耶稣会传教士们在东方的印度和日本，已经获得了一定程度的成功。
印度人信奉的婆罗门教，是一种久远而玄奥的思想，非西方人所能理解，同时印度人也不能理解基督教的信仰。但是葡萄牙商人和探险家的大炮在这块炎热土地上没有对手，所以他们可以占据印度半岛的西南部海岸，建立西方人的殖民地，在所辖范围之内，基督教信仰被强制推行，成为印度次大陆上的国中之国。日本的情形正处于巨变之中，西方传教士初到东瀛时，日本正处于室町幕府统治后期的战国时代，藩国林立，战乱不止。在没有政治统一和专制王权的局面下，基督教信仰在九州一带落地生根，并进展迅速，信徒数量曾达数十万之多，随即西方人的火器也被施用于军阀混战中。利玛窦来到澳门的这一年，已经拥有日本半壁江山的军阀织田信长死去，其部下丰臣秀吉继续统一东瀛的征服。
在东方人的眼中，这些金发碧眼的来访者，大多为了商业目的而来，而混迹于其中的传教士，一开始并不引人关注。一年后，利玛窦终于获准在广东肇庆定居，并修建一座教堂，以中文命名为“西来净土”，这怎么听都像是一座寺庙的名称。在中国人眼中，这位西方人肯定是做着跟和尚类似的工作。
利玛窦先后在肇庆、韶关和南昌生活了15年之久，通过对东方文化的学习，他了解到孔子的儒家思想自汉武帝以来，已被这个东方国度尊奉了近2000年，尽管期间经历着近十次改朝换代，但这种思想已经根深蒂固，不可动摇。在利玛窦的眼中，中国的百姓并非如马可.波罗所言，生活在天堂之中。相反，他们含辛茹苦，一生被绑缚在土地之上，以艰辛的劳作为帝国的根基贡献着微薄之力。
大明王朝凭借庞大的官僚体系来统治着这片广阔的土地和众多的人口，儒家思想已经明确界定出君臣、父子、夫妻之间的尊卑关系，牢不可破。同时，利玛窦也清楚的看到，东方人很善于在自己的伦理框架内调和各种宗教信仰，儒家思想约束世俗行为，一心向佛可使人进入超凡冥思的状态，而道教思维则为那些失意者提供化身物外的解脱之路。
既然儒、释、道三种思想体系在这里相得益彰，那么天主教信仰为何不能从中分得一杯羹呢？
利玛窦意识到，以往那种对美洲印第安土著的传教方式，根本不适合于这个东方文明大国。要想使中国人皈依基督信仰，现在绝不可施用于武力，因为它的国力还很强大，而且也不能大张旗鼓的传教，因为它的固有信仰也很强大。唯一的模式就是滴水穿石，潜移默化，于是，利玛窦开始了“中国人”式的生活。
中国的文官阶层，大多凭借科举制度的选拔而走入仕途，而耶稣会传教士也都具备出众的学习能力，这与其严格的入门考核制度密切相关。利玛窦开始疯狂的学习中文和儒家典籍，为此不禁自嘲道：“我都这把年纪了，还犹如一个小学生一样。”耶稣会创始人罗耀拉曾大力主张传教士们积极学习所在国当地的语言，这样更有利于传播天主教信仰，同时他也不严格约束传教士们的工作模式，因为他所奉行的是“目的证明手段的正确”。
利玛窦在南中国的“实验”很快便取得成效。在有学问和地位的中国士人眼中，对于这个穿着中式服装的西方人，一开始充满了好奇，但是经过接触，却发觉其满嘴“子乎者也”，句句引经据典，不禁啧啧称奇，纷纷向其讨教博闻强记的本领。此外，利玛窦还具备中国文士所缺乏的一些素养，即掌握着一定的科学和医学知识，尤其是对于几何学和天文学的精通，使只会挥毫泼墨的中国文士对他刮目相看，利玛窦渐渐名声远播，与当地的达官显贵交起了朋友。利玛窦居住的宅院几乎门庭若市，很多人慕名而来，与其探讨学术。利玛窦对任何人都礼待如宾，毕恭毕敬，句句斟酌，唯恐乱了方寸。有时候，他甚至因接待客人而失去了吃饭的时间，利玛窦的学识和真诚，赢得了中国文士们的欣赏。终于在他的影响下，出现了天主教的追随者，接受他的洗礼，同时不断有新的耶稣会传教士来到中国南方，辅助他的工作。