克伦威尔的儿子理查接任“护国公”一角，但是这位刚过而立之年的人，全无父亲的心机与手段，干了半年多便主动请辞，情愿在田园生活中终老一生。英格兰随即陷入混乱，握有军权的将领举兵争夺权力，百姓们开始打心眼里怀念国王的时代。
1659年底，被克伦威尔派驻在苏格兰的蒙克将军，率军稳定了伦敦的局势，随后致信流亡在荷兰的前国王之子查理，“回来做国王吧。”
1660年5月29日，王子在他30岁生日这天回到英伦，登基成为查理二世。斯图亚特王朝复活了，数万名伦敦市民欢迎他的归来，不少人不禁热泪盈眶。
其实早在10年前，父亲身首异处后，苏格兰议会便宣布他为不列颠和爱尔兰的国君，并打着勤王的旗号反抗克伦威尔专政。为此，查理王子还从荷兰渡海来到苏格兰组建义军，但是“新模范军”未等他准备好，便从爱尔兰平叛现场起兵杀来。结果可想而知，战场上克伦威尔所向披靡，查理几倍于敌的军队被打得七零八落。他想自尽，却没有勇气，手下士兵也没人敢下得了手，于是乔装打扮，化作一名女仆，一路辗转，流亡到了法国，她的母亲在那，给落魄的儿子以安慰。后来英法结盟，查理只得避居于荷兰，每天只盼那个在战场上追得他狼狈逃窜的人，早点死。
回英国之前，查理接受了蒙克将军的条件，即未来的王权受议会约束，对其父亲之死不搞大面积的报复清算。他回来后，的确兑现了诺言，除了被议会认可的有罪之人外，基本没有滥杀无辜。在1649年死刑判决书上签字的59个人，还健在的已不足一半，其中只有13个人以弑君者的罪名被逮捕处死。
律师约翰.库克，在狱中写道：“我们不是叛徒，也不是凶手，我们是真正的基督徒和共和国的卫士。我们反对特权，为公众利益而斗争，要不是这个国家更热衷于奴役而非自由，我们本已建立起全民选举制度已保障所有劳苦大众的福祉。”后他被绞死，分尸示众。
而真正的罪魁克伦威尔，他还未完全腐烂的遗体也被从坟墓中掘出来，按绞刑、斩首、分尸这套程序完整的执行了一遍。英国11年没有国王的岁月，随着克伦威尔的遗骨，灰飞烟灭。
查理二世持何种信仰，大家甚为关心，但是没人能说清楚这个国王脑子里究竟以何种姿态崇拜耶稣。他父亲成长于加尔文思想氛围，执政后又倾向于英国公教，已暴露出不够坚定的苗头，到了他这里，再加上10年寄人篱下的遭遇，已经没有什么信仰可信了。受法国宫廷影响，他对天主教繁琐而奢华的礼仪煞是钟情，他的弟弟，约克公爵詹姆士干脆皈依了天主教。查理二世对宗教纷争漠不关心，为信仰而打打杀杀，他甚为不解，不过这也好，会和稀泥的国王才是好国王，他希望英国的各个派别互相宽容。
但是议会可并不这么认为，重获议员席位的贵族们要找回失去的时间、权利和财富，清教徒在十年中侵吞的东西，要加倍的吐出来。于是，英国人找回了享受生活的快乐，部分清教徒只得登船离开这块已经不属于他们的岛屿。
对于天主教信仰，大多英国人马上会想起“血腥玛丽”、西班牙异端裁判所和罗马教廷的熊熊烈火，因此国王对天主教的仁慈也令他们如芒在背。1678年，一股“天主教阴谋论”在英国甚嚣尘上，说耶稣会教士正密谋刺杀国王，与境外的天主教势力里应外合，推翻英国现政，比73年前的“炸药阴谋”还要可怕。
很多人宁可信其有，纷纷呼吁严惩敌对势力，英国好像突然之间回到了“血腥玛丽”时代，不过遭殃的是天主教徒和耶稣会传教士。议会甚至提议国王废除王后，因其是葡萄牙公主，天主教徒，还要求剥夺国王弟弟的继承权，因其公开承认自己是天主教徒。但是查理二世尽管不太计较君主威严，但还能分清里外，家里的事，他没有受外界影响。实际上他的母亲和妹妹，也是天主教徒，并一直在争取他皈依这个信仰。
查理有很多后代，但是没一个是他法定妻子所生，为此，议会心急如焚，因为现在拥有继承权的，只有他的那个天主教徒弟弟了。议员们请求国王废后续弦，好歹生个儿子出来，但他拒绝了，虽然他拥有很多情妇，但是不想离弃妻子。1683年，查理的健康每况愈下，几位贵族计划绑架国王和约克公爵，以免遭英国落入天主教之手，但机密败露。终其一生，查理本不想凭信仰杀人，但是在他的末年，也不得不举起屠刀。
两年后，国王驾崩，临死前，他决定改变一件事情，并延续一个传统。改变的是，他皈依了天主教，并在忏悔和圣礼中咽气，延续的是，将王位传给已经52岁的弟弟，詹姆士二世。