1503年，哥白尼回到了波兰，几年之间，一个前途可期的教士，已经成为一名默默无闻的天文学家。从此以后，他不再虔诚祷告，而是钻研起托勒密所观察到的那些天文资料，希望从中建立起自己的理论。哥白尼几乎没有任何观测仪器，北方湿雾弥漫的天空也不利于夜观天象，就在这些不利的条件下，他用十年时间完善了自己的“日心说”理论。
哥白尼完成了自己的著作，但是他还不敢将之公开宣扬出去，即便印刷术已经被发明了半个多世纪了。他心里清楚，“日心说”过于超前了，它几乎不可能找到知音，也无法撼动天主教会的权威理论。哥白尼只是向朋友们分发了几份手抄本，并一再强调，这只是一种假说。
哥白尼的发现，注定要留给他身后的人们。
不出几年，另一个天主教士点燃了宗教改革的怒火，这场革命来的适逢其时，根源、契机、甚至技术手段等因素皆万事俱备，只等一人振臂高呼，马丁.路德完成了这最后一击。不过，对于这些反抗罗马的愤怒者而言，“日心说”理论也实难接受，他们清一色的选择《圣经》作为最高权威，同教会抗衡。
没过多久，马丁.路德和加尔文开始以《圣经》来反对“日心说”理论。“《圣经》告诉我们约书亚曾命令太阳停止移动，而那个占星师却希望以一种怪异理论改变整个天文体系。”这是马丁.路德对哥白尼的评价。而加尔文的论调是：“这个世界是固定的，静止不动，《圣经》的权威性不容置疑。”
其实，他们是两种人，完全从不同的侧面来阐述宇宙，哥白尼是天文学家，而后两位，是不折不扣的政治家和社会革命者。哥白尼也读《圣经》，但心态与他们却是天壤之别。好在哥白尼远在波兰，否则无论是罗马、萨克森还是日内瓦，都不会轻易放过他的。
宗教改革正如火如荼的进行着，1543年，哥白尼的一位追随者，冒着风险将其著作出版发行。已经处在弥留之际的哥白尼，看到了《天体运行论》的封面后，永远的闭上了眼睛，享年70岁。
此时，他所冥想了半个世纪之久的茫茫宇宙，正包裹着这个世界，按着他的超前理论而气势恢宏的运行着。
哥白尼的理论，在100年后才石破天惊。但是他的学说中，更多的是臆测，缺少实证，仍需后人不断的完善。当他离世之际，这些继承者们，还没有出生，可见其理论之超前。