那些异端裁判所的执法者，大多来自同时期的另一个修会——多米尼克会，也译作道明会或多明我会，他的创始人是西班牙人多米尼克。
这是一个与方济各同时代的人物，也是在青年时代开始放弃世俗生活，全身心侍奉上帝。多米尼克曾在法国南部地区传教，试图说服阿尔比人放弃异端信仰，但收效甚微。
1216年，接任英诺森的教皇霍诺留三世批准多米尼克创建自己的修会。因为这些修士作风强硬，而得到教皇的赏识，并被任命为宗教裁判所的审判官，一些方济各会的修士也参与过这个工作。在其后几百年的镇压异端的运动中，身着黑袍的道明会修士残忍决绝的对待异端信徒，以致留下不佳的名声。但这只能归因于时代的局限，在还不理解何为宽容的中世纪，这样的迫害很难认定责任是在某个人或某个群体的身上。
事实上，多米尼克修会把更多精力广泛介入到大学和教育领域，并规定其修士除了书籍外，不得拥有任何财产，这个修会中涌现出不少造诣深厚的哲学家和神学家。
1221年，多米尼克病逝于博洛尼亚，4年后，一个男孩在那不勒斯出生，他的名字叫做托马斯.阿奎那。他出身贵族，父亲是巴巴罗萨的侄子，母亲是西西里诺曼亲王的后裔。童年时期，他被送到卡西诺山的本笃修道院接受教育，后又进入那不勒斯大学，并加入了道明会。
修会打算送阿奎那前往巴黎大学继续深造，但却遭到家人的极力反对，将其幽禁在城堡中达一年之久。阿奎那的哥哥将一位迷人的女孩送进他的房间，希望弟弟可以回心转意，过一种世俗生活。但是阿奎那如同见到妖怪一样暴跳如雷，抓起一把火钳把女孩赶出房间，并在门上烙上一个十字架标志。阿奎那的一个姐姐也受其影响，成为本笃会的修女，家人无奈，只得恢复他的自由。就这样，一个日后彪炳千古的大哲学家走出了家庭，将为神著书立说作为自己终生的事业。
13世纪，经院哲学已经蔚然成风，这项建立在基督教信仰基础上的学问，以极端的抽象而著称。学者们只能以《圣经》来论证上帝的存在，以及基督教中的各种理论，一些无聊至极的争论也出现在经院哲学的庞大体系里，如“一个针尖上可以站立多少个天使？”“上帝能不能创造出自己搬不起的石头”等等。
托马斯.阿奎那成为经院哲学的集大成者，在之后的几十年中，阿奎那著作等身，其中《神学大全》成为经院哲学的扛鼎之作。他的思想深度涵盖到基督教神学的各个领域，以哲学的方法阐述信仰的真谛。阿奎那以道明会修士的身份，支持罗马教廷对异端的镇压，并在理论上给予帮助，他认为，否认教会制定的信条，就是异端。阿奎那担任过罗马教廷的神学教授，还一度成为法王路易九世的顾问。
积劳成疾使阿奎那最终没有完成《神学大全》最后一部的写作，他说道：“我再也不能写了。”遂于1274年病逝于罗马，享年49岁。1323年，罗马教廷宣布托马斯.阿奎那为圣徒，他的理论也在日后被尊奉为天主教哲学的最高权威。
经院哲学家们皓首穷经的论证那些枯燥的命题，而焚烧异端的烈火也从来没有熄灭过，因为教会深知，要控制人们的思想。以上帝的名义去审判信仰上的分离主义者，以残酷的火刑去处死那些可能比施刑者更加虔诚笃信上帝的所谓异端。因信仰不同而遭受迫害或是去迫害他人，这种野蛮的行为在西方历史中持续了近两千之久。
早在公元385年，西班牙主教普利西利安，因其神学思想被控有摩尼教和诺斯替派痕迹，被罗马皇帝马克西慕斯下令处死，是基督教国家判处死刑的第一个异端。直至19世纪，西欧各国的宗教裁判所才相继被取消。
1917年，罗马的《天主教法典》里才明确写明：“不应该强迫任何人违背自己的意志而接受天主教信仰。”
就在罗马教廷倾力铲除西欧各地的异端时，那个“意大利南部的孩子”已经渐渐长大，并坐上了德意志皇帝的宝座上。当1116年英诺森三世去世后，这个长大的孩子开始与罗马分道扬镳，而他的王朝也逐渐在南意大利迷失了方向，最终画上了悲壮的句号。