鲁伯特十分推崇瑞典国王古斯塔夫的战术，即以快速骑兵的突袭，在滑膛枪的填药间歇期间，冲乱敌人的战场布局。议会军队出师不利，只得向苏格兰求援，共同抵御王党军队。伦敦城内已是议会和清教徒的地盘，被羁押5年之久的劳德大主教被送上断头台，不少耶稣会教士也被处死，不过克伦威尔却主张宽容处理信仰纷争，因为此时的战局已对议会不利。
此时，他已在剑桥组建“铁军”，并宣称除了天主教徒和公教徒外，欢迎一切不同信仰者加入，清教长老希望他剔除军队中的再洗礼派分子，克伦威尔说：“此为国家所需，只要他们宣誓效忠，便已足够！”议会军阵容不断扩大，克伦威尔严厉治军，整肃军纪，使这支部队后来被称为“新模范军”。
1644年的马斯顿荒原之战，和次年的纳西比之战，“新模范军”大获全胜，扭转了战局。鲁伯特投降，被宽大处理，允许其离开英国。1646年，王党军的残余被消灭，查理一世清楚大局已定，但他不想成为议会的俘虏，于是选择向苏格兰投降。
英格兰议会开出的条件是：只要英国奉行清教信仰，议会控制军队，便可恢复查理的国王身份。查理拒绝了，但是苏格兰议会却欣喜于这个条件，于是将国王转交给了伦敦，为此还获得了40万英镑，以作为出兵协助的酬劳。1647年元旦后的寒冷天气里，坐在南下的囚车中，查理一世无奈的嘲笑自己被卖的太便宜了。
此时英格兰的局势是：长老派基本控制议会的声音，而独立派的克伦威尔则牢牢掌控着军队，国王成为了他们对抗的筹码。克伦威尔先下手为强，派军队将查理从关押的城堡中劫持出来，正在享受春日暖阳的国王对“新模范军”的军官质问道：“是要逮捕我吗？你的授权书在哪？”“在我身后”，500名士兵正威严的列阵在这位军官身后。查理无奈的说道：“这是我一生中所见过的最直接的授权书了。”
国王在“新模范军”的簇拥下前往伦敦，克伦威尔也赶跑了长老会议员。此时他还不想废除国王，为此还镇压了军队中的一些激进分子。就在他还没彻底考虑好如何利用查理的时候，一个惊人消息传来，“国王跑了！”随即，在英格兰各地蛰伏的王党分子如同看到了指路明灯，纷纷举兵，拥护王权。长老会议员也加入进来，因为他们感到克伦威尔已经比国王更可怕。苏格兰也希望根除英格兰最能打仗的将军，告知国王如果接受去年的条件，则将助其复辟，查理答应了。
1648年，内战再度燃起。
战场上呈完全的一边倒态势，以清教徒为主的“新模范军”所向披靡，短短几个月内便结束了战斗，国王再度成为阶下囚。此时克伦威尔已经清楚，无论查理以何种形式重登王位，自己都将不会有什么好下场，只要国王还活着，就会有人以勤王的名义将自己赶下台，与其这样，不如干脆就废除君主制。他命军队包围议会，同情国王的议员被全部赶跑，而剩下的均属独立派。议会完全在克伦威尔一人掌握之下，他们通过决议宣布国王犯有叛国罪，将依法对其进行审判。