1198年，教皇的一封敕令被快马传递到南意大利那座空荡荡的皇宫中，康斯坦提娅和腓特烈二世，这对可怜的孤儿寡母正在期盼着这封文书。
亨利六世在临终前，预感到这对母子的艰难处境，于是在遗嘱中请求罗马教会能够不计前嫌，以怜悯的精神使幼子可以安全的长大成人，条件是西西里王国可以作为教会的封地，置于罗马的管辖之下。英诺森的意图很明显，保护这对母子，然后将还是一张白纸的腓特烈二世培养成教会未来最忠诚的拥趸。
这年底，康斯坦提娅病逝，四岁的小腓特烈成为了一个孤儿。
同时，罗马教会发动起意大利人对日耳曼人的反感情绪，开始清理境内的德意志痕迹，由巴巴罗萨和亨利六世苦心经营几十年，意图建立直通地中海的德意志大帝国，瞬间就被英诺森三世大手一挥，像灰尘一样轻轻松松的拂去了。
而此刻，德意志境内再度分崩离析，人人皆可称王，而这无疑是英诺森最希望看到的一幕。从1198年开始，十几年时间，德意志人为了帝国皇位你争我夺，根本不去理会小腓特烈其实才是被册封的正牌皇帝，这也正符合了德意志的政治传统。既然德意志-西西里的帝国梦想已经破灭，况且腓特烈二世仅是一个被寄养在教皇名下的小诸侯，那么德意志就不能没有真正的皇帝。在皇位的争夺战中，罗马教会今天承认这个，明天绝罚那个，谁也难以脱颖而出成为德意志的老大。
1209年，巴伐利亚的奥托四世，在作出巨大让步后获得了罗马的认可，成为德意志皇帝。其实他作出的这些让步已经有损一位君主的尊严，包括承认教会对西西里的主权，放弃《沃尔姆斯协议》中德意志主教选举的皇帝参与权等等。但是奥托四世并非窝囊之人，当他带兵南下意大利，于罗马接受教会的加冕礼之后，那个曾令罗马教会不寒而栗的奥托似乎又出现在他们面前，其实他与前三位奥托没有什么血缘关系，只是帝王的心机相似而已。
新皇帝马上撕破嘴脸，将此前的所有承诺全部推翻，反而要恢复德意志皇帝在意大利的种种特权。更加凶险的是，奥托四世已经准备厉兵秣马，继续南下，征服南意大利和西西里本属于德意志皇帝的土地，看来一个新版的德意志-西西里大帝国就要复活了。英诺森三世后悔自己过于轻信这位德意志人的承诺，于是毫不客气的将其绝罚出教会，但是时机已经不是很有利，还需其它的补救之举。
这个时候，曾使亨利四世苦不堪言的，德意志老毛病又犯了。北方的诸侯们凭借罗马的绝法令宣布解除对奥托四世的效忠，而且他们想到了那个“意大利南部的孩子”——已经17岁的腓特烈二世。1211年，德意志诸侯们宣布，将要迎接腓特烈二世回德国做皇帝。
英诺森教皇有些踌躇，毕竟孩子已经大了，迟早是要飞走的，好在小腓特烈还是很在乎自己的意见的。于是，在年轻皇帝北上之前，再次向自己的养父教皇郑重的重申，西西里是属于罗马教会的领土，自己仅是代为行使世俗权力。但是英诺森依然有纵虎归山的感觉，于是命人为腓特烈年仅一岁的儿子亨利举行加冕礼，宣布他为西西里王，并指派亲信摄政掌控。后来，小亨利果然在长大后走上了反对父亲的道路。
为了避开奥托控制的地区，在教皇资助的盘缠和少量随从的护卫下，17岁的腓特烈二世先是乘船绕道北非，又辗转北上，第一次来到自己的祖国。这里处处充满了陌生，不过他依靠自己的努力，逐渐取得了诸侯们的拥护。而对于那个不甘心的奥托四世，只能在战场上去决定谁最适合做德意志的皇帝了，这也演变成了西欧地区的一场王国混战。
因为在英诺森三世的一手操办下，英、法两国也牵扯到这场德意志皇位的争夺战中，而1214年一场发生在法国北部的战役，最终决定了谁更有资格坐在德皇的宝座之上。是法国人并非发自内心的帮助了还没有多少军队可以调遣的腓特烈二世，后面我们仍将提到这场战役。1215年，在战场上失利，在国内不得人心的奥托四世感到寿命将尽，因惧怕地狱的恐怖而开始忏悔自己的罪过，并获得了英诺森三世的原谅，绝罚令被取消。
同一年，21岁的腓特烈二世复制了祖父巴巴罗萨的荣光，在亚琛接过皇帝的冠冕，正式成为德意志皇帝。霍亨斯陶芬王朝经历了一个几近灭亡的十年磨练后，终于继续统领着德意志的历史。当年轻的德皇从教皇特使手中接过皇冠后信誓旦旦的表示，将亲自率领德意志十字军去完成收复圣地耶路撒冷的使命。
所有人都认为，英诺森十几年的付出和等待物超所值，这位青年皇帝定能义无反顾的去履行神圣事业，光耀罗马教廷。但是他们没有想到的是，这个教会的养子，却在英诺森教皇去世以后成为了令罗马最畏惧的敌人，这是后话，暂且不提。