保罗、查理和弗朗西斯都没想到，这次会议竟然漫长的令发起者根本就看不到它结束的那一天。两年后，弗朗西斯驾崩，又过了一年，保罗也死了，查理算是命长，主动退位后活到了1558年，但是特伦托会议还没有结束，它前后断断续续的进行了18年之久，期间光教皇就换了五位。
保罗教皇派遣三位红衣主教前往特伦托，其中包括后来以特使身份去伦敦宣布赦免英国天主教徒的波尔，会议还邀请了德国新教徒代表参加。保罗三世的指令经由邮差传递到特伦托，会议很快便陷入了对教条细节的争吵之中，波尔主教在争辩中的一个论点竟与路德的思维不谋而合，罗马宗教法庭的大法官当即指责其为异端，波尔愤而告退，托病不出。10年后，这位法官成为了教皇，他责令在英国的波尔回到罗马接受异端审判，但是玛丽女王保护了他，直到教皇死后才回到罗马。
特伦托会议大致分为了三个阶段。因查理五世与德国新教徒一度处于战争状态，后来他的对手与法国结盟而引发国家之间的对抗，因此特伦托会议在1552年被迫休会。随后查理与德国新教徒签订了《奥格斯堡合约》，先于教会承认了路德信仰。
后来的保罗四世教皇自我感觉如英诺森再世，他无意于进行信仰辩论，而是对干预西欧政局情有独钟。他以教皇身份批准了法国与土耳其异教徒的结盟，以对抗查理五世的继任者菲利普，这足够让基督徒们大失所望了。可惜教皇这次又站错了队，西班牙军队很快赶跑了法国人，向罗马逼近，30年前的一幕再度上演。为了使罗马免于洗劫，保罗教皇选择了屈服，承认西班牙对南意大利的主权。
1558年，菲利普成为神圣罗马帝国皇帝，为其戴上王冠的是德意志选帝侯，而罗马教会，居然被拒之门外。从查理曼大帝延续下来的传统，使无数日耳曼君王趋之若鹜的教皇加冕，到这里被划上了句号，持续近千年的较量，结果是教权完败。
1559年，罗马市民以狂欢来庆祝保罗四世的死去，新当选教皇庇护四世于1561年重启已中断10年的特伦托会议，并在两年后拿出了一份还算满意的决议，会议才终于结束了。在特伦托达成的共识主要有以下几点：
教士不可结婚，纳妾者开除教门；
各教区建立神学院，以提高教士的知识和道德水平；
赎罪券的功效毋庸置疑，但要严格禁止以赢利为目的的销售；
这就是耗时18年所取得的收获！但是特伦托会议真正的收获并不是那份决议上的文字，而是一种发自内心的危机感。天主教会统领欧洲的信念已在很大程度上丧失，现在迫切需要做的是如何避免更多地区脱离教会，并与新教政权划清界限。特伦托会议有意孤立英国，使之感觉到处于天主教国家的敌视包围之中。在天主教国家中开设的神学院里，教廷特意训练能讲英语的天主教神父，准备有朝一日登上英格兰，将它重新天主教化，但是这一目标永远也没有实现。
特伦托会议闭幕之时，德意志的一半已成为新教天下，英国也建立起独立教会，加尔文的信仰正在瑞士和尼德兰风起云涌。而在新兴国家西班牙，宗教法庭的烈火依然猛烈，天主教的根据地意大利，人们对繁琐礼仪依然青睐有加，南欧的土地上似乎永远不可能产生宗教改革。
现在所有人的目光都投向了法国，因其独特的地缘，这里的信仰格局正呈对峙之势。当教士们正在特伦托为信仰辩论时，席卷法国的可怕内战已经打响，将为宗教改革划上一个沉重的句号。