随即皇帝的军队开始在意大利的战场上所向披靡，他麾下的阿拉伯人雇佣军并不在意自己的主人遭受绝罚，他们作战勇猛且忠诚，逐个收复了被教皇雇佣军占领的城市。当逼近意大利中部教皇国的边界之时，腓特烈按兵不动，致信格里高利九世，恳请和解。教皇没理由拒绝这份和平建议，因为罗马暂时找不到一支可以钳制腓特烈的力量。
1230年夏天，腓特烈二世重获基督徒的身份，并缔造了整个地中海宇内清平的盛世景象。
和平，来之不易，不过腓特烈二世期待的是永久的和平，而途径是取缔所有与之相对抗的势力，建立一个集权的帝国。他虽然没有公布自己的征服计划，但是他的理想是建立并巩固德意志-西西里帝国，并将教皇国兼并在其中，使那位上帝的人间代理彻底成为其傀儡。腓特烈将首都从南端的巴勒莫迁往意大利半岛上的福贾，以便于展开其欲吞并整个意大利的行动。
同时，这位混血皇帝已经意识到，深陷内部失和的德意志已经丧失了欧洲统领者的地位，法国随时有取而代之的趋势。所以他决定立足意大利，去实现自己的帝国梦想，而这里更无限接近于他的精神家园。
1234年，已经成年的儿子亨利七世在德国开始反抗父亲的旨意，并在皇帝敌对势力的怂恿下公开叛乱。伦巴第同盟期待这样的局面，纷纷表态支持亨利推翻父亲，做未来的德意志人皇帝。
亨利低估了父亲的决心和能量，腓特烈迅疾启程北上，而其几乎未带多少军队护驾，只是携带了足够的黄金。在威严和金钱面前，叛军随之瓦解，亨利被投入监狱。7年后，当其被转移到别处继续监禁时，不幸骑马坠崖身亡。
伦巴第的城市为这次叛乱付出了代价，其有限的军事力量被腓特烈的军队消灭殆尽。1237年，另一个儿子康拉德四世于硝烟中接受加冕，成为腓特烈的王位继承人。生性冷酷的女婿罗曼诺也被委以重任，统治伦巴第，以暴力对付意大利北部那些追求自由的市民。腓特烈还让自己最宠爱的儿子恩齐奥迎娶撒丁岛的女继承人，并宣布其为该地国王，而这个距离罗马不远的岛屿其实是罗马教皇的领地。
1239年，已经年逾九旬的格里高利教皇宣布：再次将腓特烈二世绝罚出教会。随即一位对立的皇帝在德意志诸侯中被扶植起来，但是并没有获得罗马所期望的局面，大多数德意志人还是更加倾向于远在意大利的腓特烈。
1241年，皇帝的西西里海军在地中海的厄尔巴岛附近击败了******的船队，这里在几百年后一度囚禁过欧洲的枭雄拿破仑。
而腓特烈发现这支船队正护送着来自法国、西班牙和意大利的一些主教们前往罗马，其中还有三位枢机主教。皇帝扣押了这批神职人员，释放条件是罗马教廷接受和平协议并收回绝法令，但是已经病入膏肓的格里高利至死也没有接受这样的条件。临死之前，这位教皇谕令自己在匈牙利的特使，要求当地那些没有兑现十字军出征的教徒们，以现金的方式赎买自己的罪过，这笔财富将被用来对付腓特烈二世。从英诺森三世至今，腓特烈已经送走了三位教皇。
英诺森四世走马上任了，在法国的干预下，他希望与皇帝和解，结束近十年的战乱。但是腓特烈咄咄逼人的态势令教会上下威严扫地，看来只有罗马无条件接受的权利。英诺森四世感觉到整个意大利都已经十分危险，于是轻装简从翻越阿尔卑斯山，秘密前往里昂，并召集各地主教前来商议对付腓特烈之良策。
一番声嘶力竭的讨论之后，有关腓特烈二世的几大罪状被罗列出来：
发伪誓拖延十字军东征；
信仰不纯净，具有异端倾向；
羁押神职人员，亵渎神灵。
1245年，会议宣布维持对腓特烈二世的绝罚，其臣民对其的效忠誓约被取消。腓特烈致信欧洲各国的君主，痛斥天主教会的绝罚令毫无依据，并引用当年布雷西亚的阿诺德的观点，即：“天主教会不应超出宗教的领域，神职人员应回归到使徒时代的清贫与虔诚。”
具有讽刺意义的是，这位反教会的阿诺德，在100年前便是命丧腓特烈的祖父巴巴罗萨之手。