几乎与阿尔比异端运动同时，另一个异端——瓦尔多派也在法国形成。
里昂富商瓦尔多邀请学者将《圣经》翻译成法国南部的普罗旺斯语，这是一种介于法语和意大利语之间的一种方言。通过对《圣经》的阅读和理解，瓦尔多深受感动，决定要放弃世俗生活。他散尽资财，身着简朴的衣服，与同样抱有这种信念的人们一起风餐露宿，传播耶稣清心寡欲的生活，人们称他们为“里昂的穷人”。
1179年，瓦尔多觐见教皇亚历山大三世，请求批准他们传教的权利，并获得了教皇的首肯。但是这些“穷人” 的理想渐渐与教会产生矛盾，并开始将矛头对准了天主教会，几年之后便被宣布为异端，遭到了无情的镇压。但是“瓦尔多派”也没有就此绝迹，而是传播到波希米亚、德意志和法兰西很多地方，并在300年后影响了更加猛烈的宗教改革运动。
意识到普通民众的俚语方言就是通往奇谈怪论、异端和造反，要颠覆唯一的权威、自古传承下来的基督教秩序。因此，1229年，罗马教廷宣布只有教会核准的拉丁文版本《圣经》为唯一的合法经典，禁止将其翻译成各国通俗语言，而普通信徒不可以拥有《圣经》，更不可以阅读非拉丁文版。直到1893年，这道禁令才被撤销。
“阿尔比战争”结束后，一个专门负责裁决异端的教会机构——异端审判法庭建立，总部就设在图卢兹，所有十四岁以上的男子和十二岁以上的女人都必须宣誓与异端断绝关系。罗马教廷后来相继在西欧各国建立宗教裁判所，并逐渐形成一套严密的制度，由告发、侦讯、审问、刑罚和判决五个阶段的程序组成。
首先是由宗教裁判员到异端地区联系告发者，在替对方保密的前提下获取信息，随后据此进行侦讯审查，之后便传讯证人，收集罪证，然后下令抓捕嫌疑犯。教皇授权在审讯过程中可以刑讯逼供，以获得更多的异端信息，但是不能伤残肢体，危及生命。但是在实际操作中，很多刑罚的滥用使宗教裁判所成为恐怖的代名词。
最终被确定为异端者，宗教法庭将宣布开除其教籍，但是罗马教会从不宣判死刑，因为它坚持“教会远离血腥”。犯人最后将交由世俗法庭处理，采取不流血的处死方式——火刑。
以这样方式被处死的异端，其财产将由教会和地方世俗贵族按比例瓜分。甚至是有包庇异端嫌疑的人，一经核实，也将被处以没收财产的惩罚。一些利欲熏心的不法之徒甚至无中生有，诬告他人，以期分得财产。被告之人如诺不能在保密的条件下指认出是自己的仇人陷害自己，则往往被屈打成招，以致冤案如山。除了信仰异端外，宗教裁判所还不断扩大审理职权范围，对宗教的亵渎、冒犯圣者、不道德举动、施行巫术等行为也被纳入审判程序。
宗教裁判所直接听命于罗马教廷，而不受地方教会和世俗势力的干涉，这些接受教皇任命的宗教审判官，大多来自刚刚兴起的托钵修会。他们信仰坚定，生活简朴并且铁面无私，被称作“上帝的猎狗”。
这些特殊的教士，主要来自于道明会和方济各会，而他们也几乎是以异端的姿态出现在这一时期，只不过因接受了罗马教廷的“招安”而走上完全不同的信仰之路，并在一定程度上解除了教会的信任危机。