而上，低成本地扩大了企业的规模。三九在并购中，便享受到了一系列的优惠政策，如挂账免息、低息贷款，以及低价获得土地等等。然而，在“摘桃子”的过程中，由于赵新先太过于心急，因此，也盲目地吃下了很多“烂桃子”。它们看上去是免费的，但是要真正消化它们却耗费了三九很大的资源，有相当一部分最后还是拯救无术。1997年，三九以承债的方式兼并了太原洗涤剂厂，几年经营下来始终重振乏力，并且与地方政府的关系也搞得越来越紧张，最终在这个项目上亏损7000万元。此外，三九在兰考的项目也亏损了5000万元，郑州的少林汽车项目亏损6000万元，邯郸啤酒项目亏损1500万元，财务纠纷官司更是多达数十起。
据数据统计显示，三九在医药行业内的并购成功率高达70％，而非医药行业则大半以失败告终。扩张之初，企业的负债率为19％，而到1998年时，负债率却已高达80％。在第一次扩张中，三九看上去变得兵多将广，势力遍及全国，但是没有关联度、缺乏整合的并购战略其实已经埋下了十分危险的种子，它日日都在消耗三九的资本和品牌影响力。
第二次扩张： 仅次于德隆的大鳄
正当赵新先宣誓打造全球第一中药企业的时候，中国企业界的生态突然发生了变化。从20世纪80年代以来，实业型企业家一直是业界的主角，在家电、食品及医药领域涌现出了一大批善于运作、精于管理的企业家。然而，随着互联网的兴起及资本市场在中国的苏醒，另一类型的企业家忽然成为新宠，他们更加年轻，更加善于运用资本这个放大器，同样是白手起家，却能在更短时间内完成财富的积累。面对这一势不可当的商业潮流转变，年近六旬的赵新先并没有茫然失措。相反，他在资本市场和互联网两大领域中，都表现得异常激进。
2000年4月，三九集团的旗舰公司“三九医药”以“000999”的代码在深圳证券交易所上市，国家药品监督局副局长亲自为股票上市敲槌开市，股票开盘当日升幅为177.5％，募集资金近16.7亿元，风光一时无二。
几乎同时，中国证监会批准江西的一家上市公司宜春工程正式更名为“三九生化”。宜春工程是一家主营轮式装载机及其配件的企业。它于1996年上市，3年后陷入经营困境。赵新先在四处并购的时候瞄中了它。三九购买了其上级公司手中持有的国有股，成为宜春工程的第一大股东，通过一系列的投资、重组，使其摇身一变为一家以生物制药为主的上市公司。
同年11月，赵新先再度出手，他收购了上海胶带股份有限公司29.5％的股份，成为该公司的第一大股东。胶带股份于1992年在上海证券交易所上市，是有名的“老八股”之一，其主营业务是输送带、三角带及其他橡胶制品。赵新先得手后，对其进行重组，使其变成一家主营生物基因工程药物的上市公司。2003年，该公司更名为“三九发展”。
赵新先在不到1年的时间里，强势出招，一举成为3家上市公司的主人，无疑称得上是国有企业资本运作的第一人。在当时的资本市场上，只有唐万新的“德隆系”同时控股了湘火炬、新疆屯河及合金投资3家上市公司。在一次与媒体记者的交谈中，赵新先不无得意地说：“在资本市场上，三九的表现仅次于德隆。”
事实正是，赵新先仅用1年时间，就为三九构筑了一个十分让人眼红的资本平台。在三九医药上市的同时，三九还获得特许，注资3.08亿元成立三九深圳金融租赁有限公司。这是国内最早由实业型企业发起并控制的金融租赁企业，它为三九的融资及并购提供了一个十分优越的管道。2001年3月，在公司的一次战略决策会议上，赵新先更是进一步提出了培育10个上市公司的设想。他认为，三九在各地并购的很多企业，通过重组包装，都具备了上市的条件。
跟草莽出身的新疆企业家唐万新相比，赵新先有太多的优越条件。他并购上市公司，不必像地下老鼠那样躲躲藏藏见不得人。作为一家大型国有企业的当家人，他的任何商业活动都代表了国有资本的利益，因而受到方方面面的关照和优惠；他的资金来源也没有唐万新那样紧张，银行的大门是朝着国有企业开的，尤其是三九这种效益良好的国有企业，无论哪个银行都随时愿意为三九贷款——有一次，赵新先抱怨说，都是因为银行不知节制地提供贷款，才让三九的负债率越来越高。它有一个太成功的产品和品牌，所有的投资故事听上去都是那么的合理和富有想象空间。与赵新先形成鲜明对比的是，民间身份的唐万新没有显赫的资本背景和如此宽松的运作空间，因而他不得不更加善于投机，不得不更加狡黠和凶猛，不得不去构筑一个更加复杂而庞大的融资平台。因为资本属性的不同，作为资本市场上国有和民营资本的代表性人物，赵新先和唐万新的表现风格迥异，他们对中国资本市场的理解也完全不同。
赵新先有很深的实业情结，这也是他跟吕梁乃至唐万新等股市庄家们最大的不同。三九在资本市场上所宣称的项目，基本上都有投资和经营的痕迹，而不像其他资本炒家那样不知羞耻、信口开河。赵新先曾透露，“德隆系”、“中科系”都曾经跟他接触，希望联手炒作高科技概念，而他在再三思考后都没有答应。唐万新因此曾嘲笑他说：“老赵是资本市场上的八旗子弟。”意指他家境显赫、资源众多而不知“利用”。