基督留给彼得的，并非整个教会，而是整个世界。
——英诺森三世
1197年秋，即将在西西里登船率领十字军东征的德皇亨利六世，因患痢疾而死去，年仅32岁，这次令人期待的军事行动夭折了。
但是这并没有令罗马方面感到有什么遗憾，反倒是一片如释重负的感叹之声。因为德意志和意大利南部，再加上西西里岛，已经因为一场婚姻导致的继承关系而整合成一个国家，更令罗马教会寝食难安的是，教皇国恰恰被夹在这个大国的中间。如果亨利六世的寿命可以像他的父亲一样漫长，那将给教会带来多少磨难，巴巴罗萨不也是在而立之年才掌握德意志大权的吗。
还好，这位有抱负，有胆魄，曾被冠以“残暴的亨利”之名的皇帝，倒在了即将展翅的年纪。继任的幼主腓特烈二世，年仅3岁，由其母亲康斯坦提娅摄政，而她对政治和权力，几乎没有掌控的欲望和能力。
几个月后，已经90多岁的老教皇西莱斯廷三世也去世了。罗马的枢机主教们意识到，一个难得的历史机遇到了，在德意志人最软弱的时刻，何不扶植起一位强有力的鹰派教皇统领教会前进呢，而他们心目中有最适合的人选。这些握有选举权的枢机们做出了罗马教会几百年来最正确的一个决定，年仅37岁的意大利人洛塔尔荣登罗马教皇宝座，这就是英诺森三世。而实际上，年轻的洛塔尔还不属于枢机主教的成员，甚至连神父的资格也没有，更别提有机会参选教皇了。他有何能量可以获得这些自负而挑剔的枢机主教们的垂青呢？洛塔尔的经历可以回答。
1161年，当巴巴罗萨与罗马教会激战正酣的时候，洛塔尔出生在罗马城附近的一个贵族家庭。殷实的家境和高贵的地位可以使他自幼接受良好的教育，并一度在巴黎和博洛尼亚接受严格的神学和法律方面的学习。1190年，也就是巴巴罗萨在东方淹死的那一年，已近而立之年的洛塔尔博得了教皇克莱芒三世的赏识，被提名为一名罗马教廷的枢机。这次难得的机会可以使洛塔尔熟悉教廷内部的各种事物和玄机，并很快表现出超凡的领导能力。
但是不走运的是，他的靠山克莱芒三世一年之后就过早的离世了，而新教皇，已经85岁高龄的西莱斯廷三世与洛塔尔家族素来不睦，所以一上台便开始清除异己，年轻的洛塔尔一夜之间被赶出了教廷。
接下来的几年时间，洛塔尔并没有消沉，他一边等待机会，一边著书立说，名望与日俱增。1198年，随着最衰老的一块绊脚石被挪开，洛塔尔重归罗马之路变得畅行无阻，不过顺利的连他自己都不大敢相信，居然是以教皇的身份走进那座神圣的拉特兰宫殿。
英诺森三世表现出超乎其年龄的成熟与魄力，在教廷内部，他大权独揽，事无巨细都要过目钦点。各地主教的任免全部由其一人掌握，而主教的第一年薪俸，即所谓的“初熟之果”都要主动奉献给教廷。英诺森三世的集权作风令各级教士感到不快，甚至暗地里将其比作世俗国王，而根本不像一个神职人员。
在70年前由阿诺德的反教会运动中产生的罗马元老院，也在英诺森三世的任期内被彻底取消了，整个罗马城和教皇国的世俗大权再一次被完全掌握在教廷手中。
在对外政策上，他丝毫没有让那些投票人失望，英诺森延续了格里高利七世的那些主张，坚决捍卫教权至上的原则。他宣称：教会拥有两把“剑”，即信仰的权利和世俗的权利，世俗君王，包括皇帝、国王和诸侯手中的权利是罗马教会所赐予的，任何反对教会的行为都将被剥夺这种世俗的权利。英诺森说：“教皇是太阳，皇帝是月亮，就像月亮要从太阳那里得到光辉一样，皇帝也要从教皇那里得到政权。”罗马教皇可以调节世俗国家之间的纷争，甚至可以审判挑战基督意志的皇帝或国王。这位年轻的教皇宣称：
“基督留给彼得的，并非整个教会，而是整个世界。”
英诺森的这些政策较之格里高利更加系统化，而更关键的是，与11世纪的格里高利七世回天无力的顽强挣扎相比，13世纪的英诺森三世将这一策略施展的游刃有余。这有个人能力上的细微差异，但更主要的原因则是时代的造化。
在格里高利时代，世俗政权里只有北方的德意志一支独大，又遇到了一个难以驯服的亨利四世。而经过了整整一个世纪的十字军东征运动的洗礼，罗马教会对于西欧天主教徒的领导地位已经深入人心。更何况法国、英国的世俗政权都已经成长起来，这对罗马来说，无疑增加了可以在世俗君主间纵横捭阖的筹码，当然，这要看怎么去利用了，其中需要绝对的威严和高超的技巧。
而最喜欢在意大利土地上耀武扬威的德意志人，却偏偏赶上了一个最低潮的时期，腓特烈二世还需要近20年的时光才能掌握与教会斗争的技巧。而这个时候，英诺森三世决定，先对这个黄口小儿出手了。