到16世纪中叶，由马丁.路德发起的宗教改革运动，在几十年的功夫里，就使大半个德意志和英格兰的全部脱离了天主教会。何况这种趋势仍在蔓延，加尔文的信仰在瑞士、法国、尼德兰等地星火燎原，新教的书籍已经可以在罗马街头买到，天主教会不得不采取应对措施。一些有识之士直言向教皇进谏，痛陈教会的腐败已积重难返，如不痛下杀手，革除毒瘤，将失去所有信徒的拥护。
教会各级人士达成了初步的共识：即天主教教义是正确无误的，教皇和教阶制度没有弊端，教会的艰难局面在于腐败的侵蚀，教会内部一些害群之马的不学无术，以及路德和加尔文这些叛教者著书立说，妖言惑众。因此，罗马教廷决定以严厉的姿态对付宗教改革。
1542年，保罗三世宣布建立罗马宗教法庭，加大审判的范围和强度，不仅针对异端分子，教会内部的腐败行为如买卖圣职、一夫多妻、不守戒律等，也在审查之列，罗耀拉对此拍手称快。宗教法庭的宗旨是：信仰问题不得迟疑，手段要严厉果决，对异端绝不容忍，坚决打击首领人物以儆效尤，尤其是加尔文信徒。
宗教法庭大法官后来成为了教皇保罗四世，更加肆无忌惮的行使严厉作风，甚至还指使密探去追查自己有异端嫌疑的亲属。他说：“即使我的父亲是个异教徒，我也要找些木头来烧死他。”罗马教廷又公布了违禁书籍目录，与新教作者合作过的出版商，也位列其中。所有经过核准出版的书籍，一律刊印作者、出版商、印刷地点和时间，除此之外的书籍，一律焚毁，阅读也属非法。这项禁令在意大利和西班牙得到了贯彻，文艺复兴所带来的活力，渐渐消逝于南欧，转向了北方。有学者认为，文艺复兴后，意大利和西班牙的衰败，与天主教会文字狱的高压政策，有很大关系。
神圣罗马帝国皇帝查理五世希望教皇召集一次天主教的大公会议，以解决信仰的纷乱局面，早在克莱芒七世在任时，他便有此主张。但是克莱芒教皇以各种理由搪塞着这一建议，他不希望大公会议架空教皇的权威，因为早在100年前的康斯坦茨会议上，便有此先例。
1536年，保罗三世因形势所迫，终于同意了，但对会议主导权的争夺却使会议地点的选择出现了难产。查理五世希望会议在德国举行，但是法王弗朗西斯一世坚决反对，在他的如意算盘里，德国的新教诸侯越强大，对法国越有利，反之，查理也表示坚决抵制在法国举行的会议。保罗三世以自己年事已高为由，提议在罗马附近找个山清水秀，气候宜人之地，但是查理和弗朗西斯都摇头反对。
1542年，会议地点选在了意大利北部阿尔卑斯山脚下的特伦托，这里属于查理五世的领地。保罗三世说自己耐不起车马劳顿，只能坐镇罗马遥控主持会议了，查理五世心想，“你来不来无所谓。”但是弗朗西斯不同意，威胁任何法国教士胆敢前去赴会，将面临牢狱之灾。又经过几年的协商和妥协，最终法国人接受了会议地点。1545年底，经过9年多的谈判、较量和妥协，特伦托大公会议终于举行了。