正当阿尔比运动如火如荼之际，1198年，英诺森三世当选罗马教皇。对已经在欧洲到处弥漫的异端思想，他不能无动于衷，因为这将动摇整个天主教会的基石。
上任仅两个月，英诺森三世便修书一封，谕令法国南部加斯科涅地区的大主教采取行动：“我们正面临前所未有的混乱和破坏，那些异端传教士诱惑着民众单纯的灵魂，对《圣经》肆意曲解，企图破坏教会的统一…….我令你，用一切手段将异教徒驱逐出你的辖区…..必要时，可以呼吁贵族和民众用武力加以镇压。”但是这封言辞激烈的谕令并没有引起地方主教和诸侯们的积极回应，因为阿尔比派信徒与当地天主教徒大体上还算融洽，而且还不断有贵族人士加入到这种信仰里。
图卢兹的诸侯雷蒙六世，表示可以去说服那些反对教会的人们放弃异端，而不想采取军事手段，于是遭到教皇绝罚，但他好像并不很在意。英诺森意识到事态比想象的还要严峻，整个法国南部地区都已经受到异端的侵害，看来只有依靠外力和政治手腕才可以将这一异端彻底扑灭。但是其它事物马上令英诺森开始应接不暇，他要马不停蹄的处理西西里和德意志的问题，调解英法之间的争夺，还有十字军的船队谈判，这些都是刻不容缓的政治决策。
转眼之间，近十年过去了，英诺森三世的教皇位置早已稳如泰山，他的鹰派作风已经使法王菲利普二世俯首称臣，对英王约翰的争斗也尽显优势，但是阿尔比始终是让他难以释怀的一颗钉子。
于是在1207年，教皇希望菲利普二世能带兵南下，剿灭阿尔比异端，条件是南方那些对阿尔比采取怀柔政策的诸侯，其土地将可由法王占有。但是现在的菲利普连法国北部的那些英国封地还抢不过来呢，根本无暇兼顾南方，因为他最重要的敌人还是那个暂时退居英国的约翰。
就在法王婉拒教皇之后，英诺森的一位特使在法国南部被杀，而凶手却被雷蒙六世保护了起来。这次英诺森三世彻底的失去了耐心，他决定要以整个天主教的力量毫不留情的去铲平异端猖獗的地区。
教皇的谕令开始向意大利、法国和日耳曼地区传达，又一支十字军被组织了起来。虽然目的地已经不是东方，但是所有的应允和救赎完全比照之前的东征，参加者将被赦免人世间的罪恶，可以去占有异端信仰者的土地，瓜分他们的财富。不少虔诚人士为此感到悲愤，拒绝参加这样的征服，但还是有不少亡命之徒为了钱财而走进了这支队伍。英诺森委任熙笃会会长阿诺德作为这支十字军的宗教领袖，任何违抗之举，上至国王和大主教，下至诸侯和地方主教，均将被直接绝罚出教会。
英诺森三世在战争前夕传谕十字军首领：“行动比冥想更有价值！”图卢兹的雷蒙六世见势不妙，赶紧向教会忏悔了自己的罪过，并在教堂中接受惩罚，得到了罗马的宽恕后，随即也参加到讨伐阿尔比的十字军中。
不是以收复圣地为目的的十字军，逼近了法国南部城市贝济耶，城中的天主教徒清楚这些北方的不速之客不仅要清缴阿尔比信徒，也在贪婪的吞噬整个南方的土地。因此他们决定与城中的阿尔比人并肩作战，誓不投降。结果十字军攻陷了这座城市，冲进来大肆抢劫和屠杀。
当有人问到教皇特使阿诺德是否可以赦免城中的天主教徒时，得到的回答是：“全部杀死，当最后审判的时候，上帝会辨别出他自己的子民。”最后，全城数万名男女老幼，被屠杀殆尽。阿诺德在致英诺森三世的信中写道：“所有人皆不可赦，无论其性别、年龄和地位。”
其它城镇的阿尔比信徒被要求必须在宣誓效忠罗马天主教和为异教信仰殉道之间做出选择，大部分人选择了活命，少数人坚决不愿违弃自己的理想而选择殉道。小城阿尔比也被彻底铲平，一座新的天主教堂在废墟上矗立起来。阿尔比派运动并没有被完全剿灭，幸存的信仰者转入地下活动。
雷蒙六世不惜大义灭亲以博得教廷的信任，率军攻陷了自己已经改信阿尔比信仰的侄子所占据的城堡。但是当战事渐息的时刻，他还是被教会罢免了世俗权力，其诸侯头衔和领地被转让给在战争中表现突出的将领，后来他的儿子雷蒙七世又抢回了图卢兹。由于十字军的将领和诸侯之间对如何占有土地和瓜分财物经常吵闹不休，最后竟演化成法国南部的诸侯混战，断断续续的持续了20之久。
雷蒙七世最后决定，以与法国王室联姻的方式结束战争，这得到了罗马教会的首肯。1229年，双方在巴黎签订了合约，这场由铲除异端而引起的“阿尔比战争”终于结束了。法国南部从比利牛斯山到普罗旺斯一带，曾经美丽富饶的沿海地带，此刻成为一片焦土。不到半个世纪后，随着雷蒙家族的绝嗣，这片土地最终被并入到法国国王的版图。
“阿尔比战争”结束后，罗马天主教廷一手操办的图卢兹大学成立，其宗旨就是在思想上对异端作战。大学的校训是古罗马的一句格言：“消灭谬误，虔诚教诲，热情战斗。”
1244年，阿尔比人最后一个避难所，位于比利牛斯山的蒙塞居尔要塞也被攻克，215名追求完美的信徒选择了集体自杀。但是地下的异端活动依然难以禁绝，在西班牙东北部的加泰罗尼亚地区，阿尔比派信仰的支持者继续坚持反天主教和王权的斗争，直到15世纪西班牙统一之后，这里的独立意识也没有消退。
如今以巴塞罗那为中心的加泰罗尼亚大区是西班牙的经济发达地区，对马德里的西班牙皇室只是表面的尊重而已。近千年来信仰上的差别导致了对抗局面的持续，足球比赛中，皇马和巴萨的西班牙德比大战就是这种对抗的一个缩影。