双方的谈判，是在极度保密的环境下进行的，地点也都是隐秘的。因为墨索里尼不希望欧洲其它国家插手其中，而在天主教会和欧洲的历史上，一向都是扯不清的多边关系最终使问题复杂化。在墨索里尼的压力下，梵蒂冈方面承诺不依靠国际势力介入，完全以双边形式解决“罗马问题”。墨索里尼和庇护十一世都指派了全权代表，来协商国家与教会进行和解的的方式与条件，最后墨索里尼亲自出马参与谈判。
这场注定为1000年历史划上句号的谈判，并非一帆风顺。开始阶段，教廷方面尝试争取适当扩大“神圣领地”的范围，墨索里尼的答复是：NO！紧接着，要求变成了是否可以拥有一个出海口？墨索里尼的答复依然是：NO！在独裁者看来，我可以放弃的土地，就是梵蒂冈那块巴掌大的地方，意大利可视之为“国中之国”，也就是教会所谓的“神圣领地”。
最终，整个谈判历经两百多个回合，条约文本经过数十次反复斟酌，耗时两年半时间才得以完成。
最后，当由墨索里尼首肯的合约文本摆在教皇面前时，庇护十一世又开始犹豫了。毕竟这份合约对于教廷，比60年前的庇护九世，已经得到了很多，但是对于中世纪的那些先辈来说，又失去了太多。庇护教皇只得求助于天主，祈祷一阵后，若有所思的说道：“天主已经听到仆人的话了，就这么做吧，这是天主的意愿。”
1929年2月11日，意大利政府与梵蒂冈教廷在罗马的拉特兰宫签署了《拉特兰条约》。在这份文件上签字的分别是教廷的国务卿加斯贝利枢机主教，和伊曼纽尔三世国王的首相墨索里尼，一个是代表，一个是货真价实的幕后操控者。
条约内容，既在一定程度上体现了历史上确有教皇国存在的这一事实，也反映出1871年意大利独立的这一最近事件，所以，这只能是一个双方互相妥协的结局。在字里行间中，天主教会保全了他们的最后底限，即拥有一块独立主权的领土，无所谓大小。事实上他们的“国土”就是半个世纪前被政府限定在内的那一块地方，面积仅0.44平方公里，大小只相当于北京故宫（还有几处罗马城内的宫殿和教堂，所有权也被写在梵蒂冈的名下）。
但是与此前不同的是，条约是以白纸黑字的方式承认教皇国的主权地位。它可以在现代意义下，建立自己的行政和司法体系，拥有属于自己的国旗、国徽、国歌。因此无论国土大小，教皇已身兼一国之君，与意大利国王平起平坐。意大利除了要为这个弹丸小国提供资助，（例如水电煤气的输送，垃圾外运等）还要负责防卫它的安全，且无权干涉其内政。
另一个对教会来说无比动心的内容就是：意大利政府在法律的层面上承认天主教为国教。对于罗马教廷而言，这是最重要的一点，被写在了《拉特兰条约》的第一条位置上。
在现代法律意义上，教皇国在昏厥了半个世纪后，又死而复生了，只不过它的正式称谓已改为“梵蒂冈城国”。但是教皇国曾经在历史上拥有的那一大片领地，该以怎样的方式去解决呢？罗马教廷清楚，在一个已经统一的国家里，那些土地是不可能再属于教会了，关键是要以一副保全颜面的姿态合理的“放弃”。墨索里尼猜透了的教会的心思，适时的搭好了“台阶”，以巨额资金来“赎买”这些土地。对于一国政府而言，这点银子算不了什么。这笔钱将以现金和有价证券的方式支付，但是有一个条件，其中的一部分必须用于投资意大利政府发行的债券。
《拉特兰条约》签订的消息迅速传遍了全欧洲，一时好评如潮，各国无不发来贺电。意大利国内则大有普天同庆的意味，无论是神职人员还是平民百姓，都为教会与国家的充分和解而心生慰藉，认为这是对基督教历史的一种尊重。签约次日，庇护十一世亲临圣彼得大教堂主持弥撒圣礼，到场的信徒人山人海，站满了教堂前的广场。教皇激动的走上阳台，向人们高呼：“意大利，已经重回天主教的怀抱！”
这份条约的最大受益者，应该是墨索里尼，因为，他也得到了他想要的，那就是意大利人民手中的选票。在接下来的议会选举中，法西斯政党大获全胜，墨索里尼已成为人们心目中一个有远见、有魄力，政治谋略超越时代的领袖。而为了这一天，这位法西斯狂徒煞费苦心的积蓄了数年。
很不幸的是，在庇护十一世的任期内，要面对两位法西斯魔头的纠缠。接下来，另一个人物也开始打起天主教会的主意，他就是同样在积聚力量的阿道夫.希特勒。