可是腓特烈二世并不很积极的去兑现自己的承诺，因为他没有虔诚的信仰。但他也清楚，帝国的统治需要教会的支持和配合，所以还不能与罗马教廷反目成仇，教会的要求，他一概接受，但是做不做是另一回事。作为德意志、伦巴第和南意大利的实际统治者，有太多的事端需要这位年轻皇帝耐心的去处理，在内部稳定之前，腓特烈也不可能将宝贵的军队浪费在东征之上。
1220年，德意志皇帝回到南意大利，平息了当地阿拉伯人的反叛，但并没有将他们赶尽杀绝，而是给予土地和信仰的自由。这些造反的穆斯林纷纷表示臣服，并在此后十分忠诚于这位宽宏的君主，甚至皇帝的贴身卫队，就是由穆斯林战士组成的。
腓特烈二世凭借巧舌如簧的口才完全迷惑住了霍诺留三世，以东征缺钱为由，皇帝决定向伦巴第城市征税，不仅得到了教廷的支持，神圣罗马帝国皇帝的王冠也被戴在了他的头上。1222年，腓特烈发妻亡故之后，教皇还说服他迎娶耶路撒冷基督教公国的女继承人，这场婚姻将使腓特烈的地盘扩展到地中海东岸。所有这一切无非是让皇帝能够迅速组织人马杀向东方，在霍诺留教皇不断的催促下，腓特烈二世表面全部应允，但是每当出征期限到来之时，却总是以各种借口推脱东征的承诺。
当1225年，第八次出征期限又被腓特烈推脱之后，已经抓狂的教皇彻底失去了耐心。霍诺留三世严肃的对腓特烈宣布，如果在1227年8月之前，皇帝的军队还没有向东进发，将面临教廷最严厉的处罚——绝罚出教会。可是教皇没有等到第九个期限到来就去世了，可怜的霍诺留三世。
英诺森三世的侄子成为新教皇，即格里高利九世，这是一个强硬派，对腓特烈和德意志人虎视眈眈。
1227年，腓特烈决定兑现诺言，因为东方有属于自己的土地，东征具有了现实的意义。四万名十字军战士集结在意大利南部，准备登船东征，然而一场可怕的瘟疫席卷军营，死亡士兵和将领数以千计。腓特烈本人也受到感染，但他仍然于9月9日下令船队启程。不过随着病情的加重，在医生的劝告下，腓特烈皇帝于三天后不得不选择返航。
格里高利九世自然会怀疑这位不守信用的皇帝，于是下令对其施行绝罚。养病期间的腓特烈指使将领向教廷开战，并煽动罗马市民叛乱，驱逐教皇。教廷的雇佣军和伦巴第同盟的军队亦联合起来向意大利南部杀将过来，皇帝和教皇再度成为势不两立的敌人。半年多之后，腓特烈痊愈，他没有理会教廷的绝罚和与之进行的战争，却率领着仅有40艘船组成的军队向地中海东岸驶去了，不过这次并没人要求他去东方远征。
格里高利教皇获悉后决定追加处罚，宣布解除其臣民对腓特烈的效忠誓约，并派遣两名圣方济各会修士火速前往圣地，谕令当地基督徒不得服从这位被绝罚的皇帝。
腓特烈在东方的对手，依然是那个十年前水淹十字军的埃及苏丹卡米勒，他惊奇的发现，腓特烈是一个对阿拉伯文明十分尊重的基督教皇帝，并且他们之间可以愉快的交流，因为腓特烈通晓阿拉伯语，对异域的文学和科技也饶有兴趣。
两位统治者的谈判异常顺利，腓特烈豁达的信仰理念使其对穆斯林充满敬意，而卡米勒也摒弃了因百年来基督徒士兵对东方的暴戾所相传下来的仇恨，两位君王选择了握手言和，而不是刀兵相向，因为他们站在了世俗和现实的角度，而不是偏执的信仰。
卡米勒将耶稣诞生、成长和殉道的三个重要城镇伯利恒、拿撒勒和耶路撒冷，以及由沿海的阿卡至圣地的朝圣之路统统划归基督徒管辖。条件是作为耶路撒冷公国的国君，腓特烈二世必须在需要的时候出兵出钱协助卡米勒抵抗穆斯林敌人。
对基督徒来说，这是一个不能再好的消息了。腓特烈凭借其超前的世界观，以最小的代价，得到了过去100多年里，十字军五次东征所没有取得过的收获。握手代替了武器，这是合作的双赢，而非战争的掠夺，这次不流血的征服被称为第六次十字军东征。
虽然取得了以往所没有的政治突破，但是没有血腥杀戮，没有令人痴狂的战利品。更何况西方人的统帅居然与穆斯林首领推杯换盏，相敬如宾，因此罗马教会拒不承认这些和平协议。
腓特烈现在的身份异常尴尬，因为他已经被天主教会剥夺了基督徒的身份，所以没有一位教士愿意为他举行加冕典礼，成为耶路撒冷国王。腓特烈并不在意这些，1229年3月的一天，他大义凛然的走进圣墓教堂，亲手为自己戴上了王冠。随后，地中海东岸的大主教竟然宣布对耶路撒冷和阿卡施行绝罚，理由是城市受到了腓特烈的玷污。但是他们不想想，如果没有腓特烈，圣城至今仍将控制在穆斯林的手中。
不久之后，腓特烈在圣城基督徒的谩骂声中，登船回到了意大利。