在此种不利局面下，查理再一次错招频出。1637年，劳德大主教奉国王之意，强令苏格兰人改变信仰，皈依公教。此举立即引起苏格兰人的反抗，起义者签订《民族圣约》，宣布誓死抵抗已经倾向于天主教的英国公教。查理组织起两万人的军队前去征剿，结果发现对方的士兵更多，且群情激奋，于是做缓兵之计，草签了一份停战协议后，回到伦敦。
在其宠臣斯特拉福特伯爵的建议下，1640年5月，查理为征兵筹款而重开已中断11年的议会。但是议员们对国王在11年中的专制行为群起而攻之，查理再怒之下宣布将其解散，这届议会只维持了三个星期，被称为“短期议会”。
随后查理再度组织军队北上，结果在苏格兰人面前溃不成军，英格兰北部也被对方占领，国王屈辱的答应为对方提供军费，才阻止了其继续南下。无奈中，查理只得于年底再度召集议会，共商国是。议员们的条件是废黜斯特拉福德伯爵和劳德大主教，否则不会与国王合作，查理选择了屈服，将两人送入大牢，并为此深深自责。
在与国王的长期斗争中，议会中的清教徒代表也分成了两派，长老派较为温和，而独立派则主张激进。此时，一位意图取代国王的人物，成为独立派的领袖，他就是来自诺丁汉郡的一位乡绅——克伦威尔。这位清教徒的曾祖父，即是亨利八世时代宠臣克伦威尔的侄子。在1628年《权利请愿书》出台之际，克伦威尔刚刚获得议员的席位，经过十几年的运筹，现在已成为议会中具有绝对影响的人物。
在议会的逼迫下，查理无奈签署判决，处死了斯特拉福德伯爵，但是议会在独立派的影响下，对国王依然不依不饶。他们拟定一份《抗议书》要求查理在指定期限内给予答复，在争辩这份协议的唇枪舌战中，克伦威尔以离开英国相要挟，最终使之以159票对148票的微弱优势通过，呈送给国王，并将其内容公布于众。查理现在被逼到了绝路，他百感交集，有点不知所措，如果屈服，则将成为第二个“失地王”约翰。
王后玛丽亚嘲笑其软弱无能，并表示，如果夫君坚决反抗，她不惜变卖珠宝做军饷。女人的话激怒了查理，决定对议员们绝不善罢甘休，他亲率士兵闯入议会，想要逮捕那些反对他的议员，但是王后的一位宫女事先泄露了消息，议会大厅里已是人去楼空。
克伦威尔指使议会下令，所有军队必须无条件服从议会驱驰，不惜以武力反抗国王，在这剑拔弩张的形势下，不少议员选择退出了议会。伦敦的学生们率先加入议会军队，他们剪掉长发，清一色“板寸”装束，被称为“圆颅党”，此时伦敦基本被控制在议会和清教徒手中。查理逃离都城，于1642年在诺丁汉组建王党军队，自称“骑士党”，发布讨逆檄文。
玛丽亚王后乘船前往欧洲大陆，将年仅10岁的女儿玛丽许配给荷兰执政的公子威廉，也就是“沉默者威廉”的孙子，同时变卖英国王室珠宝，筹集军资。查理的侄子，德意志的莱茵亲王鲁伯特也率军前来助战。
这一年，英国内战爆发。