三年后，15岁的康熙亲政，铲除了鳌拜势力，为“历狱”翻案，并任命南怀仁为钦天监监正。在宗教事务上，康熙基本延续了父亲的政策，推行“利玛窦规则”，即西方传教士在不违背中华传统思想的前提下，可以自由传教，发展信徒，但是新的纷争却在天主教内部爆发。
自明末起，方济各会和道明会的传教士也陆续来到中国，他们并不认可利玛窦所制定的传教规则。当看到中国的基督教徒仍按传统尊孔、祭祖，做弥撒时燃放鞭炮，男女信徒被分开布道，圣画里的圣人被穿上了鞋子，甚至耶稣会传教士也过着外表东方式的生活时，他们异常愤怒。纷纷上书罗马教皇，恳请其发号施令禁止这些“亵渎神灵”的行为。基督教信仰里弥漫了1500之久的敌对与狭隘，此刻又搬到了东方，“中国礼仪之争”，持续了近一个世纪。
极其勤政的康熙皇帝一开始对“礼仪之争”还颇有耐心，对各方上奏的折子亲自批点，甚至对罗马教皇派来的特使也是礼遇有加。但是他始终坚持，西方人的信仰，不能要求中国人去改变传统。
1705年，康熙在接见教皇特使时，问其是否认得座后的四个汉字，特使回答只认识一个，皇帝甚为不悦，斥责其“愚不识字，擅敢妄论中国之道。”1715年，罗马教皇克莱芒十一世颁布谕令，禁止中国教徒尊孔、祭祖等“偶像崇拜”之行为，要求所有在华传教士宣誓服从此规定。
直到6年后，康熙皇帝才看到这份谕令的中文翻译，他在文本上不无蔑视的批示道：“览此条约，只可以说得西洋人等小人，如何言得中国的之大理。况西洋人等无一人通汉书者，说言议论令人可笑者多。今见来臣告示，竟与和尚道士异端小教相同。彼此乱言者，莫过如此。以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事，钦此。”
一年后，康熙驾崩，雍正仇视传教士曾帮助他的王位竞争者，于是更加严厉的禁绝基督教信仰在华传播。自此，耶稣会传教士在中国一个半世纪的努力，全部付之东流，基督教在东方的和平传教，虽然一度成果丰硕，但却如风卷残云般无果而终。
康熙大帝60年的统治，使中国的封建王朝达到其顶点，但是如果以东西方的对比来看，康熙的历史角色却异常尴尬，因为正是在其统驭华夏之际，西方超越了东方。康熙皇帝的文治武功可谓独步千古，但他一生勤学的品质，却没有换来中国的科技进步，中国在17世纪与科学大爆发失之交臂的遗憾，犹甚于200年前郑和下西洋的无果而终。
东西方历史的发展脉络如此千差万别，非一人所能左右，时代约束着这位聪慧的皇帝只能继续对儒家思想顶礼膜拜，而无法去全方位的接受新鲜事物。
17世纪的中国，不可能出现牛顿。
但是康熙皇帝透过西方传教士的宗教外衣，已窥见其中隐藏的科技力量，为此他不无担忧的说道：“千百年后，中国必为西洋人所累。”他的预感是正确的，只不过时间大大提前了，仅仅过了100余年，西方人便以另一种方式轰开了天朝的大门。